Маугли, с чего Вы решили, что ТНТ не может вводить веса? Я считал в ней и с весами Вертнера, и Чандлера и своими - нет никаких проблем - для этого там существует команда ССОDE. Более того, ТНТ сама может посчитать оптимальные веса по алгоритму, сходному с Вертнеровским - путём расчёта количества мутаций в каждом маркере и соответствующего взвешивания (функция Implied Weighting).
Более того, ТНТ может вводить ещё индивидуальные веса не только для маркеров-символов, но и для отдельных их значений. То есть иметь не одну матрицу весов, как в Мурке - а несколько, по одной на каждый маркер. Так что не надо здесь "ля-ля" про "упрощения".
И по времени расчёта, и по минимальной стоимости найденных оптимальных деревьев ТНТ превосходит все программы, перечисленные мной в числе тестируемых в первом посту темы. Разумеется, она не без недостатков: не считает возраста по ро-статистике, например, не указывает конкретное направление мутаций на дереве, имеет слабую графику и др. Но это компенсируется возможностью писать для неё свои макросы, которые в состоянии это делать. Правда, до этого уровня я пока не дорос. Но буду стараться.
Понятно, что у каждого из нас есть свои пристрастия. Кому-то и Филипок с Мегой - верх блаженства. Но никогда не брощу камень в того, кто ими пользуется. Равно - как и Муркой. Хотя там блох немало.
Так что давайте - конкретно по делу. Если есть что сказать по результату, а не программе.