Кластеры внутри R1b1b1-M73

[tsarev_dm]

Добрый день!
Сделал тест в Genotek и получил результат R1b1a1.
Хотелось бы углубиться дальше, но в вопросах генетики разбираюсь плохо.
Я правильно понимаю, что мне нужно сделать FullY и затем загрузить его на yfull.com?
Есть ли здесь кто-то, кто мог бы сориентировать меня и затем помочь интерпретировать результат?

Если не секрет, откуда Ваши предки по прямой мужской линии?

Отцовская линия уходит в южную часть Калужской области, близко к границе с Брянской областью. Русские и православные, по крайней мере в 19 веке. Но внешность спорная для русского человека, с намеками на некое восточное происхождение. Как собственно и моя и что явилось причиной начала поисков.

[tsarev_dm]

Я правильно понимаю, что мне нужно сделать FullY и затем загрузить его на yfull.com?

Дмитрий, добро пожаловать!
В Вашем случае необходим только тест BigY - он позволит по маркёрам обнаружить потенциальных однородцев, определить терминальный субклад, и, разумеется, залить данные на Yfull.

Аутосомный тест Family Finder для определения гаплогруппы более-менее пригоден лишь для европейских линий R-M269. У Вас совсем другой случай и результат будет примерно на уровне 7000-летнего R-M478.

Можете подсказать, где сейчас в РФ можно сделать BigY?

[Sergey_L]

Добрый день!
Сделал тест в Genotek и получил результат R1b1a1.
Хотелось бы углубиться дальше, но в вопросах генетики разбираюсь плохо.
Я правильно понимаю, что мне нужно сделать FullY и затем загрузить его на yfull.com?
Есть ли здесь кто-то, кто мог бы сориентировать меня и затем помочь интерпретировать результат?

Если не секрет, откуда Ваши предки по прямой мужской линии?

Отцовская линия уходит в южную часть Калужской области, близко к границе с Брянской областью. Русские и православные, по крайней мере в 19 веке. Но внешность спорная для русского человека, с намеками на некое восточное происхождение. Как собственно и моя и что явилось причиной начала поисков.

У меня почти аналогично, только предки старообрядцы Саратовской области и диагноз о внешности ставили антисемиты. Я не знаю где в России делают полный У-хромосомный тест, может быть кто то из знатоков подскажет. Я заказывал в США в "Family Tree DNA".

[Farroukh]

где сейчас в РФ можно сделать BigY?

Увы, нигде. Только в FTDNA. Инструкция по заказу у меня в подписи.

[B827656]

Y-DNA_DYS_Results
R-M478.

Панель             Значения 1-12:   14-24-14-11-13-15-12-12-14-13-13-31 13-25: 16-9-9-11-11-23-15-20-29-12-15-15-17 26-37:  11-10-19-24-15-14-17-18-36-43-12-10 38-67:  11-8-16-16-8-10-10-8-10-10-12-23-23-15-10-12-12-17-8-11-25-20-13-12-11-13-11-11-12-12 68-111: 33-15-9-16-12-25-26-19-12-11-12-10-10-9-12-11-10-11-11-31-12-13-24-13-11-10-19-15-19-12-22-16-12-15-25-12-23-18-10-14-15-9-11-11

Посмотрел на  результаты 111 маркеров и на мутационную дистанцию от типичных восточных ветвей R-M478. Cкладывается ощущение, что эта конкретная линия осела в Европе очень давно.
Судя по количеству накопившихся  мутаций, точка расхождения с восточными кластерами может уходить на 1,5–2 тысячи лет назад. Похоже, ветка жила в европейском регионе давно, еще до того, как начали формироваться современные нации, кланы и государства.
Сейчас жду полные результаты Big Y-700  как только получу, проверим это предположение

[B827656]

FTDNA выдал сегодня какой то промежуточный результат по Big Y-700,  ветку R-FT289278. Анализ еще не закончен, так что жду углубления и приватников, но пока так.
Записали меня в «пакистанские хазарейцы»!    Сижу в одном кластере с Пакистаном и Узбекистаном.
FTDNA Discover: https://discover.familytreedna.com/y-dna/R-FT289278/story
YFull: Тут в компании один китаец и толпа пакистанцев: https://www.yfull.com/tree/R-FT289278/
TheYTree: Та же картина: https://www.theytree.com/?snp=R-FT289278
23mofang: А эти вообще о таких, как я, не слышали: https://www.23mofang.com/ancestry/ytree/R-FT289278/
В исторических матчах вылез Rare Connection с Dongtalede 36 (1 к 79 000). На всю базу FTDNA  таких только 9 человек.
Зы. В группе R1b Basal Subclades нашел одного совпаденца по этой ветке , ирано-узбек из Самарканда. Но на 111 маркерах у нас разлет в 19 единиц, плюс у него «ноль» в DYS448 (у меня там 22). Итого суммарно набегает 21–22 мутации.
Для ветки, которой официально дают около 1000–1200 лет, такой разлет  это очень много. Похоже, реальный TMRCA гораздо глубже, и наши пути разошлись еще года так с 500-го, в эпоху Великого переселения народов.
Жду финала Big Y, чтобы посмотреть, насколько «растянется» дерево и куда в итоге приземлится.
Версия выше, что ветка ,судя по маркерам ушла в сторону 1500 лет назад плюс минус пока остается в силе видимо.

