YFULL.com - Интерпретация вашего полного сиквенса mtDNA

[Valery]

Мои поздравления команде YFull! Класс!

[Людмила]

 Я тоже поздравляю с мито—Древом!
Из вопроса Шада поняла, что вы наносили на Древо и образцы из Генбанка. Но я не нашла образец своего отца (маму еше не проверила). Он в NCBI под № HQ405767. И есть запись — этнически русский.

[Виталий77]

Доброе утро!
Не нахожу на дереве своих данных из Генбанка, не вижу себя по результатам интерпретации и по Big Y...
Нужно "Заменить mtDNA из NGS в FASTA"?

[R1a-Stolin]

Из вопроса Шада поняла, что вы наносили на Древо и образцы из Генбанка. Но я не нашла образец своего отца

Идентично, нет моего образца из Генбанка, так что буду добавлять сам.

[Elena V]

Из вопроса Шада поняла, что вы наносили на Древо и образцы из Генбанка. Но я не нашла образец своего отца (маму еше не проверила). Он в NCBI под № HQ405767. И есть запись — этнически русский.

Аналогично, мой образец в NCBI под № GU808335 - этнически русский.

[redisik]

не увидела маминого из генбанка (MK408598 ) загрузила по ссылки автора темы (там где 25 долларов)  ftdna номер IN30059, надеюсь дубляжа не будет)
образец русский с севера ростовской области

[ochkas]

YF11451. Попробовал загрузить файл FASTA, пришло оповещение, что образец не прошёл контроль качества. Хочу попробовать снова загрузить файл, может я что не так делал, но к сожалению повторная загрузка в YFull не возможна(

[Панк]

Подскажите, пожалуйста, по прежним клиентам с игреком
Если в одном акаунте загружено несколько игреков, то бесплатный анализ касается одного акаунта, или каждого загруженного игрека?
Спасибо!

[TK]

Мы взяли за основу дерево PhyloTree версии 17, на которой было 5435 ветви

Я бегло сверил с данными Логана - по крайней мере по HV1b2 несколько образцов не попало на дерево.
http://www.ianlogan.co.uk/sequences_by_group/hv1_genbank_sequences.htm

Добавлены все семплы, которые не являются дублями и не являются загруженными напрямую из FTDNA.

Жаль, что не загружается часть образцов из NCBI. Пусть они и числятся загруженными туда из FTDNA - но в других научных работах их можно использовать наравне с иными публичными образцами.
Честно говоря, не понимаю такой дискриминации образцов. Если есть опасение дублей, то это наверняка можно дополнительно анализировать.

[redisik]

YF11451. Попробовал загрузить файл FASTA, пришло оповещение, что образец не прошёл контроль качества. Хочу попробовать снова загрузить файл, может я что не так делал, но к сожалению повторная загрузка в YFull не возможна(

аналогично... только что пришел ответ что не прошел контроль качества(

[ankr21]

Есть просьба и некоторые уточнения по моей родной гапле U3b.
1)   Нельзя ли образцы EF660959(Italy), KJ856691(Belarusian), KJ856702(Belarusian), KJ856707(Belarusian), MH120568(Poland) и мой YF04031RUS [RU-NVS] выделить в отдельную ветвь под U3b1b? Нас всех объединяет устойчивая мутация T8867C.
2)   Образец KJ856829.1(Poland), цыганские: KF055871.1, KF055875.1, KF055879.1, KF055884.1, KF055889.1 и испанские: KY411474.1, KY411475.1, KY411476.1 а также KY411477.1 (Jor) и JQ703911.1 – это все U3b1c. A2833G, T8895C, T12738C. Правда у образца из Иордании двух последних мутаций нет.
3)   MF362716.1 – arm34, MF362717.1 – arm36, MF362725.1 – arm44, MF362731.1 – arm51, MF362693.1 – arm11. Это, если не ошибаюсь, древняя ДНК из статьи https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(17)30695-4 Table S1.

[Semargl]

После запуска были обнаружены некоторые неожиданные ошибки, которые возникали с определенным форматом файлов FASTA от FTDNA, выпущенных в определенный промежуток времени.
Ошибки исправляются. Думаю в 1-2 дня все будет отлажено.

[Semargl]

Подскажите, пожалуйста, по прежним клиентам с игреком
Если в одном акаунте загружено несколько игреков, то бесплатный анализ касается одного акаунта, или каждого загруженного игрека?
Спасибо!

Каждого игрека. На один игрек можно однократно загрузить одну FASTA. Она привязывается к аккаунту и не может быть удалена или перезагружена без ручного вмешательства..

[Semargl]

Про ГенБанк. Загружаются все образцы из научных публикаций. Персональные файлы не загружаются чтобы не нарушить чью-то приватность.

[Шад]

Когда планируется расставить метаданные (страна происхождения) по образцам из Генбанка?


Данные с 23&Me могут быть загружены для анализа?

При возможности извлечения - устанавливается страна. Но следует учесть что подавляющее большинство не имеет идентификатора страны, а если имеет, то в формате "племя тумба-юмбо с дальней заставы".

Ну не совсем.
Вот здесь нет метаданых.
https://www.yfull.com/mtree/HV1b2/

А у Логана есть:
JQ703090 (Ukraine) Behar
JQ703250 (Lithuania-Ashkenazi) Behar
JQ703415 (Lithuania-Ashkenazi) Behar
JQ705004 (Poland) Behar

Ну а вообще обнадеживает - в ветви уже четыре загрузки новых данных... Может и продвинемся дальше в части субкладов.