АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 86761 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 413
  • Страна: ru
  • Рейтинг +169/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-Y128293 (UKR)
  • мтДНК: U3a3a1 (BLR)
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #585 : 17 Ноябрь 2019, 15:35:24 »
Ждите чёрной пятницы (29 ноября). Скидка наверняка вернётся.

Оффлайн Andymeon

  • Сообщений: 1154
  • Страна: ru
  • Рейтинг +113/-4
  • Y-ДНК: R1a [CTS 3402+ Y2910+ YP310+]
  • мтДНК: H3i
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #586 : 17 Ноябрь 2019, 15:39:57 »
Feroce, посмотрите сообщение #2591на http://forum.molgen.org/index.php/topic,5782.msg470154.html#msg470154
Я видел, поэтому и спрашивал.
Там речь о дополнительной скидке, поэтому и не понятно про цену.
Т.е. в честь "China's Singles Day" была скидка и x30 стоил 199$, а для YFull 180$, и сейчас цена вернулась?
А цену никак не вернуть? А то думал это доп скидка до 11.11 продержится, а так бы штуки 4 взял бы.
Рано тут брать что-то, с доставкой хрень какая-то. Да и было уже http://forum.molgen.org/index.php/topic,10204.msg436882.html#msg436882

Оффлайн sommer

  • Сообщений: 340
  • Страна: ru
  • Рейтинг +107/-2
  • Y-ДНК: R1a-L664 S3485
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #587 : 17 Ноябрь 2019, 15:56:12 »
Итальянцы, такие итальянцы! Чистый совок бизнес.
Всякая коммерческая фирма вправе работать с теми или иными странами.
1. Нормальная компания сразу уведомляет, что по каким-то причинам не работает с той или иной страной. Это ее полное право.
Компания Данте нигде не указала, что не работает с Россией. И исправно принимала заказы из России.
2. Второе - всякая коммерческая компания  имеет полное право не работать с физическими лицами.
Компания Данте нигде не указала, что не работает с физическими лицами. И принимала заказы именно от физических лиц.
3. Компанией Данте в качестве компании по доставки в Россию была выбрана DHL и только, которая в России в принципе не работает с физическими лицами.
Круг замкнулся.
Каждый легко через VPN мог бы заказать доставку из США, если бы его сразу предупредили о данных проблемах.
Но мой взгляд такой подход  - это худшие совковые подходы. Как гражданин одной из стран ЕС несказанно этим поражен.
Теперь я должен пересылать на германский адрес. а уже оттуда в Россию.
То есть нести дополнительные расходы. Понятно, что все это, как и стоимость самих заказов копейки.
Ну тут дело принципа. Совершенно дилетантской суждение, что в Италии нельзя выиграть суд. Можно и легко (личный опыт).
Короче пока будем посмотреть.
« Последнее редактирование: 17 Ноябрь 2019, 23:01:29 от sommer »

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #588 : 17 Ноябрь 2019, 17:40:43 »
Считаю, что стоит относиться с пониманием к такому стартапу, как Dante Labs. Не ожидать от них отточенной работы крупной компании с многолетним опытом. Никому не было бы легче, если бы они отказались работать с Россией. То, что они пытаются сделать - это революция на рынке полногеномного тестирования. Равно как и на рынке генетической генеалогии, в особенности в части Y-хромосомы. Таких цен больше ни у кого нет. Все выиграют, если им удастся отладить бизнес-процессы и встать на ноги. Для кого важна выстроенная работа лаборатории без проволочек, пока имеет смысл рассмотреть другие варианты.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3689/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #589 : 17 Ноябрь 2019, 18:04:18 »
Золотые слова! Полностью согласен.   :)

Оффлайн TK

  • Сообщений: 519
  • Страна: ru
  • Рейтинг +384/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #590 : 18 Ноябрь 2019, 12:42:13 »
Файл BAM готовы предоставить только на жестком диске (за 59 евро), иначе предлагают скомпилировать его самостоятельно (после получения ссылок на FASTQ-файлы) при помощи приложения EvE Premium на Sequencing.com (19,99 $).

Если кто соберется сам компилировать BAM из FastQ, то на основании имеющегося у меня образца Dante Labs из числа недавно полученных, для генеалогических целей могу порекомендовать следующее.
На данный момент bwa sampe показал лучшие результаты, а на втором месте bwa bwasw.


