Полногеномный сиквенс (WGS), где и как использовать результаты?

[Mich Glitch]

Китайцы жгут!
С 1 июня предлагают х30 WGS за 480 долларов.
Сайт только на китайском. Обсуждение на Антрогенике.

[Yaroslav]

Китайцы жгут!
С 1 июня предлагают х30 WGS за 480 долларов.
Сайт только на китайском. Обсуждение на Антрогенике.

Предупреждаю всех, кому не наплевать на свой род! Не вздумайте отправлять свои образцы китайцам! Так, надо подключать ФСБ ©

Цитирую по памяти, точность не гарантирую.

[Yaroslav]

Кстати, до сих пор не пойму, почему в сфере сабжа японцы пасут задних. Страна с самыми передовыми технологиями, неужели их не интересуют профильные для нашего форума вопросы? Или мудрые японцы уже о чём-то догадываются?..

[Mich Glitch]

Китайцы жгут!
С 1 июня предлагают х30 WGS за 480 долларов.
Сайт только на китайском. Обсуждение на Антрогенике.

Предупреждаю всех, кому не наплевать на свой род! Не вздумайте отправлять свои образцы китайцам! Так, надо подключать ФСБ ©

Цитирую по памяти, точность не гарантирую.

Да. Пашка-барашка так и говорил.
Зачем?
Почему?

[Mich Glitch]

Кстати, до сих пор не пойму, почему в сфере сабжа японцы пасут задних. Страна с самыми передовыми технологиями, неужели их не интересуют профильные для нашего форума вопросы? Или мудрые японцы уже о чём-то догадываются?..

Дык ведь они вообще самодостаточные. Нигде не пасутся, кроме своих японских площадок.     

[Mich Glitch]

В Китай всё равно не принимают заграничные образцы по почте, насколько я знаю.

Да, и стрёмно как-то.
Не в смысле "генетической бомбы", а из-за "китайского качества".

*** Про то, что компьютер, телефон, телевизор, холодильник и пр. у меня китайское - в курсе. Но всё равно.     

YSEQ - класс. Но это, как немецкие машины. Дорого и качественно.

Так что пока будем более дешёвую итальянско-американскую Данте Лабз пользовать. (У них страница косячит. Только вчера с суппортом общалси.)

[Yaroslav]

Дык ведь они вообще самодостаточные. Нигде не пасутся, кроме своих японских площадок.     

Да, это понятно. Слышал, что согласно синто все люди якобы являются творением богов, в то время как японцы - это дети богов. Так что, о чём дитю общаться с продуктом производства?)))

Я немного о другом:

- есть ли в Японии генетические лаборатории уровня FTDNA?
- делают ли в Японии тесты NGS/WGS?
- и вообще, насколько в Японии идея генетико-генеалогического тестирования овладела массами?

[ВадимЗ]

Дык ведь они вообще самодостаточные. Нигде не пасутся, кроме своих японских площадок.     

Да, это понятно. Слышал, что согласно синто все люди якобы являются творением богов, в то время как японцы - это дети богов. Так что, о чём дитю общаться с продуктом производства?)))

Я немного о другом:

- есть ли в Японии генетические лаборатории уровня FTDNA?
- делают ли в Японии тесты NGS?
- и вообще, насколько в Японии идея генетико-генеалогического тестирования овладела массами?

У Японцев есть проблема - японская история. Если поинтересуетесь японской средневековой феодальной генеалогией - жёсткая преемственность от отца к сыну, соответственно очень часто были усыновления. Усыновляли братьев, племянников, дядьёв, дальних родственников и просто детей союзников. Причём очень многие факты усыновления хорошо известны, конечно не все. Соответственно вероятность совпадения биологического и юридического происхождения куда ниже, чем в средневековой Европе. И это при родословной многих аристократических и самурайских родов (по факту они сводят свои родословные к нескольким родоначальникам) до 2000 лет по факту, и 2600 лет по легенде.  Порядка 60 поколений. + Самозванство, адюльтер, проблемы с наличием документов, и т.д., и т.п. Кто хочет разрушать родословные легенды? Ну и соответственно немного другой менталитет - это когда ты не всегда являешься преемником именно своего биологического предка.

