АвторТема: Извлечение Y-гаплогруппы из результатов 23andMe, AncestryDNA, MyHeritage  (Прочитано 6873 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Мужики, небольшая просьба. У человека результат по игреку выглядит в виде списка а-ля:
rs146531086  Y  56706620  A

 ...и так свыше 5 тыс. строк.
Просьба подсказать, как преобразовать это уныние в нечто, что могло бы дать нам субклад?
Или хотя бы как перевести в формат типа майхеровского, 23эндМи, чтобы потом скормить дяде Морли?

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 6759
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3525/-2
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
rs146531086  Y  56706620  A
Если вместо двойного пробела между значениями "  " поставить знак табуляции "   " то это будет совпадать с форматом 23andMe.
Хотя вроде в атласовских файлах и так всегда стояла там табуляция  ???

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Всё верно, она (табуляция) там и есть. Но Морли принимает этот формат, но то ли не понимает, и посылает в неевклидово пространство :(

Сам файл (6 Мб) с геномом тут:
https://we.tl/t-QpHO0V4HG6

Может, у вас получится. Атлас дальше чем E1b1b1  не говорит.


« Последнее редактирование: 21 Сентябрь 2020, 17:35:17 от Farroukh »

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 6759
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3525/-2
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
У меня тоже Морли теперь не открывается. Но по снипам ISOGG получается так (это своя приватная утилита)

CTS10298 +    E1b1b1b2   17267962   rs372233787   T->C
CTS11781 +    E1b1b1b2   21106774   rs368570329   G->C
CTS5487 +    E1b1b1b2   14201905   rs373282327   C->T
CTS5489 +    E1b1b1b2   14202964   rs371127379   G->T
CTS6504 +    E1b1b1b2   14836954   rs368402155   G->A
CTS6729 +    E1b1b1b2   14965873   rs368118533   C->G
CTS689 +    E1b1b1b2   7085562   rs113634021   C->T
PF1961 +    E1b1b1b2   7861581   rs369637510   G->A
PF1965 +    E1b1b1b2   9958000   rs367873874   A->C
PF1979 +    E1b1b1b2   14201905   rs373282327   C->T
PF1983 +    E1b1b1b2   14836954   rs368402155   G->A
PF1997 +    E1b1b1b2   19635444   rs372268764   C->T
PF2006 +    E1b1b1b2   21106774   rs368570329   G->C
V4065 +    E1b1b1b2   17267962   rs372233787   T->C
Z1076 +    E1b1b1b2   9958000   rs367873874   A->C
Z829 +    E1b1b1b2   7085562   rs113634021   C->T
Z830 +    E1b1b1b2   7861581   rs369637510   G->A
Z832 +    E1b1b1b2   14201905   rs373282327   C->T
Z833 +    E1b1b1b2   14202964   rs371127379   G->T
Z834 +    E1b1b1b2   14836954   rs368402155   G->A
Z835 +    E1b1b1b2   14965873   rs368118533   C->G
M123 +    E1b1b1b2a1   19602700   rs371143248   C->T
PF2023 +    E1b1b1b2a1   19602700   rs371143248   C->T
L787 +    E1b1b1b2a1a~   8372438   rs533577926   T->C
PF2018 +    E1b1b1b2a1a~   8836530   rs535141756   C->T
V1750 +    E1b1b1b2a1a~   8372438   rs533577926   T->C
V2474 +    E1b1b1b2a1a~   8836530   rs535141756   C->T
Z1148 +    E1b1b1b2a1a~   8836530   rs535141756   C->T
L29 +    E1b1b1b2a1a1   14824201   rs35394227   C->T
Page47 +    E1b1b1b2a1a1   14824201   rs35394227   C->T
L788 +    E1b1b1b2a1a1~   8372541   rs547662104   C->T
Z21455 -    E1b1b1b2a1a1a1a1~   15601104   rs1004938540   C->T
F2831 -    E1b1b1b2a1a1a1a1f1b1a   16631170   rs199673044   A->G
V3465 -    E1b1b1b2a1a1a1a1f1b1a   16631170   rs199673044   A->G
M290 -    E1b1b1b2a1a2   19716939   rs13447369   C->T
L792 -    E1b1b1b2a1a4   15835534   rs763719648   A->G
CTS10880 -    E1b1b1b2b   20655302   rs372722184   C->T
CTS11025 -    E1b1b1b2b   20743245   rs373397464   C->T
CTS11051 -    E1b1b1b2b   20759064   rs373803305   C->T

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Благодарю! Это E-M84.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Цитировать
это своя приватная утилита
ПО не разглашается? В сети нет аналога?

