АвторТема: Семь колен восходящей родословной А. С. Нилогова  (Прочитано 3628 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 17565
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4195/-13
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Я тоже так сначала подумал, но потом понял, что ошибся. Вычисляется возраст ближайшего общего предка протестированных.

Так, это нужно обмедитировать.)

Например,  самый молодой из общих снипов Нилогова, его отца и троюродного брата появился не у прадеда Нилогова, а у его пра(3)деда. Ему удалось найти и протестировать другого потомка своего пра(3)деда по мужской линии, своего 6-юродного брата.

На дереве YFull ничего не изменится. Образец 6-юродного брата вместе с образцом 3-юродного брата станет Y38374*, то есть даже филогенетически дерево YFull не совпадёт с генеалогическим деревом.

Появление 6-юродного брата как-то изменит ВБОП 8-сниповой ветки Y38374?

Появится определённое количество приватов у 6-юродного брата, куда-то переместится усреднёнка, но всё равно она не совпадёт с временем рождения пра(3)деда.

Возможно как-то изменятся границы доверительного интервала, но всё равно интервал ВБОПа ветки Y38374 по-моему чуть меньше чем-полностью останется прежним для всех четырёх образцов.

Или до меня пока ещё что-то не доходит... :-\
« Последнее редактирование: 20 Декабрь 2020, 15:32:17 от Yaroslav »

Оффлайн nilogovАвтор темы

  • Сообщений: 1322
  • Страна: ru
  • Рейтинг +93/-3
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Я тоже так сначала подумал, но потом понял, что ошибся. Вычисляется возраст ближайшего общего предка протестированных.

Так, это нужно обмедитировать.)

Например,  самый молодой из общих снипов Нилогова, его отца и троюродного брата появился не у прадеда Нилогова, а у его пра(3)деда. Ему удалось найти и протестировать другого потомка своего пра(3)деда по мужской линии, своего 6-юродного брата.

На дереве YFull ничего не изменится. Образец 6-юродного брата вместе с образцом 3-юродного брата станет Y38374*, то есть даже филогенетически дерево YFull не совпадёт с генеалогическим деревом.

Появление 6-юродного брата как-то изменит ВБОП 8-сниповой ветки Y38374?

Появится определённое количество приватов у 6-юродного брата, куда-то переместится усреднёнка, но всё равно она не совпадёт с временем рождения пра(3)деда.

Возможно как-то изменятся границы доверительного интервала, но всё равно интервал ВБОПа по-моему чуть меньше чем-полностью останется прежним для всех четырёх образцов.

Или до меня пока ещё что-то не доходит... :-\

Посмотрите мою схему, которую тут кто-то удалил.,,

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 7641
  • Страна: 00
  • Рейтинг +937/-6
  • Ultimate Matriarchy
а это единственное сниповое различие с кузеном?

Оффлайн ВадимЗ

  • Сообщений: 316
  • Страна: ru
  • Рейтинг +191/-20
  • Y-ДНК: I-Y4882-A10230-Y152087+
  • мтДНК: H5a2
На моей ветке такие результаты: до общего предка меня, брата и отца, то есть деда, который родился в 1929 году, - TMRCA 100 лет (фактически - 91 год). А вот до общего предка с 3-юродным братом деда, который родился в 1847 году, то есть 173 года назад, показано 250 лет (для R-Y41478). Если точно выверена документальная родословная, то, я считаю, что нужно давать датировки и по документам, чтобы была видна калибровка.


Если хотите документальные датировки, тогда и дерево должно быть документальным. Во первых, Вы с братом показаны представителями братских линий с отцом, что неверно, вы всё таки его потомки. YFULL пока подобного не делает. И последний общий предок вашей троицы всё же Ваш отец, а не дед. Проще говоря, если бы у Вашего отца был брат, то какого-нибудь снипа, который есть у вашей троицы, у него могло бы и не быть.

И сразу вопрос, возраст предка - это точно дата его рождения? Учитывая, что там всё же интервал даётся, то это неважно. А в теории было бы интересно знать. 

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 17565
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4195/-13
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Посмотрите мою схему, которую тут кто-то удалил.,,

А что может сказать схема относительно приведённого мною предположительного примера, если самый молодой общий снип возник у Вашего пра(3)деда?
« Последнее редактирование: 20 Декабрь 2020, 15:08:40 от Yaroslav »

Оффлайн nilogovАвтор темы

  • Сообщений: 1322
  • Страна: ru
  • Рейтинг +93/-3
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
На моей ветке такие результаты: до общего предка меня, брата и отца, то есть деда, который родился в 1929 году, - TMRCA 100 лет (фактически - 91 год). А вот до общего предка с 3-юродным братом деда, который родился в 1847 году, то есть 173 года назад, показано 250 лет (для R-Y41478). Если точно выверена документальная родословная, то, я считаю, что нужно давать датировки и по документам, чтобы была видна калибровка.


