YFULL.com - Интерпретация вашего полного сиквенса mtDNA

[Yaroslav]

Вот есть у меня совпадение близкое с научным образцом.
Как узнать ФИО и другие сведения этого научного образца?

https://www.yfull.com/mtree/H11a2a2b/

Ничего себе! Возраст ближайшего общего предка в генеалогических пределах ~75-225 лет!

Это какие результаты нужно иметь, чтобы получить такой возраст в mt-ДНК!

Если подняться на уровень выше - H11a2a2, то возраст в пределах ~225-425 лет, т.е. исторического периода, получился у британца, поляков, русских, финнов, чешского немца и даже одного армянина!

Das is fantastisch!)))

[Srkz]

Это какие результаты нужно иметь, чтобы получить такой возраст в mt-ДНК!

Если подняться на уровень выше - H11a2a2, то возраст в пределах ~225-425 лет, т.е. исторического периода, получился у британца, поляков, русских, финнов, чешского немца и даже одного армянина!

Das is fantastisch!)))

Сарказм ощущаю я словах в этих (хотя, возможно, он и не подразумевался)

[Semargl]

Вот есть у меня совпадение близкое с научным образцом.
Как узнать ФИО и другие сведения этого научного образца?

https://www.yfull.com/mtree/H11a2a2b/

По указанной Валерой ссылке можно через поиск найти подробности по некоторым научным мито.
В данном примере:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KY670995.1
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KY671059.1
Мы видим что эти два образца из Тульской области. Другой информации по ним нет, на то они и анонимные научные образцы. Хорошо хоть что указали область, а не только страну.
Статья:
Mitogenomic diversity in Russians and Poles
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28633069/
Я попрошу чтоб указали на дереве для этой статьи в добавок к стране регионы. При их наличии конечно.

[Semargl]

поищите эти аксешны тут

Спасибо, как раз там и смотрела в первую очередь, но не понятно чьи это клоны и откуда ...

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3322232/
"A “Copernican” Reassessment of the Human Mitochondrial DNA Tree from its Root"
Это статья Бехара из FTDNA. Насколько я помню, в статье не указана страна происхождения доноров. Это не дубли.

[Semargl]

Вот есть у меня совпадение близкое с научным образцом.
Как узнать ФИО и другие сведения этого научного образца?

https://www.yfull.com/mtree/H11a2a2b/

Ничего себе! Возраст ближайшего общего предка в генеалогических пределах ~75-225 лет!

Это какие результаты нужно иметь, чтобы получить такой возраст в mt-ДНК!

Если подняться на уровень выше - H11a2a2, то возраст в пределах ~225-425 лет, т.е. исторического периода, получился у британца, поляков, русских, финнов, чешского немца и даже одного армянина!

Das is fantastisch!)))

Спасибо, что заметили Причина банальная - мито заливается в автоматическом режиме с сервера NCBI. В генбанке отсутствует информация древний это образец или нет. Даже один древний образец может экстремально "омолодить" всю ветку, если мы не знаем о том, что это aDNA. У нас стараются отслеживать такие случаи, но при потоке тысяч образцов за раз не всегда это удается.
В данном случае взял на вскидку армянский образец из Карабаха. Оказался aDNA из статьи Маргаряна:
Eight Millennia of Matrilineal Genetic Continuity in the South Caucasus
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960982217306954
Передам. Должны будут отметить их как aDNA с указанием возраста. Возраст ветви должен будет пересчитаться.

[AVBaz]

По указанной Валерой ссылке можно через поиск найти подробности по некоторым научным мито.
В данном примере:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KY670995.1
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KY671059.1
Мы видим что эти два образца из Тульской области. Другой информации по ним нет, на то они и анонимные научные образцы. Хорошо хоть что указали область, а не только страну.
Статья:
Mitogenomic diversity in Russians and Poles
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28633069/
Я попрошу чтоб указали на дереве для этой статьи в добавок к стране регионы. При их наличии конечно.

Так совпало, что я как раз собирался написать в Yfull письмо с просьбой добавления географической привязки по одному образцу из этой статьи. Тем не менее письмо я всё-таки отправлю для надёжности Если кому-то нужен текст статьи - обращайтесь.

[raia]

  Насколько я помню, в статье не указана страна происхождения доноров. Это не дубли.

Для некоторых образцов имеются семплы идентификаторы   , а кто такие Tor?

[Semargl]

  Насколько я помню, в статье не указана страна происхождения доноров. Это не дубли.

Для некоторых образцов имеются семплы идентификаторы   , а кто такие Tor?

Это названия из статьи?
Искать нужно не в PopSet, а в базе Nucleotide:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JQ798071.1
Видим что образец из Греции.
Статья:
Mitochondrial DNA Signals of Late Glacial Recolonization of Europe from Near Eastern Refugia
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3376494/

[raia]

Спасибо большое. С греком -132 сразу поняла , по другим неустановленным образцам  от Бехара спрашивпла:
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22482806/
Submitted (23-FEB-2012) Molecular Medicine Laboratory, Rambam Health Care Campus, Efron 9 st, Haifa 31096, Israel
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JQ702278.1
JQ702278  16570 bp    DNA circular PRI 22-AUG-2016 DEFINITION  Homo sapiens clone 11783 mitochondrion, complete genome.
Это сами образцы от 2012 года или только открыли проект своей базы  в 2012 году? 22.08.2016 г. это дата завершения теста или размещения в базе?

[Yaroslav]

Сарказм ощущаю я словах в этих (хотя, возможно, он и не подразумевался)

Скорее скепсис.)

Такие небольшие возрасты и узкие интервалы, аж возрасты с интервалами Y-хромосомных интерпретаций могут обзавидоваться.)))

Если не ошибаюсь, здесь на форуме вроде бы говорилось, что полное совпадение в HVR I + HVR II + CR может быть как у двух бартьев/сестёр, так и у двух персон с ближайшим общим предком, жившим ~3500 лет назад. Хотя, может это в rCRS, а в RSRS пошустрее, так как в ней снипов побольше.

Не понимаю пока методику YFull, как они считают возрасты в мтДНК, всё некогда поглубже вникнуть в секцию Оценка возраста в мтДНК.

[AleksG]

В связи с вышесказанным, а вот такое нормально ?
https://www.yfull.com/mtree/X2j/

[митохондрия]

Добрый день!
Подала заявку в чат митогруппы T2. Не принимают.
Там 102 участника. Хочется узнать, о чем там болтают.

[nilogov]

А почему на мтдреве поменялась аббревиатура в самом корне, где неандертальцы и современные люди? Было NM, а стало MN?

[Farharaji]

Там оч. много всего поменялось -в моей U5b1е1 все с ног на голову перевернулось.Уже ко всем этим изменениям философски относишься. Бета версия, анде конструкт или как-то так. Всё всегда меняется

[Semargl]

А почему на мтдреве поменялась аббревиатура в самом корне, где неандертальцы и современные люди? Было NM, а стало MN?

Емнип, привели в соответствие с научной систематикой. Наше дерево создавалось независимо, но оказалось что в плане неандертальцев и денисовцев оно полностью совпало с научным, которое опубликовали не так давно.