АвторТема: Визуализация филогенетических деревьев и сетей  (Прочитано 3306 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ОводАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2088
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
У меня большая просьба к форумчанам - поделитесь знаниями и впечатлениями о программах (не построения), а визуализации деревьев, генерируемых в филогенетических программах.
 
Я имею в виду не только встроенные механизмы филогенетических пакетов, а также изолированные программы визуализации графов, типа ГрафВиза. По многим причинам последний меня не устраивает - слишком ненаглядное и необозримое получается дерево. Хочется чего-нибудь более простого и чёткого, с минимумом деталей, но максимумом непосредственно воспринимаемой структуры.
 
Типа тех деревьев, что показывает иногда Вертнер. Откуда они? Особая просьба к Вадиму Вереничу - я знаю, что он - знаток и энтузиаст всего нового в филогении.
 
Может быть, дадите наводку?

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Пока предпочитаю ГрафВиз из-за простейшего языка.
Берёшь исходящий файл и оформляешь граф как хочешь.
хоть тебе в клеточку, хоть в крапинку.

Оффлайн ОводАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2088
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Язык-то простой, согласен. Да вот только деревья больно развесистыми получаются. Даже на сотне гаплотипов - за раз не углядишь. А на тыще, как у Вас - полдня по дереву ползать надо, чтобы только представить себе его общую структуру. Обижает также несоответствие длины рёбер к-ву мутаций. Даже если задашь такую опцию - Графвиз плюёт на неё и делает по-своему.
 
Хочу попробовать SplitsTree, как альтернативу. Она вроде как с Нексус-форматом работает? Никто не пробовал данные из Мурки и Нетворка в неё перекидывать?
 
Но может, есть что-либо лучшее?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Язык-то простой, согласен. Да вот только деревья больно развесистыми получаются. Даже на сотне гаплотипов - за раз не углядишь. А на тыще, как у Вас - полдня по дереву ползать надо, чтобы только представить себе его общую структуру. Обижает также несоответствие длины рёбер к-ву мутаций. Даже если задашь такую опцию - Графвиз плюёт на неё и делает по-своему.
 
Хочу попробовать SplitsTree, как альтернативу. Она вроде как с Нексус-форматом работает? Никто не пробовал данные из Мурки и Нетворка в неё перекидывать?
 
Но может, есть что-либо лучшее?

Да, SplitsTree работает с Nexus файлами. Но для визуализации деревьев лучше использовать программу Mesquite. Там много полезного, но в числе прочего - она поддерживает вывод графики в PDF формат.

Оффлайн ОводАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2088
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Спасибо, Вадим. Уже нашёл в сети. Хорошо, что есть нормальнй Виндовый интерфейс со стандартной инсталляцией и доком.
 
Возможно это то, что доктор прописал.
 
Изучу подробнее - отпишусь.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9708
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Мне больше всего нравится как отрисовывает прога Вадима У. дерева. Оч. наглядно. У него и шкала времени есть слева и тд.

Правда одно НО... эта программа в единственном экз. :)

Оффлайн ОводАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2088
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Мне больше всего нравится как отрисовывает прога Вадима У. дерева. Оч. наглядно. У него и шкала времени есть слева и тд.

Правда одно НО... эта программа в единственном экз. :)

Да, это именно такой рисунок, какой мне нужен. Желательны лишь некоторые добавки.
 
Но у Вертнера не решаюсь просить. Сам никогда бы не отдал свою прогу, написанную для "домашнего пользования" на растерзание кому бы то ни было.
 
Это же - доки надо писать. На вопросы отвечать. Причем - каждому новому клиенту. Замучаешься.  ::)

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100