Классификация ветвей дерева

[VVR]

Тем более чужда мне - северо-евразийская ветвь, к которой я, казак, судя по названию, уж точно не принадлежу.

Название мне тоже не осень нравится. А в первой половине I тысячелетия н.э. некоторые козаки могли и на севере Восточной Европы жить. Хотя соотнесение с венедами у меня вызывает сомнения или по крайней мере кажется поспешным.

[VVR]

...несмотря на обилие мутаций. Они у него, если можно так сказать, некритичные

Вот давно хотел спросить у специалистов по филогении. К примеру, для славян - мутации в каких маркерах являются критичными, определяющими на какую ветвь садятся гаплотипы? А мутации в каких маркерах, так сказать, - индивидуальны, для семей, условно говоря?

Так для каждой ветви индивидуально, хотя есть и общие тенденции.Например 426-й у всех  крупных ветвей R1a1 (и скорее всего подветвей) равен 12. Если у кого-то 11 или 13 для отнесения к ветви это несущественно. Слишком редкая мутация - не ветвеобразующая.

[Овод]

...несмотря на обилие мутаций. Они у него, если можно так сказать, некритичные

Вот давно хотел спросить у специалистов по филогении. К примеру, для славян - мутации в каких маркерах являются критичными, определяющими на какую ветвь садятся гаплотипы? А мутации в каких маркерах, так сказать, - индивидуальны, для семей, условно говоря?

Наиболее критичны, имхо - мутации в маркерах 391 и 439, а также - 389-2 (особенно, если из него вычесть 389-1). Поскольку они фактически являются заменой снипа М458 Андерхилла и делят всех славян приблизительно поровну. И приведенное дерево ещё раз подтверждает это. По поводу 426-го маркера такого сказать не могу - он не обратил на себя такого внимания - у всех примерно ровненький. А вот 425-й из пятой панели ФТДНА - весьма характерен для разделения славян, имхо. Хоть у Андерхилла и не типировался.
 
Вообще-то, здесь речь должна идти не о конечных значениях маркеров у той или иной персоны - они могли поменяться и в их индивидуальных ветвях, обычно более протяжённых, чем общие. Здесь нужно обращать внимание на синапоморфию - изменение маркера у одного из предков ветви, который сохраняет своё значение в ней вплоть до индивидуальных веточек, где может и потеряться. Упомянутые мной маркеры - именно из этой категории.

[VVR]

По поводу 426-го маркера такого сказать не могу - он не обратил на себя такого внимания - у всех примерно ровненький.

Так и я о том же. 426-й не влияет на соотнесение к ветви. 391 и 439 влияют. 389-2 поменьше. Естественно, надо рассматривать совокупность влияющих маркеров, т.к. в каждом отдельно взятом маркере могут быть индивидуальные мутации, иногда даже на три шага одной мутацией.

[mouglley]

Господа, если вы пользуетесь Нетворком - замечательно.
Результаты, которые там получены имеют основание для обсуждения.

Если же вы пользуетесь исключительно ТНТ, даю 100%-ю гарантию - никакого отношения эта попгения к реальной генеалогии не будет иметь отношения (иначе,  бы сам давно перешёл на этот простачёк).

В программе невозможно учесть главное - различие в скоростях мутаций отдельных маркеров.

В результате Вы получаете, что самый редкомутирующй маркер мутирует со скоростью размножения кролика.

Дерево, полученное в ТНТ годится для одной цели - подсчета возраста одной гаплогруппы (субклада) ограниченной отснипованными индивидууами.
Чистая попгения, к генеалогии никаких касательств не имеющая.

Если бы всё так было легко, я бы дерево R1a1 уже построил пару месяцев назад.

Тут как раз начинается настоящая работа - приведение дерева в соответствие с географией и историей.

То есть, усложнене.

Путь ТНТ не отличается от примитивного пути параллельшиков - пути филиса.
Никакого отношения к генеалогии это иметь не будет.
Опять-таки даю полную гарантию.

Хорош упрощать!

[VVR]

Я ж написал, что пользуюсь Нетворком.

[mouglley]

А я - что к Нетворку претензиев нет (если Вы закладываете веса).
Ветви, выявленые Нетворком останутся ( с какими-то изменениями) и далее.

[VVR]

Кстати, Валерий, автор Мурки, здесь на форуме писал, что на 67 маркерах и Файлип может дать хороший результат. С ТНТ пока не знаком. С Муркой тоже не сложилось.
АК  советовал веса не вводить, т.к. они дают дополнительную погрешность, но я к его совету не прислушался - ввожу веса Вертнера.

[mouglley]

И правильно делаете.
У АК иные цели - не генеалогические, а вопросы возрастов определённых родов в определённых популяциях.
С чем он вполне успешно и справляется.
Как бронепоезд проторивает путь для нас, ДНК-генеалогов.

У нас же вопрос более тонкий - привязать гаплотип к конкретной ветке при отсутствии снипа.

Путей много для этого.
Но какой-то из них уже прошёл и я.
Много из них может завести в тупик.
Стерегитесь этого.

Пока же учёт весов - оптимальный путь.

Причём, весов, прочитанных , как самим wertner'om, так и нами самими.
Пока для гаплогруппы N оптимальными получаются веса, просчитанные автором в его  исходной статье.
Внесено лишь одно изменение на единицу в двух маркерах.

Мурка же просто даёт возможность найти корень.
Задача номер 1 в филогении.