Если хотите документальные датировки, тогда и дерево должно быть документальным. Во первых, Вы с братом показаны представителями братских линий с отцом, что неверно, вы всё таки его потомки. YFULL пока подобного не делает. И последний общий предок вашей троицы всё же Ваш отец, а не дед. Проще говоря, если бы у Вашего отца был брат, то какого-нибудь снипа, который есть у вашей троицы, у него могло бы и не быть.

И сразу вопрос, возраст предка - это точно дата его рождения? Учитывая, что там всё же интервал даётся, то это неважно. А в теории было бы интересно знать.

Если предок мой отец, то согласен. И ваш комментарий справедлив насчет времени отсчета до предка. В любом случае всем этим ДНК-тестам очень далеко до документальных фактов архивной генеалогии.

Оффлайн nilogovАвтор темы

  • Сообщений: 1322
  • Страна: ru
  • Рейтинг +93/-3
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Посмотрите мою схему, которую тут кто-то удалил.,,

А что может сказать схема относительно приведённого мною предположительного примера, если самый молодой общий снип возник у Вашего пра(3)деда?
То есть вы писали о более ранних предках? Пока ведь удалось подтвердить родство только до прапрапрадеда, родившегося в 1847 году. Конечно, есть ещё несколько неразделённых снипов, которые случились у более ранних предков...

Оффлайн nilogovАвтор темы

  • Сообщений: 1322
  • Страна: ru
  • Рейтинг +93/-3
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
В общем, идея в том, что датировка узла может не совпадать с генеалогической датировкой БОП протестированных.

По факту получается, что по снипам вычисляется не возраст ближайшего общего генеалогического предка, а возраст общего предка, у которого возник самый молодой из общих снипов.

В случае уважаемого nilogov - это ближайший общий предок, у которого возник самый молодой снип из 8 снипов ветки Y38374. И таким общим предком не обязательно был его прадед, а мог быть прапрадед, пра(2)дед и т.д. Какой снип из этих 8 общих снипов ветки Y38374 является самым молодым - неизвестно, так как пока что неизвестен хронологический порядок появления этих 8 снипов.

Снип R-Y41478 вряд ли произошёл у прапрапрадеда, так как это наш общий предок с протестированным 3-юродным братом деда.

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 17565
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4195/-13
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
То есть вы писали о более ранних предках? Пока ведь удалось подтвердить родство только до прапрапрадеда, родившегося в 1847 году. Конечно, есть ещё несколько неразделённых снипов, которые случились у более ранних предков...

Я смодулировал ситуацию, вроде как не противоречащую Вашему дереву, в контексте разговора о том, является ли SNP-возраст БОПа де факто возрастом общего предка, у которого появился самый молодой общий снип, а не возрастом генеалогического ближайшего общего предка.

Из Ваших родственников по Y-линии Big Y-700 на сегодня протестирован только у Вас, Вашего отца и Вашего троюродного брата?

Снип R-Y41478 вряд ли произошёл у прапрапрадеда, так как это наш общий предок с протестированным 3-юродным братом деда.

Не факт, что снип Y41478 является самым молодым из 8 снипов своей ветки. Просто он дал название той ветке, на которой он находится в YFull.

Эти 8 снипов появлялись в хронологической последовательности один за другим, но мы пока что не знаем, какой из них появился раньше, а какой позже.

Теоретически самый молодой снип их этих 8 снипов мог появиться, например, и у Вашего пра(3)деда, а потом через него передаться Вашему отцу, Вашему троюродному брату и Вам.

В отличие от генеалогического дерева, где базовым звеном является представитель определённого поколения (дед > отец > сын и т.п.), в генеалогическом SNP-дереве базовыми звеньями являются снипы, возникающие раз в несколько поколений.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6835
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3620/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Например,  самый молодой из общих снипов Нилогова, его отца и троюродного брата появился не у прадеда Нилогова, а у его пра(3)деда. Ему удалось найти и протестировать другого потомка своего пра(3)деда по мужской линии, своего 6-юродного брата.

На дереве YFull ничего не изменится. Образец 6-юродного брата вместе с образцом 3-юродного брата станет Y38374*, то есть даже филогенетически дерево YFull не совпадёт с генеалогическим деревом.

Появление 6-юродного брата как-то изменит ВБОП 8-сниповой ветки Y38374?

