YFULL.com - Интерпретация вашего полного сиквенса mtDNA

[Sadad113]

https://www.yfull.com/mtree/W6a2a/

Вот ветка где я нахожусь, я так понял это от 1150 до 100 диапазон с вероятностью 95 %?

[Крутъ]

можно ли как-то в YFull выводить список всех новых сэмплов, добавленных на дерево, например, сегодня?

[Farroukh]

Для тех, кто заказывал первые BigY тесты (более 10 лет назад) bam-файл предоставлялся бесплатно и вдобавок содержал полный митосеквенс. Эти данные в итоге могли быть загружены и на мито-древо Yfull.
Мои результаты гордо красуются там на ветви F2f1*
Направил запрос в FTDNA, чтобы залили полный митогеном из того bam-файла в мой профиль. (Из мито-тестов я заказывал себе лишь HVR1)
Там ответили, что миторезультаты, которые ранее включались в BAM-файлы являлись неполными и не проверялись контролем качества, поэтому рекомендуется заказать апгрейд.

Собственно вопрос: насколько верно их утверждение насчёт якобы неполного мито-секвенса из старого BAM-файла? Имеет ли практический смысл перезаказывать у них полный мито-секвенс?

[Виталий77]

Для тех, кто заказывал первые BigY тесты (более 10 лет назад) bam-файл предоставлялся бесплатно и вдобавок содержал полный митосеквенс. Эти данные в итоге могли быть загружены и на мито-древо Yfull.
Мои результаты гордо красуются там на ветви F2f1*
Направил запрос в FTDNA, чтобы залили полный митогеном из того bam-файла в мой профиль. (Из мито-тестов я заказывал себе лишь HVR1)
Там ответили, что миторезультаты, которые ранее включались в BAM-файлы являлись неполными и не проверялись контролем качества, поэтому рекомендуется заказать апгрейд.

Собственно вопрос: насколько верно их утверждение насчёт якобы неполного мито-секвенса из старого BAM-файла? Имеет ли практический смысл перезаказывать у них полный мито-секвенс?

После заливки Big Y-500 в YFull и интерпретации результатов, где действительно выделили мне митогруппу - всё же заказал себе в FTDNA полный мито, чтобы в ЛК, да и у совпаденцев отражалась моя мито группа, ну и для поиска там же совпаденцев.
Результат подтвердился. Незнаю, как там по полноте содержания в ВАМе информации по ней, нужно наверное сравнивать результаты.

[G-Man]

Farroukh, в тех файлах у многих есть непрочитанные позиции в мито.  Можно проверить тут  https://www.yfull.com/raw-data-stat/#t5-tab

В некоторых случаях это значительные пропуски, вроде No covered bp: 1893 from 16569

[Farroukh]

У меня это ещё более значительный участок (2...16569):
All covered bp:   16567 from 16569   
No covered bp:   2 from 16569

В общем, надо апгрейднуть миту.

[Semargl]

У меня это ещё более значительный участок (2...16569):
All covered bp:   16567 from 16569   
No covered bp:   2 from 16569

В общем, надо апгрейднуть миту.

Не верно. В данном случае непокрыто 2 ИЗ 16569. Эта 2 есть у всех, так как тут специфика сравнения двух митореференсов RSRS и rCRS. Как раз между ними разница 2 выпавших, скажем так, нуклеотида. То есть покрытие равно 100%. Можете скачать свою фасту из личного кабинета в YFull и проверить в ней количество и позиции символов N.

Если вспомнить историю вопроса, то в первом BigY до 1 апреля) 2015 года была инфа по мито и практически всегда оно было полным. Это баг/фича таргетного NGS тестирования. Что не тестируй, а мито все равно получишь). Но FTDNA не представляли этого, предоставляя ПОЛНЫЙ bam своим клиентам. Когда они увидели проседание продаж мито из-за того что у людей купивших bigy оно уже было, просто тупо стали его удалять из бама и предоставлять клиентам огрызок огрызка. Чтоб не создавать конкуренцию сами себе. Ну и звучал аргумент что у них нет процесса контроля качества по мито в баме, так как это не целевой продукт.

[Farroukh]

Благодарю за подробный ликбез!
Тогда просьба скорректировать английский текст в таком виде:

All covered bp:   16567 out of 16569   
No covered bp:   2 out of 16569

(Предлог from  здесь сбивает с толку).

