Методы определения возрастов адмиксов

Yaroslav · 27 февраля 2018, 20:59:24

Цитата: Tamu от 27 февраля 2018, 20:55:01
Отлично. Не хочу спойлерить, в апреле выйдут материалы Крупновских чтений. Эта цифра- 1200 лет до н.э. и Армения там окажутся очень сильно завязанными с темой кавказских алан.

Чтобы быть точным:

ЦитироватьWe show that Armenian diversity can be explained by several mixtures of Eurasian populations that occurred between ~3,000 and ~2,000 BCE, a period characterized by major population migrations after the domestication of the horse, appearance of chariots, and the rise of advanced civilizations in the Near East. However, genetic signals of population mixture cease after ~1,200 BCE when Bronze Age civilizations in the Eastern Mediterranean world suddenly and violently collapsed. Armenians have since remained isolated and genetic structure within the population developed ~500 years ago when Armenia was divided between the Ottomans and the Safavid Empire in Iran.

Yaroslav · 28 февраля 2018, 00:35:02

О методе ALDER из публикации Вадима Веренича ALDER АНАЛИЗ ПРОИСХОЖДЕНИЯ БЕЛОРУСОВ И ПОЛЯКОВ

ЦитироватьМетод ALDER выявляет нюансы популяционной истории через оценку двух важных параметров: а) рекомбинации — процесса обмена участками между разными молекулами ДНК, который напоминает перемешивание игральных карт в колоде (у человека он обязательно происходит при образовании половых клеток) и б) неравновесия по сцеплению [Linkage Disequilibrium - LD] — явления, при котором несколько участков ДНК передаются вместе блоками, которые формируются несколько по-разному в разных популяциях из-за того, что в разных популяциях наследуются разные комбинации сегментов ДНК. Таким образом, метод основан на выявлении специфических для каждой популяции сцепленных участков ДНК и на оценке доли общих сегментов в выборках сравниваемых популяций. При этом метод ALDER на основе оценки неравновесия по сцеплению определяет правдоподобность того, что две выбранные группы являются предковыми по отношению к анализируемым популяциям. Кроме того, метод позволяет также установить время смешения через оценку доли рекомбинаций на поколение.

Как было сказано выше, метод ALDER представляет собой расширенный вариант алгоритма ROLLOFF. Этот метод позволяет производить математическую оценку как времени, так как и уровня адмикса. Оценка производится на основании анализа неравновесия по сцеплению между SNP-ами. Тут необходимо вспомнить стандартное определение неравновесия по сцеплению.Неравновесием по сцеплению (часто используется английская аббревиатура LD) называется неслучайная связь между двумя аллелями, в силу которой определенные комбинации аллелей встречаются наиболее часть. В теории, чем дальше друг от друга находятся SNP-ы, тем меньше будет уровень LD. Темп угасания снижения LD в адмиксе напрямую связана с числом поколений, прошедших с момента адмикса, так как c возрастанием числа поколений увеличивается число рекомбинаций произошедших между двумя отдельными SNP-ами. Проще говоря: Rolloff соответствует экспоненциальной кривой угасания уровня LD от расстояния, и эта скорость экспоненциального снижения как раз и используется для оценки числа поколений, так и уровня адмикса в анализируемой популяции. Учитывая, что одно поколение примерно равно 29 лет, можно преобразовать число поколений в года.

Fire · 28 февраля 2018, 15:10:50

http://admixturemap.paintmychromosomes.com
Возраста Адмиксов среди многих народов, на карте можно кликать и смотреть

Fire · 28 февраля 2018, 15:18:47

Цитата: 248446 от 27 февраля 2018, 16:32:44

Конечно Фаера заносит с Крымом .

С Крымским Ханством которое было на 100 км севернее нынешних територий Карачаево-Черкесии.
И давало там это государство Крымшамхальские и другие титулы разным местным Кара-Черкесам

Srkz · 28 февраля 2018, 16:35:21

Более простым языком о неравновесном сцеплении (Linkage Disequilibrium) и методиках датировок адмиксов

Это хорошо знакомые нам общие сегменты. Если два участка ДНК находятся на одной и той же хромосоме неподалеку друг от друга, то они с высокой вероятностью совместно передадутся (или совместно не передадутся) потомку. Мерой сцепленности являются сантиморганиды cM. Расстояние между участками 1 cM означает, что при передаче ребенку на этом участке с вероятностью 1% произойдет разрыв сегмента. Следовательно, чем сегмент короче, тем реже он распадается при поколенных переходах, и с ходом времени длинные сегменты постепенно превращаются в короткие (но какая-то часть длинных все равно сохраняется). Например, для казахской выборки кривые распределения по моим данным выглядят так:

Если между двумя популяциями произошел новый адмикс, это создаст новую порцию общих длинных сегментов между ними и форма графика нарушится. Например, на картинке выше у алтайцев количество сегментов 3-4 сМ с казахами ниже, чем у тувинцев и якутов, а сегментов 4-5 и 5-6 сМ - столько же. Можно предположить, что адмикс с алтайцами у казахов был позже, чем с тувинцами и якутами. Для папуасов, наоборот, кривая опускается к нулю быстрее всех. Следовательно, адмикс с ними предполагается наиболее древним. Вообще тут будет правильнее говорить не об адмиксе, а об аутосомном аналоге ВБОПа.

