Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)

[Farroukh]

все группы брахманов имеют общего предка R1a с мужчинами из Западного Ирана, вероятно, существовавшего до индоиранского раскола в северном Афганистане.

Интересно. В своё Гамкрелидзе и Иванов (в рамках своей гипотезы, естественно) приводили доводы в пользу того, что раскол индо-иранцев на индо и иранцев произошёл в Западном Иране, откуда часть индо-ариев проникла на Ближний Восток (Митанни), большинство ушло в Индию разумеется.

[Шад]

Исследование генетических следов системы готра у брахманов Конкани Сарасвата статья опубликована:12 августа 2025 г.
Абстракт
В Индии в кастовой группе брахманов действует система экзогамии готра. Эта система ограничивает браки между людьми, принадлежащими к одной и той же готре. С генетической точки зрения, каждая готра образует экзогамную группу в популяции и, таким образом, поддерживает родословную. У брахманов Конкани Сарасвата готры являются патрилинейными. Чтобы понять генетический след готр в этой популяции, мы реконструировали материнское и отцовское происхождение 95 человек, используя маркеры однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) и короткие тандемные повторы Y-хромосомы (Y-STR). Распределение гаплогрупп в готрах показало значительную связь с отцовской линией (p < 0,005) по сравнению с материнской линией. Мы наблюдали аналогичную значительную связь готр с гаплотипами Y-STR. Наши результаты предоставляют научные доказательства существования активной системы готра, которой следуют кастовые группы Индии. Сравнительный анализ 334 индийских брахманов и более 1300 евразийских Y-STR профилей показал, что все группы брахманов имеют общего предка R1a с мужчинами из Западного Ирана, вероятно, существовавшего до индоиранского раскола в северном Афганистане. В то время как североиндийские брахманы разделяли родство с афганскими группами, ко́нкани и южные брахманы, возможно, представляют собой более раннее расхождение. Сохранение общих готр по всей Индии подразумевает, что система готр возникла до расселения брахманов с севера на юг. Эти данные предоставляют генетические доказательства роли системы готр в формировании структуры популяции брахманов.Доступность данных: все данные, полученные или использованные в ходе исследования, представлены в дополнительном файле.

Интересно... supplementary file доступен только за деньги?
Напомню, что сюжет про браминов Сарасвати у нас уже в рассмотрпении с 2011 года:)
Странно, что они только R1a нашли, но не Q2 (Q1b по старой классификации).

[zastrug]

все группы брахманов имеют общего предка R1a с мужчинами из Западного Ирана, вероятно, существовавшего до индоиранского раскола в северном Афганистане.

Интересно. В своё Гамкрелидзе и Иванов (в рамках своей гипотезы, естественно) приводили доводы в пользу того, что раскол индо-иранцев на индо и иранцев произошёл в Западном Иране, откуда часть индо-ариев проникла на Ближний Восток (Митанни), большинство ушло в Индию разумеется.

Но прародину то они рисовали на Армянском нагорье....

[Mikl1984]

Китайцы очень быстро обрабатывают и заносят в базу образцы из последних работ https://www.theytree.com/portal/index/papers
Кто-то оценивал количество древних образцов в их базе?

По снипам они уже больше yfull
https://www.theytree.com/portal/index/dataDownload
Data Statistics
 Tree Nodes：48381 nodes  Tree-SNP Relations：507170 relations

[Farroukh]

Но прародину то они рисовали на Армянском нагорье....

Это-то понятно, что эти R1a-Z93 из Средней Азии просочились, но теперь есть косвенное объяснение появлению миттанийцев, как заплутавшей ветви индийцев из Западного Ирана.

[Камарицкий]

Китайцы очень быстро обрабатывают и заносят в базу образцы из последних работ https://www.theytree.com/portal/index/papers
Кто-то оценивал количество древних образцов в их базе?

