WGSExtract, FASTQ и разные референсные геномы

[Georg]

Забрал в Биотехе свой геном в формате fastq.
Хотел в t2t сам перегнать.
В wgse стабильной июньской сборки никак чтото не вижу, куда засунуть эти файлики (4 папки с файлами).

С samtools в командной строке чтото не хочется сталкиваться 
Возможно переоценил свои силы, надо было bam брать)

[Daemon2017]

Забрал в Биотехе свой геном в формате fastq.
Хотел в t2t сам перегнать.
В wgse стабильной июньской сборки никак чтото не вижу, куда засунуть эти файлики (4 папки с файлами).

С samtools в командной строке чтото не хочется сталкиваться 
Возможно переоценил свои силы, надо было bam брать)

Вот тут манул https://madelinemiller.dev/blog/whole-genome-sequencing-wgsextract/
WGSe должен быть, кажется, не древнее 2022 года, чтобы работать с FASTQ, а дальше все легко: импортировали, проанализировали, выровняли, записали в BAM с нужным опорником (hg38, T2T)

[Georg]

Забрал в Биотехе свой геном в формате fastq.
Хотел в t2t сам перегнать.
В wgse стабильной июньской сборки никак чтото не вижу, куда засунуть эти файлики (4 папки с файлами).

С samtools в командной строке чтото не хочется сталкиваться 
Возможно переоценил свои силы, надо было bam брать)

Вот тут манул https://madelinemiller.dev/blog/whole-genome-sequencing-wgsextract/
WGSe должен быть, кажется, не древнее 2022 года, чтобы работать с FASTQ, а дальше все легко: импортировали, проанализировали, выровняли, записали в BAM с нужным опорником (hg38, T2T)

а какой t2t выбирать?
chm13 v2.0  25 SN (шимпанзе, что ли?)
hg002xy v2.7 25 SN
hg01243 v3 89 SN (начал пока с этим)
hg002xy v2 25 SN

---------------------------
Reference Genome File
---------------------------
The THG1243v3 Reference Genome (hg01243_v3.fna.gz) is required and still missing. The current command is cancelled.
не скачивает референсы и не устанавливает. была когда-то такая ошибка

[Semargl]

а какой t2t выбирать?
chm13 v2.0  25 SN (шимпанзе, что ли?)
hg002xy v2.7 25 SN
hg01243 v3 89 SN (начал пока с этим)
hg002xy v2 25 SN

chm13 v2.0  25 SN

[Capo]

Добрый вечер,
Я тоже забирал в fastq, yfull за 2500₽ сделал мне bam