АвторТема: Sequencing.com  (Прочитано 1679 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6316
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1275/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Sequencing.com
« : 26 Апрель 2019, 21:48:03 »
Прокомментируйте, пожалуйста, использование вот этого сервиса
https://sequencing.com/data/upload
(о нем говорится в сообщении выше).

Что стоит хранение?


UPD Тут целый магазин приложений по интерпретации
https://sequencing.com/apps/app-market

Оффлайн KetoDude

  • Сообщений: 20
  • Страна: us
  • Рейтинг +5/-0
Re: Sequencing.com
« Ответ #1 : 27 Апрель 2019, 23:02:14 »
Что стоит хранение?
Бесплатно. Причем можно делиться ссылкой на свои сырые данные.

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6680
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1021/-41
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Sequencing.com
« Ответ #2 : 28 Апрель 2019, 12:29:16 »
Прокомментируйте, пожалуйста, использование вот этого сервиса
https://sequencing.com/data/upload
(о нем говорится в сообщении выше).

Что стоит хранение?


UPD Тут целый магазин приложений по интерпретации
https://sequencing.com/apps/app-market
Нужно будет закачать туда данные.
Только вот скачивать софт не очень бы хотелось - надеюсь там онлайн интерпретации тоже будут доступны помимо бесплатного хранения.

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6680
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1021/-41
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Sequencing.com
« Ответ #3 : 29 Апрель 2019, 17:34:48 »
Загрузился на sequencing.com через аккаунт ФТДНА.
В итоге только один файл значить я в загруженных - почему то Y csv...
И одно приложение доступно, это athletic... Фигня какая-то.))

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 812
  • Страна: 00
  • Рейтинг +613/-2
Re: Sequencing.com
« Ответ #4 : 29 Апрель 2019, 21:05:11 »
Загрузился на sequencing.com через аккаунт ФТДНА.
В итоге только один файл значить я в загруженных - почему то Y csv...
И одно приложение доступно, это athletic... Фигня какая-то.))

Как Вы загрузились через аккаунт в ФТДНА? Я не вижу sequencing.com среди Partner Applications у ФТДНА. На странице sequencing.com есть логин через Googe/Gmail и Facebook, но не через ФТДНА.
Если регистрироваться там, то надо загружать все файлы самостоятельно.
По опыту - если грузить данные DanteLabs, то надо грузить их приложение BigYotta - связь с сервером может прерываться неоднократно при загрузке файла в 120 ГБ, а их приложение восстанавливает загрузку данных без перезагрузки с нуля.
Приложения доступны в зависимости от загруженных данных, загрузите данные DanteLabs или аутосомы с ФТДНА, будет доступно больше приложений.
Может стоит узучить сайт прежде, чем писать, что это
Цитировать
Фигня какая-то.))

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6680
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1021/-41
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Sequencing.com
« Ответ #5 : 29 Апрель 2019, 21:23:19 »
Загрузился на sequencing.com через аккаунт ФТДНА.
В итоге только один файл значить я в загруженных - почему то Y csv...
И одно приложение доступно, это athletic... Фигня какая-то.))

Как Вы загрузились через аккаунт в ФТДНА? Я не вижу sequencing.com среди Partner Applications у ФТДНА. На странице sequencing.com есть логин через Googe/Gmail и Facebook, но не через ФТДНА.
Если регистрироваться там, то надо загружать все файлы самостоятельно.
По опыту - если грузить данные DanteLabs, то надо грузить их приложение BigYotta - связь с сервером может прерываться неоднократно при загрузке файла в 120 ГБ, а их приложение восстанавливает загрузку данных без перезагрузки с нуля.
Приложения доступны в зависимости от загруженных данных, загрузите данные DanteLabs или аутосомы с ФТДНА, будет доступно больше приложений.
Может стоит узучить сайт прежде, чем писать, что это
Цитировать
Фигня какая-то.))
Вот что написано прямо у них на сайте
Entering your Family Tree DNA credentials above will automatically and securely import a copy of your genetic data from Family Tree DNA to Sequencing.com.
Sequencing.com can automatically obtain your genetic data.
Simply enter your Family Tree DNA email and password below and we'll do the rest.