По снипам они уже больше yfull
https://www.theytree.com/portal/index/dataDownload
Data Statistics
 Tree Nodes：48381 nodes  Tree-SNP Relations：507170 relations

In yfull We Trust

[kardes]

Древние геномы раскрывают ранние этапы смешения генов и генетическое разнообразие в популяции Яёи на северо-западе Кюсю.
Абстракт
Демографическая история японского архипелага была сформирована крупными эпизодами миграции и смешения, наиболее заметным из которых является переход примерно 3000 лет назад от периода Дзёмон, давно устоявшейся традиции охотников-собирателей, к периоду Яёи, когда мигранты с Евразийского континента принесли земледелие и новые технологии. Однако время, масштабы и региональная изменчивость смешения между континентальными мигрантами и коренными популяциями Дзёмон остаются малоизученными. Северо-западный Кюсю привлек особое внимание, поскольку анализ скелетов показал, что индивиды Яёи из этого региона сохраняют морфологические черты, сходные с Дзёмон. Однако их генетическое происхождение остается неясным. В данной работе мы представляем полные геномные последовательности четырех индивидов Яёи из северо-западного Кюсю, найденных при раскопках в префектуре Нагасаки, Япония. Два индивида сохранили почти полное дзёмонское происхождение, демонстрируя, что несмешанные потомки Дзёмон существовали наряду со смешанными популяциями до переходной фазы между ранним и средним периодами Яёи. У двух других особей были обнаружены явные признаки смешения генов, а генетический анализ показал, что обмен генами между мигрантами и коренным населением Дзёмон начался в этом регионе примерно 2,5–2,6 тыс. лет назад. Эти данные свидетельствуют о том, что смешение генов на северо-западе Кюсю происходило постепенно, а не в результате одной крупномасштабной миграции в начале периода Яёи, что открывает новые перспективы в понимании сложной демографической динамики, сформировавшей генетический ландшафт древней Японии.
Доступность данных
Исходные данные секвенирования в формате fastq и геномные файлы в формате BAM для штаммов Shomura, Neshiko 11, Neshiko 13 и Neshiko 16 были депонированы в архив данных секвенирования DDBJ под номером доступа BioProject PRJDB35646 (https://ddbj.nig.ac.jp/resource/bioproject/PRJDB35646).

[Mikl1984]

Китайцы очень быстро обрабатывают и заносят в базу образцы из последних работ https://www.theytree.com/portal/index/papers
Кто-то оценивал количество древних образцов в их базе?

По снипам они уже больше yfull
https://www.theytree.com/portal/index/dataDownload
Data Statistics
 Tree Nodes：48381 nodes  Tree-SNP Relations：507170 relations

In yfull We Trust

Так как никто не знает, пришлось помучать ИИ
https://forum.molgen.org/index.php/topic,14934.msg626369.html#msg626369

Вот детальный обзор того, что именно появилось в базе в категории древней ДНК (Ancient DNA) за этот период.

Статистика за последний год (2025 – начало 2026)
Количество новых статей с ДНК: Около 35–45 новых научных работ было полностью обработано и интегрировано в древо.
Количество новых древних образцов: Примерно 2 500 — 3 000 записей.
Ключевой фокус: Массовое добавление данных по Центральной Азии, Китаю (эпохи империй) и расширение европейского «древнего» атласа.

Топ-3 знаковых добавлений (2025 – начало 2026)
Китай: Династия Цин и Центральные равнины (добавлено в январе 2026)
Статья: "Ancient Genomes from the Qing Dynasty Reveal Unbroken Genetic Continuity"
О чем: Десятки образцов маньчжурского и позднеимперского периодов. Это подтвердило высокую генетическую стабильность региона.
Образцы: Появились в базе под свежими ID (диапазон AU86xxx – AU87xxx).

Россия: Денисовцы и новые данные из Алтая (ноябрь 2025)
Образец: AU85856 (Denisova 25).
О чем: Высококачественный геном денисовца возрастом около 200 000 лет. Хотя это не Y-хромосома в привычном понимании (часто это митохондриальные данные или глубокий адмикс), это критически важно для структуры древа.

Европа и Степь: Авары и миграции (середина 2025)
Статья: "Ancient DNA reveals reproductive barrier despite shared Avar-period culture"
О чем: Массивное пополнение по гаплогруппам G2a, I2 и R1a/R1b из захоронений в Венгрии и Австрии. Добавлено более 400 образцов (диапазон AU78xxx — AU82xxx).

