YFULL.com - Интерпретация вашего полного сиквенса mtDNA

[Semargl]

YFull Team предлагает новую услугу: анализ mitoDNA FASTA файлов, с показом матчей, изменением дерева и вычислением возраста каждой ветви.
Мы взяли за основу дерево PhyloTree версии 17, на которой было 5435 ветви. Мы уже добавили несколько сотен ветвей и в ближайшие дни добавим еще. Всего мы планируем добавить не менее 2000 ветвей с использованием уже имеющихся данных. Сейчас у нас в базе данных 46803 коммерческих и научных образцов. Присылайте свои образцы и мы разовьем митодерево еще больше. Стоимость анализа только мито составляет 25 долларов. Стоимость анализа мито и игрека одного человека остается прежней, 49 долларов. Для всех наших прежних клиентов с игреком мы проанализируем их митоДНК бесплатно - советуем загрузить результаты mtFull Sequence / mtComplete. Для мито они полнее и точнее NGS

YFull Team offers a new service: analysis of mitoDNA FASTA files, showing matches, changing the tree and estimating an age of each subclade.
Our MTree is based the last version of PhyloTree v17 (18 Feb 2016) with 5435 subclades. We have already added several hundred subclades and we will add more in the coming days. In total, we plan to add at least 2,000 branches using existing data. Now we have 46803 commercial and scientific samples in our database. Send us your sample and we will develop the MTree even more. The cost of our analysis of only mitoDNA data is $25. The cost of the analysis of mitoDNA data and Y chromosome data remains the same 49 dollars. For all our previous clients with Y chromosome data we will analyze one his mitoDNA data fo free. We recommend upload the results of mtFullSequence / mtComplete. For mitoDNA they are fuller and more accurate than NGS.
https://www.yfull.com/orderm/

Ссылка на дерево https://www.yfull.com/mtree/

[Sarkhan Bashirov]

Можно узнать, по какой методике рассчитываются возраста ветвей в случае с мито (учитывая, что там мутации происходят не так часто, как в игреке)?

[vad245]

Сколько времени будут считаться результаты?
Добавится ли колонка с субкладом мт в заказах?
И где смотреть результаты? Сейчас в колонке мтДНК есть только пункт "загрузить".

[DELTA]

Загрузил файл FASTA, будем ждать обработки )

[Ankor]

Ссылка на mtDNA subclade на странице https://www.yfull.com/mt-upload-list/ переводит на YTree (href="/tree//")

[ankr21]

Загрузил файл FASTA, будем ждать обработки )

Загрузил два результата. Буквально через пару часов увидел их на дереве. Круто.   

[Шад]

Когда планируется расставить метаданные (страна происхождения) по образцам из Генбанка?


Данные с 23&Me могут быть загружены для анализа?

[Шад]

Какие принципы используются при формировании идентификаторов?
С данными из Генбанка понятно - они под уникальными идентификаторами оттуда. А если митоданные есть и в NGS в YFull, и в Генбанке?

Мы взяли за основу дерево PhyloTree версии 17, на которой было 5435 ветви

Я бегло сверил с данными Логана - по крайней мере по HV1b2 несколько образцов не попало на дерево.
http://www.ianlogan.co.uk/sequences_by_group/hv1_genbank_sequences.htm

[Semargl]

Ссылка на mtDNA subclade на странице https://www.yfull.com/mt-upload-list/ переводит на YTree (href="/tree//")

Добро. Исправлено.

[Semargl]

Сколько времени будут считаться результаты?

около часа в среднем

Добавится ли колонка с субкладом мт в заказах?

да

И где смотреть результаты? Сейчас в колонке мтДНК есть только пункт "загрузить".

Будут доступны новые пункты меню

[Semargl]

Когда планируется расставить метаданные (страна происхождения) по образцам из Генбанка?


Данные с 23&Me могут быть загружены для анализа?

При возможности извлечения - устанавливается страна. Но следует учесть что подавляющее большинство не имеет идентификатора страны, а если имеет, то в формате "племя тумба-юмбо с дальней заставы".

[vad245]

Не понимаю как сделать заказ на человека женского пола.
При заказе требуют BAM-файл, которого нет.

[Semargl]

Какие принципы используются при формировании идентификаторов?
С данными из Генбанка понятно - они под уникальными идентификаторами оттуда. А если митоданные есть и в NGS в YFull, и в Генбанке?

Все старые NGS образы изначально публикуются на дереве с временными ID, типа KKKKKK. В настройках можно отменить эту опцию - тогда будет виден номер YFxxxxxx. Это разовая процедура - вернуть обратно временный номер не получится. Реверанс в сторону GDPR.

Мы взяли за основу дерево PhyloTree версии 17, на которой было 5435 ветви

Я бегло сверил с данными Логана - по крайней мере по HV1b2 несколько образцов не попало на дерево.
http://www.ianlogan.co.uk/sequences_by_group/hv1_genbank_sequences.htm

Добавлены все семплы, которые не являются дублями и не являются загруженными напрямую из FTDNA.

[Semargl]

Не понимаю как сделать заказ на человека женского пола.
При заказе требуют BAM-файл, которого нет.

https://www.yfull.com/orderm/
Выбираете тип файла FASTA. После загружаете свой файл FASTA через форму. Ссылка не нужна.

[vad245]

Не понимаю как сделать заказ на человека женского пола.
При заказе требуют BAM-файл, которого нет.

https://www.yfull.com/orderm/
Выбираете тип файла FASTA. После загружаете свой файл FASTA через форму. Ссылка не нужна.

Тогда логично будет во вкладке Мои заказы -> мтДНК -> "Заказать сейчас!" указать на эту ссылку, а не на Y-овскою. Сейчас там order, а не orderm.