Добрый вечер! Когда буду за машиной где стоит Виндоуз - обязательно взгляну. Небольшая просьба - пожалуйста, уточните несколько моментов.
1) По какой лицензии будет распространяться программа? Если она будет поставляться бесплатно областным СМЭ - одно дело, если же это исключительно коммерческая разработка РЦСМЭ - совсем другое.
2) В чем заключается тест? От фонаря, первое что приходит в голову:
- охват Вашей базы, скажем сколько в ней русских образцов? западноевропейских? Популяции бывшего СССР?
- Полиморфизмы кодирующей части молекулы? Если нет то это конечно плохо, если есть - то как представлены - в виде ПДРФ или готовые буковки? Можно ли считать частоту гаплотипа ГВС1+ГВС2+снип в кодирующей части? Или ГВС1+ГВС2+гаплогруппа?
- Качество выравнивания? Дополнительные фичи?
- Могу ли я скажем считать частоту по составному участку из любого набора контигов, скажем хочу ГВС1 с сайта 16075 до 16410 с вырезанным С-трактом?
- Качество описания популяций? Если в использованной публикации было написано "французы в 3м поколении" то я увижу эту информацию в базе?
- Степень автоматизации процесса. Я скормил программе трейс, говорю дай частоту в таджикской популяции - и вижу результат
сразу 
По каждому из этих пунктов проверять серьезный продукт можно долго. Уточните пожалуйста что для Вас важнее.