АвторТема: Межсубкладная гомоплазия  (Прочитано 2754 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Межсубкладная гомоплазия
« : 19 Апрель 2018, 12:13:16 »
Наиболее популярные Y-STR предикторы (Nevgen, YPredictor, Athey и т. п.) основаны на расчёте наиболее вероятной гаплогруппы по характерным значениям маркёров (аллелям). Данный метод ограничивается глубиной предсказания субклада. Вследствие неизбежной гомоплазии, за редкими частными  исключениями, речь может идти о достоверном прогнозе субклада не моложе 5-10 тыс. лет.

Наиболее шокирующим (из известных мне) примеров гомоплазии является ситуация совпадения 65/67 между двумя гаплотипами, относящимися к разным субкладам гаплогруппы E-CTS6377, возраст которой всего лишь 3,8 тыс. лет. По формальным признакам, при совпадении калибра 65/67 речь ведут о родстве в пределах 7 поколений (~200 лет). Тогда как на самом деле между индивидами свыше 3,5 тыс. лет!

Отсюда вывод - BigY тест или его более широкий аналог.

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 17469
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4133/-13
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Межсубкладная гомоплазия
« Ответ #1 : 19 Апрель 2018, 12:25:42 »
У нас в J1 случай похлеще был.

Цитирую в хронологическом порядке:

По-моему второй после 242116 Bulbulian (Aintab, Turkey [ARMN]) случай аномального для Z1828 DYS388=15.

300048   بني خلف - جيس|AlGaissi Studies   السخنة - BANŪ KHALAF   Syrian Arab Republic   J-M267   12   22   13   10   12-18   11   15   11   13   11   29   19   8-9   11   11   27   14   21   28   14-15-16-17   11   10   19-21   15   14   17   17   33-36   12   10

В проекте J1 испомещенный в Unclustered (should order J1-M267 SNP Pack or Big Y).

Но, что интересно, вот кто ближайшие к нему в Семаргле на его 37:

0   0   300048   بني خلف - جيس|AlGaissi Studies   J1-M267>YSC65>Z2217>Z1828>Z1842
10   11   311359   Léonian   J1-M267>YSC65>Z2217>Z1828>Z1842>Z18436>CTS1460>YSC414>S12993
10   12   366759   Onay   J1-M267>YSC65>Z2217>Z1828>Z1842>Z18436>CTS1460>YSC414>S12993
11   15   258924   Laz   J1-M267>YSC65>Z2217>Z1828>Z1842>Z18436>CTS1460>YSC414>S12993
12   15   242710   Shahazizyan   J1-M267>YSC65>Z2217>Z1828>Z1842>Z18436>CTS1460>YSC414>S12993
12   15   377596   Ceres   J1-M267>YSC65>Z2217>Z1828>Z1842>Z18436>CTS1460>YSC414>S12993
13   14   M11243   Raydan   J1-M267>YSC65>Z2217>Z1828>Z1842>Z18436>CTS1460 Unclustered
13   15   154728   Marceaux (Middle East, France, USA)   J1-M267>YSC65>Z2217>Z1828>Z1842 Unclustered
13   15   190851   Almulla   J1-M267>YSC65>Z2217>Z1828>Z1842>Z18436>CTS1460>YSC414>S12993
13   15   N9709   Jackson   J1-M267>YSC65>Z2217>Z1828>Z1842 Unclustered

Думаю, что он из J1a3a-Z1842>Z18436>CTS1460>YSC414>S12993.

99% вероятности, что он относится к J-PF7261, так как в проект был добавлен представитель того же племени, – 495939, который отстоит от него в одну мутацию на 12 маркерах, у него только 12, но подтверждён J-PF7261.

Чудны дела твои, Господи!

Как же это у него так намутировал гаплотип, что на 15 шагов ни одного его односубкладника, зато 9 человек Z1842, из которых шестеро - с ветки M267>YSC65>Z2217>Z1828>Z1842>Z18436>CTS1460>YSC414>S12993 :o

Родительским субкладом для Z1842 и PF7261 является Z2215, TMRCA 18300 ybp (20300<->16400 ybp)!

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Межсубкладная гомоплазия
« Ответ #2 : 19 Апрель 2018, 13:55:00 »
У Бюльбюляна (J1-PF7261) совпадало 37/37 с аль-Гаисси субклад которого не указан. Возможно, он тоже  J-PF7261
Надо сказать. что такое (37/37) в E-M35 тоже есть. Было бы интересно посмотреть их на 67.

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 17469
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4133/-13
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Межсубкладная гомоплазия
« Ответ #3 : 19 Апрель 2018, 14:22:15 »
У Бюльбюляна (J1-PF7261) совпадало 37/37 с аль-Гаисси субклад которого не указан. Возможно, он тоже  J-PF7261
Надо сказать. что такое (37/37) в E-M35 тоже есть. Было бы интересно посмотреть их на 67.

