АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 168872 раз)

0 Пользователей и 2 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1260 : 30 Ноябрь 2020, 21:40:09 »
Возможно потребуется разделение данных по секвенатору и "линии" (не знаю как это правильно называется).

lane - дорожка, они в некотором смысле независимы

Оффлайн mladshij

  • Сообщений: 801
  • Страна: ru
  • Рейтинг +119/-0
  • Darth Vader
  • Y-ДНК: R1a-Z92 -> YP569 -> Y85137
  • мтДНК: H1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1261 : 01 Декабрь 2020, 08:00:55 »
Кажется есть вариант 2 в) ни за что не сознаются, но переделают.

Вот в это не верится. В результатах одного из тестов замапировалось только 27% ридов. Длительная переписка привела к тому, что они в итоге сказали, что раз они прочитали 91 гигабазы, то на этом их обязательства исполнены. А то, что из 91 гигабаз мапируется только 27%, так это мои личные проблемы и они ничего делать не будут. После чего просто перестали отвечать на письма.

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1262 : 02 Декабрь 2020, 12:19:11 »
В результатах одного из тестов замапировалось только 27% ридов. Длительная переписка привела к тому, что они в итоге сказали, что раз они прочитали 91 гигабазы, то на этом их обязательства исполнены. А то, что из 91 гигабаз мапируется только 27%, так это мои личные проблемы и они ничего делать не будут. После чего просто перестали отвечать на письма.
в декабре 2019 - январе 2020 у меня всё удачно получилось с Dante Labs и я всё ж рискнул и три дня назад заказал через VPN (США) 4 набора по $149 для родственников в России. адрес доставки указал Shipito - ранее использовал для получения наборов с Ancestry.com
а Вы давно заказывали набор и сдали метериал в Dante Labs?

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1240
  • Страна: ru
  • Рейтинг +912/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1263 : 02 Декабрь 2020, 14:01:49 »
В результатах одного из тестов замапировалось только 27% ридов. Длительная переписка привела к тому, что они в итоге сказали, что раз они прочитали 91 гигабазы, то на этом их обязательства исполнены. А то, что из 91 гигабаз мапируется только 27%, так это мои личные проблемы и они ничего делать не будут. После чего просто перестали отвечать на письма.
в декабре 2019 - январе 2020 у меня всё удачно получилось с Dante Labs и я всё ж рискнул и три дня назад заказал через VPN (США) 4 набора по $149 для родственников в России. адрес доставки указал Shipito - ранее использовал для получения наборов с Ancestry.com
а Вы давно заказывали набор и сдали метериал в Dante Labs?
Вы читали сообщения в группе FB? По качеству, по долгому сроку игнору итд?

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1202/-2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1264 : 03 Декабрь 2020, 08:54:02 »
Кажется есть вариант 2 в) ни за что не сознаются, но переделают.

Вот в это не верится. В результатах одного из тестов замапировалось только 27% ридов. Длительная переписка привела к тому, что они в итоге сказали, что раз они прочитали 91 гигабазы, то на этом их обязательства исполнены. А то, что из 91 гигабаз мапируется только 27%, так это мои личные проблемы и они ничего делать не будут. После чего просто перестали отвечать на письма.

Похоже вы правы. Дали они мне новый BAM, но видимо просто подчистили полнейший мусор - вместо старых 96 гигабаз, теперь 88 гигабаз. Маппирование снизилось с 75-80% до 70%. Судя по распределению длины фрагментов, данные старые. Увы, но ожидаемо. Жаль, но рекомендацию Dante Labs для полногеномного теста придется снять. Качество очень сильно снизилось после организации собственной лаборатории.

Новый BAM - Длина прочтений 137.33, 88,48 Гигабаз, Маппировано 70,42%, Среднее покрытие 19,86%:


Старый BAM - Длина прочтений 134,20, 96,3 Гигабаз, Маппировано 75,5%, Среднее покрытие 23,2%:


Дла сравнения - BAM  с "нормальным" (27x) результатом - Длина прочтений 147,36, 93,3 Гигабаз, Маппировано 91,65%, Среднее покрытие 27,3%:
« Последнее редактирование: 03 Декабрь 2020, 09:06:20 от NathanS »

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1240
  • Страна: ru
  • Рейтинг +912/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1265 : 03 Декабрь 2020, 10:17:05 »
Сообщение в группе FB от апреля 2019 г.

