АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 85878 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн 505

  • Сообщений: 19
  • Страна: ro
  • Рейтинг +6/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #600 : 18 Ноябрь 2019, 18:11:47 »
Краткий отчет о заказе нескольких 30x WGS + 130х WES по акции - выполнение за 2 недели:
23/10/19 отправили мне DHL Express
24/10/19 получил киты
25/10/19 отправил в данте используя накладную DHL Express, вложенную в отправление мне и направлению копией мне на емейл
29/10/19 DHL Express написал что доставил
31/10/19 данте подтвердили получение в 6:05 пм
07/11/19 подтвердили QC (никаких писем не приходило, просто в личном кабинете статус изменился на старт секвенирования)
16/11/19 в личном кабинете появились отчеты и стали доступны для загрузки несколько vcf, потом увидел что ночью 02 ам до 06 ам пришли письма с сообщениями о завершении секвенирования в разное время по каждому отдельному номеру кита
17-18/11/19 постепенно появлялись новые файлы для загрузки, на данный момент доступно для загрузки 12шт (BAM, BAI, FASTQ 2шт, SNP, indel, SV, SNV (VCF + TBI))
Те практически уложились. И даже файлы можно скачать, правда пока не знаю что в них.

Однако последнии события не очень позитивные:
Воодушевившись ценой заказал 11 ноября киты 30х WGS по акции, а так как нахожусь сейчас временно в Италии, для доставки указал мой адрес в Италии, до сих пор ничего не получил и скоро уезжаю. Сегодня написал письмо с просьбой написать когда они вышлют и сколько мне еще ждать, мотивируя это тем что я вскоре не смогу получить доставку по указанному мною адресу и что у них заявлена доставка 2-3 дня на сайте. Получил отписку, что они могут и по другому адресу выслать.
Что у них происходит если они внутри Италии не могут выслать?

Оффлайн Andymeon

  • Сообщений: 1153
  • Страна: ru
  • Рейтинг +113/-4
  • Y-ДНК: R1a [CTS 3402+ Y2910+ YP310+]
  • мтДНК: H3i
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #601 : 18 Ноябрь 2019, 19:27:29 »
Деньги на депозите у них происходят) Омерта ::)

Оффлайн 505

  • Сообщений: 19
  • Страна: ro
  • Рейтинг +6/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #602 : 19 Ноябрь 2019, 00:15:42 »
Деньги на депозите у них происходят) Омерта ::)
Деньги на счет это здорово, знать бы их финансовые показатели. Акции у них имеют признаки многого от пирамиды до прощупывания рынка (эластичности спроса к цене, хотя думаю исчерпание спроса не позволит оценить это на основании отдельных акций), хорошо если это дозагрузка простаивающих мощностей.
Первичные цели на данном этапе у них похоже в объемах/цифрах, а не в удовлетворенности потребителей (ну или взгляд на эту удовлетворенность как на среднюю температуру по больнице).

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #603 : 19 Ноябрь 2019, 00:23:30 »
Да, меня поразило, что BWA-backtrack неожиданно дал лучшие результаты для сравнительно длинных ридов - 150bp.
Правда, уровень "улучшения" картины по снипам (по сравнению с другими алгоритмами), используемым YFull в осознанной части Y-ДНК я бы оценил лишь в 5-10%.
Но ведь в некоторых случаях и 10% улучшение может означать выявление 1 лишнего снипа из каждых 40 (например), либо перевод его по качеству из удовлетворительного в "отличные" :)
По результатам других выравниваний, могу сказать, что похоже, результат (какой алгоритм выбирать для выравнивания) также зависит от оборудования, которое использовалось при секвенировании (и, разумеется, даже от используемых реактивов).
BWA-SW, разумеется, более быстр, но при самодеятельности спешить-то особо некуда (а советы - пока именно для энтузиастов, кто сам решил побаловаться со сборкой).
По общему же количеству найденных снипов (используемых для дерева и возраста) - особых различий, разумеется, не было (ну, по мелочи - по итоговому "качеству" снипов, разве что).
А как анализировались снипы? Каждый вариант выравнивания загружался на YFull?

Оффлайн 505

  • Сообщений: 19
  • Страна: ro
  • Рейтинг +6/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #604 : 19 Ноябрь 2019, 00:44:10 »
Может кто-то подсказать? Данте лабс сейчас выкладывает vcf не аннотированными по ID. Я решил аннотировать дантовский vcf с снипами по dbSNP, а потом еще по UCSC (h37). По аннотации получилась какая-то ерунда и не совпадение, например с теми снипами что они указывают в своих стандартных отчетах.
Я увидел проблему в том что позиция полиморфизмов сильно отличается (у данте на chr1 на 30000bp раньше референса dbSNP).
Судя по заголовку файла сейчас они выкладывают VCF  v4.2, генерируют его bcftools, но не знаю с каким референсом. Выравнивают видимо по hs37d5, как у них сдвиг получается?
Кто-нибудь знает какой референт используют и как проаннотировать их vcf?
« Последнее редактирование: 19 Ноябрь 2019, 04:56:06 от 505 »

Оффлайн Kote

  • Сообщений: 136
  • Страна: ru
  • Рейтинг +143/-1
  • I1–VISTULA
  • Y-ДНК: I1-Y6351+
  • мтДНК: H6a1a2a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #605 : 19 Ноябрь 2019, 10:24:48 »
У Данте появилась группа поддержки клиентов в Фейсбуке.