Как видите все ясно и понятно написано на этой странице
https://sequencing.com/data/upload
(сели справа нажать на FamilyTreeDNA)

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 812
  • Страна: 00
  • Рейтинг +613/-2
Re: Sequencing.com
« Ответ #6 : 29 Апрель 2019, 21:42:43 »
Загрузился на sequencing.com через аккаунт ФТДНА.
В итоге только один файл значить я в загруженных - почему то Y csv...
И одно приложение доступно, это athletic... Фигня какая-то.))

Как Вы загрузились через аккаунт в ФТДНА? Я не вижу sequencing.com среди Partner Applications у ФТДНА. На странице sequencing.com есть логин через Googe/Gmail и Facebook, но не через ФТДНА.
Если регистрироваться там, то надо загружать все файлы самостоятельно.
По опыту - если грузить данные DanteLabs, то надо грузить их приложение BigYotta - связь с сервером может прерываться неоднократно при загрузке файла в 120 ГБ, а их приложение восстанавливает загрузку данных без перезагрузки с нуля.
Приложения доступны в зависимости от загруженных данных, загрузите данные DanteLabs или аутосомы с ФТДНА, будет доступно больше приложений.
Может стоит узучить сайт прежде, чем писать, что это
Цитировать
Фигня какая-то.))
Вот что написано прямо у них на сайте
Entering your Family Tree DNA credentials above will automatically and securely import a copy of your genetic data from Family Tree DNA to Sequencing.com.
Sequencing.com can automatically obtain your genetic data.
Simply enter your Family Tree DNA email and password below and we'll do the rest.

Как видите все ясно и понятно написано на этой странице
https://sequencing.com/data/upload
(сели справа нажать на FamilyTreeDNA)

Да, сейчас нашел. Но тогда написано следующее:

You can now use your data with any app in our App Market. These apps will help you optimize and improve your life.

То есть, идти в Apps -> App Market и добавлять интересныв Вам приложения. Lactose Intolerance (непереносимость лактозы, молочного сахара) или Basic Wellness (основы здоровья?) доступны бесплатно.

Что касается файла CSV, то у меня загрузились аутосомные данные. В Data -> My files видно ....autosomalx....csv То, что можно использовать они загрузили.


Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6316
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1275/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Sequencing.com
« Ответ #7 : 09 Май 2019, 12:35:24 »
Загрузил свои данные с FTDNA.
Буду пробовать:)


Возник вот такой вопрос - заявка у этих ребят на "магазин интерпретаций".
YFull не думает на тем, чтобы сделать app-версию? Думаю, что за встраиваемыми приложениями по интерпретации большое будущее.
Даже здесь на форуме уже обсуждаем ряд поделок весьма несерьезного уровня, но платных. И желающих играться находится много.

По этому пути идет 23 и WeGene, только их экосистема закрыта или полузакрыта. А тут можно интерпретировать любые данные.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6316
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1275/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Sequencing.com
« Ответ #8 : 09 Май 2019, 12:54:31 »
Кстати, в приложениях попадаются весьма интересные штучки.
Например:

Цитировать
EvE v4 supports the following (please note that some functionality is only available in EvE Premium and EvE Premium Batch):
If a conversion is only possible in EvE Premium then this conversion will still appear in EvE Free but will not be able to be selected (it will appear as an 'inactive' selection).

FASTQ to gVCF and regular VCF (Supports both single end reads and paired-end reads)
FASTA to to gVCF and regular VCF (Supports both single end reads and paired-end reads)
FASTQ to BAM
FASTA to BAM
FASTQ to SAM
FASTA to SAM
SAM to FASTQ
BAM to FASTQ
BAM to gVCF (genome VCF) and regular VCF
SAM to gVCF (genome VCF) and regular VCF
SAM to BAM
BAM to SAM
BAM to SVG
BAM to CRAM
SAM to CRAM
CRAM to VCF
BED to VCF
VCF to WT (Wormtable)
GVF to VCF
gVCF (genome VCF) to VCF
Text region lists to VCF: When a region list is supplied then data for those regions will be extracted.
CSV to VCF (specific formatting required)
TXT to VCF (specific formatting required)
FASTA/ FASTQ/ SAM or BAM to Clinical plus VCF: This is Sequencing VCF format file that included calls and no calls data but excludes reference calls.
FASTA/ FASTQ/ SAM or BAM to annotated VCF file
FASTA/ FASTQ/ SAM/ BAM and VCF file to GVF: Supports converting  Genome Variation Format file
FASTA/ FASTQ/ SAM/ BAM and VCF to Wormtable format
Array to VCF: Converts a gene array file including 23andMe, Ancestry.com, Family Tree DNA and The Genographic Project (National Geographic) into a VCF file

https://sequencing.com/eve-free-dna-data-genome-data-conversion-analysis-app

Допустим есть интересные научные файлы в FASTQ, которые вы бы хотели забросить на YFull - вот конвертер. Но это пока в планах, сам не пробовал:)

