АвторТема: Y-700  (Прочитано 12772 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн SubbotaAntonАвтор темы

  • Сообщений: 303
  • Страна: ru
  • Рейтинг +211/-0
  • FTDNA: 594904, Gedmatch: T280867, Genbank MF278748
  • Y-ДНК: N-M231 L1027
  • мтДНК: I3d2
Y-700
« : 30 Июнь 2019, 19:43:44 »
До сих пор мне не до конца ясно, что такое Y-700 тест. Далее мои мысли и мои вопросы (не только про Y-700):

Есть маркеры, они же STR. Берем условный маркер, считаем кол-во повторов, сравниваем с другим человеком; проходимся еще так по десятку маркеров, и вуаля, у нас есть возможность определить родство. Однако, насколько я понимаю, всегда есть шанс, что человек, с которым полное совпадение по всем 12, а то и 25 маркерам, родня крайне далекая - а все потому, что он из другой гаплогрупы.

И тут мы переходим к теме снипов. Если изменение кол-ва повторов в маркерах - это "нормально" (если брать ситуацию с множеством маркеров, а не конкретный маркер), то точечная мутация (SNP) - это настолько редкость, что собой определяет гаплогруппы, их подветки и т.д.

И вроде бы, чтобы определить гаплогруппу, нужно смотреть снипы, однако предикторы говорят обратное - часто определяют гаплогруппу по результатам 12 маркеров с достоверностью 99,999%.

Да и тот же FTDNA предсказывает гаплогруппу вполне себе уверенно на 37 маркерах без всяких снип-тестов. Кстати, здесь же появляется первый вопрос - как вообще возможно определить гаплогруппу по маркерам? Ведь в совершенно разных гаплогруппах в теории могут быть совершенно идентичные маркеры, нет? Или их тоже так "разносит", что потом внутри гаплогруппы вертятся в среднем одни и те же маркеры?

Второй вопрос - вот эти 12 маркеров - они чем-то лучше, чем последующие 13, если сделать тест 25 маркеров? Когда мы тестируем 37 маркеров, это "лучшие" маркеры из предполагаемых 111? Или это, скажем так, условность, и просто некое принятое правило - тестировать именно эти маркеры, исторически так сложилось. А так-то в теории можно тестировать 37 маркеров, которые идут в конце 111 маркеров, и разницы нет?

Теперь идем к Y-500. Помню, люди жаловались - мол, вот FTDNA специально не дает посмотреть на основе биг-игрек маркеры, вырезает их, чтобы не делать конкуренцию себе же. Плюс, тут еще вопрос достоверности прочтения, не так ли? Мол, если маркеры прочтены с помощью теста маркеров - это верно, а коль это биг-игрек - то там уже могут быть и ошибки? И вопрос ли тут именно в технологии, или в кол-ве раз прочтения?

По поводу снипов, также есть вопрос. Если 500 лет назад в моей ветке произошла мутация, появилось свое значение снипа, то как это возможно определить? Скажем, если у меня есть особая мутация, а у соседа по ветке - нет, и наш общий предок - 2000 лет назад, то кто его знает, когда появилась моя мутация - от 20 до 2000 лет назад, верно? То есть в теории мне нужно тестировать 5-юродного, 10-юродного и так далее родственника, чтобы наконец понять, где же и когда появилась мутация, сравнивая нас по маркерам и пытаясь понять, когда это случилось.

PS Я почитал вот эту статейку, из которой вроде бы следует - Y-700 читает данные ДНК куда достовернее, чем прошлый биг-игрек, и благодаря этому FTDNA может перестроить деревья, используя уточненные данные ( хорошо читая снипы).

PPS А вот здесь пишут, что "Big Y-700 actually includes two tests...These tests correspond to two different kinds of DNA markers, called STRs and SNPs:...The “700” part of the test refers to the 700 STRs that are tested,..."

Нужны ли эти 700, если многие не рекомендуют даже делать апгрейд с 67 до 111 - излишне, мол? И какие прогнозы будут по общему предку, если двое родственников сдадут 700 маркеров - с точностью до одного-двух поколений?

А что по поводу снипов, все ли известные тестируются?

Извиняюсь за сумбурное изложение своих вопросов...

