Классификация ветвей дерева

[Yurgan]

Да, интересно получается! Спасибо!
А цифры-это количество мутаций?
............
Точнее, ее условно называют северно-евразийской, за частичную распространенность и на севере Европы (Прибалтика) и в европейской части России. Ну это условное название. Юрган называл эту ветку венедской. И я (мой гаплотип как всегда отличился), похоже единственный из нее, попал в K-Type.

Да, цифры - минимальное количество мутаций на рёбрах дерева. У Вас действительно, в индивидуальной ветке их более всех - 14. Но это не значит, что Вы сидите там не прочно. Во всяком случае, на всех, даже субоптимальных, деревьях Вы со своего места не стронулись, в отличие от многих прочих.
 
Что же касается отнесения поляками Вас к К-типу, то это весьма условно, так так вся К-бордерлайн относится туда же. К тому же следует помнить, что филогения - как раз тот инструмент, который уточняет таксономию (кластеризацию), а не наоборот. При этом, принимается во внимание возможная гомоплазия (случайное сходство гаплотипов), которую кластеризация не в состоянии учесть. Конечное слово - безусловно за снипами.
 
А названия - не в них суть. Пусть будут венеды. В любом случае, без помощи грамотного историка славянских (и дославянских) миграций, подобного Юргану при интерпретации филогенетических данных нам не обойтись. Интересно, что он думает о ветке Клёсова, откуда она может быть?

Назвал ветку Клесова сарматами, можно конечно назвать южно-русской, но татары действительно в эту ветвь попадают, поэтому не стоит так называть. Думаю это в основном потомки скифов южно-русских степей, т.е. западных скифов, родство которых с восточными скифами по моим расчетам проявлется и хазары здесь недалеко. Предлагаю ввести хазарские гаплотипы в эту программу построения дерева , а также Нуриахметова, Шарипова и Кубана Чороева.
Называть ветвь венедов северно-евразийской не точно, причем тут Азия. Эта ветвь имеет четко очерченный ареал: Северная Польша, Прибалтика, Центральная и Северная часть Европейской России. В Азию они попали не ранее конца 16 века. 

А Вид нарисованного дерева мне очень нравится. Где скачать программу?

[Овод]

Как только узнаю, как это сделать, так сразу и вернусь к опробыванию программы.

Cделать это просто: Команда ссode /5 0 /12 7; даёт маркеру 0 (в ТНТ маркеры нумеруются с нуля) вес 5, а седьмому маркеру (фактически - восьмому по порядку) - вес 12. Разумеется, эту команду лучше вводить не интерактивно, в командной строке, а даписать в файл для всех маркеров  вместе с исходными данными.
 
Ещё важно - ТНТ изначально полагает все маркеры неаддитивными, то есть вероятность перехода между аллелями не зависит от их различия  (что справедливо только для анализа нуклеотидных или аминокислотных сиквенсов). Для того чтобы правильно считать СТР-аллели необходимо указать ей на аддитивность каждого маркера командой ссode /1+ 0.66; , которая делает все маркеры с 1-го по 67-й аддитивными с весом 1.
 
Есть особые команды для назначения весов, точнее, вероятностей переходов между отдельными аллелями каждого маркера (чего, кстати нет в Мурке, где матрица переходов задаётся для всех маркеров одинаковой).
 
Вообще то, все сведения о возможных командах ТНТ, их назначении и синтаксисе можно получить онлайн, введя в командной строке (которая находится под главным окном программы) команду HELP.
 
C Вашим мнением о преимуществе больших и разнообразных выборок над малыми и локальными - согласен. Конечно, лучше быть богатым и здоровым, чем бедным и больным (с)   Доберёмся и до больших. Вот только мощь компьютера чуток увеличим....

[mouglley]

C Вашим мнением о преимуществе больших и разнообразных выборок над малыми и локальными - согласен. Доберёмся и до больших. Вот только мощь компьютера чуток увеличим....

Богатенький Вы наш.

[Овод]

Юрган:

А Вид нарисованного дерева мне очень нравится. Где скачать программу?

Вот здесь: http://www.zmuc.dk/public/phylogeny/TNT/
 
Я не против включения каких бы то ни было новых гаплотипов по теме выборки. Единственно - желательно, чтобы они были 67-маркерными. Хотя ТНТ, в отличие от большинства других программ позволяет включать с одну выборку гаплотипы разной длины (в отсутствующих маркерах при этом проставляется знак вопроса - ?), но при их массовом включении это отрицательно влияет на устойчивость, а следовательно, и на достоверность результирующей филогении.
 
Так что давайте гаплотипы "хазар". Посмотрим, что с ними можно сделать. Можно просто со ссылкой на номер ФТДНА (с именем проекта), либо Вай-Сёрча, что, конечно, менее надёжно. Или (если есть готовые) - в таблице Ёкселя. Это касается и всех других форумчан R1a1, которые хотели бы увидеть cебя или родича на дереве. Желательно, с предысторией.

[Yurgan]

Юрган:

А Вид нарисованного дерева мне очень нравится. Где скачать программу?

Вот здесь: http://www.zmuc.dk/public/phylogeny/TNT/
 
Я не против включения каких бы то ни было новых гаплотипов по теме выборки. Единственно - желательно, чтобы они были 67-маркерными. Хотя ТНТ, в отличие от большинства других программ позволяет включать с одну выборку гаплотипы разной длины (в отсутствующих маркерах при этом проставляется знак вопроса - ?), но при их массовом включении это отрицательно влияет на устойчивость, а следовательно, и на достоверность результирующей филогении.
 
