АвторТема: YFULL.com - Интерпретация вашего полного сиквенса mtDNA  (Прочитано 39821 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 8130
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1007/-7
  • Ultimate Matriarchy
Гаплогруппа встречается только у евреев и их потомков. Причем пишут, что к ашкеназам она попала от сефардов. Интересно было бы узнать, что говорят эксперты yfull.

Я конечно не эксперт YFull, но по своим данным не вижу, как вы нашли связь H8 с ашкеназами и евреями вообще. Среди 3100 доступных мне ГВС сиквенсов евреев всех общин нет ни одного H8, откуда имеем верхнюю границу unseen allele frequency < 0.1% на уровне достоверности 0.95 и < 0.15% на уровне 0.99. Для ашкеназов, которых в базе 1335, соответствующие величины будут < 0.23% и 0.35%. Выборка включает и 600 полных ашкеназских сиквенса, где повторяю нет ни одного H8. Исключительно редка H8 и у русских-укр-белорусов, порядка 0.05% и ввиду большого размера базы верхней границей уровня 0.95 будет 0.13%. В значимых количествах H8 бывает в Италии, на Балканах 0.65% и Ю.Сибири 1.9% (мировой максимум - алтайцы, хакасы). Ну может в каких-то отдельных ближневосточных популяциях, лень смотреть пристально.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 8130
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1007/-7
  • Ultimate Matriarchy
Или, прошу прощения, я опять ничерта не понял и вы это не про H8, и это старые дела с сефардской T?

Оффлайн митохондрия

  • Сообщений: 1154
  • Страна: 00
  • Рейтинг +154/-1
  • Y-ДНК: супруг:J1, отец: I2a 'Dinaric-N' (I-S17250)
  • мтДНК: H8c- (T152C!) G13711A , T2e1b и HV0a1*
Или, прошу прощения, я опять ничерта не понял и вы это не про H8, и это старые дела с сефардской T?

Про t2e1b.
 Прошу прощения, я не уточнила, про какую гаплогруппу идёт речь.

Оффлайн lamanoff

  • Сообщений: 31
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-0
  • Y-ДНК: I-Y13339 (I-BY80850)
Здравствуйте. Сколько обычно нужно ждать результатов после отправки BAMа?

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5707
  • Страна: cn
  • Рейтинг +3640/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Здравствуйте. Сколько обычно нужно ждать результатов после отправки BAMа?
Это тема по mtDNA. А по BigY сейчас ждать 1-2 дня.

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1361
  • Страна: ru
  • Рейтинг +94/-3
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Подскажите: если в референсном геноме в позиции стоит С, то комплементарно ему G. А если вместо С есть замена на Т, то в комплементарной цепи для этого Т будет А или по-прежнему G?

Онлайн Saken

  • Сообщений: 428
  • Страна: kz
  • Рейтинг +251/-0
  • YFull: YF79031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b
В группе на ФБ народ пишет что в встроенным браузере, помимо Hg19 и Hg38, появились координаты последней версии сборки генома, - Chm13 v1.1. Круто!

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1361
  • Страна: ru
  • Рейтинг +94/-3
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
В группе на ФБ народ пишет что в встроенным браузере, помимо Hg19 и Hg38, появились координаты последней версии сборки генома, - Chm13 v1.1. Круто!
А в каком именно браузере?

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1361
  • Страна: ru
  • Рейтинг +94/-3
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
В группе на ФБ народ пишет что в встроенным браузере, помимо Hg19 и Hg38, появились координаты последней версии сборки генома, - Chm13 v1.1. Круто!
А тут вроде написано, что игрек не включен в этот референс, так как донором была женщина: https://habr.com/ru/news/t/561668/

Оффлайн maxi

  • Сообщений: 35
  • Рейтинг +24/-0
  • Y-ДНК: I-Y5282
  • мтДНК: H5'36
На YFull MTree стоит under construction, с чем это связано?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 8130
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1007/-7
  • Ultimate Matriarchy
Подскажите: если в референсном геноме в позиции стоит С, то комплементарно ему G. А если вместо С есть замена на Т, то в комплементарной цепи для этого Т будет А или по-прежнему G?

Конечно A будет. Репараза устанавливает состояние в комплементарное: либо откатится, либо будет мутантным, но консистентным.

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1361
  • Страна: ru
  • Рейтинг +94/-3
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Подскажите: если в референсном геноме в позиции стоит С, то комплементарно ему G. А если вместо С есть замена на Т, то в комплементарной цепи для этого Т будет А или по-прежнему G?

Конечно A будет. Репараза устанавливает состояние в комплементарное: либо откатится, либо будет мутантным, но консистентным.
Спасибо! В общем, свойство комплементарности незыблемо…

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5707
  • Страна: cn
  • Рейтинг +3640/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
На YFull MTree стоит under construction, с чем это связано?
Еще не вышел первый полный релиз дерева. Идет перепроверка всех узлов, добавление тысяч новых субклад и т.п. Очень много новых данных.

Оффлайн Навля

  • R1a-Y2902
  • Сообщений: 314
  • Страна: cs
  • Рейтинг +217/-1
  • Y-ДНК: R1a-Z645-Z280-Y2902-Y35272
  • мтДНК: HV4a1-a*
Подскажите, на сайте полно всяких ископаемых образцов, в тоже время о них никакой информации практически нет.
Это страна, возраст и другие характеристики...
Может теперь будут писать подробную информацию об таких образцах или ссылку делать на ресурс на YFULL.com.


Оффлайн Tora_sama

  • Сообщений: 654
  • Страна: ru
  • Рейтинг +287/-0
  • Y-ДНК: E-Y184711
  • мтДНК: H1b2g
Просьба добавить к образцу id:KY670969.1 рядом с флагом России Тульскую область.
https://www.yfull.com/mtree/T2b3-a2a/
KY670969 Genomic DNA Translation: ASC46246.1
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/ASC46246

И заодно у образца из соседнего субуклада просьба добавить Англию и датировку. Это из недавней работы о миграции из контенента на острова в бронзовом веке.
https://www.yfull.com/mtree/T2b3-a2b/
I21178 England_MIA 2250
« Последнее редактирование: 11 Январь 2022, 19:04:05 от Tora_sama »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.