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 2237
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1103/-18
  • Y-ДНК: R1a-Y35174
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: Y-700
« Ответ #1 : 30 Июнь 2019, 20:01:57 »
Ценность BigY700 не в маркерах, а в широком и сравнительно глубоком покрытии Y-хромосомы, что позволяет извлечь львиную долю SNP. Чтение STR у BigY700 хуже, чем у Y12/37/67/111, т.к. используется совершенно другой метод, но зачем нужны STR, когда есть SNP?

ИМХО, сейчас идеальная дорожка выглядит так: Y37->BigY700, т.к. это и позволит найти себя на общем древе Y-хромосомы, и даст возможность сравниться с теми, кто обладает лишь Y12/Y37 (а таких сейчас всегда большинство).

Оффлайн SubbotaAntonАвтор темы

  • Сообщений: 303
  • Страна: ru
  • Рейтинг +211/-0
  • FTDNA: 594904, Gedmatch: T280867, Genbank MF278748
  • Y-ДНК: N-M231 L1027
  • мтДНК: I3d2
Re: Y-700
« Ответ #2 : 30 Июнь 2019, 20:04:43 »
что позволяет извлечь львиную долю SNP

А они дают конкретику? Мол, прочтем то и то? Или - почитаем ваши снипы, процентов 90 прочтем, но какие именно - как улыбнется удача?

Оффлайн R1a-Stolin

  • Сообщений: 907
  • Страна: us
  • Рейтинг +505/-1
  • Y-ДНК: R1a
  • мтДНК: H
Re: Y-700
« Ответ #3 : 30 Июнь 2019, 20:24:51 »
Я читал, что прочтут, но нет гарантии, что это downstream SNP's = новейшие снипы под вашим субкладом, большая часть этих снипов вполне может быть upstream SNP's - те снипы которые не дадут дальнейшей детализации и приближения к нашим дням.

Оффлайн SubbotaAntonАвтор темы

  • Сообщений: 303
  • Страна: ru
  • Рейтинг +211/-0
  • FTDNA: 594904, Gedmatch: T280867, Genbank MF278748
  • Y-ДНК: N-M231 L1027
  • мтДНК: I3d2
Re: Y-700
« Ответ #4 : 30 Июнь 2019, 20:29:12 »
Я читал, что прочтут, но нет гарантии, что это downstream SNP's = новейшие снипы под вашим субкладом, большая часть этих снипов вполне может быть upstream SNP's - те снипы которые не дадут дальнейшей детализации и приближения к нашим дням.

В таком случае это все странно - предиктором можно неплохо понять, какие есть снипы, а если есть сомнения, протестировать конкретные снипы. Например, конкретно по себе - у меня порядком совпаденцев, у всех у них L1027 - и мне даже и тестироваться не нужно, все будто бы ясно. Но если прям хочется, то можно это сделать, и тогда общий предок будет вроде как 1200 лет назад. И все, тогда зачем мне Y-700, если не тестируются новейшие снипы...

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 2237
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1103/-18
  • Y-ДНК: R1a-Y35174
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: Y-700
« Ответ #5 : 30 Июнь 2019, 21:31:44 »
что позволяет извлечь львиную долю SNP

А они дают конкретику? Мол, прочтем то и то? Или - почитаем ваши снипы, процентов 90 прочтем, но какие именно - как улыбнется удача?

По статистике https://ydna-warehouse.org/statistics.html BigY700 покрывает не менее чем одним прочтением 22.7к SNP из 33.5к (т.е. 68%) в опорном человеческом геноме. У конкурентов только на иголочку пошире, но есть тесты и поглубже (больше прочтений => меньше вероятность ошибки).
Учитывая то, что SNP обладают качествами блокчейна (можно определить наличие вышестоящего SNP по нижестоящим), нет смысла бояться за непрочтение какого-то там десятитысячелетнего SNP из набора того же YSEQ - куда важнее то, что найдутся новые, ранее неизвестные SNP - они-то и позволят понять, какая ветвь Вам ближе и как давно конкретно Вы от нее отщепились ;)

Оффлайн R1a-Stolin

  • Сообщений: 907
  • Страна: us
  • Рейтинг +505/-1
  • Y-ДНК: R1a
  • мтДНК: H
Re: Y-700
« Ответ #6 : 30 Июнь 2019, 21:47:50 »
В таком случае это все странно - предиктором можно неплохо понять, какие есть снипы, а если есть сомнения, протестировать конкретные снипы.

