Несколько вопросов:
1. Правильно ли я понимаю что число которое там показывается (процент) -- это совпадения в 1% генома который у всех индивидумальный (т.е. игнорируются 99% генома которые у всех одинаковые) ?
Пропустил Ваши вопросы, так как они были не в секции 23эндМи.
По поводу общего совпадения.
Конечно было бы хорошо сравнивать наиболее вариабельную часть генома. Т.е. тот пресловутый 1%. На деле же речь идёт о сравнении по панели снипов в 577 тысяч. Многие из них выбраны достаточно случайно, чисто по техническим причинам. Как результат, процент сравнения никогда не опускается ниже 60%. Даже, если бы значения снипов были строго бинарными, то и тогда бы в идеальном случае статистически минимальная разница должна находиться на уровне 50%.
2. Какой процент похожести должен быть у сына и отца или двух братьев? Какие реально диапазоны выпадают у различных протестированных?
Лучше один раз увидеть. В своих настройках аккаунта выставьте крестик напротив показа семейства Менделей. Наряду с УПСами:

посмотрите и процент совпадения. Цифра находится в районе 85% для пары родитель-ребёнок.
Самоё высокое совпадение в среднем случае бывает у бар брат-брат и сестра-сестра. Особенно у пар близнецовых.
3. Какое максимальное число там может быть теоретически?
Не совсем корректный вопрос. Поэтому и отвечу расплычато: мне неизвестны случаи 90% совпадения.
5. Существует ли порог выше которого люди гарантированно родственники в каком-то поколении (соотв. порог относительный)?
Если брать дальнее родство, то для европейцев с высокой степени вероятности можно оценить по % совпадение двоюродное родство и ближе.
Но вообще родство смотрят по УПСам, а % совпадения, наряду с этно-плотом характеризует Ваше этно окружение.