[Овод]

Маугли, с чего Вы решили, что ТНТ не может вводить веса? Я считал в ней и с весами Вертнера, и Чандлера и своими - нет никаких проблем - для этого там существует команда ССОDE. Более того, ТНТ сама может посчитать оптимальные веса по алгоритму, сходному с Вертнеровским - путём расчёта количества мутаций в каждом маркере и соответствующего взвешивания (функция Implied Weighting).
 
Более того, ТНТ может вводить ещё индивидуальные веса не только для маркеров-символов, но и для отдельных их значений. То есть иметь не одну матрицу весов, как в Мурке - а несколько, по одной на каждый маркер. Так что не надо здесь "ля-ля" про "упрощения".
 
И по времени расчёта, и по минимальной стоимости найденных оптимальных деревьев ТНТ превосходит все программы, перечисленные мной в числе тестируемых в первом посту темы. Разумеется, она не без недостатков: не считает возраста по ро-статистике, например, не указывает конкретное направление мутаций на дереве, имеет слабую графику и др. Но это компенсируется возможностью писать для неё свои макросы, которые в состоянии это делать. Правда, до этого уровня я пока не дорос. Но буду стараться.
 
Понятно, что у каждого из нас есть свои пристрастия. Кому-то и Филипок с Мегой - верх блаженства. Но никогда не брощу камень в того, кто ими пользуется. Равно - как и Муркой. Хотя там блох немало.
 
Так что давайте - конкретно по делу. Если есть что сказать по результату, а не программе.

[Lesla]

То есть по первому результату имеется 3 ствола от которых исходит 6 веток и еще один ранний ствол? А при увеличении количества гаплотипов как будут меняться результаты? Только ветки или стволы и ветки?

[Овод]

Поживём - увидим. Стоит ожидать реконфигурации неустойчивых веток, возможен отрыв от них отдельных гаплотипов, близких к основанию или имеющих существенное превышение индивидуальных мутаций над общими (Вас не касается - это индивидуально).
 
Надеюсь, что два наиболее стабильных ствола сохранятся в любом случае. За Клёсовский - не поручусь.     За Лифановский - дам голову на отсечение - выживет.

[mouglley]

Маугли, с чего Вы решили, что ТНТ не может вводить веса? Я считал в ней и с весами Вертнера, и Чандлера и своими - нет никаких проблем - для этого там существует команда ССОDE.

Замечательно. Не знал.
Если введены веса, все мои замечания можно восприныть, как общую болтовню.

Более того, ТНТ сама может посчитать оптимальные веса по алгоритму, сходному с Вертнеровским - путём расчёта количества мутаций в каждом маркере и соответствующего взвешивания (функция Implied Weighting).

Не рекомендую. Пробовал. Будет перекос мутаций, характерных для избыточного количества шотландцев-германцев R1a1 по сравнению со славянами. У меня такое случилось из-за финнов.
Лучше брать веса расчитанные для многих гаплогрупп.

Более того, ТНТ может вводить ещё индивидуальные веса не только для маркеров-символов, но и для отдельных их значений. То есть иметь не одну матрицу весов, как в Мурке - а несколько, по одной на каждый маркер.

Не пробовал. Может быть что-то интересное получится.
Поделитесь результатом этого опыта?

Так что не надо здесь "ля-ля" про "упрощения".

Кого-то нехорошего эти слова мне напоминают.

Так что давайте - конкретно по делу.

А к делу, значит, придётся вернуться к ТНТ. Подскажите, пожалуйста, как и куда ввести команду ССОDE.
Попробую поэкспериментировать с пбольшими подборками N и R1a1. Сравню результаты.

Не рекомендую брать небольшие выборки (ручная выборка хуже даже статистики). Редких потомков случайных туристов в этом случае может, неоправданно, прибить к чужой ветке.
Лучше взять полную выборку, разбить её программой на большие ветви (отсечь древние ветви), а потом уже эти ветки членить на подветки.

[I2a1a]

Если же вы пользуетесь исключительно ТНТ, даю 100%-ю гарантию - никакого отношения эта попгения к реальной генеалогии не будет иметь отношения (иначе,  бы сам давно перешёл на этот простачёк).
.....

Путь ТНТ не отличается от примитивного пути параллельшиков - пути филиса.
Никакого отношения к генеалогии это иметь не будет.
Опять-таки даю полную гарантию.

Хорош упрощать!

Виктор, на самом деле TNT - несмотря на весь свой "простяцкий" вид - очень мощный инструмент. Мы с Валерием несколько раз дискутировали о плюсах и минусах ТNT в сравнении с Муркой.Между прочим, сам Валерий объективно считает TNT лучше Мурки в плане разнообразия используемых в TNT серии парсиномических алгоритмов и функциональности штейнеровского солвера - в то время как Мурка опирается сугубо на алгоритмы из работ Ползина (которые близки по сути  к  алгоритмам Нетворка).
Мы с Валерием в теме Фил.деревья I2a2 проводили bench-тесты обеих программ на скорость и стоимость
находимых оптимальных и субоптимальных деревьев одних и тех же выборок. Так вот - TNT по обеим критериям, пусть и некритически, но опережала Филомурку.
И анализовать синаморфии, задавать веса и пр. - действительно проще в TNT. У Мурки тоже есть ряд преимуществ, но сейчас не о них речь.

[mouglley]

Я знал о силе ТНТ, но вот о том, что в неё можно загнать веса, узнал только сегодня от Овода.
Без весоя я её и забросил.

Как только узнаю, как это сделать, так сразу и вернусь к опробыванию программы.