АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 88697 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 390
  • Рейтинг +265/-2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #45 : 21 Апрель 2018, 12:20:08 »
PS Пожалуйста ссылочку на Facebook, для проверки! Пока это просто клевета без какого-либо подтверждения.

https://www.facebook.com/groups/257810104756408/permalink/283181722219246/

Спасибо, прочитал.
Выглядят сообщения очень подозрительно, за день опубликовано 2 сообщения одним и тем же пользователем, что у него есть доказательства и что идут сообщения о проблемах с Данте. Само доказательство не опубликовано. Где пишут о проблемах с Данте не понятно - на Anthrogenica идут активные дискусии о результатах с Данте.

Да, в Данте есть задержки. А их нет в святом ФТДНА? FGC у меня анализирует данные который месяц и никаких результатов. С критикой на счет FASTQ и BAM могу частично согласиться, Пока я не заметил каких-то фальшивых данных или обрезаных файлов, но сроки доставки этих файлов весьма отличаются - в одном случае вместо обещанного месяца мне пришлось ждать доставки два месяца. Но всеже выслали, с извинениями.

Я понимаю, что кто-то мог разозлиться на Данте из-за несоблюдения сроков. На Anthrogenica были сообщения о задержке результатов в несколько месяцев, но это прошлогодние проблемы. Себе делал анализ летом и осенью 2017, все было по расписанию. Служба поддержки отвечает быстро и вежливо. Таже ФТДНА отвечает неделями или месяцами, а то и вообще плюют на ответ. LivingDNA тоже не особенно торопятся с ответами, да и 2 образца одновременно не прошли тест - как мне обьяснили из-за качества (притом образцы собранные у двух людей в тот же день для ФТДНА, MyHeritage и Данте успешно прошли тестирование).

Я тестировал в нескольких компания именно для того, чтобы проверить насколько их результаты сходятся друг с другом.
Вот статистика из BAM выровненого Данте:




Clean reads   1318214110
Clean bases (Mb)   131821.41
Mapping rate (%)   88.39
Unique rate (%)   93.14
Duplicate rate (%)   2.26
Mismatch rate (%)   0.86
Average sequencing depth (X)   37.90
Coverage (%)   99.86
Coverage at least 4X (%)   99.50
Coverage at least 10X (%)   98.58
Coverage at least 20X (%)   94.28

А вот из BAM, который я получил на прошлой неделе:





Clean reads   1291149918
Clean bases (Mb)   129114.99
Mapping rate (%)   96.41
Unique rate (%)   93.01
Duplicate rate (%)   2.60
Mismatch rate (%)   0.44
Average sequencing depth (X)   40.79
Coverage (%)   99.81
Coverage at least 4X (%)   99.49
Coverage at least 10X (%)   98.61
Coverage at least 20X (%)   95.18

« Последнее редактирование: 21 Апрель 2018, 16:34:14 от NathanS »

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #46 : 21 Апрель 2018, 18:51:31 »
NathanS,

Спасибо за отличный и подробный комментарий!      :)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #47 : 21 Апрель 2018, 18:57:46 »
Вопрос.
Average sequencing depth (X)   40.79.  А медиану Вы считали?
Ведь это тоже имеет смысл при больших разбросах максимумов.

Вот пример моего основного БигИгрека + ИгрекФулл:

Min depth coverage:   1X   
Max depth coverage:   7997X   
Mean depth coverage:   96.07X   
Median depth coverage:   62X

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #48 : 21 Апрель 2018, 19:00:48 »
И ещё вопрос. Можно ли получить статистику отдельно по игреку?

Смысл вопроса - сопоставление качества прочтения БигИгрека и ДантеЛабз. На этапе выхода данных.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 390
  • Рейтинг +265/-2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #49 : 21 Апрель 2018, 23:14:27 »
Вопрос.
Average sequencing depth (X)   40.79.  А медиану Вы считали?
Ведь это тоже имеет смысл при больших разбросах максимумов.

Вот пример моего основного БигИгрека + ИгрекФулл:

Min depth coverage:   1X   
Max depth coverage:   7997X   
Mean depth coverage:   96.07X   
Median depth coverage:   62X

Самостоятельно пока не считал.
Для первого образца WGS с Данте  вот статистика с Yfull:

Length coverage:   26360194 bp (99.79%)   
Min depth coverage:   1X   
Max depth coverage:   8010X   
Mean depth coverage:   32X   
Median depth coverage:   19X   
Length coverage for age:   8469975 bp   
No call:   54849 bp

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #50 : 21 Апрель 2018, 23:32:00 »
Короче говоря, по прочтениям Данте раза в три хуже чем БигИгрек.

Медиана 19 против 62. Среднее 32 против 96.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 390
  • Рейтинг +265/-2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #51 : 22 Апрель 2018, 00:38:15 »
Короче говоря, по прочтениям Данте раза в три хуже чем БигИгрек.

Медиана 19 против 62. Среднее 32 против 96.

Не все так просто.

Данте дают 14,3 миллионов локусов, мест в Y-ДНК, а
Big Y даёт 9,3 милионов...
Теперь у нас дилемма - качество,  количество и стоимость.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #52 : 22 Апрель 2018, 01:47:31 »
Не все так просто.

Данте дают 14,3 миллионов локусов, мест в Y-ДНК, а
Big Y даёт 9,3 милионов...
Теперь у нас дилемма - качество,  количество и стоимость.

