Господа, а что вы писали в содержимом посылки, отправляя Tasso-киты с сухой кровью из стран СНГ?
Пока придумал только вариант "пластиковая игрушка с кнопкой". Но боюсь, что пакет из фольги может смутить работника на почте или таможне..
В целом, судя по информации из Телеграма, как таковых санкций у Данте для России/Беларуси нет. Люди отправляли наборы прямо из России после 24 февраля 2022, и они доходили.
Но там был опыт со слюной, а мне интересен с кровью.
И кстати да, ценник с 200 евро ровно на следующий день после заявленного окончания скидок вернулся к 400 евро. Так что если Данте пишет какие-то даты, то надо успевать.
Saken, спасибо еще раз за инфу о купоне. Воспользовался им, а на сдачу добавил "Alignment to GRCh38". Почитав группу на Фейсбуке, сложилось впечатление, что будет не лишним (хотя в Линуксы умею).
Правда, потом нашел пост Ренди Харра и немного расстроился
You do not want GRCh38 but either hs38 or hg38. GRCh38 is from EBI and basically the original raw reference model. Not tuned for alignment by masking out highly repetitive regions. hs38 is the best for analysis and alignment; in that regard.
Хотя ранее он писал такое, отвечая на вопрос, стоит ли оплачивать такую услугу от Данте:
You will get more variants by realigning to build 38 as more of the human genome is in the Build 38 reference model. Most medical sites have their references to both Build 37 and Build 38. With that said though, most of the Exome is defined in both models and that is where most of the medical relevant variants are.
But realigning the BAM is just the start. You have to (re)create the VCF file(s) as most sites work off them.
In that regard, you are best to have Dante do the realignment in their pipeline. They are using the Illumina developed / sponsored DRAGEN tool set. It and Google Life Sciences' DeepVariant are the closest to a gold standard for variant calling.
В общем, теория у меня пока хромает, надо глубже разбираться. Но заказал докучи, черт с ними с 58 евро, даже если не пригодится. Интересно будет сравнить полученный файл с тем, что сгенерирует WGS Extract.