Whole Genome Sequence от YSEQ

[shink]

Для текущей независимой статистики Yseq...
WGS+ был сделан чуть больше чем за 3 месяца.
Поступление образца в лабораторию - 02.01.2024
Результаты досупны в ЛК - 08.04.2024

[AleksG]

Неплохо. Мне Астрид на вопрос ответила, что 4-5 месяцев делают
Но пока еще даже swab B не извлекли:

03/23/2024   Processing   Your DNA (YSEQ ID) is in storage.
Thank you for your order.

[shink]

Я новичек в работе с WGS extract. Установил программу. Как я понимаю,для моих целей (получение файла аутосом, который можно скормить Генотеку и FTDNA) на вход нужен BAM, содержащий информацию по аутосомам? В списке файлов предоставленных Yseq я таких файлов не вижу. Хотя бы исходя из размера... Что-то недодали или нужно запрашивать дополнительно?

[gecube_ru]

Либо недодали, либо у вас тест не тот. Расскажите лучше - какие файлы вы получили из лабы ?

[shink]

Либо недодали, либо у вас тест не тот. Расскажите лучше - какие файлы вы получили из лабы ?

Я делал WGS+. Файлов Yseq дает много разных для разных применений. Обнаружил, что именно необходимый bam отсутствует
https://genomes.yseq.net/WGS/XXXXX/XXXXX_bwa-mem_hg38_sorted.bam
Ссылка на него в письме есть, и оговорка что он может быть до 56 гигабайт(почему интересно именно столько?). А самого файла не выложено. Написал в лабу. Думал, что это какая-то обычная история, и они выкладывают этот файл только "по-требованию"... Но почему-то поддержки от коллег не вижу. По- видимому просто частная ошибка.
Пишет:
We have error: «The requested URL was not found on this server

[shink]

Либо недодали, либо у вас тест не тот. Расскажите лучше - какие файлы вы получили из лабы ?

Я делал WGS+. Файлов Yseq дает много разных для разных применений. Обнаружил, что именно необходимый bam отсутствует
https://genomes.yseq.net/WGS/XXXXX/XXXXX_bwa-mem_hg38_sorted.bam
Ссылка на него в письме есть, и оговорка что он может быть до 56 гигабайт(почему интересно именно столько?). А самого файла не выложено. Написал в лабу. Думал, что это какая-то обычная история, и они выкладывают этот файл только "по-требованию"... Но почему-то поддержки от коллег не вижу. По- видимому просто частная ошибка.
Пишет:
We have error: «The requested URL was not found on this server

Нашел в письме фразу, говорящую о том что действительно данный файл предоставляется "по запросу". Т.е нужно писать и несколько дней его будут готовить.