Нет, 242116 Бюльбюлян не является полным 37-маркерным совпаденцем аль-Гаисси. Ближайшие к Бюльбюляну на 37 маркерах (всего у него протестировано 111) - его земляки, газиантепские армяне из очень интересной ветви Z1828+ Z18471+ L1189- (в YFull этой ветки, к сожалению, нет, я приглашал туда через фейсбук Гузелимяна, но без ответа, попытаюсь его ещё раз пригласить, например, через Джона Хонейчука). Бюльбюлян пока что единственный Z1828+ с DYS388=15.



Результаты Гузелимяна появились на дереве Виктара. Хоть их можно было вполне предполагать, но всё же лично для меня они неожиданны. Получается, что его линия всё-таки ближе к субкладу L1189, создавая с ним общий субклад со снипом Z18471, вышестоящим к L1189, и с ВБОП между кластером Гузелимян-Бульбулян и представителями L1189 - около 4900 лет назад (using STR marker phylogeny by Marko Heinila). А если считать по скорости мутации Big Y 135.63 лет/SNP по методу Iain McDonald - тогда вообще получается около 8300 лет назад :o

« Последнее редактирование: 19 Апрель 2018, 14:30:50 от Yaroslav »

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Межсубкладная гомоплазия
« Ответ #4 : 19 Апрель 2018, 19:05:39 »
Тогда это не гомоплазия (сходство разнородных), а аномальные (нетипичные) аллели.

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 17469
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4133/-13
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Межсубкладная гомоплазия
« Ответ #5 : 19 Апрель 2018, 19:13:29 »
Тогда это не гомоплазия (сходство разнородных), а аномальные (нетипичные) аллели.

Тот факт, что ближайшими на 37 маркерах, начиная с общей разницы в 11 мутаций, к аль-Гаисси идут не его односубкладники, а люди из Z1842, с которыми десятки тысяч лет до БОПа - разве это не гомоплазия?

Или Вы имеете в виду случаи полного подобия гаплотипов при ВБОПе в несколько тысяч лет?

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Межсубкладная гомоплазия
« Ответ #6 : 20 Апрель 2018, 07:47:07 »
Цитировать
ближайшими на 37 маркерах, начиная с общей разницы в 11 мутаций, к аль-Гаисси идут не его односубкладники
26/37 - пренебрежимо малое сходство. Оно настолько отдалённое, что его можно в расчёт не брать. Например, внутри R1a/R1b практически у каждого есть матчи 25/25 (30/37 и даже выше) из параллельных субкладов, сходящихся более 3 тлн. Про фантомов типа 12/12 можно забыть.
Гомоплазией, которая реально может попутать поиски, являются фантомные совпаденцы типа 60/67 и ближе, относящиеся к разным субкладам, с реальной точкой коалесценции (общим снипом) более 1 тлн.

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 17469
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4133/-13
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Межсубкладная гомоплазия
« Ответ #7 : 20 Апрель 2018, 09:01:25 »
26/37 - пренебрежимо малое сходство. Оно настолько отдалённое, что его можно в расчёт не брать. Например, внутри R1a/R1b практически у каждого есть матчи 25/25 (30/37 и даже выше) из параллельных субкладов, сходящихся более 3 тлн. Про фантомов типа 12/12 можно забыть.
Гомоплазией, которая реально может попутать поиски, являются фантомные совпаденцы типа 60/67 и ближе, относящиеся к разным субкладам, с реальной точкой коалесценции (общим снипом) более 1 тлн.

Для нашей тайги (имею в виду ветви P58-) это вполне стандартные расстояния, по которым в большинстве случаев прекрасно предиктуется субклад.

В том-то и прикол, что, если бы не второй сириец со снип-пакетом, то аль-Гаисси по своим STR вообще считался бы как минимум J1a2b1b2-CTS1460, с ошибкой усреднённо аж в 18300 лет!

У меня двоюродный брат из одного из таких вот бангладешей, типа R1a/R1b, одна из динарских ветвей - I2a1b2a1a1a1a-Z16971. И двоюродный племянник - из звёздных нёвров N1a1a1a1a1a1a1-L1025. Сообщения о совпаденцах 25/25 приходят чуть ли не каждую неделю, а 12-маркерных вообще считаю на килограммы. Тем не менее, большая часть с усреднёнными ВБОПами не менее 1500-2000 лет.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Межсубкладная гомоплазия
« Ответ #8 : 20 Апрель 2018, 13:24:41 »
Мужики, я Вас конечно уважаю, но Вы не поняли тему;D
Я толкую про разнокладные матчи калибра 37/37 и выше. То есть по STR люди кажутся близкой роднёй в пределах максимум 1000 лет, а на самом деле между ними две тыщи, а то и больше.

