АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 88801 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #975 : 26 Январь 2020, 20:28:00 »
Это пункт 3.

Если Вы застрессованы на работе, то это не работа, а каторга.

Если Вам платят копейки, то это не работа, а рабский труд.


На работу надо ходить, если не с бурной радостью, то хотя бы с лёгким сердцем.
Работа должна быть такая, чтобы можно было и квартиру купить. И машину. И на пенсию отложить. И продукты покупать, не глядя на ценники. И три раза в году (шесть недель в три приёма) на юг ездить. Плюс в америки-европы. И на хобби чтобы хватало (тестирование + документальный поиск).

Короче говоря, как у меня.     8)

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 391
  • Рейтинг +267/-2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #976 : 26 Январь 2020, 20:46:45 »
У меня небольшая просьба к тем, кто закзал в ДЛ и в итоге залился на ИгрекФулл. Описать плюсы и минусы этой затеи по сравнению с Бигом.
Вроде по стоимости это в разы дешевле. Но по нервотрёпке - тьма-тьмущая подводных камней с доставкой, отправкой и пр. х. В сухом остатке - каков фактический результат? (Может, всем нам имеет смысл перейти в ДЛ, чем постоянно апгрейдить с 500 до 700, потом с 700 до 1000 и так до скончания веков)

Из плюсов, конечно, стоимость на распродажах - много дешевле BigY, заказываю сразу по 2-4 набора, а потом уже ищу кого тестировать. Огромный плюс - они выдают наисырейшие данные в виде FASTQ-файлов с которыми можно играться сколько душе угодно. Выравнивай под любой референс, с ALT или без, под патч p13 или нулевку. Т.е. переделывать тест не надо, а при переходе на новый референс можно просто выравнять под новый. Выравнивание под GRCh38 можно заказать и в YSEQ, кто сам не умеет.

Выданные BAM и FASTQ содержат всю информацию - включает и мито, который FTDNA вырезает. Все файлы выдаются сейчас бесплатно и скачиваются по ссылке. Целый набор файлов, VCF и что-то еще.

Кому интересно здоровье, то это самая разумная альтернатива 23andme. Сейчас выдают 3 отчета - Здоровье и стиль жизни, Фармакогеномика (реакции и эффективность лекарств) и сейчас добавился отчет по Нутригеномике (какие витамины надо пить, и, типа, У вас типичный вкус на сладкое).

По Yfull: палка о двух концах. BigY - больше прочтений, но короче длина прочитанной игрек-хромосомы. DanteLabs - больше длина, но меньше прочтений.
Примерно такая статистика:
Параметр FTDNA BigY-700 / DanteLabs (Illumina)
Ридов 5,7 млн / 2,2 млн
Длина покрытия 18,5 млн (78%) / 23,4 млн (99%)
Усредн. глубина покрытия 35Х / 12Х
Непрочитанные 5,1 млн / 0,2 млн

На старой платформе BGI количество ридов было около 6 млн, с покрытием 23,6 млн (99,8%) и 17Х, а непрочитанных около 45 тыс! Переход на Illumina хоть и дал риды по 150bp, но, как мне кажется, снизил качество теста. В пятницу пришли результаты нового теста, может статистика и изменится.

Создание своей лаборатории все-таки позволяет держать им сроки (8 недель). Последний тест сделали за 4-5 недель, а у одной знакомой вообще за 2.

Из минусов
С переходом на Illumina надо держать руку на пульсе и контролировать количество гигабаз. Один результат пришел хоть и быстро, но с покрытием 25-26Х. Тут или fastp, или счетчик по Windows, а потом писать в поддержку. Считаю, что они сами должны контролировать качество прежде, чем выдавать результаты.

Переносить BAM в 39 ГБ сложновато. Yfull берет их, но на бесплатный Google Drive он не влезет. Значит надо самому вырезать при помощи samtools или WGSExtract, или платить за увеличение пространства в облаке.

Грузить BAM и FASTQ, 39 ГБ и 2х23 ГБ тоже напряженно при медленном интернете. Связь обрывается и все надо начинать сначала, апгрейдить скорость, или идти на работу или к друзьям.

Пересылка напрямую в Россию тоже проблема, но для меня это не важно. В любом случае, заказываю себе впрок, а потом уже пересылаю согласившимся. Обычной почтой пересылается туда и обратно нормально. По посту выше, понятно, что проблема пересылок решается через почтового посредника.
« Последнее редактирование: 26 Январь 2020, 21:07:08 от NathanS »

Онлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12998
  • Страна: az
  • Рейтинг +2986/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #977 : 26 Январь 2020, 21:01:30 »
Цитировать
По Yfull: палка о двух концах. BigY - больше прочтений, но короче длина прочитанной игрек-хромосомы. DanteLabs - больше длина, но меньше прочтений.
Если совсем упростить вопрос. Есть три теста. BigY500, BigY700 и Данте Лабз. Кому издвух первых он более эквивалентен? (Где успешнее можно найти терминальный снип)?