Насчет алгоритмов:
BWA is a software package for mapping low-divergent sequences against a large reference genome, such as the human genome. It consists of three algorithms: BWA-backtrack, BWA-SW and BWA-MEM. The first algorithm is designed for Illumina sequence reads up to 100bp, while the rest two for longer sequences ranged from 70bp to 1Mbp. BWA-MEM and BWA-SW share similar features such as long-read support and split alignment, but BWA-MEM, which is the latest, is generally recommended for high-quality queries as it is faster and more accurate. BWA-MEM also has better performance than BWA-backtrack for 70-100bp Illumina reads.

Насколько я помню, BWA-backtrack (sampe) рекомендуется использовать для коротких ридов. Например для старых файлов из проекта 1000 геномов. Для ридов длиной более 70bp рекомендуют использовать алгоритм BWA-MEM, как более быстрый и более аккуратный.
Я обычно использую BWA-MEM, но скажу честно, не сравнивал его с BWA-backtrack и BWA-SW. BWA-backtrack использовал как-то для выравнивания древнего генома Этци из-за коротких ридов. Процесс занял пару недель, а на выходе получил сплошные артефакты. :)

Да, меня поразило, что BWA-backtrack неожиданно дал лучшие результаты для сравнительно длинных ридов - 150bp.
Правда, уровень "улучшения" картины по снипам (по сравнению с другими алгоритмами), используемым YFull в осознанной части Y-ДНК я бы оценил лишь в 5-10%.
Но ведь в некоторых случаях и 10% улучшение может означать выявление 1 лишнего снипа из каждых 40 (например), либо перевод его по качеству из удовлетворительного в "отличные" :)
По результатам других выравниваний, могу сказать, что похоже, результат (какой алгоритм выбирать для выравнивания) также зависит от оборудования, которое использовалось при секвенировании (и, разумеется, даже от используемых реактивов).
BWA-SW, разумеется, более быстр, но при самодеятельности спешить-то особо некуда (а советы - пока именно для энтузиастов, кто сам решил побаловаться со сборкой).
По общему же количеству найденных снипов (используемых для дерева и возраста) - особых различий, разумеется, не было (ну, по мелочи - по итоговому "качеству" снипов, разве что).

Оффлайн SubbotaAnton

  • Сообщений: 270
  • Страна: ru
  • Рейтинг +179/-0
  • FTDNA: 594904, Gedmatch: T280867, Genbank MF278748
  • Y-ДНК: N-M231 L1027
  • мтДНК: I3d2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #591 : 18 Ноябрь 2019, 12:47:20 »
А зачем генерировать самому BAM, если в разделе FAQ Dante пишет:

Цитировать
How will I receive my raw data?

When your results are ready, your Dante Labs account will have a link to download the VCF file(s), BAM file and FASTQ file directly to your computer.

?

Оффлайн TK

  • Сообщений: 519
  • Страна: ru
  • Рейтинг +384/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #592 : 18 Ноябрь 2019, 12:56:10 »
А зачем генерировать самому BAM, если в разделе FAQ Dante пишет:

Цитировать
How will I receive my raw data?

When your results are ready, your Dante Labs account will have a link to download the VCF file(s), BAM file and FASTQ file directly to your computer.

?

Итальянцы - такие итальянцы....
Бывали случаи (не знаю, как сейчас), что FastQ - есть, а BAM - как не было, так никак и не появилось :)
Да и диск можно ждать ещё год :)

Оффлайн Kote

  • Сообщений: 136
  • Страна: ru
  • Рейтинг +143/-1
  • I1–VISTULA
  • Y-ДНК: I1-Y6351+
  • мтДНК: H6a1a2a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #593 : 18 Ноябрь 2019, 14:41:59 »
Данте становится ближе к клиентам.) Взгляд изнутри...

