АвторТема: YFULL.com - Интерпретация вашего полного сиквенса mtDNA  (Прочитано 22001 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн G-Man

  • Сообщений: 425
  • Страна: ru
  • Рейтинг +293/-1
  • Y-ДНК: G-Z6653
Появились на М-дереве. Спасибо

Также было бы интересно увидеть там образцы из этой работы
https://www.yfull.com/samples-from-paper/10/

Оффлайн TAPAHTAC

  • Сообщений: 214
  • Страна: cy
  • Рейтинг +63/-0
  • Интересы: I2-Y12911; G2-Y12975
  • Y-ДНК: J1-BY76
  • мтДНК: H1b1a
Вот никогда раньше ничего про mtDNA не спрашивал, а тут сразу 2 вопроса.

1)   Во мне (по версии FTDNA) есть мутация: A2163R. Что означает буква «R» в этом слове?
В фасте я эту букву вижу, но в интерпретации YFull (id:YF01470) эта ситуация никак не отражена.
У меня в нет ни одного 0-совпаденца, что вобщем-то странно, и я грешу на эту «кривую» мутацию. Может она и не мутация, а Reject какой-нибудь?

2)   Образцы id:YF01470 и id:YF64356 обладают одной общей приватной мутацией A5894AC. В расчёт возраста она вошла, т.е. вполне себе приличная.
Значит ли это, что мы можем претендовать на «семейную» подветвь ниже H1b1a, или mt-дерево строится как-то не так, как Y-дерево?

Заранее благодарен за убитое на  меня время.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
R = {A, G}
как именно получен сиквенс? это фулл мито сэнгеровского типа, или это консенсус-фаста из биг-у бама? В первом случае наверняка гетероплазмия. С вероятностью ок 100% можно игнорить при поиске матчей. Во втором случае с еще большей вероятностью  ;D можно игнорить, тк NGS доносит не только гетероплазмию, но и имеет собственные артефакты множественных чтений.

Оффлайн TAPAHTAC

  • Сообщений: 214
  • Страна: cy
  • Рейтинг +63/-0
  • Интересы: I2-Y12911; G2-Y12975
  • Y-ДНК: J1-BY76
  • мтДНК: H1b1a
как именно получен сиквенс? это фулл мито сэнгеровского типа, или это консенсус-фаста из биг-у бама?
В первом случае наверняка гетероплазмия. С вероятностью ок 100% можно игнорить при поиске матчей.
Спасибо за ответ.
Это результат фулл мито. Т.е., выходит, что вполне имеющая смысл буква, означающая двойственность натуры.
Почему следует игнорировать? Это не передаётся по наследству?
В любом случае поиском матчей занимаюсь не я, а владелец базы образцов (FTDNA/YFull).
Какова политика YFull, мы возможно ещё услышим в этой теме, а в FTDNA, видимо, придётся писать запрос на тему, как они там относятся к гетероплазмии, и знают ли они вообще, что этот такое.
Разве что, кто-то уже их спрашивал и поделится знанием. Хотя, было бы логично, отвечая на гетероплазмический вопрос, отвечать одним одно, другим другое.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Это результат фулл мито. Т.е., выходит, что вполне имеющая смысл буква, означающая двойственность натуры.

Скорее не натуры, а человеческого знания. На практике, в связи с несовершенством оборудования, нуклеотидов не 4 а 15 - по числу непустых подмножеств {A,G,T,C}.

Почему следует игнорировать? Это не передаётся по наследству?

передается, но по отдельному тесту, даже зная % каждого типа во взятом материале, нельзя предсказать, как выпадут карты в джермлайне. Гетероплазмия может возникнуть в какой-то одной субпопуляции митохондрий и затухнуть без следа, а может дать у ребенка новую мутацию в фиксированном (гомоплазмическом) состоянии, если это девочка, то она может стать основательницей новой ветви. Все новые ветви возникают именно так, через гетероплазмию. Надо постоянно иметь в виду, что в отличие от аутосом, эмбрион имеет с самого начала сотни тысяч копий мт, в которых обязательно есть какая-то, хотя бы минорная, гетероплазмия.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
На практике, в связи с несовершенством оборудования, нуклеотидов не 4 а 15 - по числу непустых подмножеств {A,G,T,C}.