Цитировать
ближайшие 24/25 и чётко видно, что они из моего YP569
Олег, уверяю что где-то в дебрях Индо-Пакистана или Алтая гуляет горемычный R1a-Z93, который окажется 25/25 с Вами. Он просто ещё до ФТДНА не добрался...

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Межсубкладная гомоплазия
« Ответ #9 : 20 Апрель 2018, 16:36:44 »
Олег, в Вашем случае, естественно, более вероятно ожидать Z92. Нотради любви к искусству проснипуйтесь. Я и сам был почти в той же ситуации, о которой писал Ярослав

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Межсубкладная гомоплазия
« Ответ #10 : 21 Апрель 2018, 05:22:39 »
Да теперь всем кто берёт БигИгрек ФТДНА автоматом делает 500 маркёров, что снизит гомоплазийное сходство. Да и сама цена снизится, так что все шансы есть.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Межсубкладная гомоплазия
« Ответ #11 : 28 Ноябрь 2018, 09:10:47 »
К сведению пассажиров. Межсубкладная гомоплазия на личных примерах:

41 шаг на 436 маркёрах, расчётный STR БОП  ~1 тыс. лет, расчётный SNP БОП ~24 тыс. лет (сравнивались E-FGC33621 и E-Y37093)
27 шагов на 436 маркёрах, расчётный STR БОП  ~600 лет, расчётный SNP БОП ~15 тыс. лет (сравнивались E-BY10485 и E-Y37093)

Оба эти человека прошли БигИгрек и относительно близки мне по маркёрам. Тогда как по снипам мы на самом деле из параллельных Вселенных.

Так-то, ня!  :)
« Последнее редактирование: 28 Ноябрь 2018, 13:52:54 от Farroukh »

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2347
  • Рейтинг +724/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: Межсубкладная гомоплазия
« Ответ #12 : 28 Ноябрь 2018, 11:30:51 »
К сведению пассажиров. Межсубкладная гомоплазия на личных примерах:

41 шаг на 436 маркёрах, расчётный STR БОП  ~1 тыс. лет, расчётный STR БОП ~24 тыс. лет (сравнивались E-FGC33621 и E-Y37093)
27 шагов на 436 маркёрах, расчётный STR БОП  ~600 лет, расчётный STR БОП ~15 тыс. лет (сравнивались E-BY10485 и E-Y37093)

Оба эти человека прошли БигИгрек и относительно близки мне по маркёрам. Тогда как по снипам мы на самом деле из параллельных Вселенных.

Так-то, ня!  :)
Уважаемый Farroukh, наверное, Вы подразумеваете SNP БОП ~24 тыс. лет?

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Межсубкладная гомоплазия
« Ответ #13 : 28 Ноябрь 2018, 17:50:04 »
Да. Уже исправил.

Оффлайн Laszcz

  • von Wrbna, von Würben, de Vrbna, h. Wierzbna (de Verbno)
  • Сообщений: 1795
  • Страна: ru
  • Рейтинг +551/-35
  • E-V13-CTS9320-BY4526
    • laszczynski.pl
  • Y-ДНК: ЖЖЖМ R-FT30381
  • мтДНК: J1c2r
Re: Межсубкладная гомоплазия
« Ответ #14 : 07 Февраль 2019, 17:51:29 »
К сведению пассажиров. Межсубкладная гомоплазия на личных примерах:

41 шаг на 436 маркёрах, расчётный STR БОП  ~1 тыс. лет, расчётный SNP БОП ~24 тыс. лет (сравнивались E-FGC33621 и E-Y37093)
27 шагов на 436 маркёрах, расчётный STR БОП  ~600 лет, расчётный SNP БОП ~15 тыс. лет (сравнивались E-BY10485 и E-Y37093)

Оба эти человека прошли БигИгрек и относительно близки мне по маркёрам. Тогда как по снипам мы на самом деле из параллельных Вселенных.

Так-то, ня!  :)

Спасибо, Фаррух!
Но на YFull я со звездой и чувствую есть вопросы к FTDNA по покрытию моего теста. Поэтому и запилил ещё 2 Бига близким родственникам по прямой мужской

А пока получается, что со всеми я где-то на расстоянии 400 лет до общего предка

Пока FTDNA постоянно переносит выдачу результатов по близким родственникам по прямой мужской линии, пробую понять, что делать с 500 маркерами. Кто ближе (и насколько вообще близки), например:
  • Два Groves и Stephen Fix при 2-х мутациях на 25 маркерах, при этом количество отличий по результатам Биг-500: 10 на 439, 11 на 434 и 12 на 432
Или
  • Didyk 12 на 438, 0 на 12, но на 25 не отображается в совпаденцах
  • Фролов 14 на 427, 0 на 12, но на 25 также не отображается

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.