Чип Illumina™ серии HumanCoreExome, сканер illumina™ iScan, сборка генома 38
Это чип для других целей, для медицинских исследований, особенно для тканей раковых опухолей. СНИПы густо насажены в генах и особенно в экзонах генов, а в интронах их мало и в междугенном пространстве совсем мало. Варианты, не меняющие аминокислоты, также избегаются. Поэтому перекрытие со стандартным набором СНИПов для пользовательской генеалогии незначительное, а на карте покрытия сполошные прогалы (MyHeritage пользуется импутацией, чтобы вычислисть генотипы своих маркеров по близлежащим маркерам с других чипов, но тут даже близлежащих сплошь да рядом не найдется). Кроме того, многие из СНИПов с медицинского чипа имеют клиническое значение, но встречаются так редко, что генеалогического значения не имеют (очень многие из этих вариантов найдены в раковых опухолях, а не в людях как таковых)
Этносостав, однако, по атласовским данным вычислить можно вполне надежно. А вот совпадения - с большим трудом.
Из данных производителя:
https://www.illumina.com/documents/products/datasheets/datasheet_human_core_exome_beadchip.pdfВ экзонах 268,631 маркера
В интронах 152,454
Стоп кодоны 15,040
Замены аминокислот 219,228
Инсерции и делеции 12,451
Соматические мутации из раковых опухолей 394,900
Всего в генах и регуляторных последовательностях 416,691