Смотреть видео: https://youtu.be/n2UR3vmuY-A

Оффлайн Andymeon

  • Сообщений: 1154
  • Страна: ru
  • Рейтинг +113/-4
  • Y-ДНК: R1a [CTS 3402+ Y2910+ YP310+]
  • мтДНК: H3i
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #594 : 18 Ноябрь 2019, 14:59:16 »
Не видать там конвеера, застой рабочий

Оффлайн Kote

  • Сообщений: 136
  • Страна: ru
  • Рейтинг +143/-1
  • I1–VISTULA
  • Y-ДНК: I1-Y6351+
  • мтДНК: H6a1a2a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #595 : 18 Ноябрь 2019, 15:20:12 »
Файлы от Данте по умолчанию выровнены с использованием hg19/hg37. Это их общий формат.
Для загрузки в Yfull желательно чтобы БАМ был в формате HG38.

Yseq теперь официально предоставляет такую услугу: https://www.yseq.net/index.php?cPath=29_32

Стоит такая услуга 25 долларов сша.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3689/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #596 : 18 Ноябрь 2019, 15:59:34 »
А зачем генерировать самому BAM, если в разделе FAQ Dante пишет:

Цитировать
How will I receive my raw data?

When your results are ready, your Dante Labs account will have a link to download the VCF file(s), BAM file and FASTQ file directly to your computer.

?

Итальянцы - такие итальянцы....
Бывали случаи (не знаю, как сейчас), что FastQ - есть, а BAM - как не было, так никак и не появилось :)
Да и диск можно ждать ещё год :)

Да. Мой случай по лонг риду. Два месяца почти жду диск с ВАМ файлом. Просят подождать.   :)

Оффлайн SubbotaAnton

  • Сообщений: 270
  • Страна: ru
  • Рейтинг +179/-0
  • FTDNA: 594904, Gedmatch: T280867, Genbank MF278748
  • Y-ДНК: N-M231 L1027
  • мтДНК: I3d2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #597 : 18 Ноябрь 2019, 16:01:54 »
Файлы от Данте по умолчанию выровнены с использованием hg19/hg37. Это их общий формат.
Для загрузки в Yfull желательно чтобы БАМ был в формате HG38.

Yseq теперь официально предоставляет такую услугу: https://www.yseq.net/index.php?cPath=29_32

Стоит такая услуга 25 долларов сша.

Мне кажется, скоро (в декабре?) это будет не актуальная проблема,с учетом рассылки от Dante Labs от 9 ноября:

Цитировать
Transfer the BAM file from Dante Labs to YFull will be more convenient and easier

Dante Labs company plans in December 2019 for all its customers (for those who have received their results earlier and for future users) to add the ability to request for free charge the generation of a BAM file (in a special widget on the website), which will include only Y and/or MT Chromosomes. The user will be able to download this BAM file (Y+MT) to your computer or send a direct link in the order form on the YFull website. This option is preferable. We hope that after this the transfer of the BAM file for analysis will be simple and accessible to everyone!

Оффлайн sommer

  • Сообщений: 340
  • Страна: ru
  • Рейтинг +107/-2
  • Y-ДНК: R1a-L664 S3485
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #598 : 18 Ноябрь 2019, 17:24:25 »
Данте становится ближе к клиентам.) Взгляд изнутри...

Смотреть видео: https://youtu.be/n2UR3vmuY-A
Andrea Riposati практически Макс Линдер, рядом их поставь мама родная не отличит. :)
Я все понимаю стартап, молодые растущие к поцелуям зовущие...
Веду переписку с вежливой сотрудницей спрашиваю предельно прямо
Вы решите в ближайшее время проблему с доставкой китов в Россию частным лицам? Если нет, то я прямо сейчас дам свой германский адрес?
Но она как птица-тройка Русь не дает ответа....

Ну что это... детсад.
Прошлый заказ гораздо лучше отработали.

Оффлайн Kote

  • Сообщений: 136
  • Страна: ru
  • Рейтинг +143/-1
  • I1–VISTULA
  • Y-ДНК: I1-Y6351+
  • мтДНК: H6a1a2a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #599 : 18 Ноябрь 2019, 17:56:35 »
В сообщении не указано в каком формате они будут представлять данные по ссылке. У Данте тоже есть услуга по мапированию файлов. Просят они за неё 29 евро.

Вот что они отвечали ранее:

Dante Labs aligns data to the GRCh37/hg19 genome reference version according to the industry standards.

It is possible to get your data aligned to the GRCh38/hg38 reference version of the genome for a small extra fee. To purchase that extra alignment you can use the following link: https://www.dantelabs.com/products/alignment-to-the-grch38.



 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100