Так с предиктором можно понять только "старые" (которые уже много раз протестировали до нас) снипы. Шанс открыть новые ноль целых ноль десятых. С Big Y маленький шанс появляется.

У меня же кстати сделан Big Y Y-700. С Big Y 500 было 14 снипов в Unnamed Variants, теперь 38. Нет гарантии, что все снипы новые под R-Y2902, но пара может есть. Пройдут годы прежде чем выделят новый субклад и эти снипы можно будет тестировать отдельно.

Оффлайн SubbotaAntonАвтор темы

  • Сообщений: 303
  • Страна: ru
  • Рейтинг +211/-0
  • FTDNA: 594904, Gedmatch: T280867, Genbank MF278748
  • Y-ДНК: N-M231 L1027
  • мтДНК: I3d2
Re: Y-700
« Ответ #7 : 30 Июнь 2019, 22:05:50 »
Пройдут годы прежде чем выделят новый субклад и эти снипы можно будет тестировать отдельно.

Ах вот оно что! То есть будет у меня N новых снипов - так я еще не смогу своими силами потестить своих же дальних кузенов на наличие этих же снипов? Вот это печально.

Оффлайн SubbotaAntonАвтор темы

  • Сообщений: 303
  • Страна: ru
  • Рейтинг +211/-0
  • FTDNA: 594904, Gedmatch: T280867, Genbank MF278748
  • Y-ДНК: N-M231 L1027
  • мтДНК: I3d2
Re: Y-700
« Ответ #8 : 30 Июнь 2019, 22:07:12 »
BigY700 покрывает не менее чем одним прочтением 22.7к SNP из 33.5к (т.е. 68%) в опорном человеческом геноме.

Большое спасибо за такие данные!

куда важнее то, что найдутся новые, ранее неизвестные SNP - они-то и позволят понять, какая ветвь Вам ближе и как давно конкретно Вы от нее отщепились ;)

Да, нужные свеженькие, молоденькие снипы :) Спасибо!

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 263
  • Страна: fi
  • Рейтинг +142/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Re: Y-700
« Ответ #9 : 30 Июнь 2019, 22:11:54 »
сейчас идеальная дорожка выглядит так: Y37->BigY700, т.к. это и позволит найти себя на общем древе Y-хромосомы, и даст возможность сравниться с теми, кто обладает лишь Y12/Y37 (а таких сейчас всегда большинство).
А вы можете пояснить, то есть там будет чего-то не хватать? Если покупать Big Y 700 сразу.
Возможность купить Y37 после покупки Big Y 700 есть, но отдельное предупреждение идёт: "It is possible to test negative for all SNPs in an order. If you have a Big Y test completed or in process, you may have already tested this information. Please be advised that in either situation, no refunds will be given. Do you wish to proceed with the purchase?"

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 2237
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1103/-18
  • Y-ДНК: R1a-Y35174
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: Y-700
« Ответ #10 : 30 Июнь 2019, 23:46:30 »
сейчас идеальная дорожка выглядит так: Y37->BigY700, т.к. это и позволит найти себя на общем древе Y-хромосомы, и даст возможность сравниться с теми, кто обладает лишь Y12/Y37 (а таких сейчас всегда большинство).
А вы можете пояснить, то есть там будет чего-то не хватать? Если покупать Big Y 700 сразу.
Возможность купить Y37 после покупки Big Y 700 есть, но отдельное предупреждение идёт: "It is possible to test negative for all SNPs in an order. If you have a Big Y test completed or in process, you may have already tested this information. Please be advised that in either situation, no refunds will be given. Do you wish to proceed with the purchase?"

Да, особенность технологии BigY в том, что некоторые значения могут не прочитаться или прочитаться с ошибкой, т.е. в STRной панели Y700 будут "выбитые" (отсутствующие) STRы, причем у всех разные. Например, у меня выбиты STR 122, 403, 505, а у Вас - STR 121, 402, 504. Как результат, сравниться мы сможем только по 700-(3+3)=694 маркерам.
Аналогичная проблема и с SNP, но у них, как я уже говорил, работает блокчейновый принцип накопления, т.е. отсутствующие (и даже ошибочные!) верхнеуровневые SNP легко восстанавливаются (а при ошибке - фильтруются) по нижнеуровневым.