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6316
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1275/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Sequencing.com
« Ответ #9 : 10 Май 2019, 09:42:27 »
Бесплатная конвертация BAM в VCF заняла 6 часов:)
С другой стороны, у нас же не "Формула", а "шахматы по переписке" - спешить некуда.


UPD Хитрость детектед. Бесплатное приложение работает один раз по одному файлу. Дальше - только с платным 7,99 доллара.
Короче - один запуск для одного файла 520 руб
« Последнее редактирование: 10 Май 2019, 13:04:40 от Шад »

Оффлайн pliers

  • Сообщений: 25
  • Рейтинг +7/-0
  • Y-ДНК: R1b1a1a2a1a1c2b2a1b4
Re: Sequencing.com
« Ответ #10 : 12 Ноябрь 2020, 10:50:11 »
На сайте сейчас активно приложение:
https://sequencing.com/am-i-related-to-trump
Am I Related To Trump?
Are you related to Trump? Do you and Trump share the same genes? Find out for free.

Срок "бесплатности" обозначен как "Free Until He Concedes" с юмором)))


Оффлайн exor

  • Сообщений: 1
  • Рейтинг +0/-0
Re: Sequencing.com
« Ответ #11 : 12 Апрель 2021, 11:26:26 »
Добрый день. Поделитесь, кого-нибудь заказывал тест на сайте https://sequencing.com/?

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 799
  • Страна: ru
  • Рейтинг +522/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Sequencing.com
« Ответ #12 : 12 Апрель 2021, 14:09:10 »
Добрый день. Поделитесь, кого-нибудь заказывал тест на сайте https://sequencing.com/?
Они перепродают тест Nebula который сам на аутсорсе у Китайцев) т.е. Наоборот. Китайцы тестируют для Nebula.
Аппарат их стоит около 1,5 млн. долларов. До 60 тестов за раз может полногеномных производить. Вот они массовостью и пытаются экономить.

Оффлайн Farharaji

  • Сообщений: 715
  • Страна: aq
  • Рейтинг +127/-7
    • Ytree YF71444
  • Y-ДНК: R1b-DF98+FT22607+BY20662+
  • мтДНК: U5b1e1*
Re: Sequencing.com
« Ответ #13 : 20 Октябрь 2021, 12:32:05 »
Вернул себе подписку(за 12 в месяц) на секвенсинге, чтобы загрузить и поюзать Genetic Ancestry, но чтот по подписке не смог в сентябре, заюзал только нутрицифику, тож сойдет но она сама по себе копеечная(5 долл) так что секвенсинг меня хитро надул на 7баксов. А позавчера еще и за следущий месяц автоматически сняли с карточки новые 12 долларов (забыл закрыть подписку) ;D Но, что интересно, Genetic Ancestry открылось после этого! Так что таки поюзал :) А так оно 57 долларов у них оценивается(ну понятно что красная цена такому должна быть 30-40 баксов) Плюс у меня еще возможность +1app есть, так как подписка за 12 долларов дает возможность на 2аппа, две загрузки.
НУ так что ж из себя представило генетик АНцестри. Ну там только две вещи -этнокалькулятор средней степени паршивости(в лучшем случае, но и то хлеб) и гаплогруппы Игрек+ МТднк(варик для тех кто делал только ФФ от ФТДНА или в Анцестри ДНА аутосомы, ну и конечно отличный варик для тех кто делал сырую полногеномку и не загружал еще в Yfull)
 Сначала о хорошем. Гаплогруппы -четко дали U5b1e1 и R1b -DF98. Расписали путь, снипы какие верхние. По сути лучше предикции от ФТДНА на 37игрек именно для моего случая(в R1b страшная гомоплазия)


