YFULL.com - Интерпретация вашего полного сиквенса mtDNA

[Шад]

А ветви "со звезочкой" типа https://www.yfull.com/mtree/J1c2*/ это уже обработанные ветви (то есть оснований для дальнейшей группировки нет и все образцы пока уникальные, с общим терминальным снипом на уровне J1c2) или данные там еще будут анализироваться?

[Виталий77]

Я понимаю, сейчас нахлынул поток вопросов и рекомендаций, но вопрос: как сделать, чтобы на дереве отражался реальный id ?

И нужно ли заменять результаты интерпретации YFull на FASTA из FTDNA?

Нужно "Заменить mtDNA из NGS в FASTA"?

Спасибо!

[Шад]

Я понимаю, сейчас нахлынул поток вопросов и рекомендаций, но вопрос: как сделать, чтобы на дереве отражался реальный id ?

И нужно ли заменять результаты интерпретации YFull на FASTA из FTDNA?

Нужно "Заменить mtDNA из NGS в FASTA"?

Спасибо!

В настройках теперь появились вкладки - игрек и мито. Переходите на мито и в настройках устанавливаете номер набора.

[Sylvester]

Я понимаю, сейчас нахлынул поток вопросов и рекомендаций, но вопрос: как сделать, чтобы на дереве отражался реальный id ?

И нужно ли заменять результаты интерпретации YFull на FASTA из FTDNA?

Нужно "Заменить mtDNA из NGS в FASTA"?

Спасибо!

В настройках теперь появились вкладки - игрек и мито. Переходите на мито и в настройках устанавливаете номер набора.

и галочку не забудьте поставить

[vad245]

Ой. А ведь я наверное попал.
Я загрузил несколько китов мт, для которых еще Биги не готовы.
И как я понимаю, мне потом придётся за них ещё доплатить по 49$ помимо мт, так?
Т.е. для Y-китов мт бесплатен, а вот будет ли скидка для тех, кто сначала заплатил за мт?

[Semargl]

Ой. А ведь я наверное попал.
Я загрузил несколько китов мт, для которых еще Биги не готовы.
И как я понимаю, мне потом придётся за них ещё доплатить по 49$ помимо мт, так?
Т.е. для Y-китов мт бесплатен, а вот будет ли скидка для тех, кто сначала заплатил за мт?

"от перемены мест слагаемых...". Логично сделать скидку и в другую сторону. Это сейчас обсуждается, но в ближайший месяц есть проблемы технического характера по приему доплат.
Если Y будут готовы раньше - пишите напрямую. Там решат.

[Semargl]

Я понимаю, сейчас нахлынул поток вопросов и рекомендаций, но вопрос: как сделать, чтобы на дереве отражался реальный id ?

И нужно ли заменять результаты интерпретации YFull на FASTA из FTDNA?

Нужно "Заменить mtDNA из NGS в FASTA"?

Спасибо!

Заменять рекомендуется. Разные технологии, соответственно разное качество .

[Semargl]

А ветви "со звезочкой" типа https://www.yfull.com/mtree/J1c2*/ это уже обработанные ветви (то есть оснований для дальнейшей группировки нет и все образцы пока уникальные, с общим терминальным снипом на уровне J1c2) или данные там еще будут анализироваться?

Новых ветвей только по старым данным несколько тысяч. Они все еще добавляются. Хотя по новым, только что загруженным образцам уже было автоматтически создано несколько ветвей.

[TK]

А ветви "со звезочкой" типа https://www.yfull.com/mtree/J1c2*/ это уже обработанные ветви (то есть оснований для дальнейшей группировки нет и все образцы пока уникальные, с общим терминальным снипом на уровне J1c2) или данные там еще будут анализироваться?

Новых ветвей только по старым данным несколько тысяч. Они все еще добавляются. Хотя по новым, только что загруженным образцам уже было создано несколько ветвей.