Вам, насколько я понял, предлагают докупить 37 STR по старой, дорогой, но очень точной технологии, и перезаписать "неточные" STRы из BigY "точными" из Y37. В целом, трата осмысленная - можно будет ловить совпаденцев на Y12/25/37 и не бояться того, что у вас вместо дистанции 4 высвечивается дистанция 3 из-за BigYовской ошибки чтения :)

Оффлайн SubbotaAntonАвтор темы

  • Сообщений: 303
  • Страна: ru
  • Рейтинг +211/-0
  • FTDNA: 594904, Gedmatch: T280867, Genbank MF278748
  • Y-ДНК: N-M231 L1027
  • мтДНК: I3d2
Re: Y-700
« Ответ #11 : 30 Июнь 2019, 23:56:26 »
А вы можете пояснить, то есть там будет чего-то не хватать? Если покупать Big Y 700 сразу.
Возможность купить Y37 после покупки Big Y 700 есть, но отдельное предупреждение идёт: "It is possible to test negative for all SNPs in an order. If you have a Big Y test completed or in process, you may have already tested this information. Please be advised that in either situation, no refunds will be given. Do you wish to proceed with the purchase?"

Вы уверены, что у Вас в корзине нет снип-пакета? Обычно это предупреждение идет после него, т.к. и Big Y, и снип-пакет тестят много снипов, и смысл такой траты не очевиден - о чем они и предупреждают, заявляя, что денег не вернут :)

Оффлайн SubbotaAntonАвтор темы

  • Сообщений: 303
  • Страна: ru
  • Рейтинг +211/-0
  • FTDNA: 594904, Gedmatch: T280867, Genbank MF278748
  • Y-ДНК: N-M231 L1027
  • мтДНК: I3d2
Re: Y-700
« Ответ #12 : 30 Июнь 2019, 23:57:57 »

Вам, насколько я понял, предлагают докупить 37 STR по старой, дорогой, но очень точной технологии, и перезаписать "неточные" STRы из BigY "точными" из Y37. В целом, трата осмысленная - можно будет ловить совпаденцев на Y12/25/37 и не бояться того, что у вас вместо дистанции 4 высвечивается дистанция 3 из-за BigYовской ошибки чтения :)

Обратите внимание - в предупреждении речь о SNP, не о STR. Так что, думаю, Y-37 тут не при чем, во всем виноват снип-пакет.

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 263
  • Страна: fi
  • Рейтинг +142/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Re: Y-700
« Ответ #13 : 01 Июль 2019, 00:14:51 »
Вы уверены, что у Вас в корзине нет снип-пакета? Обычно это предупреждение идет после него, т.к. и Big Y, и снип-пакет тестят много снипов, и смысл такой траты не очевиден - о чем они и предупреждают, заявляя, что денег не вернут :)
Аккаунт чистый (свежий) с купленным Big Y 700 (назад еще не отправлен), в корзине пусто.
Да, я ошибся - Y-37 и Y-67 просто нельзя купить, сообщения: "Y-DNA37 cannot be added because it already exists or is not allowed." и "Y-DNA67 cannot be added because it already exists or is not allowed."
Та ошибка для Y-111.

Корзина справа при этом выглядит так:
"SUMMARY Kit(s): 1
Kit #INnumber - Name    $0
"

Оффлайн SubbotaAntonАвтор темы

  • Сообщений: 303
  • Страна: ru
  • Рейтинг +211/-0
  • FTDNA: 594904, Gedmatch: T280867, Genbank MF278748
  • Y-ДНК: N-M231 L1027
  • мтДНК: I3d2
Re: Y-700
« Ответ #14 : 01 Июль 2019, 00:25:30 »
Та ошибка для Y-111.
Корзина справа при этом выглядит так:
"SUMMARY Kit(s): 1
Kit #INnumber - Name    $0
"

То есть
а) у вас для кита сделан Y-111
б) ранее делали снип-пакет? посмотрите в истории, пожалуйста
в) вы делаете апгрейд с 111 до 700 и получаете такое предупреждение?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.