Полногеномный сиквенс (WGS), где и как использовать результаты?

[Mich Glitch]

Заказал Whole genome sequencing в Dante Labs.
10 дней уйдёт на отправку-доставку.
Сам тест грозятся сделать за 50 дней.
То есть, к середине-концу мая возможно получу результат.

Основной вопрос: а что с ним делать?

Вроде отпадает в части игрек снипов и СТРов. Зашлю в YFull. Непрочитанные позиции (снипы), если таковые будут в ключевых узлах дерева субкладов, буду проверять в YSEQ.

Не понятно с мито. Но если в ВАМ файле будет, то тот же YFull её проанализирует.

Что с аутосомами?
Аутосомы используем для сл. вещей (по убыванию значимости):
1. Анализ родства с другими протестированными.
2. Этноанализ.
3. Анализ генетических предрасположенностей к различным заболеваниям.
4. Генетические предрасположенности (цвет глаз, метаболизм, интеллект и пр.).

Может кто-то подскажет, куда результаты WGS можно пристроить для интерпретаций?     

Заранее всем спасибо!   

[Mich Glitch]

Да, в инициальном сообщении забыл помянуть Х хромосому. Но с ней вообще не особо понятно. Исключая то, что можно выделить (или отсечь) какие-то ветви в дереве.

Т.е. речь идёт всё о тех же попарных сравнениях (УПСах).

[Mich Glitch]

Прочитал в параллельной ветке о возможности обрезать аутосомы по третьему чипу и воткнуть в ГедМатч. (Речь, правда, идёт о совсем другой лаборатории.)

Меня это совершенно не интересует в том смысле, что сделал уже тесты и в 23эндМи и в ФТДНА (ФФ).
Весь смысл в том, чтобы использовать именно полный геном для попарных сравнений.
Посмотреть, насколько точнее и глубже можно детектировать родство. Ведь если абстрагироваться от инструментальных ошибок, то это уже предел.     

[Daemon2017]

Прочитал в параллельной ветке о возможности обрезать аутосомы по третьему чипу и воткнуть в ГедМатч. (Речь, правда, идёт о совсем другой лаборатории.)

Меня это совершенно не интересует в том смысле, что сделал уже тесты и в 23эндМи и в ФТДНА (ФФ).
Весь смысл в том, чтобы использовать именно полный геном для попарных сравнений.
Посмотреть, насколько точнее и глубже можно детектировать родство. Ведь если абстрагироваться от инструментальных ошибок, то это уже предел.     

Когда-то (года 2 назад) в переписке Хэйвард (создатель Гедматча) упоминал, что будущая версия Гедматча (ныне получившая название Генезис) будет иметь задел под аутосомы из WGS. Без сроков, но всё таки, упоминал. Так что есть шанс даже того, что к моменту доставки Вам результатов, ничего резать не надо будет 
Ума, правда, не приложу, сколько выйдет по стоимости хранение WGS, когда они станут столь же массовыми, как FF. Может быть даже такое, что владельцам WGS придется платить абонентскую плату за то, что их файлы хранят 

[Mich Glitch]

У меня другой ход мысли.
Может кто-то создаст утилиту, позволяющую сравнивать на предмет УПСов два, или несколько геномов?     

В конце-концов, Ай-Тишник, по нынешним временам, - самая распространённая профессия. Глядишь, кто-нибудь и смудрит чего.   

[Mich Glitch]

Сам же и за офф-топлю слегка эту тему.

Считаю, как бы, геном - полной инструкцией по построению организма. Размерами в около четырёх миллиардов баз.

Вот это я понимаю код! Одних нейронов в мозгу почти 90 миллиардов.       

[ankr21]

Прочитал в параллельной ветке о возможности обрезать аутосомы по третьему чипу и воткнуть в ГедМатч. (Речь, правда, идёт о совсем другой лаборатории.)

Меня это совершенно не интересует в том смысле, что сделал уже тесты и в 23эндМи и в ФТДНА (ФФ).
Весь смысл в том, чтобы использовать именно полный геном для попарных сравнений.
Посмотреть, насколько точнее и глубже можно детектировать родство. Ведь если абстрагироваться от инструментальных ошибок, то это уже предел.     

Когда-то (года 2 назад) в переписке Хэйвард (создатель Гедматча) упоминал, что будущая версия Гедматча (ныне получившая название Генезис) будет иметь задел под аутосомы из WGS. Без сроков, но всё таки, упоминал. Так что есть шанс даже того, что к моменту доставки Вам результатов, ничего резать не надо будет 
Ума, правда, не приложу, сколько выйдет по стоимости хранение WGS, когда они станут столь же массовыми, как FF. Может быть даже такое, что владельцам WGS придется платить абонентскую плату за то, что их файлы хранят 

Так в базе Генезис вроде уже есть полногеномные образцы.
https://genesis.gedmatch.com/v_OneToMany2.php?kit=ZP6643585 Например
Я даже сравнил образец из FGC и из Dante. Больше 2 млн snp учавствуют в сравнении.
2149947 SNPs used for this comparison.
Ссылка не работает. Надо залогиниться.

[Mich Glitch]

Так в базе Генезис вроде уже есть полногеномные образцы.
https://genesis.gedmatch.com/v_OneToMany2.php?kit=ZP6643585 Например
Я даже сравнил образец из FGC и из Dante. Больше 2 млн snp учавствуют в сравнении.
2149947 SNPs used for this comparison.

Не вполне понял. Речь идёт о сравнении полного сиквенса игрек хромосомы?
Или же о полном сиквенсе генома?

[Mich Glitch]

Ссылка не работает. Надо залогиниться.

Скриншотика бы... 

Делал платную версию ГедМатча (не Генезис). Оказалась фигня полная.
Генезис (так понимаю, он тоже платный) сделаю, когда результат получу. А пока может кто картинками побалует.   

[ankr21]

Так в базе Генезис вроде уже есть полногеномные образцы.
https://genesis.gedmatch.com/v_OneToMany2.php?kit=ZP6643585 Например
Я даже сравнил образец из FGC и из Dante. Больше 2 млн snp учавствуют в сравнении.
2149947 SNPs used for this comparison.

Не вполне понял. Речь идёт о сравнении полного сиквенса игрек хромосомы?
Или же о полном сиквенсе генома?

Это по аутосомам сравнение без X и Y. Если два образца FF взять в сравнении участвуют около 600000 snp.

[Mich Glitch]

Вот тебе. Оказалось, что Генезис бесплатный. Зарегистрировался. Грузить пока туда нечего.

[ankr21]

[Mich Glitch]

Это по аутосомам сравнение без X и Y. Если два образца FF взять в сравнении участвуют около 600000 snp.

Спасибо!   

[ankr21]

Вот тебе. Оказалось, что Генезис бесплатный. Зарегистрировался. Грузить пока туда нечего.

так я туда все свои результаты 23andMe и FF залил.

[Mich Glitch]

Интересное кино:

Largest segment = 53.6 cM

Total Half-Match segments (HIR) = 2562.4 cM (71.4 Pct)
Estimated number of generations to MRCA = 1.2

169 shared segments found for this comparison.

2149947 SNPs used for this comparison.

71.0 Pct SNPs are full identical

Comparison took 4.017 seconds.
CPU time used: 0.203 cpu seconds.

Ver: Feb 16 2018 22:56:37


Estimated number of generations to MRCA = 1.2, Карл!     

То есть, геномы полные, а считают по старому. Вот и получились братишками.