YFULL.com - Интерпретация вашего полного сиквенса mtDNA

[Valery]

Гаплогруппа встречается только у евреев и их потомков. Причем пишут, что к ашкеназам она попала от сефардов. Интересно было бы узнать, что говорят эксперты yfull.

Я конечно не эксперт YFull, но по своим данным не вижу, как вы нашли связь H8 с ашкеназами и евреями вообще. Среди 3100 доступных мне ГВС сиквенсов евреев всех общин нет ни одного H8, откуда имеем верхнюю границу unseen allele frequency < 0.1% на уровне достоверности 0.95 и < 0.15% на уровне 0.99. Для ашкеназов, которых в базе 1335, соответствующие величины будут < 0.23% и 0.35%. Выборка включает и 600 полных ашкеназских сиквенса, где повторяю нет ни одного H8. Исключительно редка H8 и у русских-укр-белорусов, порядка 0.05% и ввиду большого размера базы верхней границей уровня 0.95 будет 0.13%. В значимых количествах H8 бывает в Италии, на Балканах 0.65% и Ю.Сибири 1.9% (мировой максимум - алтайцы, хакасы). Ну может в каких-то отдельных ближневосточных популяциях, лень смотреть пристально.

[Valery]

Или, прошу прощения, я опять ничерта не понял и вы это не про H8, и это старые дела с сефардской T?

[митохондрия]

Или, прошу прощения, я опять ничерта не понял и вы это не про H8, и это старые дела с сефардской T?

Про t2e1b.
 Прошу прощения, я не уточнила, про какую гаплогруппу идёт речь.

[lamanoff]

Здравствуйте. Сколько обычно нужно ждать результатов после отправки BAMа?

[Semargl]

Здравствуйте. Сколько обычно нужно ждать результатов после отправки BAMа?

Это тема по mtDNA. А по BigY сейчас ждать 1-2 дня.

[nilogov]

Подскажите: если в референсном геноме в позиции стоит С, то комплементарно ему G. А если вместо С есть замена на Т, то в комплементарной цепи для этого Т будет А или по-прежнему G?

[Saken]

В группе на ФБ народ пишет что в встроенным браузере, помимо Hg19 и Hg38, появились координаты последней версии сборки генома, - Chm13 v1.1. Круто!

[nilogov]

В группе на ФБ народ пишет что в встроенным браузере, помимо Hg19 и Hg38, появились координаты последней версии сборки генома, - Chm13 v1.1. Круто!

А в каком именно браузере?

[nilogov]

В группе на ФБ народ пишет что в встроенным браузере, помимо Hg19 и Hg38, появились координаты последней версии сборки генома, - Chm13 v1.1. Круто!

А тут вроде написано, что игрек не включен в этот референс, так как донором была женщина: https://habr.com/ru/news/t/561668/

[maxi]

На YFull MTree стоит under construction, с чем это связано?

[Valery]

Подскажите: если в референсном геноме в позиции стоит С, то комплементарно ему G. А если вместо С есть замена на Т, то в комплементарной цепи для этого Т будет А или по-прежнему G?

Конечно A будет. Репараза устанавливает состояние в комплементарное: либо откатится, либо будет мутантным, но консистентным.

[nilogov]

Подскажите: если в референсном геноме в позиции стоит С, то комплементарно ему G. А если вместо С есть замена на Т, то в комплементарной цепи для этого Т будет А или по-прежнему G?

Конечно A будет. Репараза устанавливает состояние в комплементарное: либо откатится, либо будет мутантным, но консистентным.

Спасибо! В общем, свойство комплементарности незыблемо…

[Semargl]

На YFull MTree стоит under construction, с чем это связано?

Еще не вышел первый полный релиз дерева. Идет перепроверка всех узлов, добавление тысяч новых субклад и т.п. Очень много новых данных.

[Навля]

Подскажите, на сайте полно всяких ископаемых образцов, в тоже время о них никакой информации практически нет.
Это страна, возраст и другие характеристики...
Может теперь будут писать подробную информацию об таких образцах или ссылку делать на ресурс на YFULL.com.

[Tora_sama]

Просьба добавить к образцу id:KY670969.1 рядом с флагом России Тульскую область.
https://www.yfull.com/mtree/T2b3-a2a/
KY670969 Genomic DNA Translation: ASC46246.1
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/ASC46246

И заодно у образца из соседнего субуклада просьба добавить Англию и датировку. Это из недавней работы о миграции из контенента на острова в бронзовом веке.
https://www.yfull.com/mtree/T2b3-a2b/
I21178 England_MIA 2250