[Farroukh]

Терминальный субклад ещё уточнится, но исходный тюрко-монгольский вектор уже просматривается. Ввиду редкости данной линии близких матчей пока нет, но со временем они несомненно появятся и из местных.

BAM планируете брать?

[B827656]

Терминальный субклад ещё уточнится, но исходный тюрко-монгольский вектор уже просматривается. Ввиду редкости данной линии близких матчей пока нет, но со временем они несомненно появятся и из местных.

BAM планируете брать?

Да, конечно, обязательно и залью в YFull и TheyTree, оплатил уже его

[B827656]

Терминальный субклад ещё уточнится, но исходный тюрко-монгольский вектор уже просматривается. Ввиду редкости данной линии близких матчей пока нет, но со временем они несомненно появятся и из местных.

Терминальный снип, вероятно, на данный момент ниже на FTDNA не уйдет, по крайней мере до тех пор, пока не подберут пару к моим приватным мутациям. Насчет тюркской линии пока уверенности нет, но монгольская прослеживается относительно четко. В моей группе находятся пакистанские хазарейцы (Hazaras), являющиеся потомками монгольского войска в Ilkhanate (Улус Хулагу). Когда Монгольская империя начала расширяться на запад и юг, огромный воинский контингент (состоявший не только из этнических монголов,но и из других жителей империи) был направлен в сторону современного Ирана, Афганистана и Пакистана. Это были части, выделенные из общего войска для Hulagu Khan (внука Чингисхана).
Данные тестеры в субкладе это не обычные пользователи. Это участники проекта HGDP (Human Genome Diversity Project) Стэнфордского университета (Stanford University). Везде они проходят под префиксами данного проекта. Фактически все мои восемь пакистанцев дублируются на FTDNA, YFull, TheYtree и других ресурсах, будучи загруженными в базы единым массивом. Связаться с ними невозможно, это по факту это научные образцы из глобального проекта.
Проект HGDP был весьма крупным и реализовывался под эгидой NSF (National Science Foundation), HUGO (Human Genome Organisation), UNESCO и других организаций. Его задачей был поиск изолированных народов для секвенирования их генома. Хазарейцы, проживающие обособленно в горах Пакистана, идеально подошли для этих целей. Ну и меня туда в изоляты поддтянули
Реальный интерес из любопытства может представлять один китаец , вероятно, потомок монгольской администрации из города Xi'an (Сиань), провинция Shaanxi (Шэньси). В эпоху Юань город был личным уделом внука Kublai Khan — Ananda (Ананда), носившего титул Anxi Wang (Князь Аньси). Видимо, предок этого китайца «притаился» в тех краях еще с тех времен.
Таков общий обзор ветки R-FT289278. Если перейти к конкретным совпадениям, то, как и предполагалось, хазарейцы и ирано-узбекский образец в ближайших матчах не обнаружены  мы слишком далеко расходимся даже по маркерам с ирано-узбеком.
Итого на данный момент у меня всего два совпадения:
На 25 маркерах  человек из Украины, указавший предка из Польши. Согласно предиктору, общий предок с ним жил примерно в 1285 году (расцвет Золотой Орды).
На уровне Y-DNA тут житель Польши с корнями из Литвы, указавший себя как Lipka Tatar (литовский татарин). Общий предок у нас датируется примерно 402 годом н. э. (1624 года назад).
Я не совсем уверен, что он именно татарин в привычном понимании, так как с нашими азиатскими группами я нахожусь на приличном генетическом расстоянии. Здесь, вероятно, требуется экспертный взгляд администраторов проектов. Как и предполагалось ранее, разлет с азиатскими группами составляет около полутора тысяч лет (плюс-минус), что и подтверждается текущими данными.
Закину PCA Plot с IllustrativeDNA с нашими азиатскими группами и европейскими для понимая точки в которой нахожусь по отношению к ним
Азия

Европа

[B827656]

Краткий обзор по результатам апгрейда до T2T у китайцев (TheyTree). Отработали они очень резко, реально релиз за сутки.
По приватникам:
FTDNA (Big Y-700): 11 приватных снипов.
TheyTree (Y-отчет стандарт): 8 мутаций.
TheyTree (T2T): 22 приватные мутации.

До моего апгрейда на TheyTree ветки R-FT289278 не было, а поиск кидал меня на родительскую R-FT289648. После T2T мы с образцом из Сианя наконец сформировали новую ветку R-FT289278.
Что интересно, у китайца из Сианя изначально был сделан T2T, но TheyTree всё равно не посадила его в правильную ветку. А вот YFull справился лучше, там этот китаец сразу сидел один на верной ветке R-FT289278, что подтверждает более высокую точность их алгоритмов.
Датировки (TMRCA):
TheyTree: Уточнили с 1070 до 995 лет.
YFull: Пока дает 850 лет, жду финала после полного анализа.
Китайцы удивили скоростью сервиса, но YFull показал, что их аналитика глубже видит структуру дерева, даже если у конкурентов база данных по региону больше. Посмотрим сколько они мне приватников найдут.