Цитировать
Max De Plum, Nancy Grossman, and I had a conference call with Andrea Riposati yesterday about issues related to Dante Labs. Here are some of the things that Andrea agreed that Dante Labs would do, and some explanations:
• Dante will realign all BAMs to the latest hg38 build and patch in a batch. The default going forward will be hg38 with the latest patch. (hg38.p12 UCSC reference, or p13 when UCSC makes that available)>
• A web form will be available on the Dante Labs site to request realignments, and Andrea will post the link.
• There will be a later option for realignment to a different build for $10, and a free coupon code for this group.
• Dante Labs will provide tracking numbers for hard drives.
• Dante will make the BAM files available via a web link and this link will be active 3-6 months, then the BAM file will be moved to more permanent storage but will still be available upon request.
• Dante Labs is in contact with YFull to work out how to make it easy for customers to submit BAM files to YFull.
• Andrea said that delays in delivery were due to the sequencing supplier. BAM files were originally delivered to Dante via hard drives, which also caused delays.
• Dante Labs is aiming to open their own sequencing center in Aquila Italy in July, so they are in solely in control of the delivery of results. (This announcement of a partnership with BGI to open a sequencing center in Italy appeared in news articles - link below.)
• Dante will offer a "DNA Day" sale April 25-29, final price to be determined, but below $250 Euros.
This is definitely very encouraging.
Now, it's up to all of us customers (and potential customers) here to hold Dante Labs to their promises, and also give them (and each other) our feedback.
Не посмотрев на дату подумал, ну наконец, они наверное исправятся. Ага, разбежались.

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1266 : 03 Декабрь 2020, 10:39:27 »
а Вы давно заказывали набор и сдали метериал в Dante Labs?
Вы читали сообщения в группе FB? По качеству, по долгому сроку игнору итд?
я не защищаю DL, но год назад не лучше сообщения были на FB с зависшими на два года заказами - еще до открытия лаборатории в Италии.
пишут ведь недовольные, у кого всё хорошо - те молчат. в январе 2020 вполне нормальные результаты получил 109,92 GBases, например:


Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1240
  • Страна: ru
  • Рейтинг +912/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1267 : 03 Декабрь 2020, 11:06:03 »
Ключевой момент это модель поведения основанная на лжи. Уход от решения проблем, игнорирование пользователей. Тут несколько моментов важных. Во первых, если такая модель у них обычная практика, то это печально. Во вторых, если они себя так ведут из-за слишком большого количества обращений, то все еще хуже. Значит поток проблем глобальный. Оба варианта характеризуют их не очень хорошо. Да, возможно они не могут исправить ситуацию без риска разориться, но для нас это еще хуже. Можно вообще без денег и результата оказаться. Нужна страховая компания, которая за доплату (скажем 50$), страховала бы риски (долгое время, плохое качество, итд.). Если такой сервис есть, то вполне можно и воспользоваться.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1202/-2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1268 : 03 Декабрь 2020, 11:07:39 »
я не защищаю DL, но год назад не лучше сообщения были на FB с зависшими на два года заказами - еще до открытия лаборатории в Италии.
пишут ведь недовольные, у кого всё хорошо - те молчат. в январе 2020 вполне нормальные результаты получил 109,92 GBases, например:

Вам очень повезло.
У меня в начале года было 5 китов, объехал родственников к Новому году. Вот один набор ни к черту. Другие четыре (один я упомянул выше) может и приемлемы, но ни один не дотягивает до 30х. Гигабазы только чуть выше 90, а в одном случае они выдали меньше (опять же разборки, но это другая история).