[AleksG]

Не верно. В данном случае непокрыто 2 ИЗ 16569. Эта 2 есть у всех

Точно у всех ?

Covered regions:   1-16569   
All covered bp:   16569 from 16569   
No covered bp:   0 from 16569

[Allan]

Зашел на Mtdna дерево в Yfull, и там нет возрастов для ветвей с возрастом выше чем 20.000 лет.
Интересно когда будут?

[AleksG]

Хотелось бы понять, в чем причины таких сильных фактических расхождений между TMRCA и образцами ?

Наверное самый показательный пример это сын Александра Невского
https://www.yfull.com/mtree/F1b1-a3a2a/
formed 3800 ybp, TMRCA 275 ybp
а сам образец 700 летней давности.

То есть, выходит что у всех 4 человек тут общий предок 275 лет назад, при том что один из них жил 700 лет назад ?

Ну допустим что в formed (3800) попадает и ладно, но что тогда происходит тут:
https://www.yfull.com/mtree/H4a1a1a/
formed 1200 ybp, TMRCA 650 ybp

и сразу же мы там видим два дДнк, где одному 900 лет, а второму 8200 (!) лет.

Ниже в субкладе таких примеров еще много:
британский с 2500 лет

H4a1a1a1a1
formed 375 ybp, TMRCA 150 ybp
дДнк - 1600 лет

H4a1a1a3
formed 650 ybp, TMRCA 500 ybp
дДнк - 1000 лет
H4a1a1a3a

formed 500 ybp, TMRCA 350 ybp
дДнк - 2800 лет

H4a1a1a6
formed 650 ybp, TMRCA 450 ybp
дДнк - 1000 лет и 3800 лет

Почему так ? Люди ведь смотрят на TMRCA, видят там 300-600 лет и радостно начинают строить легенды и связи с соседями, а на деле там и 8000 лет возможно - что выходит совсем за рамки возрастов всей группы в целом.
Понимаю что с мито обычные оценки возрастов мутаций не очень работают и разброс может быть велик, но неужели нельзя как-то формулу подкрутить или ввести проверки на возрасты от дДнк ?

[EWJGF]

Есть вопрос по поводу образцов.
Может кто-нибудь сказать откуда они,проект ли это чей то был, исследование.
https://www.yfull.com/arch-11.05/tree/R-FT92622/

[Sly]

Хотелось бы понять, в чем причины таких сильных фактических расхождений между TMRCA и образцами ?

Наверное самый показательный пример это сын Александра Невского
https://www.yfull.com/mtree/F1b1-a3a2a/
formed 3800 ybp, TMRCA 275 ybp
а сам образец 700 летней давности.

То есть, выходит что у всех 4 человек тут общий предок 275 лет назад, при том что один из них жил 700 лет назад ?

Ну допустим что в formed (3800) попадает и ладно, но что тогда происходит тут:
https://www.yfull.com/mtree/H4a1a1a/
formed 1200 ybp, TMRCA 650 ybp

и сразу же мы там видим два дДнк, где одному 900 лет, а второму 8200 (!) лет.

Ниже в субкладе таких примеров еще много:
британский с 2500 лет

H4a1a1a1a1
formed 375 ybp, TMRCA 150 ybp
дДнк - 1600 лет

H4a1a1a3
formed 650 ybp, TMRCA 500 ybp
дДнк - 1000 лет
H4a1a1a3a

formed 500 ybp, TMRCA 350 ybp
дДнк - 2800 лет

H4a1a1a6
formed 650 ybp, TMRCA 450 ybp
дДнк - 1000 лет и 3800 лет

Почему так ? Люди ведь смотрят на TMRCA, видят там 300-600 лет и радостно начинают строить легенды и связи с соседями, а на деле там и 8000 лет возможно - что выходит совсем за рамки возрастов всей группы в целом.
Понимаю что с мито обычные оценки возрастов мутаций не очень работают и разброс может быть велик, но неужели нельзя как-то формулу подкрутить или ввести проверки на возрасты от дДнк ?

Так там же указана 95% вероятность , так что ориентируйтесь по максимальным показателям возраста TMRCA

[AleksG]

Так там же указана 95% вероятность , так что ориентируйтесь по максимальным показателям возраста TMRCA

Читайте внимательней, я привожу примеры где даже максимальный показатель меньше фактического на несколько тысяч лет.

[Древ]

AleksG
По всей видимости, возраст рассчитан для этих дДНК как для живых наших современников.