Facebook группа, для получения персонализированной поддержки клиентов, обсуждение технических вопросов и взаимодействие с другими клиентами Данте.

https://www.facebook.com/groups/558973438185946/

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 263
  • Страна: fi
  • Рейтинг +142/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #606 : 19 Ноябрь 2019, 11:08:44 »
Спасибо Semargl и TK, ускорить действительно не получается самостоятельное вырванивание.

Потом напишу "быструю" инструкцию, всего 20 часов на 12 ядрах. :) (при условии уже скаченных примерно 70 гб, и преиндексированных - преиндексация спасает минимиум 10 часов)
Генерация hg38 из FASTQ 30x. :)

Результаты получены уже в ноябре 2019, статистика YFull (дата важна, так как говорят, что с переходом на свою лабораторию - глубина чуть-чуть снизилась у Данте):




Очень интересны результаты CUDA преобразователей, потом как-нибудь попробую.
« Последнее редактирование: 19 Ноябрь 2019, 11:14:57 от mdn »

Оффлайн TK

  • Сообщений: 519
  • Страна: ru
  • Рейтинг +384/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #607 : 19 Ноябрь 2019, 12:54:37 »
Да, меня поразило, что BWA-backtrack неожиданно дал лучшие результаты для сравнительно длинных ридов - 150bp.
Правда, уровень "улучшения" картины по снипам (по сравнению с другими алгоритмами), используемым YFull в осознанной части Y-ДНК я бы оценил лишь в 5-10%.
Но ведь в некоторых случаях и 10% улучшение может означать выявление 1 лишнего снипа из каждых 40 (например), либо перевод его по качеству из удовлетворительного в "отличные" :)
А как анализировались снипы? Каждый вариант выравнивания загружался на YFull?

Не, делал всё просто - куча выравниваний загружались одновременно в IGV и выборочно (примерно по 30 снипам конечного уровня и уровней чуть выше) вручную смотрелась картина как самих снипов, так и их окрестностей.
Достаточно наглядно было, когда при одном выравнивании в позицию попадало 14T и 1C, а при другом - оставались только ровно 14T (ну и аналогичные картины).
Что касается "окрестностей" снипов - также, в некоторых случаях в недалеком отдалении от снипов (2-50 тыс. позиций) наблюдались "зубья пилы" (как будто в этом месте было не 30x, а 300x) - причём периодически такие артефакты повторялись (периодичность повтора заставляла задуматься о проблемах алгоритма, который, скажем, "собирал" каждые 50 тыс. позиций немаппированные куски в один блок и вываливал их не думая в одно место).

Для расчётов использовал весьма мощные сервера (в каждом по 4 Xeon с кучей памяти) и фактически за несколько дней прокрутил много вариантов.
Увы, делал в достаточной степени бессистемно (ну, то есть чтобы побаловаться) - встречал где-нить референс, скачивал и сразу запускал "на посмотреть" (аналогично для алгоритмов выравнивания).

Оффлайн Kote

  • Сообщений: 136
  • Страна: ru
  • Рейтинг +143/-1
  • I1–VISTULA
  • Y-ДНК: I1-Y6351+
  • мтДНК: H6a1a2a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #608 : 20 Ноябрь 2019, 13:01:17 »
Big offers will be announced soon. ;D

Dante Labs

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 183
  • Страна: ru
  • Рейтинг +64/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #609 : 20 Ноябрь 2019, 14:05:27 »
Я что-то не понял. Чтобы отправили тест, им обязательно нужно что-то написать?
10-го числа заказал и до сих пор молчок. Юрлицо не указывал, нет у меня его. ИНН отправлял. Платил ойрами.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5491
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2963/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #610 : 20 Ноябрь 2019, 16:03:04 »
Сейчас я общаюсь по почте с их руководством. В ответ на их просьбу написать, каким способом они могли бы избежать проблем с отправкой в Россию, я ответил про то что они должны отправлять почтой Италии, EMS, USPS или другим способом, но не DHL. И стоимость отправления указывать не стоимость теста, а 1 euro.
Только что пришел ответ от Андреа
Цитировать
Thank you for your feedback. We will follow your guidance. We found that having a value of 10 euros vs. 1 euros is better for the saliva collection kits, as it reflects the actual value more closely while not creating issues at the custom.