Над этим даже особо голову не ломаю. Типа, Простаковой из фонвизиновского "Недоросля".
На что она, эта география? Ямщику скажешь - он и свезёт куда нужно.    :)

Типа, в ИгрекФулл скину. Посмотрю, как два сэмпла будут разниться. Что лучше, так сказать.      ::)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #53 : 26 Апрель 2018, 05:29:42 »
На Антрогенике Данте Лабз представитель доложилась, что все у них пучком.
Денег нашли.
Проблемы порешали, или решают.
Клиентов любять.    :)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #54 : 26 Апрель 2018, 05:33:27 »
Как-то нежданно для себя, на своем пиджин инглише выступил в их защиту.
Вероятно потому, что наезд был организован на площадке противной тетки, гавкавшей во время оно на русских вообще, и на ИгрекФулл, в частности.

>:(

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #55 : 26 Апрель 2018, 05:37:31 »
Да, не сочтут меня мерзким женоненавистником, но безмозглую Анжелу с Европедии с ее итальянско-мафиозными прихвостнями, - тоже переношу плохо.
Бабец разбирается в приготовлении пасты. Дает много хороших ссылок. Но в основном плодит провокационные темы. Потом всех несогласных банят.   :-\

Оффлайн Vital

  • Сообщений: 189
  • Страна: ru
  • Рейтинг +66/-0
  • FTDNA: 294252
  • Y-ДНК: R1a-M458>L1029>YP417>YP418>YP728>YP5079
  • мтДНК: V1a1c
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #56 : 03 Май 2018, 12:11:18 »
Глупый вопрос, но всё же.

На какой адрес отправлять биоматериал?
В полученной коробке не было конверта с обратным адресом. (как у FTDNA и 23&Me)
Я догадываюсь, что на их официальный адрес : 379 West Broadway, Suite 538, New York, NY 10012.
Но хотел уточнить у тех, кто уже отправлял.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 390
  • Рейтинг +265/-2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #57 : 03 Май 2018, 22:48:42 »
Глупый вопрос, но всё же.

На какой адрес отправлять биоматериал?
В полученной коробке не было конверта с обратным адресом. (как у FTDNA и 23&Me)
Я догадываюсь, что на их официальный адрес : 379 West Broadway, Suite 538, New York, NY 10012.
Но хотел уточнить у тех, кто уже отправлял.

Я не знаю прислали ли Ваш пакет DHL или обычной почтой. Я получал все DHL и мне присылали пакеты для возврата, а транспортную накладную присылали мэйлом - я уже распечатывал и передавал все в пункте DHL. Я отсылал в Италию. Спросите в службе поддержки, если у Вас была другая процедура.
(В  России ввели такие драконовские меры декларирования, что DHL уже не хочет пересылать посылки в Россию. Я пробовал получить помощь с Данте Лабс - помогали всеми документами, ругался с таможней и грозил Конституцией РФ, но потом решил все проще. Данте забрала назад пакет из России, переслали мне DHL, а потом я перепаковав переслал обычной почтой, ну и все дошло... Просто долб...)
Может Данте поменяли способы пересылки в Россию, поэтому точно порекоммендовать не могу.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 390
  • Рейтинг +265/-2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #58 : 20 Май 2018, 03:35:01 »
Моя работа по обработке данных с Данте Лабс приостановлена. Это не связано с компанией Данте Лабс. Я доволен их предложениями, результатами и поддержкой.

В последнее время прошли сообщения об использовании GEDmatch.com в решении "глухарей" в США, например:
https://www.theverge.com/2018/4/26/17288532/golden-state-killer-east-area-rapist-genealogy-websites-dna-genetic-investigation
http://abcnewsradioonline.com/national-news/investigators-use-genetic-genealogy-to-arrest-suspect-in-col.html
Buzzfeed сообщили, что более 100 профилей были добавлены в GEDmatch для расследовния:
https://www.buzzfeed.com/peteraldhous/parabon-genetic-genealogy-cold-cases?utm_term=.fepmR8xX4#.rizDaKoM8

Хочу подчернуть, что мое решение не связано с компанией Данте Лабс. Их продукт очень хороший, а цена должна заставить думать конкурентов. У меня еще 2 теста на подходе.

Пока GEDmatch не обновит условия предоставления услуг, я не буду далее разрабатывать программы для анализа результатов тестов ДНК. Я считаю для себя морально/этически несовместимым разрабоку программы для обраборки результатов теста ДНК, которая будет использована не для генеалогических целей. Я тестирую родственников для генеалогии, поиска родственников - не для использования данных полицей.

PS

Да, я удалил все результаты, профили и деревья (GEDcom) с GEDmatch.
Это просто мое мнение. Кто хочет, работает дальше сам. Я не поддерживаю, но и никто не может запретить дальнешую работу.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #59 : 20 Май 2018, 04:04:07 »
Эх, столько на Вас надежд возлагал.      :(

Ну, может как-то пособите хотя бы по моему личному сэмплу?

Учитывая худосочность моего ближайшего окружения и то, что я сорняк на чужом поле, меня ничуть не тревожит то, что в моих плевках будут рыться спецслужбы. Сейчас западные. Позже возможно и другие добрые люди. Да, и цель нахожу благой - поиск убийц там, да насильников разных.
Как-то приватность меня слабо волнует. Пальцы мои, скажем, кроме бывшего СССР (Россия и Украина), есть в Германии и Канаде. Как говорится, поздно уже пугаться.   

:)


*** Позицию Вашу прекрасно понимаю. Возможно некоторые сэмплы из ГедМатч тоже уберу. Хотя скорее всего нет. Большей частью, мои тестированные - советские люди. Старшего поколения.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100