[Камарицкий]

Китайцы очень быстро обрабатывают и заносят в базу образцы из последних работ https://www.theytree.com/portal/index/papers
Кто-то оценивал количество древних образцов в их базе?

По снипам они уже больше yfull
https://www.theytree.com/portal/index/dataDownload
Data Statistics
 Tree Nodes：48381 nodes  Tree-SNP Relations：507170 relations

In yfull We Trust

Так как никто не знает, пришлось помучать ИИ
https://forum.molgen.org/index.php/topic,14934.msg626369.html#msg626369

Вот детальный обзор того, что именно появилось в базе в категории древней ДНК (Ancient DNA) за этот период.

Статистика за последний год (2025 – начало 2026)
Количество новых статей с ДНК: Около 35–45 новых научных работ было полностью обработано и интегрировано в древо.
Количество новых древних образцов: Примерно 2 500 — 3 000 записей.
Ключевой фокус: Массовое добавление данных по Центральной Азии, Китаю (эпохи империй) и расширение европейского «древнего» атласа.

Топ-3 знаковых добавлений (2025 – начало 2026)
Китай: Династия Цин и Центральные равнины (добавлено в январе 2026)
Статья: "Ancient Genomes from the Qing Dynasty Reveal Unbroken Genetic Continuity"
О чем: Десятки образцов маньчжурского и позднеимперского периодов. Это подтвердило высокую генетическую стабильность региона.
Образцы: Появились в базе под свежими ID (диапазон AU86xxx – AU87xxx).

Россия: Денисовцы и новые данные из Алтая (ноябрь 2025)
Образец: AU85856 (Denisova 25).
О чем: Высококачественный геном денисовца возрастом около 200 000 лет. Хотя это не Y-хромосома в привычном понимании (часто это митохондриальные данные или глубокий адмикс), это критически важно для структуры древа.

Европа и Степь: Авары и миграции (середина 2025)
Статья: "Ancient DNA reveals reproductive barrier despite shared Avar-period culture"
О чем: Массивное пополнение по гаплогруппам G2a, I2 и R1a/R1b из захоронений в Венгрии и Австрии. Добавлено более 400 образцов (диапазон AU78xxx — AU82xxx).

Я посмотрел свою ветку - у них некоторые древние образцы которые есть в игрекфуле - отсутствуют - так что не так там все и полно ...

[Asmat headhunter]

Это-то понятно, что эти R1a-Z93 из Средней Азии просочились, но теперь есть косвенное объяснение появлению миттанийцев, как заплутавшей ветви индийцев из Западного Ирана.

Чтобы быть индийцами митаннийцы должны были побывать в Индии, если нет - это индийцы заплутавшая ветвь митаннийцев.

[kardes]

На перекрестке континентов: анализ древней ДНК для изучения истории материнского и отцовского населения Хорватии.
Абстракт  опубликовано 9 января 2026 г.
Введение/Цели: Юго-Восточная Европа и Хорватия с доисторических времен служили генетическим перекрестком между Ближним Востоком и Европой, сформированным многочисленными и повторяющимися миграциями. Интегрируя 19 недавно полученных древних геномов с 285 ранее опубликованными древними геномами из Хорватии, мы исследовали закономерности материнских и отцовских геномов от неолита, бронзового и железного веков до античности и средневековья, а также современного населения Хорватии. Методы: Извлечение древней ДНК из человеческих останков и подготовка библиотек проводились в специализированных чистых помещениях, после чего выполнялось высокопроизводительное секвенирование на платформе Illumina. Данные секвенирования анализировались с помощью установленных алгоритмов для определения митохондриальных и Y-хромосомных гаплогрупп, а также генетического пола индивидов.

Результаты: Новые данные по древним геномам выявляют преимущественно европейский материнский профиль, в котором доминируют гаплогруппы H, U и HV0, тогда как Y-хромосомные линии характеризуются субкладами J и R1a, с ограниченным представительством R1b и отсутствием I2a.