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 391
  • Рейтинг +267/-2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #978 : 26 Январь 2020, 21:05:21 »
Ничего не делал, дал ссылку на чистый дантевский файл BAM. В yfull, ответили, что годен.
Конечно, можно повысить себе эрудицию и проделать эти все манипуляции под линуксом, тем более я с ним хорошо знаком, а смысл, если  в yfull и так это все делают.
Выравнивание DanteLabs под hg19 вызывает у меня сомнения. По idxstats в BAM от DanteLabs почти 20 млн немаппированных ридов, а при моем выравнивании получается 2 млн. Тут тоже используется технология Illumina с их собственной программой Dragen, а не BWA.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 391
  • Рейтинг +267/-2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #979 : 26 Январь 2020, 21:07:48 »
Цитировать
По Yfull: палка о двух концах. BigY - больше прочтений, но короче длина прочитанной игрек-хромосомы. DanteLabs - больше длина, но меньше прочтений.
Если совсем упростить вопрос. Есть три теста. BigY500, BigY700 и Данте Лабз. Кому издвух первых он более эквивалентен? (Где успешнее можно найти терминальный снип)?

BigY-700 ближе к WGS от DanteLabs.

Я делал BigY-700 нескольким сложноуговариваемым. В Yfull ветки нормально разделились, снипы найдены, но я не уверен по разделению на микроуровни. Четвероюродный с BigY-700 не отделился при сравнении с двумя WGS от Dante, но один отличающийся снип посчитали в оценке возраста.
« Последнее редактирование: 26 Январь 2020, 21:19:57 от NathanS »

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #980 : 26 Январь 2020, 21:12:41 »
По Yfull: палка о двух концах. BigY - больше прочтений, но короче длина прочитанной игрек-хромосомы. DanteLabs - больше длина, но меньше прочтений.
Большее количество прочтений в Big Y - это вынужденная мера, т. к. применяемая ими технология таргетного секвенирования может вносить искажения в данные (артефакты ПЦР). За счет количества прочтений эти искажения нивелируются. Но надо относиться с осторожностью к вариантам с малым количеством прочтений. Технология WGS не требует такого количества прочтений.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #981 : 26 Январь 2020, 21:16:34 »
Повторю вопрос Фарруха совсем по детски. В стиле, кто сильнее - кит, или слон?     ::)

Что лучше для наиболее полного и уверенного определения серии терминальных снипов?

1. БигИгрек 700.
2. Данте Лабз х30.
3. Данте Лабз лонг рид.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #982 : 26 Январь 2020, 21:17:32 »
То, что Данте может быть неплохой заменой для Биг Игрека, уже как бы понятно.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #983 : 26 Январь 2020, 21:19:54 »
Хотелось бы услышать ответы, как минимум, трёх пользователей (располагаю строго по алфавиту):

NathanS
rmk
Semargl


Заранее большое спасибо!


:)

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #984 : 26 Январь 2020, 21:39:29 »
Что лучше для наиболее полного и уверенного определения серии терминальных снипов?

1. БигИгрек 700.
2. Данте Лабз х30.
3. Данте Лабз лонг рид.
Наиболее полная статистика есть только у YFull.

Но по тем данным, что мне удалось собрать, короткий ответ - пункт 2. Big Y-700 близок, но стабильно пропускает варианты (насколько могу судить, вне зоны combBED).

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #985 : 26 Январь 2020, 21:51:20 »
Да, пункт 3 вообще нельзя рассматривать. Это очень специфический продукт, с данными которого только учатся работать. Не существует отлаженных рабочих процессов. Простое выравнивание на референсный геном практически не имеет смысла. Вероятно, нужно производить сборку de novo и по ней выравнивать WGS с короткими чтениями. Но, опять же, нет выверенного алгоритма, кто-то должен все оттестировать.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #986 : 26 Январь 2020, 21:55:01 »
Спасибо!     :)

Онлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12998
  • Страна: az
  • Рейтинг +2986/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #987 : 26 Январь 2020, 21:55:57 »
Смотрю их сайт. ПГС стоит 599 евро (~660$) и, говоря проcтым языком, уже вмещает в себя BigY700+mtDNAFull+Family Finder+Bam
Во FTDNA всё это счастье суммарно стоит где-то 449+159+79+100$=~787$, в период скидок ~550$. :-[

Пока что чаша весов на стороне ФТДНА, т. к. там есть база для сравнения, что незаменимо. Но при этом интуитивно не сомневаюсь в потенциале Данте Лабз по снижению цены.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #988 : 26 Январь 2020, 21:56:03 »
Про выравненный ВАМ файл тоже понятно. Надо ждать.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #989 : 26 Январь 2020, 21:57:20 »
Смотрю их сайт. ПГС стоит 599 евро (~660$) и, говоря проcтым языком, уже вмещает в себя BigY700+mtDNAFull+Family Finder+Bam
Во FTDNA всё это счастье суммарно стоит где-то 449+159+79+100$=~787$, в период скидок ~550$. :-[

Пока что чаша весов на стороне ФТДНА, т. к. там есть база для сравнения, что незаменимо. Но при этом интуитивно не сомневаюсь в потенциале Данте Лабз по снижению цены.

Мы смотрим не каталожную цену. А по скидкам.

Тут Данте впереди. (Если с нуля, а не апгрейд.)

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100