Дополнительные 11 букв называются IUPAC ambiguity codes, по русски - консенсусные символы.

NB! В NGS данных содержится вся необходимая информация, какие аллели были прочитаны, но при выводе используется только один амбигьюити код - N. То есть скажем, прочитав BAM/SAM либо VCF, оттуда можно выудить, что в той или иной позиции есть T либо C, значит консенсус Y, однако синтаксис NGS-файлов запрещает более точный символ Y, требуя писать более общий N. Это следует иметь в виду - если нужны подробности, надо лезть внутрь и смотреть что там за N. Если же оборудование NGS не смогло прочитать нуклеотид, то узнать уже никак нельзя - он будет N даже в fastq, в то время как сэнгеровская fasta допускает все амбигьюити на уровне машины, тк в норме на трейсе видно несколько разноцветных пиков в одной позиции.
 

Оффлайн Панк

  • Сообщений: 1218
  • Страна: ua
  • Рейтинг +543/-1
  • Y-ДНК: R-M198 [RUS]
  • мтДНК: H [UKR]
На дереве H9a появился научный образец  id:EG600088new
https://www.yfull.com/mtree/H9a/

Большая просьба поставить ему страну происхождения и область - Закарпатье, Мукачево
Спасибо!
88 M yes yes no 48°26'25.2"N 22°43'17.3"E 48.440321, 22.721470 no No No Yes Yes mixed

Оффлайн Панк

  • Сообщений: 1218
  • Страна: ua
  • Рейтинг +543/-1
  • Y-ДНК: R-M198 [RUS]
  • мтДНК: H [UKR]
Еще одна просьба    :)
Можна попросить создать мито группу  H9a  для владельца  id: YF80277
И добавить туда научный образец  EG600088

Оффлайн Белгородец

  • Сообщений: 104
  • Страна: ru
  • Рейтинг +43/-0
  • Y-ДНК: I1-Z63-PR683
  • мтДНК: U4a2g
Я сам на YFull образовал новую ветку U4a2g1. 
Это случилось из-за того, что я попал дважды на YFull.
Первый раз YFull поместил мои данные на мито-древо после анализа результатов Big Y.
А во второй раз мои данные попали на древо после того, как YFull разместил у себя на древе результаты моего FMS теста, которые я предоставил Genbank.
Мой возраст 1750 лет!
В моей ветке YFull нашел следующие мутации G143A (есть у большинства носителей U4a), T310d (обнаружена у 20 моих кузенах U4a2g, в основном, из России и Финляндии), G513GCA (этой мутации почему-то нет в моих Extra Mutations; никто не знает причины?) и T12438C (моя частная мутация, я собираюсь протестировать свою двоюродную тетю, чтобы оценить возраст этой мутации).
Мои же Extra Mutations 522.1A, 522.2C, 522.3A, 522.4C со странички ФТДНА на YFull не представлены.


Оффлайн Julia YFull

  • Сообщений: 1
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2/-0
Мы перевели эти два образца на одну персону, чтобы они больше не могли создать ветку, и удалили субклад U4a2g1. Теперь Ваши образцы находятся  в ветке U4a2g*. В extra mutations у Вас указана G513GCA!! А с мутацией G143A скорее всего будет добавлена ветка ниже U4a2g c однозвездочной степенью достоверности позже.

Оффлайн Белгородец

  • Сообщений: 104
  • Страна: ru
  • Рейтинг +43/-0
  • Y-ДНК: I1-Z63-PR683
  • мтДНК: U4a2g
Спасибо за объединение двух образцов.

Извиняюсь, что не совсем наглядно выразил свои мысли.
Мутации G513GCA (или G513GCA!!), которая у меня есть на YFull, нет в разделе еxtra mutations моей странички на сайте ФТДНА.

Постараюсь уговорить кого-нибудь из моих многочисленных кузенов с мутацией T310d добавить свои результаты на древо YFull, чтобы мы образовали новую ветку. Интересно узнать, какой будет возраст этой ветки на древе YFull.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100