Длина прочтения 147.36, Гигабазы 93.3, Маппировано 91.65%, Среднее покрытие 27,3%
Длина прочтения 146.34, Гигабазы 90.88, Маппировано 95,67%, Среднее покрытие 27.71%
Длина прочтения 147.08, Гигабазы 94.28, Маппировано 88.73%, Среднее покрытие 26.66%
Длина прочтения 141.49, Гигабазы 83.14, Маппировано 96.75%, Среднее покрытие 25.64%

Оффлайн Farharaji

  • Сообщений: 984
  • Страна: aq
  • Рейтинг +170/-7
    • Ytree YF71444
  • Y-ДНК: R1b-DF98+FT22607+BY20662+
  • мтДНК: U5b1e1*
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1269 : 03 Декабрь 2020, 12:10:05 »
Повторю как у меня было, плюс то что я слышал, читал учту. Итак, я делал в 19году(21 века конечно) в ноябре брал, но не вконце на черной пятнице, а в начале, числу так к 8-10 там была другая скидка, не такая крутая, но вкупе с 10% от юффул или майтруанцестри кодом меня устроила. То есть я хотел опередить всех этих чернопятничных, чтобы до НГ успеть! Но мой кит благополучно посеяли на пути в почту. То есть из офиса Данте он выехал а в почтовое отделение итальянское недоехал типа(как так оказалось не понятно) На мои попытки связаться были "завтраки" и "игноры" пока спустя почти месяц(3.5 недели) мое терпение не лопнуло и я связался с их главным. Тогда только всё зашевелилось и бытро! Но..почти месяц был упущен и задача опередить волну чернопятничную была благополучно провалена. Дальше больше -их ДЧЛ мне привез, но возвращать кит отказался. В итоге снова потеря времени, плюс все выпало на праздник день независимости у нас в Казахстане(середина декабря) плюс я тоже не то чтобы спешил. В итоге пока казпочтой отправил пока они там чесались(это же не экспресс доставка) началась предновогодняя неделя, НГ, неделя после НГ, в общем сами понимаете...затем вроде бы уже 9января(прошло 2 месяца к тому моменту обещанных данте, но согласен, не только их вина, так как еще не дошел до них Кит даже) наконец в Италии кит в Милане на сортировочной, где еще 2 недели пролежал...в общем не помню точную дату но гдето в 20х числах только у Данте кит появился. И они....моментально выполнили анализ. Т.е. когда сроки уже поджимают Данте нераскачивается. В итоге Данте успело к 2месячному дедлайну как раз но, если брать точку отчета не от кита, который им был посеян почемуто, а от повторного кита, который они мне выслали. То есть они на этот дедлайн ориентировались видимо...и они со скрипом, но успели! Вывод- Данте не заинтересовано чтобы у вас были юр. основания возврата и какие то сроки они выдерживают, пусть прочтение этих сроков у них своеобразное.
НАсчет гигабаз -у меня было 98. Вообще я думаю наша волна была последней у кого норм гигабазы были. До меня у когото бывало и за 100. У следущих волн в районе 90-95гб. Ктото гдето писал что Данте перестало давать больше гигабаз рандомом и у всех теперь под копирку 90-95гигабаз, не больше.Ну не знаю, может у когото и было больше и дейтвительно просто молчат. Вывод -сейчас у Данте хуже, но минимальную планку они держат.
Общий вывод  -они держат минимальную планку исходя из их толкования. Это больше на отшибись конечно. Но какая гарантия порога есть. Нужна видимость что всё ок. Также они будут долго запрегать, но когда совсем поджимает могут и поспешить. То есть вы гарантировано получите 90гигабаз, вы скорее всего получите более менее всрок(но учтите что этот всрок это не момент вашего заказа, а скорее когда итальянская почта упаковала ваш кит в самолет) Насчет молчания ягнят(то биш менеджеров) можно обратится к их главному.. В обшем постарался беспристрасно... Стоит ли советовать? Честно не знаю. Но замечу, что проколы есть у всех, и у ФТДНА насколько я читал много проколов было, и у УСЕК лично у меня были шероховатости и усек отвечал мне(и до сих пор отвечает, то есть неотвечает) через раз(вот тебе и хороший Томас Кран) и Уфулл игнорил большую часть моих вопросов, пока я на это им уже не слишком этично обратил внимание и только тогда мне спустя какоето время пришел развернутый ответ(и то не до конца понятный всилу того что я собственно чайник, не все в этом смыслю) То есть так то все не шибко хотят вам отвечать -это аксиома ребят. В общем постарался беспристрасно)