Хотя ответов на Ваши вопросы  я не знаю.

[Yaroslav]

У Японцев есть проблема - японская история. Если поинтересуетесь японской средневековой феодальной генеалогией - жёсткая преемственность от отца к сыну, соответственно очень часто были усыновления.

Вполне возможно. Но, не все же в Японии являются потомками самураев. Я бы даже сказал, что далеко не все.

Всё же, страна с такими технологиями по идее должна была стать флагманом генетического тестирования. А пока что ничего не получается найти о дружбе японцев с ДНК-тестированием.

[Srkz]

Всё же, страна с такими технологиями по идее должна была стать флагманом генетического тестирования.

Тоже не могу ответить на ваши вопросы. Но довольно много пишут, что японское экономическое чудо ушло на пенсию после кризиса 89-91 гг ("Потерянные десятилетия") и в роли лидеров развития её замещают Корея и Китай. Наверное, внутри страны для себя что-то делают.

[LM1979]

Дык ведь они вообще самодостаточные. Нигде не пасутся, кроме своих японских площадок.     

Да, это понятно. Слышал, что согласно синто все люди якобы являются творением богов, в то время как японцы - это дети богов. Так что, о чём дитю общаться с продуктом производства?)))

Я немного о другом:

- есть ли в Японии генетические лаборатории уровня FTDNA?
- делают ли в Японии тесты NGS/WGS?
- и вообще, насколько в Японии идея генетико-генеалогического тестирования овладела массами?

Знаю что есть в Японии мощные лаборатории по секвестированию ДНК ,генетик Булаева работала в Японии ,в восторге была от их лаборатории .

[Srkz]

А в КНР тестироваться в нормальных компаниях запрещено вообще.

Вот свое и развивают. Хотя у китайцев тоже нередко строгость законов компенсируется необязательностью выполнения.

[Val_Metov]

Мне кажется, что нужна общая тема по всему, что связано с WGS. Данте, Небула, YSEQ, научники. Сборка, пересборка есть отдельная тема. Какие есть инструменты. Сервисы заточенные на полногеномные данные а не обрезку из них итд.

Самый основной инструмент для работы с WGS файлами - всем известный проект WGSEXTRACT.
основные возможности:
- Выделение аутосомов в разных форматах из Bam (Cram);
- сборка генома на любой референс;
- обратный процесс перевода bam в fastq;
- конвертация bam в cram (для экономии места) и наоборот;
- оценка качества, метрики разные;
- выделение из bam (cram) Y и Мито (для Yfull) и не только.
итд.

Лично я все Bam перевожу в cram для долговременного хранения. В будущем можно опять пересобрать на любой референс.

[MikSa]

Что-то все разбросано и не смог определить, что делать с файлами от Небулы для извлечения пользы. )
Пока есть VCF файл и индекс к нему. Качается CRAM с индексом и FastQ.
Скачал DnaKitStudio, но пока не смог скормить туда свой VCF файл.
(
Как мне подготовить данные для загрузки на гедматч, майхэритэдж, codegen.eu и т.п?

[Georg]

Что-то все разбросано и не смог определить, что делать с файлами от Небулы для извлечения пользы. )
Пока есть VCF файл и индекс к нему. Качается CRAM с индексом и FastQ.
Скачал DnaKitStudio, но пока не смог скормить туда свой VCF файл.
(
Как мне подготовить данные для загрузки на гедматч, майхэритэдж, codegen.eu и т.п?

В гедматч грузите vcf
Выше описан wgse, в нём конвертите в формат 23andme и грузите в майхеритадж, ftdna, генотек и всюду - это более универсальный формат для обмена.

Ну и ждите, когда nebula подготовит экспорт в yfull