A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland

[Eiport]

Исходники:
https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJNA318237

Там нет бамов. Из-за этого анализ каждого образца займет много времени. Скачал fastq и поставил маппироваться N17.
Если нужны аутосомы - вытащу в формате 23&me.

Три файла обработаны. Таблица тут.

ли Влядимирь учитывает (и каким путем) ценность параметров типа МАPQ)?

При основной обработке качество маппирования, прочтения нуклеотидов и тп не учитывается, что не удивительно при таком качестве образцов.
При возникновении спорных моментов, например прочтения Z280 у PL_N17, качество параметров сиквенса проверяется непосредственно в баме.

Большое спасибо за ответ!!

Но мой друг из Кракова, довольный этим ответом, спрашивает вновь Уважаемого Влодимиря, ли имел среди снипoв: FTC11915 YP281 = Р1а1а1б1а3а1а1 и YP331 = Р1а1а1б1а2б3д1.
А если так, на каком основании решил, что это блуждающие лекции?

[Semargl]

Исходники:
https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJNA318237

Там нет бамов. Из-за этого анализ каждого образца займет много времени. Скачал fastq и поставил маппироваться N17.
Если нужны аутосомы - вытащу в формате 23&me.

Три файла обработаны. Таблица тут.

ли Влядимирь учитывает (и каким путем) ценность параметров типа МАPQ)?

При основной обработке качество маппирования, прочтения нуклеотидов и тп не учитывается, что не удивительно при таком качестве образцов.
При возникновении спорных моментов, например прочтения Z280 у PL_N17, качество параметров сиквенса проверяется непосредственно в баме.

Большое спасибо за ответ!!

Но мой друг из Кракова, довольный этим ответом, спрашивает вновь Уважаемого Влодимиря, ли имел среди снипoв: FTC11915 YP281 = Р1а1а1б1а3а1а1 и YP331 = Р1а1а1б1а2б3д1.
А если так, на каком основании решил, что это блуждающие лекции?

Я заново смаппировал эти семплы в БАМы с выравниванием по hg38 - качество несколько улучшилось.
YP281 и YP331 отрицательные для PL_N17

[Semargl]

Образец PL_N28 - G2a - G-PF3345*

[Eiport]

Образец PL_N28 - G2a - G-PF3345*

Cпасибо, Yв. Владимир! Мы благодарны за эту  доброту.
Ho, y нас, к энтузиастам ГГ разбираются неоднородные сообщения также о результатах в тестированию Готов - из Kowalewko (культура Вельбарк; Коw_22, 45, 55, 57). Из каких файлов итд? Наверное "Москва" более того знает!

[Arame]

I2a2 L801 это выходцы из культуры глобулярных амфор.
Во всей неолитической Европе только там я видел I2a2a1b2.

[zastrug]

I2a2 L801 это выходцы из культуры глобулярных амфор.
Во всей неолитической Европе только там я видел I2a2a1b2.

Может и так. В любом случае среди дДНК они присутствуют у лангобардов, а сегодня подавляющее большинство в Германии, Нидерландах, Англии и Дании.
В общем будущие германцы.

[Francois]

I-L801 есть и в Польше, и в Украине. И было бы еще больше, если бы Украина больше тестировалась.

[Asmat headhunter]

I-L801 есть и в Польше, и в Украине.

Следы всяких там вандалов и прочих готов.

[Francois]

Следы всяких там вандалов и прочих готов.

Возможно. Но культура шаровидных амфор это эта же территория 6 тысяч лет назад, до готов, славян и т.д. Автохтонное население ?

[zastrug]

I-L801 есть и в Польше, и в Украине. И было бы еще больше, если бы Украина больше тестировалась.

По полпроцента? И что значит "было бы еще больше"? Количественно. Естественно. Но соотношение от этого уже не изменилось бы. Или вы решили, что почему-то у вновь протестированных вместо I2a1 и R1a1 будут сплошь I-L801? С чего такие предположения?
:Ну а присутствие германских игреков в таких количествах на территориях Полльши и Украины как бы вообще никакого удивеония вызывать не должны. После Черняховской, Зарубинецкой и скандинавов. Про Польшу, с ее чуть не сплошь германским населением до новой эры. вообще разговора нет.

[Francois]

Ну а присутствие германских игреков в таких количествах на территориях Полльши и Украины как бы вообще никакого удивеония вызывать не должны.

Почему именно "германских" ? Когда образовался субклад, ни о каких "германцах" и речи еще не было.

[zastrug]

Почему именно "германских" ? Когда образовался субклад, ни о каких "германцах" и речи еще не было.

Да, не было. Но все что пока на нынешний момент имеем, говорит что разошелся он по Европе уже с германцами. Ну пока так.

[Eiport]

Kujawy N47-CWC 2570 calBC - Kaszuby 82!