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1240
  • Страна: ru
  • Рейтинг +912/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1270 : 03 Декабрь 2020, 12:20:29 »
Повторю как у меня было, плюс то что я слышал, читал учту. Итак, я делал в 19году(21 века конечно) в ноябре брал, но не вконце на черной пятнице, а в начале, числу так к 8-10 там была другая скидка, не такая крутая, но вкупе с 10% от юффул или майтруанцестри кодом меня устроила. То есть я хотел опередить всех этих чернопятничных, чтобы до НГ успеть! Но мой кит благополучно посеяли на пути в почту. То есть из офиса Данте он выехал а в почтовое отделение итальянское недоехал типа(как так оказалось не понятно) На мои попытки связаться были "завтраки" и "игноры" пока спустя почти месяц(3.5 недели) мое терпение не лопнуло и я связался с их главным. Тогда только всё зашевелилось и бытро! Но..почти месяц был упущен и задача опередить волну чернопятничную была благополучно провалена. Дальше больше -их ДЧЛ мне привез, но возвращать кит отказался. В итоге снова потеря времени, плюс все выпало на праздник день независимости у нас в Казахстане(середина декабря) плюс я тоже не то чтобы спешил. В итоге пока казпочтой отправил пока они там чесались(это же не экспресс доставка) началась предновогодняя неделя, НГ, неделя после НГ, в общем сами понимаете...затем вроде бы уже 9января(прошло 2 месяца к тому моменту обещанных данте, но согласен, не только их вина, так как еще не дошел до них Кит даже) наконец в Италии кит в Милане на сортировочной, где еще 2 недели пролежал...в общем не помню точную дату но гдето в 20х числах только у Данте кит появился. И они....моментально выполнили анализ. Т.е. когда сроки уже поджимают Данте нераскачивается. В итоге Данте успело к 2месячному дедлайну как раз но, если брать точку отчета не от кита, который им был посеян почемуто, а от повторного кита, который они мне выслали. То есть они на этот дедлайн ориентировались видимо...и они со скрипом, но успели! Вывод- Данте не заинтересовано чтобы у вас были юр. основания возврата и какие то сроки они выдерживают, пусть прочтение этих сроков у них своеобразное.
НАсчет гигабаз -у меня было 98. Вообще я думаю наша волна была последней у кого норм гигабазы были. До меня у когото бывало и за 100. У следущих волн в районе 90-95гб. Ктото гдето писал что Данте перестало давать больше гигабаз рандомом и у всех теперь под копирку 90-95гигабаз, не больше.Ну не знаю, может у когото и было больше и дейтвительно просто молчат. Вывод -сейчас у Данте хуже, но минимальную планку они держат.
Общий вывод  -они держат минимальную планку исходя из их толкования. Это больше на отшибись конечно. Но какая гарантия порога есть. Нужна видимость что всё ок. Также они будут долго запрегать, но когда совсем поджимает могут и поспешить. То есть вы гарантировано получите 90гигабаз, вы скорее всего получите более менее всрок(но учтите что этот всрок это не момент вашего заказа, а скорее когда итальянская почта упаковала ваш кит в самолет) Насчет молчания ягнят(то биш менеджеров) можно обратится к их главному.. В обшем постарался беспристрасно... Стоит ли советовать? Честно не знаю. Но замечу, что проколы есть у всех, и у ФТДНА насколько я читал много проколов было, и у УСЕК лично у меня были шероховатости и усек отвечал мне(и до сих пор отвечает, то есть неотвечает) через раз(вот тебе и хороший Томас Кран) и Уфулл игнорил большую часть моих вопросов, пока я на это им уже не слишком этично обратил внимание и только тогда мне спустя какоето время пришел развернутый ответ(и то не до конца понятный всилу того что я собственно чайник, не все в этом смыслю) То есть так то все не шибко хотят вам отвечать -это аксиома ребят. В общем постарался беспристрасно)
Ваш опыт уже не релевантный. С тех пор все стало намного хуже. Просто почитайте FB. Это ментальная ошибка, ориентироваться только на свой опыт. По той же Nebula я не видел ни одной жалобы, напоминающей  проблемы с Данте. Был глюк на сайте, они исправили, на второй день после того как написал в FB. Правда по электронной почте они дня 4-5 ничего не делали. Качество стабильной (спасибо Китайцам).
В конечном счете это дело каждого, покупать или нет. Я сам тоже хотел по 150$ у них купить пару тестов. Я еще тот авантюрист, но столько жалоб в FB, что не решился. Буду рад оказаться не прав, и через несколько месяцев здесь напишут, что получили прекрасные результаты и очень быстро. Увидим то что увидим.

