Мы видим, что, начиная с эпохи энеолита, произошло смешение отдельных родов гаплогруппы R (а именно, R1a-Z645 и R1b-M269) с оседлым населением юго-востока Европы, максимум плотности которого приходился тогда на ареал Трипольской культуры. Ребус с двуцветной раскраской дерева ИЕ языков в таком случае решается весьма просто - носители обоих родственных субкладов практически в одно и то же время перешли на "трипольский" lingua franca, эволюционировавший, в свою очередь, из прото-индо-анатолийского языка (G2a с минорными гаплогруппами) в ходе его взаимодействия с "палеоевропейскими" (I2 и реликтовая C1a2). Если исходить из сино-кавказской гипотезы, в которой изолированные баскский (> 60 % R1b-DF27) и бурушаски (50 % R2) считаются родственными, то люди из гаплогруппы R1 принесли с собой в Европы языки из этой гипотетической макросемьи. Кто-то за долгое время контакта с "палеоевропейцами" из I2, по-видимому, перешел на их языки, а кто-то сохранил свои вплоть до перехода на индоевропейские.
Что примечательно, после кризиса 4200-4000 лет назад в Европе пресеклись не только многие малоазийские Y-хромосомные линии, но и ветви R1a и R1b, не входящие в ныне доминирующие субклады. Из данных палео-ДНК мы теперь знаем, что до кризиса там жило немало людей из субкладов R1b-V88 и R1b-M73, сейчас никак не ассоциирующихся с Европой.
На примере баскского мы видим, что переход не был полным. В этом плане любопытна ситуация в Передней Азии 4000 лет назад и позднее, куда со стороны Северного Кавказа и/или Балкан могли мигрировать племена с близкой материальной культурой, но говорившие на разных языках: хуррито-урартских (R1b-Z2103), протоармянском (R1b-Z2103 и R1a-Z282?) и митаннийском арийском (R1a-Z93). Последний исчез настолько быстро, что о нем почти не осталось свидетельств. Хурритский, долгое время бывший Lingua francа Северной Месопотамии. также исчез, не выдержав конкуренции с арамейским. Только армянский живет и не собирается вымирать