Лингвистическая классификация трактует язык в отрыве от всего остального. Вы же предлагаете некую комплексную классификацию, которая, имхо, нежизнеспособна.
Доволько показательный пример - долганы. В основной массе это эвенкийские роды с добавлением самодийцев, якутов и даже русских. Но при этом язык у них тюркский родственный якутскому. Хотя ни по материальной культуре, ни по образу жизни, ни по генетике они к тюркам практически никакого отношения не имеют. Если очень огрублять, то язык они получили от якутов, генетику от эвенков, а материальную культуру в значительной степени от самодийцев. Вот и гадай теперь куда их относить
в силу предыдущего факта языки иберов и басков родственны
Насколько я помню, большинство современных лингвистов считают их не родственными.
По идее, должен быть внешний слой структуры, который относительно легко распадается. Например, если падежи так легко могут упасть в пределах группы уровня славянских, то они явно лежат на поверхности структуры. Но должен быть и внутренний слой, который раскурочить сложнее. Ищите внутренний.
Базовая лексика
Ну еще номинативность/эргативность, но она не стопроцентна. Например в индоиранских вроде бы наблюдается трансформация типичной для индоевропейцев номинативности в эргативность...
Вообще если сравнить, например, готский и английский, то несмотря на явное родство (причем верифицируемое сторонними источниками) типологически они имеют крайне мало общего. Причем в английском это общее - по существу архаизмы, которые в дальнейшем вполне имеют шанс исчезнуть.