Оффлайн Farharaji

  • Сообщений: 984
  • Страна: aq
  • Рейтинг +170/-7
    • Ytree YF71444
  • Y-ДНК: R1b-DF98+FT22607+BY20662+
  • мтДНК: U5b1e1*
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1271 : 03 Декабрь 2020, 12:38:06 »
Ну я же сказал сейчас стало хуже. Я читал фейсбук их, зимой весной, что там потом не читал да. Я понимаю стало хуже. Я это и написал, но снова таки я не могу говорить за других.  Я не ориентируюсь только на свой опыт, но ориентируюсь на свое теоретич. понимание. Например то же ФТДНА кроме своей базы что выделить в плюс? А минус завышенные цен еще и проблемы бывают, я даже не пытался с ними никогда сотрудничать. Небула? слишком короткий срок существования. Наверняка сейчас всё отлажено. Как пойдет дальше? Опять таки кто себе может позволить -вперед. Я тоже склоняюсь к тому что качество там лучше(но не знаю) А ведь есть еще и промежуточные варианты, н еобязательно что полный геном. У того же секвенсинга есть неплохой варик. Церкл еще британский(правда там через посредника скорее всего) ну и 23 эндми так то дает и гаплогруппы тоже. Еще можно аутосомы отдель а мито например отдельно у Усек заказать(там за 50у е делают, не полный конеш а hvr)
 Лично я своему окружению пока не буду делать чтото полногеномное. Я никуда не спешу могу ждать хоть лет 10. К тому времени может уже вообще чтото кардинально иное будет, революционное. А может нет

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5993
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4191/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1272 : 03 Декабрь 2020, 12:48:44 »
Из трех наборов, что застряли в Данте с 4 августа, два перешли в статус "идет секвенирование", а по третьему поставили статус "набор отослан повторно". Так что эпопея продолжается и выходит на новый виток  ;D

Оффлайн mladshij

  • Сообщений: 801
  • Страна: ru
  • Рейтинг +119/-0
  • Darth Vader
  • Y-ДНК: R1a-Z92 -> YP569 -> Y85137
  • мтДНК: H1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1273 : 04 Декабрь 2020, 18:44:51 »
а Вы давно заказывали набор и сдали метериал в Dante Labs?

Заказывал на чёрную пятницу 2019. Образец прибыл в Данте в январе 2020. Так что фиговые результаты и фиговый сервис у них уже давно.

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1274 : 11 Декабрь 2020, 17:07:04 »
а Вы давно заказывали набор и сдали метериал в Dante Labs?

Заказывал на чёрную пятницу 2019. Образец прибыл в Данте в январе 2020. Так что фиговые результаты и фиговый сервис у них уже давно.
я также заказывал наборы по лучшей цене прошлого года с доп скидкой 10% YFULLЖ
23.12.2019 – забрал в Хайфе курьер DHL
27.12.2019 – доставлены в лабораторию DanteLabs
31.12.2019 – статус «We Received Your Kit».
24.01.2020 - статус всё еще  «We Received Your Kit» - не "QC Completed". пишу в суппорт Марио и Джорджии: что с моими наборами? Ответ от Джорджии через час: ваши тесты готовы, сейчас загрузим в эккаунт. Еще через полчаса все файлы и отчеты были в эккаунте.
Т.е. прогресс с 31.12.2019 и до моего обращения вообще не отражался в эккаунте на шкале прохождения этапов.


« Последнее редактирование: 11 Декабрь 2020, 18:06:17 от Alexey_V.B. »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.