Так что давайте гаплотипы "хазар". Посмотрим, что с ними можно сделать. Можно просто со ссылкой на номер ФТДНА (с именем проекта), либо Вай-Сёрча, что, конечно, менее надёжно. Или (если есть готовые) - в таблице Ёкселя. Это касается и всех других форумчан R1a1, которые хотели бы увидеть cебя или родича на дереве. Желательно, с предысторией.

Скиньте адрес в личку, перешлю хазар.

[Овод]

Получил Ваших хазар, Юрган - спасибо. Половину из них (та, что отмечена у Вас голубым цветом с ашкеназкими фамилиями) отметил префиксом J, а тех, кто с тюркскими - Н. Посмотрите, что в итоге получилось, Клёсовская ветка враз разбогатела - все ашкеназы плотно сели на неё, хоть и особнячком. Туда же, но снизу, перебежал Шварёв со всех своей гоп-компанией.
 
А вот тюрки сели вразнобой. Один из них какой-то странный - у него в личной ветке аж 41 мутация набежала. Надо бы проверить его маркеры - что то тут не так.
 
Небольшая реаранжировка внутри ветвей произошла. Есть и несколько "перебежчиков между ветвями. Между стволами - единицы. На 80 процентов структура дерева сохранена: три ствола, шесть ветвей. И стволы и ветви те же.
 
По поводу их устойчивости, чуть позже - поздно уже сегодня.
 

[mouglley]

Посмотрите, что в итоге получилось, Клёсовская ветка враз разбогатела - все ашкеназы плотно сели на неё, хоть и особнячком. Туда же, но снизу, перебежал Шварёв со всех своей гоп-компанией.

То есть, в этой части ветки, Ваш и мой вариант сходятся: Клёсовцы - (про)хазары?

[Овод]

То есть, в этой части ветки, Ваш и мой вариант сходятся: Клёсовцы - (про)хазары?

Похоже, что так. Вся дюжина ашкенази сели туда с попаданием 100% и очень плотно - такое просто так не бывает. А вот с тюрками надо разобраться - как-то они в разных местах ко двору пришлись, причем некоторые - довольно неустойчиво. Может я Юргана не так понял, и нужно было только "голубых" сажать?
 
Один из них, Шариф, что внизу Лифановской ветки, точно - совсем чужой. Или с маркерами у него какой сдвиг произошел - я брал данные Юргана без проверки. Будем разбираться.

[mouglley]

У меня, так практически все ашкеназы- левиты-R1a1 сели на эту ветку.

Похоже, что это не славянская, а скифская (иранская) ветвь?

Славянские ветви другие, общие с поляками.

[I2a1a]

 
Похоже, что так. Вся дюжина ашкенази сели туда с попаданием 100% и очень плотно - такое просто так не бывает.

Бывает, и очень часто. Более того, по опыту построений древ I2a2, знаю, что подобные ветви ашкенази оказываются настолько устойчивыми, что даже добавление новых гаплотипов неспособно нарушить внутренней гармоничной взаимосвязи ветвей ашкеназийского кластера.

[Овод]

Бывает, и очень часто. Более того, по опыту построений древ I2a2, знаю, что подобные ветви ашкенази оказываются настолько устойчивыми, что даже добавление новых гаплотипов неспособно внутренней гармоничной взаимосвязи ветвей ашкеназийского кластера.

Так и я о том же, Вадим. К тому, что это - не случайность.

[Овод]

Теперь - об устойчивости последней филогении "славян".  Как ни странно, несмотря на появление прочной ветки ашкеназов, в целом дерево не стало устойчивее. По прочности по прежнему лидирует ствол Лифанова, за ним - Овода, замыкает - Клёсов.
 
На шести оптимальных деревьях различие крохотное - соответствует минорным перестановкам в ветвях. А вот на субоптимальных, в которых на одну мутацию больше (их более полусотни) перестановки уже более заметны:
 
 Первой "разваливается" ветка Клёсова - на три независимых, из которых, в свою очередь только одна остаётся в прежнем составе - ашкеназы. Две других - Шварёва и собственно Клёсова - мигрируют и несколько меняются в составе. Сюда бы побольше народу, чтобы определиться. Примерно столько же, сколько там сейчас хазар-ашкеназов. А то весь ствол пока держится исключительно на их единстве.
 
Верхний  тоже изменяется, хоть и в более стабильном составе. Выделяются иногда две почти независымых ветки - Овода и Леслы. Первая -  постарше, вторая - моложе. То есть действительно, есть вероятность, что при пополнении выборки они если не разбегуться, то разделятся на две соседние - старую и молодую, возможно - более южную и северную, судя по составу участников. Но пока об этом говорить ещё рано, мало данных.
 
Несомненно радует ствол Лифанова, без каких-либо намёков на потрясения. Разве что самые нижние листики могут облететь. Нужны еще "славянские" 67-маркерные гаплотипы. Буду искать.

[Аббат Бузони]

Мокша-шваревская ветвь - это потомки полтавкинцев уверен на 100%.

[Овод]

Мокша-шваревская ветвь - это потомки полтавкинцев уверен на 100%.

Аббат, нельзя ли развернуть Вашу уверенность в текст, доступный простому смертному? Был бы очень признателен.
 
Мне очень не хватает знания истории, чтобы понять, как можно интерпретировать получившиеся ветви.

[mouglley]

Сюда бы побольше народу, чтобы определиться. Примерно столько же, сколько там сейчас хазар-ашкеназов. А то весь ствол пока держится исключительно на их единстве.

Добавьте на дерево абсолютно всех ашкеназов, каких найдёте, из любого региона.
Все они только укрепят ветвь.