АвторТема: Полногеномный сиквенс (WGS), где и как использовать результаты?  (Прочитано 9620 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Китайцы жгут!
С 1 июня предлагают х30 WGS за 480 долларов.
Сайт только на китайском. Обсуждение на Антрогенике.

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 18750
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4720/-14
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Китайцы жгут!
С 1 июня предлагают х30 WGS за 480 долларов.
Сайт только на китайском. Обсуждение на Антрогенике.

Предупреждаю всех, кому не наплевать на свой род! Не вздумайте отправлять свои образцы китайцам! Так, надо подключать ФСБ ©

Цитирую по памяти, точность не гарантирую.

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 18750
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4720/-14
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Кстати, до сих пор не пойму, почему в сфере сабжа японцы пасут задних. Страна с самыми передовыми технологиями, неужели их не интересуют профильные для нашего форума вопросы? Или мудрые японцы уже о чём-то догадываются?..

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Китайцы жгут!
С 1 июня предлагают х30 WGS за 480 долларов.
Сайт только на китайском. Обсуждение на Антрогенике.

Предупреждаю всех, кому не наплевать на свой род! Не вздумайте отправлять свои образцы китайцам! Так, надо подключать ФСБ ©

Цитирую по памяти, точность не гарантирую.

Да. Пашка-барашка так и говорил.
Зачем?
Почему?


???

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Кстати, до сих пор не пойму, почему в сфере сабжа японцы пасут задних. Страна с самыми передовыми технологиями, неужели их не интересуют профильные для нашего форума вопросы? Или мудрые японцы уже о чём-то догадываются?..

Дык ведь они вообще самодостаточные. Нигде не пасутся, кроме своих японских площадок.      :)

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
В Китай всё равно не принимают заграничные образцы по почте, насколько я знаю.

Да, и стрёмно как-то.
Не в смысле "генетической бомбы", а из-за "китайского качества".

*** Про то, что компьютер, телефон, телевизор, холодильник и пр. у меня китайское - в курсе. Но всё равно.      :-\

YSEQ - класс. Но это, как немецкие машины. Дорого и качественно.

Так что пока будем более дешёвую итальянско-американскую Данте Лабз пользовать. (У них страница косячит. Только вчера с суппортом общалси.)

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 18750
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4720/-14
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Дык ведь они вообще самодостаточные. Нигде не пасутся, кроме своих японских площадок.      :)

Да, это понятно. Слышал, что согласно синто все люди якобы являются творением богов, в то время как японцы - это дети богов. Так что, о чём дитю общаться с продуктом производства?)))

Я немного о другом:

- есть ли в Японии генетические лаборатории уровня FTDNA?
- делают ли в Японии тесты NGS/WGS?
- и вообще, насколько в Японии идея генетико-генеалогического тестирования овладела массами?
« Последнее редактирование: 15 Апрель 2018, 20:42:32 от Yaroslav »

Оффлайн ВадимЗ

  • Сообщений: 333
  • Страна: ru
  • Рейтинг +214/-20
  • Y-ДНК: I-Y4882-A10230-Y152087+
  • мтДНК: H5a2
Дык ведь они вообще самодостаточные. Нигде не пасутся, кроме своих японских площадок.      :)

Да, это понятно. Слышал, что согласно синто все люди якобы являются творением богов, в то время как японцы - это дети богов. Так что, о чём дитю общаться с продуктом производства?)))

Я немного о другом:

- есть ли в Японии генетические лаборатории уровня FTDNA?
- делают ли в Японии тесты NGS?
- и вообще, насколько в Японии идея генетико-генеалогического тестирования овладела массами?
У Японцев есть проблема - японская история. Если поинтересуетесь японской средневековой феодальной генеалогией - жёсткая преемственность от отца к сыну, соответственно очень часто были усыновления. Усыновляли братьев, племянников, дядьёв, дальних родственников и просто детей союзников. Причём очень многие факты усыновления хорошо известны, конечно не все. Соответственно вероятность совпадения биологического и юридического происхождения куда ниже, чем в средневековой Европе. И это при родословной многих аристократических и самурайских родов (по факту они сводят свои родословные к нескольким родоначальникам) до 2000 лет по факту, и 2600 лет по легенде.  Порядка 60 поколений. + Самозванство, адюльтер, проблемы с наличием документов, и т.д., и т.п. Кто хочет разрушать родословные легенды? Ну и соответственно немного другой менталитет - это когда ты не всегда являешься преемником именно своего биологического предка.

