АвторТема: YFULL.com - Интерпретация вашего полного сиквенса mtDNA  (Прочитано 56357 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Sadad113

  • Сообщений: 116
  • Страна: ru
  • Рейтинг +21/-0
  • Y-ДНК: I-Y189048
  • мтДНК: W6a2а
https://www.yfull.com/mtree/W6a2a/

Вот ветка где я нахожусь, я так понял это от 1150 до 100 диапазон с вероятностью 95 %?

Оффлайн Крутъ

  • Сообщений: 202
  • Страна: ru
  • Рейтинг +44/-0
  • Y-ДНК: R-PH3782 (UA - Poltavskaya)
  • мтДНК: H27a9 (RU - Inkeri)
можно ли как-то в YFull выводить список всех новых сэмплов, добавленных на дерево, например, сегодня?

Онлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17309
  • Страна: az
  • Рейтинг +6039/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Для тех, кто заказывал первые BigY тесты (более 10 лет назад) bam-файл предоставлялся бесплатно и вдобавок содержал полный митосеквенс. Эти данные в итоге могли быть загружены и на мито-древо Yfull.
Мои результаты гордо красуются там на ветви F2f1*
Направил запрос в FTDNA, чтобы залили полный митогеном из того bam-файла в мой профиль. (Из мито-тестов я заказывал себе лишь HVR1)
Там ответили, что миторезультаты, которые ранее включались в BAM-файлы являлись неполными и не проверялись контролем качества, поэтому рекомендуется заказать апгрейд.

Собственно вопрос: насколько верно их утверждение насчёт якобы неполного мито-секвенса из старого BAM-файла? Имеет ли практический смысл перезаказывать у них полный мито-секвенс?

Оффлайн Виталий77

  • Однодворец ищущий свои корни
  • Сообщений: 1556
  • Страна: ru
  • Рейтинг +501/-0
  • FTDNA: 297613
  • Y-ДНК: R1a-A7015
  • мтДНК: H13a1a1c
Для тех, кто заказывал первые BigY тесты (более 10 лет назад) bam-файл предоставлялся бесплатно и вдобавок содержал полный митосеквенс. Эти данные в итоге могли быть загружены и на мито-древо Yfull.
Мои результаты гордо красуются там на ветви F2f1*
Направил запрос в FTDNA, чтобы залили полный митогеном из того bam-файла в мой профиль. (Из мито-тестов я заказывал себе лишь HVR1)
Там ответили, что миторезультаты, которые ранее включались в BAM-файлы являлись неполными и не проверялись контролем качества, поэтому рекомендуется заказать апгрейд.

Собственно вопрос: насколько верно их утверждение насчёт якобы неполного мито-секвенса из старого BAM-файла? Имеет ли практический смысл перезаказывать у них полный мито-секвенс?
После заливки Big Y-500 в YFull и интерпретации результатов, где действительно выделили мне митогруппу - всё же заказал себе в FTDNA полный мито, чтобы в ЛК, да и у совпаденцев отражалась моя мито группа, ну и для поиска там же совпаденцев.
Результат подтвердился. Незнаю, как там по полноте содержания в ВАМе информации по ней, нужно наверное сравнивать результаты.

Оффлайн G-Man

  • Сообщений: 685
  • Страна: ru
  • Рейтинг +653/-1
  • Y-ДНК: G-Z6700
Farroukh, в тех файлах у многих есть непрочитанные позиции в мито.  Можно проверить тут  https://www.yfull.com/raw-data-stat/#t5-tab

В некоторых случаях это значительные пропуски, вроде No covered bp: 1893 from 16569

Онлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17309
  • Страна: az
  • Рейтинг +6039/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
У меня это ещё более значительный участок (2...16569):
All covered bp:   16567 from 16569   
No covered bp:   2 from 16569

В общем, надо апгрейднуть миту.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 6025
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4240/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
У меня это ещё более значительный участок (2...16569):
All covered bp:   16567 from 16569   
No covered bp:   2 from 16569

В общем, надо апгрейднуть миту.
Не верно. В данном случае непокрыто 2 ИЗ 16569. Эта 2 есть у всех, так как тут специфика сравнения двух митореференсов RSRS и rCRS. Как раз между ними разница 2 выпавших, скажем так, нуклеотида. То есть покрытие равно 100%. Можете скачать свою фасту из личного кабинета в YFull и проверить в ней количество и позиции символов N.

Если вспомнить историю вопроса, то в первом BigY до 1 апреля) 2015 года была инфа по мито и практически всегда оно было полным. Это баг/фича таргетного NGS тестирования. Что не тестируй, а мито все равно получишь). Но FTDNA не представляли этого, предоставляя ПОЛНЫЙ bam своим клиентам. Когда они увидели проседание продаж мито из-за того что у людей купивших bigy оно уже было, просто тупо стали его удалять из бама и предоставлять клиентам огрызок огрызка. Чтоб не создавать конкуренцию сами себе. Ну и звучал аргумент что у них нет процесса контроля качества по мито в баме, так как это не целевой продукт.

Онлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17309
  • Страна: az
  • Рейтинг +6039/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Благодарю за подробный ликбез!
Тогда просьба скорректировать английский текст в таком виде:

All covered bp:   16567 out of 16569   
No covered bp:   2 out of 16569

(Предлог from  здесь сбивает с толку).

Оффлайн AleksG

  • Maternal Y-DNA: R-L365->YP940>R-Y110693
  • Сообщений: 917
  • Страна: 00
  • Рейтинг +410/-4
  • Y-ДНК: Q-PH2513
  • мтДНК: U5a1a1a
Не верно. В данном случае непокрыто 2 ИЗ 16569. Эта 2 есть у всех

Точно у всех ?

Covered regions:   1-16569   
All covered bp:   16569 from 16569   
No covered bp:   0 from 16569

Оффлайн Allan

  • Сообщений: 124
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1/-1
Зашел на Mtdna дерево в Yfull, и там нет возрастов для ветвей с возрастом выше чем 20.000 лет.
Интересно когда будут?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.