То есть в целом логика тут есть. Но на практике я не верю в достоверность получаемых датировок, поскольку дрейф очень сильно влияет на количество и длину сегментов - в частности, благодаря составным сегментам. Уже само по себе это может занизить результат в разы. К примеру, на графике у казахов больше сегментов с тувинцами, якутами и алтайцами, чем с собственно казахами, поскольку казахи - менее однородная и менее отдрейфовавшая популяция. Далее, если казахи повлияли на третью популяцию, при ее исследовании адмикс может проявиться, не как собственно казахский, а как "восточносибирский". Время какого события должна показать при этом датировка? Если адмиксов было несколько, или один, но длительный, датировка также собьется. Предположительно, в большинстве случаев самое сильное влияние на итоговый результат при этом должно быть у самого позднего события. В общем, подводных камней множество.

Asmat headhunter · 28 февраля 2018, 17:09:55

Цитата: Yaroslav от 27 февраля 2018, 20:59:24
Чтобы быть точным:
ЦитироватьArmenians have since remained isolated and genetic structure within the population developed ~500 years ago
when Armenia was divided between the Ottomans and the Safavid Empire in Iran.

А это около 500 лет назад - не считается последним адмиксом у армян?

Yaroslav · 28 февраля 2018, 17:23:49

Цитата: Asmat headhunter от 28 февраля 2018, 17:09:55А это около 500 лет назад - не считается последним адмиксом у армян?

Насколько я понимаю, популяции, из которых сложился современный армянский народ (наверно, так будет назвать правильней, чем армяне) после ~1200 г. до н.э. не испытывали значительных адмиксов и эволюционировали до формирования современной армянской генетической структуры, завершившейся ~500 лет назад.

Понятно, что после даты ~1200 лет назад как раз происходили самые крупные процессы армянизации восточно-анатолийских и закавказских этносов (ранее говоривших на хуррито-урартских, индоевропейских, и возможно также других, не доживших до фиксации и поэтому неизвестных нам языках) но, получается, что каких-либо значимых аутосомных следов эти процессы не оставили.

Я так думаю ©

Kambic · 28 февраля 2018, 23:26:17

Спасибо, yважаемый Srkz. Какoe количество аутосомных дДНК необходимо иметь в определенной хронологии, чтобы можно было разгрести такие "подводныe камни" , и чтобы методика не хромала?

Yaroslav · 01 марта 2018, 00:14:31

Спасибо, Сергей, за объяснение! Ждал Вашего сообщения в этой теме

Цитата: Srkz от 28 февраля 2018, 16:35:21на практике я не верю в достоверность получаемых датировок, поскольку дрейф очень сильно влияет на количество и длину сегментов - в частности, благодаря составным сегментам. Уже само по себе это может занизить результат в разы.

Правильно ли я понимаю, что подсчёт возраста появления примеси может его ошибочно омолодить, но не ошибочно состарить?

То есть, если, например, армянам посчитали появление последней примеси ~1200 лет до н.э., то значит позже данного возраста примесей не было уже точно?

asan-kaygy · 01 марта 2018, 07:53:43

Цитата: Fire от 28 февраля 2018, 15:10:50
http://admixturemap.paintmychromosomes.com
Возраста Адмиксов среди многих народов, на карте можно кликать и смотреть

Спасибо

Yaroslav · 01 марта 2018, 08:09:26

Цитата: Fire от 28 февраля 2018, 15:10:50http://admixturemap.paintmychromosomes.com
Возраста Адмиксов среди многих народов, на карте можно кликать и смотреть

Спасибо, Давид!

Из северокавказских народов пока что есть только адыгейцы и лезгины:

Адыгейцы

Лезгины

Yaroslav · 01 марта 2018, 08:12:18

По русским выдаёт следующую картину:

Srkz · 01 марта 2018, 17:04:14

Цитата: Kambic от 28 февраля 2018, 23:26:17
Спасибо, yважаемый Srkz. Какoe количество аутосомных дДНК необходимо иметь в определенной хронологии, чтобы можно было разгрести такие "подводныe камни" , и чтобы методика не хромала?

Сложно сказать. Как по мне, более перспективно датировать адмиксы непосредственно по самим дДНК, в ближайшие годы их наверняка добавится немало.