Хотя ответов на Ваши вопросы  я не знаю.

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 18750
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4720/-14
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
У Японцев есть проблема - японская история. Если поинтересуетесь японской средневековой феодальной генеалогией - жёсткая преемственность от отца к сыну, соответственно очень часто были усыновления.

Вполне возможно. Но, не все же в Японии являются потомками самураев. Я бы даже сказал, что далеко не все.

Всё же, страна с такими технологиями по идее должна была стать флагманом генетического тестирования. А пока что ничего не получается найти о дружбе японцев с ДНК-тестированием.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8554
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4899/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Всё же, страна с такими технологиями по идее должна была стать флагманом генетического тестирования.
Тоже не могу ответить на ваши вопросы. Но довольно много пишут, что японское экономическое чудо ушло на пенсию после кризиса 89-91 гг ("Потерянные десятилетия") и в роли лидеров развития её замещают Корея и Китай. Наверное, внутри страны для себя что-то делают.

Оффлайн LM1979

  • Сообщений: 708
  • Страна: fr
  • Рейтинг +147/-4
Дык ведь они вообще самодостаточные. Нигде не пасутся, кроме своих японских площадок.      :)

Да, это понятно. Слышал, что согласно синто все люди якобы являются творением богов, в то время как японцы - это дети богов. Так что, о чём дитю общаться с продуктом производства?)))

Я немного о другом:

- есть ли в Японии генетические лаборатории уровня FTDNA?
- делают ли в Японии тесты NGS/WGS?
- и вообще, насколько в Японии идея генетико-генеалогического тестирования овладела массами?
Знаю что есть в Японии мощные лаборатории по секвестированию ДНК ,генетик Булаева работала в Японии ,в восторге была от их лаборатории .

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8554
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4899/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
А в КНР тестироваться в нормальных компаниях запрещено вообще.
Вот свое и развивают. Хотя у китайцев тоже нередко строгость законов компенсируется необязательностью выполнения.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1248
  • Страна: ru
  • Рейтинг +927/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Мне кажется, что нужна общая тема по всему, что связано с WGS. Данте, Небула, YSEQ, научники. Сборка, пересборка есть отдельная тема. Какие есть инструменты. Сервисы заточенные на полногеномные данные а не обрезку из них итд.

Самый основной инструмент для работы с WGS файлами - всем известный проект WGSEXTRACT.
основные возможности:
- Выделение аутосомов в разных форматах из Bam (Cram);
- сборка генома на любой референс;
- обратный процесс перевода bam в fastq;
- конвертация bam в cram (для экономии места) и наоборот;
- оценка качества, метрики разные;
- выделение из bam (cram) Y и Мито (для Yfull) и не только.
итд.

Лично я все Bam перевожу в cram для долговременного хранения. В будущем можно опять пересобрать на любой референс.

Оффлайн MikSa

  • Сообщений: 297
  • Страна: by
  • Рейтинг +59/-2
  • Соколовские герба Холева
  • Y-ДНК: I-А2423
Что-то все разбросано и не смог определить, что делать с файлами от Небулы для извлечения пользы. )
Пока есть VCF файл и индекс к нему. Качается CRAM с индексом и FastQ.
Скачал DnaKitStudio, но пока не смог скормить туда свой VCF файл.
(
Как мне подготовить данные для загрузки на гедматч, майхэритэдж, codegen.eu и т.п?

Оффлайн Georg

  • Сообщений: 723
  • Страна: ru
  • Рейтинг +222/-5
  • Племянник vk511(Y),vk160(аДНК)
  • Y-ДНК: I1a1b1a1e2 (Y353312)
  • мтДНК: Я U5b2a, дети T1a1ct и H5b*
Что-то все разбросано и не смог определить, что делать с файлами от Небулы для извлечения пользы. )
Пока есть VCF файл и индекс к нему. Качается CRAM с индексом и FastQ.
Скачал DnaKitStudio, но пока не смог скормить туда свой VCF файл.
(
Как мне подготовить данные для загрузки на гедматч, майхэритэдж, codegen.eu и т.п?
В гедматч грузите vcf
Выше описан wgse, в нём конвертите в формат 23andme и грузите в майхеритадж, ftdna, генотек и всюду - это более универсальный формат для обмена.

Ну и ждите, когда nebula подготовит экспорт в yfull

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.