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #611 : 20 Ноябрь 2019, 16:35:31 »
При наличии at, mtFull (уже на YFULL, как и мой) и возможности (родственнику 80 лет) взять образец, выбор всё же в пользу Big Y?
О дополнительном важном преимуществе WGS (в контексте Y-хромосомы) говорится на сайте Y-DNA Data Warehouse:
Цитировать
When comparing the coverage statistics, keep in mind WGS tests contain unassigned Y chromosome reads. The current human reference genome contains 33,591,060 bases that have not been assigned an allele value. The WGS reads that belong in this expanse cannot be placed today. However as new references are made available or the hardware requirements to de novo assembly become more affordable, the additional data will become more useful.

This is in contrast to targeted tests like Big Y and Y Elite. The targeting process not only makes the tests more economical, it also results in Y DNA fragments being washed away prior to sequencing. When the reference is updated the tests need to be redesigned and run again with all the physical costs of new sequencing. This is the reason Big Y (500) customers are required to pay an upgrade fee for Big Y 700.


Google Translate:
Сравнивая статистику покрытия, имейте в виду, что тесты WGS содержат неназначенные чтения Y-хромосомы. Текущий эталонный геном человека содержит 33 591 060 оснований, которым не было присвоено значение аллеля. Чтения WGS, которые принадлежат этому пространству, не могут быть размещены сегодня. Однако, поскольку становятся доступны новые ссылки или требования к оборудованию для сборки de novo становятся более доступными, дополнительные данные станут более полезными.

Это в отличие от целевых тестов, таких как Big Y и Y Elite. Процесс нацеливания не только делает тесты более экономичными, но также приводит к тому, что фрагменты ДНК Y вымываются перед секвенированием. Когда ссылка будет обновлена, тесты должны быть перепроектированы и запущены снова со всеми физическими затратами на новую последовательность. По этой причине покупатели Big Y (500) должны платить плату за обновление для Big Y 700.


Источник: https://ydna-warehouse.org/statistics.html

Оффлайн Ksenia365

  • Сообщений: 40
  • Страна: ru
  • Рейтинг +9/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #612 : 20 Ноябрь 2019, 17:57:22 »
Сейчас я общаюсь по почте с их руководством. В ответ на их просьбу написать, каким способом они могли бы избежать проблем с отправкой в Россию, я ответил про то что они должны отправлять почтой Италии, EMS, USPS или другим способом, но не DHL. И стоимость отправления указывать не стоимость теста, а 1 euro.
Только что пришел ответ от Андреа
Цитировать
Thank you for your feedback. We will follow your guidance. We found that having a value of 10 euros vs. 1 euros is better for the saliva collection kits, as it reflects the actual value more closely while not creating issues at the custom.

они и раньше указывали цену 1 евро, проблема возникала тогда  ,когда нужно таможне показывать оплату ,
а оплаты на 1 евро нет, есть оплата всего теста ,а если стоимость более 200 дол стоит денег растаможка
моя пробирка UPS так и не прошла весной по этой причине- запрашивали 1000р с чем то

Оффлайн Ksenia365

  • Сообщений: 40
  • Страна: ru
  • Рейтинг +9/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #613 : 20 Ноябрь 2019, 18:00:29 »
Возвращаясь к вопросу об отправке на юрлицо. У кого-то ведь уже был такой опыт. Что при этом от юрлица требуют? Надо какие-то документы этому DHL давать или таможне?

запросят доки на юр.лицо и письмо с объяснением что за груз

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 2996
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1011/-5
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #614 : 20 Ноябрь 2019, 18:11:20 »
Сейчас я общаюсь по почте с их руководством. В ответ на их просьбу написать, каким способом они могли бы избежать проблем с отправкой в Россию, я ответил про то что они должны отправлять почтой Италии, EMS, USPS или другим способом, но не DHL. И стоимость отправления указывать не стоимость теста, а 1 euro.
Только что пришел ответ от Андреа
Цитировать
Thank you for your feedback. We will follow your guidance. We found that having a value of 10 euros vs. 1 euros is better for the saliva collection kits, as it reflects the actual value more closely while not creating issues at the custom.

они и раньше указывали цену 1 евро, проблема возникала тогда  ,когда нужно таможне показывать оплату ,
а оплаты на 1 евро нет, есть оплата всего теста ,а если стоимость более 200 дол стоит денег растаможка
моя пробирка UPS так и не прошла весной по этой причине- запрашивали 1000р с чем то

Оценка товара может быть непрямая (тут самый подходящий - по цене аналогичного товара). В данном случае "пробирки" на 200 баксов не тянут, даже наоборот, подумают, что "золотые".

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100