Для того, чтобы знать, что представляют собой данные в наших "роу дата" на сайте 23иЯ, необходимо хотя бы вкратце представлять себе, что происходит с нашими образцами на входе. По литературе я составил себе некоторое представление об этом, хотя не уверен, что оно верно в деталях:
Итак - сначала с нашими образцами слюны проводятся некоторые химические манипуляции в результате которых получается раствор с содержащимися в нём одиночными нитями всех наших хромосом. Затем в него вводятся праймеры, которые прикрепляются к разным сегментам нитей. Участки между праймерами амплифицируются (размножаются) с помощью ПЦР - полимеразной цепной реакции.
На каждой хромосоме амплифицируется от десятка до сотни таких участков, всего - около тысячи. Каждый состоит из всего 500-600 нуклеотидов.
Затем в раствор вводится на микрочип - матрицу фирмы Иллюмина, состоящую из примерно тысячи колодцев, в каждом из которых также находится типа праймер, адгезивный к конкретному участку. В результате каждый из участков прилипает в свой колодец, причем - как материнская, так и отцовская нить - в один и тот же.
Затем в каждом колодце эти парные нити секвенируются с помощью меченых нуклеотидов, которые последовательно садятся на нити в результате их полимеризации эндонуклеазой. При каждой посадке следует вспышка отновременно двух цветов из четырёх возможных - с материнской и отцовской нитей. Эти вспышки фиксируются одновременно по всем колодцам, и в результате, вуаля - получаем последовательность пар нуклеотидов на 500 участках от отца и мамы (не зная правда, какой именно нуклеотид - от кого пришел, знаем только их пары).
Вот и получается - 500 тысяч снипов. Хотя строго говоря, это ещё не снипы, а просто - последовательности нуклеотидов длиной около 500 на разных участках каждой хромосомы. Очень важно представлять, что этими снипами наша ДНК тестируется не в отдельных точечках , а непрерывными участками - по 500 нуклеотидов в каждом.
Вот так я себе представляю нашу "роу дата". Очень хотел бы, чтобы наши знатоки поправили меня, если в каких либо важных местах моё представление неверно.
Тема: О технике анализа образцов аутосомной ДНК (Прочитано 5412 раз)