Супер - пошли новые субклады.
И стало интересно: когда закончатся буквы (a-z), то как новые субклады дальше будут именоваться?
Например, для того же J1c2 (https://www.yfull.com/mtree/J1c2/) уже появился J1c2x (новый, как я понимаю).
Осталось две буквы - y и z?

Обновлено: кажется, сам же нашел ответ - после z будет что-то типа aa (то есть, например, J1c2aa)

[vad245]

Что-то некоторые киты подвисли, даже "оплатить" не высвечивается.
Напрмер, YF19110, YF19328.

[TK]

Вопрос по функционалу для mtDNA:
Например, у меня один из образцов относится строго к уже упомянутой J1c2, причем без каких-либо дополнительных (приватных) снипов!
Соответственно, новый субклад для данного образца никак "не светит", в любой перспективе.
Что даст обработка в YFull для данного образца? Хотелось бы это знать перед тем, как размещать заказ.

Я могу предположить следующие вещи:
1. Я смогу сам сравнивать свой образец с другими J1c2*, сравнивая в том числе, например, "мусорные снипы" (как то 309.1C, 315.1C, 16519C и т.д.)
2. Я смогу переписываться с людьми, управляющими другими образцами (при их желании, конечно).
3. Я смогу быть членом проекта, например, J1c (при его наличии, конечно).
4. Что-то иное? (например, мой образец просто позволит уточнить TMRCA или его точность)

[TK]

Замечание (пример) по выделению новых субкладов mtDNA.
В ветке R2b (https://www.yfull.com/mtree/r2b/) появился новый субклад R2b2.

Однако, среди определяющих новый субклад снипов перечислены не все снипы, которые есть у всех 4 представленных в нём образцов.
Так, новую ветку (R2b2) определяют: T10410C G15884A A16037G T16172C.
Но отсутствует снип A13434G, хотя он
1. Есть у всех образцов нового субклада.
2. Есть у иных образцов, которые в будущем разделят субклад R2b2 на новые субклады (например, частный образец MH546075 GenBank'а)
3. Не является мусорным и встречается как определяющий у иных субкладов других веток (например, J1c5d, R2d, U5b2c1 и др.).
4. Отсутствует у других образцов родительского субклада (R2b).
Интересно понять, почему он не был выделен для данного субклада?

[Farroukh]

Просьба к администрации сайта. Исправьте опечатку в разделе настроек.
Самый дальний предок (вместо "дальный") должно быть, а то как-то не по-русски.

[Semargl]

Просьба к администрации сайта. Исправьте опечатку в разделе настроек.
Самый дальний предок (вместо "дальный") должно быть, а то как-то не по-русски.

Должна исправиться.

[Semargl]

Вопрос по функционалу для mtDNA:
Например, у меня один из образцов относится строго к уже упомянутой J1c2, причем без каких-либо дополнительных (приватных) снипов!
Соответственно, новый субклад для данного образца никак "не светит", в любой перспективе.
Что даст обработка в YFull для данного образца? Хотелось бы это знать перед тем, как размещать заказ.

Я могу предположить следующие вещи:
1. Я смогу сам сравнивать свой образец с другими J1c2*, сравнивая в том числе, например, "мусорные снипы" (как то 309.1C, 315.1C, 16519C и т.д.)
2. Я смогу переписываться с людьми, управляющими другими образцами (при их желании, конечно).
3. Я смогу быть членом проекта, например, J1c (при его наличии, конечно).
4. Что-то иное? (например, мой образец просто позволит уточнить TMRCA или его точность)

2. Система приватных сообщений будет внедрена и для мито в полном объеме, как только будет переписана под более строгие правила приватности.
Сейчас можно переписываться с владельцами других образцов, только если они убрали временный ID в настройках MT. Для этого надо установить чекбокс "Show YFull ID on MTree".

3. mtDNA проекты в разработке. В дальнейшем планируется функционал похожий на функционал проектов Y. Проверка позиции на дереве и тп