В сочетании с опубликованными древними хорватскими геномами результаты показывают аналогичное разнообразие и закономерности гаплогрупп, а также расширение митохондриальной гаплогруппы H с течением времени и существенное увеличение частоты гаплогрупп R1a и I2a Y-хромосомы от доисторического до современного периода. Выводы: Хотя анализируемые образцы гетерогенны и происходят из разных исторических периодов, их генетические характеристики соответствуют более широким закономерностям, ожидаемым для региона. В более широком контексте древние хорватские митохондриальные данные показывают более сильную генетическую преемственность от доисторических времен до современности, в отличие от отцовских линий, которые демонстрируют значительно большую дивергенцию.

[Arthwr]

На перекрестке континентов: анализ древней ДНК для изучения истории материнского и отцовского населения Хорватии.

Результаты: Новые данные по древним геномам выявляют преимущественно европейский материнский профиль, в котором доминируют гаплогруппы H, U и HV0, тогда как Y-хромосомные линии характеризуются субкладами J и R1a, с ограниченным представительством R1b и отсутствием I2a.

Они за R1a выдали R-Z2108*(xR-Y14415,R-Y182248,R-Y125250,R-BY147638,R-Y47264,R-Y29917,R-Y18455) в Early Iron Age (Ljubač Nekropola Venac_Gr. 7 individual 2).

В пункте по биоинформатике вместо maximum number of gap opens указали gap penalty open.

Косо криво лишь бы живо.

[пенелопа]

Генетики секвенировали ДНК древней женщины из Приморья
Ее захоронение раскопали в пещере Треугольная
https://nplus1.ru/news/2026/01/16/new-skeleton-from-primorye

Один из зубов покойной ученые отправили на генетический анализ, благодаря которому исследователи подтвердили, что останки принадлежали женщине, которая была носительницей митохондриальной гаплогруппы B4b1a3a.

[Farroukh]

Интересно. Все живые образцы B4b1a3a локализуются значительно северо-западнее, начиная от Якутии и до Венгрии, и все они восходят к более молодой прародительнице, жившей ~2,4 тлн (умершая была хронологически лет на 600 старше).

[kardes]

Изучение динамики численности населения северо-западного Синьцзяна в бронзовом и железном веках с использованием древних геномных данных временных рядов.
Абстракт
Северо-западный Синьцзян расположен на стыке центрально-евразийской степи, внутриазиатского горного коридора и Тянь-Шаньских гор и отличается богатым археологическим, культурным и генетическим разнообразием. Однако динамика местного населения остается малоизученной из-за отсутствия данных о древней ДНК в хронологическом порядке.
Результаты
Мы проанализировали ДНК десяти человек из археологического памятника Наренсу на северо-западе Синьцзяна, охватывающего период от халколита до железного века. Наши результаты показывают, что самые ранние жители северо-западного Синьцзяна сформировались в результате генетического смешения древних североевразийцев и алтайских охотников-собирателей около 6000 лет назад. Было обнаружено одновременное появление предков, связанных с Бактрийско-Маргианским археологическим комплексом из Центральной Азии, и афанасьевских популяций из степи в раннем бронзовом веке, что подчеркивает важную роль Внутриазиатского горного коридора как миграционного пути между южной частью Центральной Азии и Синьцзяном. Это также могло быть связано с формированием популяции Чемурчек на Алтае, северном Синьцзяне, граничащем с Россией. Евразийское степное происхождение, выявленное в Наренсу, сменилось на популяции Синташты позднего бронзового века, а восточноевразийское происхождение из Байкала стало заметным начиная с железного века.
Образец афанасьевской культуры из этой статьи NRS_M4_4904BP (3012-2896 гг. до н.э.) имеет подгруппу R1b-P312
Выводы
В данном исследовании, путем реконструкции динамики населения от халколита до железного века, мы показываем, что жители Наренсу непрерывно накапливали гены, при этом происходили многочисленные волны генетического притока из окружающих регионов. В совокупности эти результаты дают всестороннее представление об истории слияния популяций в северо-западном Синьцзяне, а также на всем Евразийском континенте.
Доступность данных
Представленные в этом исследовании геномные данные депонированы в Архиве последовательностей генома  Национального центра геномных данных , Китайского национального центра биоинформации/Пекинского института геномики Китайской академии наук ( https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa-human/browse/HRA008463 ) . Весь исходный код, использованный для обработки и анализа данных, находится в открытом доступе на GitHub ( https://github.com/zhaoxue01120112/Narensu-aDNA