Kambic · 01 марта 2018, 17:39:23

Цитата: Srkz от 01 марта 2018, 17:04:14
Цитата: Kambic от 28 февраля 2018, 23:26:17
Спасибо, yважаемый Srkz. Какoe количество аутосомных дДНК необходимо иметь в определенной хронологии, чтобы можно было разгрести такие "подводныe камни" , и чтобы методика не хромала?
Сложно сказать. Как по мне, более перспективно датировать адмиксы непосредственно по самим дДНК, в ближайшие годы их наверняка добавится немало.

Спасибо. Так и предполагал. Чем больше аутосомных дДНК, тем лучше.

Вот сравнение современных сицилийцев с древним. Как то не похоже что там случилось множество адмиксов, небольшой дрейф.

kardes · 04 октября 2020, 17:39:41

Цитата: Kambic от 01 марта 2018, 17:39:23
Цитата: Srkz от 01 марта 2018, 17:04:14
Цитата: Kambic от 28 февраля 2018, 23:26:17
Спасибо, yважаемый Srkz. Какoe количество аутосомных дДНК необходимо иметь в определенной хронологии, чтобы можно было разгрести такие "подводныe камни" , и чтобы методика не хромала?
Сложно сказать. Как по мне, более перспективно датировать адмиксы непосредственно по самим дДНК, в ближайшие годы их наверняка добавится немало.
Спасибо. Так и предполагал. Чем больше аутосомных дДНК, тем лучше.

Цитата: Kambic от 02 октября 2020, 16:22:07
Цитата: kardes от 30 сентября 2020, 20:05:16
Цитата: 248446 от 17 сентября 2020, 16:46:38
Кардес, вы вообще не читаете, что постите, что вам пишут, вы ещё как ответ о погоде бы написали, абсолютно не связанные ни вопросами, ни темой "ответы".

С 2-4 пункт читайте работу Юнусбаева. Заселение тюркских предков КБ и последняя датировка смешение с автохтоннами попадает на середину первого тысячилетия.

... последний адмикс степняков и "кавказцев" рассчитанный по трём разным методикам в отношении КБ показал датировку в период 2 века до 10 века, то есть среднее 6-9 век нашей эры, если половцы и тюрки (торки) уже заселили СК в это время, то другой разговор, но мейнстрим в научной среде считает, что это были ранне тюркские племена.
Ещё один важный момент датировка адмикса совпадает с возрастами трех крупных степных веток мажорных для КБ народа: карачаево-балкарская ветка YP451 (1400-1700 ybp), R1b M73 (1300 ybp), Q1a (1000 ybp)
https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1005068
Привидите научные доказательства опровергающие данные Юнусбаева и генетически доказывающие, что тюркские предки КБ заселили ЦК в 13 веке, а не в середине первого тысячилетия, как посчитано в этой работе и привидите данные опровергающие возраста степных веток у КБ и соседей.
Только не сливайтесь.
Эти якобы ж/б факты не соответствуют действительности и генетики говорят совсем другое, уже 100500 раз во всевозможных темах это обсуждалось и ответы давались.
Вот здесь пару лет назад уважаемые Yaroslav и Srkz уже разбирали эти методики в теме "Методы определения возрастов адмиксов", и признали их бесперспективными, т.к. при наличии соответствующих синхронных палеоднк необходимость в такого рода расчётах отпадает автоматически.

В принципе тот же смысл был и в моём ответе, который удалили.
Уважаемый Srkz на примере казахов верно оценил риски получения искажения конечного результата при использовании в расчётах слабогомогенных образцов: "у казахов больше сегментов с тувинцами, якутами и алтайцами, чем с собственно казахами, поскольку казахи - менее однородная и менее отдрейфовавшая популяция". Вот и балкарская выборка также показывает слабую гомогенность, поэтому оценивать периоды тех или иных адмиксов во временном разрезе предпочтительнее методом прямого сравнения палеоднк, чем теоретический анализ геномов современников. Но, несмотря на то, что это всем давным давно известно, 248446 в каждом своём сообщении приводит как истину последней инстанции один раз, два раза, три раза, четыре раза, пять раз, шесть раз, семь раз очевидно пользуясь тем, что пока нет в наличии достаточного количества палеообразцов для качественной оценки имевшихся разного рода адмиксов. Всем же ясно, что отсутствие палеоднк это только вопрос времени, а спекулирование теоретическими предсказаниями не более чем временная уловка, хотя в данном случае это скорее другое. Сказать что 248446 не знает или не понимает этого нельзя, но задевает тут не умышленное игнорирование очевидного, а регулярные оскорбления оппонентов танкистами, фриками, флудерами и т.п. Скорее всего, до появления достаточного количества полногеномных палеоднк, ~~размахивание~~ предъявление теоретически предсказанных адмиксов продолжится, но в научных работах будут отражать только прямое сравнение палеоднк, и никто не будет ставить себе цель перепроверять или доказывать состоятельность ненадёжного метода.
©