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 6759
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3525/-2
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
ПО не разглашается? В сети нет аналога?
Там по разным причинам непригодно к выкладыванию. Но может, кто-то ещё сочинил подобное, ничего особо сложного.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
По каким ключевым словам имеет смысл искать аналоги?

Оффлайн Павлов Сергей

  • Сообщений: 99
  • Страна: ru
  • Рейтинг +23/-0
Уважаемые форумчане! Пришли первые результаты моего теста Big-700 из FTDNA. Как я и предпологал - ни чего не понятно! Кроме того, что я - Rа1-M198.
А далее куча всяких цыфр, древ и таблиц. Подскажите пожалуйста, что далее делать? Спасибо!

Оффлайн DELTA

  • Сообщений: 992
  • Страна: ru
  • Рейтинг +343/-0
  • Y-ДНК: I2a-Y3120--PH908--FTT65; род деда N1a-L1025
  • мтДНК: W6a4
Уважаемые форумчане! Пришли первые результаты моего теста Big-700 из FTDNA. Как я и предпологал - ни чего не понятно! Кроме того, что я - Rа1-M198.
А далее куча всяких цыфр, древ и таблиц. Подскажите пожалуйста, что далее делать? Спасибо!

Результаты Big-700 выдает постепенно, сейчас у Вас готовы 111 маркеров по которым определена основная ветвь R-M198. Дальше в профильной теме R1a http://forum.molgen.org/index.php/topic,207.6315.html выкладываете свои 111 маркеров и там уже знатоки сделают прогнозы на дальнейшие ветви.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Коллеги, не подскажете ли доступный смертным софт, позволящий извлекать терминальный снип из vcf  файла?

(Тест от Генотека, соваться с ним на ИгрекФулл особого гешефта не вижу.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2347
  • Рейтинг +724/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Коллеги, не подскажете ли доступный смертным софт, позволящий извлекать терминальный снип из vcf  файла?

(Тест от Генотека, соваться с ним на ИгрекФулл особого гешефта не вижу.
Не занимался изучением этой задачи. Поступаю проще. Данные vcf файла копирую в xlsx файл. Дальше фильтрую самостоятельно.

Оффлайн Денис Винограденко

  • Сообщений: 7
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-0
  • Y-ДНК: I2a-M423
Приветствую, дополняю своими результатами полученными через сайт Морли.
тестировал двух дедушек, родных, через сайт майхеритейдж. В обоих случаях I2a [I2-PF3573 (I2-PF3876, I2-L460)]
Вопрос: не смог найти как читать, то что в скобках, - что за чем идет по порядку близости к нашему времени?
и какой тест сделать чтоб определить максимально близко по времени?
Я так понимаю что ФТДНА / FTDNA тоже до какого то общего предка несколько тыс лет назад дает.  Вопрос в разнице если I2a это 20 тыслет назад то до FTDNA дост приближенный результат к 2,5 тыс лет?

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Денис, используйте для предикции сайт из этой темы:
https://forum.molgen.org/index.php/topic,12971.0.html

Оффлайн Денис Винограденко

  • Сообщений: 7
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-0
  • Y-ДНК: I2a-M423
Денис, используйте для предикции сайт из этой темы:
https://forum.molgen.org/index.php/topic,12971.0.html

проверил, удобный ресурс) пишут 19000 лет назад I-L460 мутация произошла. и так же нашел что для максимального изучения Y необходимо больше 500 дол. 

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.