146T,4312C,10664C,10915T,11914G,13276A,16230A                        L1'2'3'4'5'6                                                       
2758G,2885T,7146A,8468C                                                                 L2'3'4'5'6
195T,247G,825T,8655C,10688G,10810T,13105A,13506C,16129G    L2'3'4'6
4104A,7521G                                                                                       L3'4'6
182C,3594C,7256C,13650C,16278C                                                  L3'4
769G,1018G,16311T                                                                            L3
8701A,9540T,10398A,10873T,15301G                                                N
12705C,16223C                                                                                   R
11467G,12308G,12372A                                                                      U
16270T                                                                                                U5
3197C,9477A,13617C                                                                        U5a'b
150T,7768G,14182C                                                                           U5b
5656G                                                                                                 U5b1
                                                                                                           U5b1a
                                                                                                           U5b1c
152C,16465T                                                                                     U5b1e
2757G,10283G,12616C                                                                    U5b1e1
M9K
-MNOPS
-MPS
  -P
M207,P224,P227,P229,P232,P280,P285,...R
M173,M306,M710,P225,P231,P233,P234,...R1
M343,L278,CTS46,M415,PF6246,PF6248,PF6250,...R1b
CTS8436,CTS8612,FGC36,L754,PF6249,PF6263,PF6271,...R1b1
L389,L388   R1b1a
P297,CTS5577,CTS3876,PF6418,PF6451,PF6459,PF6463,...R1b1a1
M269,PF6428,PF6437,PF6438,PF6452,PF6500,PF6509,...R1b1a1b
L23,PF6404,L478     R1b1a1b1
L51,CTS8595          R1b1a1b1a
L52,P310,P311,PF6540,CTS7650    R1b1a1b1a1
L151,L11,PF6543    R1b1a1b1a1a
M405     R1b1a1b1a1a1
S263   R1b1a1b1a1a1c
S264   R1b1a1b1a1a1c1
S497,S265,S376,S498   R1b1a1b1a1a1c1a
DF98 R1b1a1b1a1a1c1a1

По аутосомам. Четко определили 50 на 50 Европейский и азиатский процентаж(обычно аутосомные калькули которые делят строго на Европу Азию мне выдают как правило чуть больше Европы, но бывает и больше АЗии в зависимости от того что подразумевается, а здесь прям четкое фифти фифти)
Короче достаточно четко отделили волжских татар во мне от центральноазиатской крови)
ПРавда у них нех волжских татар поэтому описали они это так
WesternEuropean:
0%BritishorIrish
8%Finnish( странновато видеть финнов конечно в кластере ЗАп. Европы, ну хоть от скандинав отделили. Ну и понятно откуда ноги растут - от угрофиннскости поволжских татар аутосомальной)
0%FrenchorGerman
0%Scandinavian
0%PortugueseorSpanish
0%AshkenaziJewish
2%BroadlyNorthwestern (ну это вообще эпическое название северозападное пограничье, и ведь 2 проца выловили оттуда, только вопрос откуда, хотя понятно что из волжских татар)
0%Italian
0%BroadlySouthern

EasternEuropeanorRussian:
0%Polish
0%Estonian
26%Russian (записать меня как на четверть+1 процент русского это конеш мда..Но понятно что снова от "Волга татар")
4%Czech (как грится от Судет и до Уральских гор -везде татарин наследил)
4%Lithuanian (привет татарам-липкам)
6%Ukrainian (тоже что и russian)
0%Hungarian
0%Belarusian
0%Sardinian
Конечно не оч. вразумительно, но в общем то понятно. Так как у них нет татар, то логично что распределили по другим аутосомально соседним народам)

CentralAsianorSouthAsian:
24%NorthernIndian,Pakistani,orCentralAsian,etc.(Afghan,Pakistani,Bengali,Nepalese,Bangladeshi,etc.) Ну тут всё предельно ясно -моя узбекская четвертинка. Но почему-то минус 1 процент. Но непонятно то, что в кластере Центр. Азия у них и казахи по идее должны быть, но видимо нет. Только узбекский мой рез)
0%SouthernIndianorSriLanka

НУ и дальше совсем несусветное
KoreanorJapanese:
0%Korean
26%Japanese
Записали меня на четверть +1 проц японцем!!!! Ну понятно снова откуда ноги расстут -от моей казахской четвертинки. НО..где аутосомально японцы а где казахи? ПРитом у них там написано что казахи относятся к Центральноазиатскому кластеру, и уж никак не к кластеру Корея и Япония. Ладно, я и сам думаю что кластер Сев. Индия и Центр. Азия аутосомально далек от казахов. Но..странно что результат вышел в японцах, ведь есть еще сибирский кластер и кластер монгол с маньчжурами! Но нет, по ним это японцы. Ахах.