[Mikl1984]

Посмотрите количество приваток в статистике raw file yfull
Скопируйте, оно может измениться
Сравните списки приватных снипов в theytree и dnachron, вас там тоже посчитали https://www.dnachron.com/ytree/individual/DC004511?from=whatnews
Это еще vcf? Bam t2t туда грузили?

[B827656]

Посмотрите количество приваток в статистике raw file yfull
Скопируйте, оно может измениться
Сравните списки приватных снипов в theytree и dnachron, вас там тоже посчитали https://www.dnachron.com/ytree/individual/DC004511?from=whatnews
Это еще vcf? Bam t2t туда грузили?

На YFull пока варится еще. А dnachron это какой то ужас ходячий. Аутсомы чип- показал М478, ниже не ушел. VCF показал R-FT289389 фактически перенес меня сразу в горы Гиндукуша к пакистанцам хазарейцам, то есть перепрыгнул субсклад
ВАМ файл с ФТДНА там недолет, попал в базовый узел R-SK2081
Закинул им Т2Т, пока варят, посмотрим что там покажут, но пока сильно разочаровывают конечно.

[Mikl1984]

Raw-данные/Статистика в yfull все видно сразу
У меня было 65 приваток, потом подарил в субклады 17 шт, стало 48, сейчас уже 47
Дерево развивается

[B827656]

Raw-данные/Статистика в yfull все видно сразу
У меня было 65 приваток, потом подарил в субклады 17 шт, стало 48, сейчас уже 47
Дерево развивается

Новых 15, в хорошем качестве 12 ( на ФТДНА 11)

ChrY BAM file size:   0.35 GbHg38   
Reads (all):   8241196   
Read length:   150 bp   
Mapped reads:   8241196(100.00%)   
Unmapped reads:   0   
Length coverage:   18444153 bp(78.03%)   
Min depth coverage:   1X   
Max depth coverage:   235X   
Mean depth coverage:   54.40X   
Median depth coverage:   59X   
Length coverage for age*:   8442193 bp   
No call:   5192202 bp
SNPs (all):   467235   
Positive:   2825 (0.60%)   
Negative:   14881 (3.18%)   
Ambiguous:   17 (0.00%)   
No call:   698 (0.15%)
STRs (all):   780   
Reliable alleles:   693 (88.85%)   
Uncertain alleles:   82 (10.51%)   
N/A:   5 (0.64%)
Novel SNPs (all):   15   
Best qual:   12 (80.00%) [11 (73.33%) - best; 1 (6.67%) - acceptable]   
INDELs:   0   
Ambiguous qual:   0   
One read!:   3 (20.00%)   
Low qual:   0

[B827656]

Сделал Т2Т на YFull
ChrY BAM file size:   0.39 GbT2T   
Reads (all):   9401612   
Read length:   150 bp   
Mapped reads:   9401612(100.00%)   
Unmapped reads:   0   
Length coverage:   28912272 bp(46.29%)   
Min depth coverage:   1X   
Max depth coverage:   261X   
Mean depth coverage:   48.69X   
Median depth coverage:   57X   
Length coverage for age*:   8430849 bp   
No call:   33547757 bp

Novel SNPs (all):   61 было ранее 15
Best qual:   38 (62.30%) [26 (42.62%) - best; 12 (19.67%) - acceptable]   
INDELs:   4 (6.56%)   
Ambiguous qual:   6 (9.84%)   
One read!:   7 (11.48%)   
Low qual:   6 (9.84%)

Самое любопытное что ветка R-FT292014/FT292014 * SK2081 сильно помолодела, было что то около 1500 лет вроде , а стала formed 1100 ybp, TMRCA 850 yb. Фактически все мои ветки под ней влючая аДНА id:HRR579027 сжались в точку https://www.yfull.com/tree/R-FT292014/
Так же изменилось время формирования моей ветки с 1070 до 850.
 https://www.yfull.com/tree/R-FT289278/
С самим китайцем до общего предка ничего не изменилось, а ветка выровнялась с 1070 до TMRCA 850.
На https://www.theytree.com/tree/R-SK2081 пока данные остались старые
R-SK2081 TMRCA 1500 лет назад
R-FT289648 Формирование 1500 лет назад, TMRCA 1070 лет назад
R-FT289278 Формирование 1070 лет назад, TMRCA 995 лет назад
P.S. По поводу датировок FTDNA:
В Time Tree для R-SK2081 до сих пор указан TMRCA 650 CE (с разбросом от 79 до 1044 г.). https://discover.familytreedna.com/y-dna/R-SK2081/story
Однако мой апгрейд до T2T на YFull (8.4 Mb age-coverage) наглядно показывает, что FTDNA ошибочно «старит» ветку почти на 500 лет. Реальное время жизни общего предка  850 лет назад (конец XII века). Это переводит нас из эпохи падения Рима прямиком в эпоху походов Чингисхана, что гораздо логичнее объясняет наличие хазарейских и китайских матчей.