Появится определённое количество приватов у 6-юродного брата, куда-то переместится усреднёнка, но всё равно она не совпадёт с временем рождения пра(3)деда.

Возможно как-то изменятся границы доверительного интервала, но всё равно интервал ВБОПа ветки Y38374 по-моему чуть меньше чем-полностью останется прежним для всех четырёх образцов.
Есть временной зазор между моментом появления самого молодого общего снипа и временем жизни ближайшего общего предка всех протестированных представителей ветви - N поколений. Новых снипов у предков протестированных людей за этот период не возникало. ВБОП (по снипам) = возраст самого молодого общего снипа минус N. При тестировании 6-юродного брата вместо троюродного, если он тоже носитель этого снипа, N уменьшается на три поколения. Поэтому ожидается удревнение ВБОПа. А если не носитель, то мы получаем информацию, что N меньше трёх. По мере охвата ветви тестами, N стремится к нулю. При удаче, может и сразу оказаться нулевым.

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 17565
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4195/-13
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Есть временной зазор между моментом появления самого молодого общего снипа и временем жизни ближайшего общего предка всех протестированных представителей ветви - N поколений. Новых снипов у предков протестированных людей за этот период не возникало. ВБОП (по снипам) = возраст самого молодого общего снипа минус N. При тестировании 6-юродного брата вместо троюродного, если он тоже носитель этого снипа, N уменьшается на три поколения. Поэтому ожидается удревнение ВБОПа. А если не носитель, то мы получаем информацию, что N меньше трёх. По мере охвата ветви тестами, N стремится к нулю. При удаче, может и сразу оказаться нулевым.

Алгоритм подсчёта возрастов для меня - это тёмный лес. Тут у меня всё на доверии.

Разве YFull включает в формулу подсчёта ВБОПов количество поколений (N) между ближайшим общим снипом и ближайшим общим предком? Или же N автоматически срабатывает при подсчёте?

И почему при тестировании 6-юродного брата вместо троюродного, если имелось в виду, что, при наличии на дереве отца и троюродного брата, на дерево добавляется также и 6-юродный брат?

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6835
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3620/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
N нам неизвестно, на то оно и N :) Если оно ноль, то расчётный ВБОП совпадает с реальным возрастом снипа. А если нет, то нет. Сам ВБОП должен считаться независимо от этой величины.

Цитировать
И почему при тестировании 6-юродного брата вместо троюродного, если имелось в виду, что, при наличии на дереве отца и троюродного брата, на дерево добавляется также и 6-юродный брат?
Имелось в виду, дополнительно к троюродному брату. Вместо него самым дальним теперь будет шестиюродный.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 7641
  • Страна: 00
  • Рейтинг +937/-6
  • Ultimate Matriarchy
только меня смущает единственный снип в ветке из 7 колен на таргете bigY700? Это ситуация крайняя, затрудняюсь выразить численно тк не знаю калибровки на их BED, но должно быть больше мутаций. 5 поколений в одну сторону на меньшей длины таргет - это более 1 мутации при мощной фильтрации. Что-то запорото при коллинге?

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 17565
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4195/-13
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
N нам неизвестно, на то оно и N :) Если оно ноль, то расчётный ВБОП совпадает с реальным возрастом снипа. А если нет, то нет. Сам ВБОП должен считаться независимо от этой величины.

Тогда всё равно получается, что YFull считает возрасты до ближайшего общего снипа, а не предка.

Или же я упорно продолжаю не врубаться :)

только меня смущает единственный снип в ветке из 7 колен на таргете bigY700?

Вы про снип Y41478, общий для Нилогова, его отца и родного брата?

На дереве YFull находятся четыре потомка прадеда Нилогова: сам Нилогов, его брат, отец и троюродный брат. То есть генеалогическое дерево выверено от Нилогова на 3 поколения (UPD: ошибка, на 5 поколений).
« Последнее редактирование: 20 Декабрь 2020, 18:43:15 от Yaroslav »

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 7641
  • Страна: 00
  • Рейтинг +937/-6
  • Ultimate Matriarchy
Тогда всё равно получается, что YFull считает возрасты до ближайшего общего снипа, а не предка.

отделить мух от ко.. снипы от предков этим способом невозможно

Для восстановления предкового дерева можно использовать байесовский метод, который тестирует филогении втч с нулевыми мутациями при трансмиссии а также невидимыми эмпирически обратными. Но это скорее из области мысленных экспериментов, тк метод сильно зависим от входного типа клока: строгого либо ослабленного. На выходе иногда получаются вещи куда более спорные чем когда снипы и предки ходят вместе.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.