ну а вот инструкция как они класстеры группируют
2=FrenchorGerman=Austrian,Belgian,Dutch,French,German,Swiss
3=Scandinavian=Danish,Icelandic,Norwegian,Swedish
9=BalkanorGreek=Albanian,Bosnian/Herzegovinian,Bulgarian,Croatian,Greek,Kosovan,Macedonian,Moldovan,Montenegrin,Romanian,Serbian
12=BroadlyEasternEuropeanorRussia=Belarusian,Czech,Estonian,Hungarian,Latvian,Lithuanian,Polish,Russian,Slovak,Slovene,Ukrainian
13=WestAsian=Turkish,Cypriot,Levantine,Iraqi,Iranian,Arabian,Omani,Yemeni
13=NorthAfrican=Moroccan,Algerian,Tunisian,Libyan,Egyptian,Sudanese
14=NorthernIndianorPakistani,etc=Afghan,Pakistani,Bengali,Nepalese,Bangladeshi,Kazakh,Kyrgyz,Tajik,Turkmen,Uzbek
16=NativeAmerican=NorthAmerican(Pima),CentralAmerican(Maya),SouthAmerican
23=FilipinoorPolynesian,etc=Filipino,Madagascan,Hawaiian,Maori,Samoan,Tahitian,Tongan
24=MalaysianorIndonesian,etc=Cambodian,Indonesian,Malaysian,Thai,Myanma
26=MelanesianorFijian=Non-AustronesianMelanesian,Papuan,Fijian
27=WestSub-SaharanAfrican=Cameroonian,Gambian,Ghanaian,Guinean,Ivorian,Liberian,Nigerian,Senegalese,SierraLeonean
28=NortheastSub-SaharanAfrican=Eritrean,Ethiopian,Somali,Sudanese
29=SoutheastSub-SaharanAfrican=Angolan,Botswanan,Burundian,Congolese,Kenyan,Namibian,Rwandan,SouthAfrican,Tanzanian,Ugandan

Выделил жирным что казахов они в кластер Сев. Индия и Пакистан отправили! Но это на бумаге. А на деле, судя по моему резу -к японцам!! И думаю тоже самое и киргиз. В общем тут прям жирный-жирный косяк. А так был бы вполне сносным этнокалькулем.
« Последнее редактирование: 20 Октябрь 2021, 12:41:43 от Farharaji »

Оффлайн Farharaji

  • Сообщений: 715
  • Страна: aq
  • Рейтинг +127/-7
    • Ytree YF71444
  • Y-ДНК: R1b-DF98+FT22607+BY20662+
  • мтДНК: U5b1e1*
Re: Sequencing.com
« Ответ #14 : 23 Октябрь 2021, 16:53:32 »
Загрузил Blood Related от секвенсинга. Показывает уровень билирубина, глюкозы(видимо не как есть сейчас а как генетически предрасположенный уровень), метаболизма, кровянного давления, группа крови и резус фактор, также группы крови по системам Диего, Даффи, Келл, кидд, МНС, Секретор статус какой-то, холестерол хороший и холестерол плохой, GHB какойто, также уровни Инсулина, Трансферрина,Интерлейкина, какойто еще VW Factor(чтото с кровотечениями, видимо свертываемость крови) и отдельная рубрика про предрасположености к Коронавирусу, ВИЧу, Малярии и Норовирусу. У меня оказалась достаточно сильная предрасположеность к коронавирусу :'( что в общем и понятно, что даже вакцинировавшись я достаточно болезненно и с последствиями для организма переболел короной дельта штамма) Также мне обещают повышенно быстрый кердык от ВИЧ, если я таки вдруг заражусь. В общем полный каюк с точки зрения защищенности у меня ;D

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.