АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 229655 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 503
  • Страна: kz
  • Рейтинг +315/-0
  • YFull: YF079031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b & M10a1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1365 : 23 Ноябрь 2022, 07:52:38 »
Получили результаты от Данте Лабз.

Все-таки не зря я настаивал, чтобы повторно отправили нам набор с забором крови вместо слюны. Когда выдают всего 90 гигабейзов сырыми данными, маппирование в 99.25% очень нужно. Пересборку на 38 реферанс сделаю чуть позже, посмотрим как это на статистику повлияет.

В целом я доволен результатами и сервисом от Данте. Уложились в 8 недельный срок, если считать с момента как получили набор в Италии. Больше времени ушло на обратную отправку с Кз до Италии (DHL не взял бы обратно образец), и запрос на новый набор.

Цена была вообще огонь :D 99.5 евро! Спасибо купону DAZZLE4RARE ;)








Оффлайн Saken

  • Сообщений: 503
  • Страна: kz
  • Рейтинг +315/-0
  • YFull: YF079031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b & M10a1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1366 : 24 Ноябрь 2022, 16:59:42 »
Используя биоинформатический ресурс usegalaxy org пересобрал bam файл по 38 реферансу. Статистика стала чуть лучше чем была на hg37.






« Последнее редактирование: 25 Ноябрь 2022, 16:48:55 от Saken »

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1294
  • Страна: ru
  • Рейтинг +985/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1367 : 25 Ноябрь 2022, 12:07:29 »
Хороший результат. У нас чуть хуже. Пока только 1 пришел.
Сейчас Данте не отправляет наборы с кровью, сказали временные проблемы.

Оффлайн guanchzhou

  • Сообщений: 21
  • Страна: fi
  • Рейтинг +3/-0
  • Y-ДНК: N-FT113455 (фтдна), N-Y192174 (yfull)
  • мтДНК: K1c1c
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1368 : 25 Ноябрь 2022, 14:59:46 »
Заказал себе тоже данте, раз скидки на черную пятницу есть.

Оффлайн Навля

  • R1a-Y2902
  • Сообщений: 445
  • Страна: cs
  • Рейтинг +372/-7
  • Y-ДНК: R1a-Z645-Z280-Y2902-Y35272
  • мтДНК: HV4a1-a*
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1369 : 25 Ноябрь 2022, 15:10:21 »
А какие требования к сбору материала?
С первого раза приходят результаты?
Или повторно всегда надо собирать материал?

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1294
  • Страна: ru
  • Рейтинг +985/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1370 : 25 Ноябрь 2022, 17:05:46 »
А какие требования к сбору материала?
С первого раза приходят результаты?
Или повторно всегда надо собирать материал?
Требования стандартные, но лучше подстраховаться. С кровью меньше проблем, но сейчас так не получится.
Из 20+ тестов в Nebula, у нас 4 случая, когда пришлось заново отправлять.

Оффлайн dechjo

  • Сообщений: 3
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1371 : 28 Ноябрь 2022, 18:22:59 »
Правильно ли понимаю, что за эти 199 евро секвенцируется весь геном, но даются расшифровки сразу только по 4 панелям (смотрю на их странице описания)? А еше 9 панелей предлагаются по цене 49/штука?
Кстати прямо сейчас последняя панель "Mitochondrial Diseases Panel" - sold out, это как возможно? То есть они все-таки секвенцируют не весь геном, а частично по мере докупки панелей?
А FASTQ/BAM/VCF файл там тоже будет наполнен согласно купленным панелям? Или же можно его загрузить потом на сторонний сервис и получить их расшифровку по некупленным панелям Dante?

Оффлайн guanchzhou

  • Сообщений: 21
  • Страна: fi
  • Рейтинг +3/-0
  • Y-ДНК: N-FT113455 (фтдна), N-Y192174 (yfull)
  • мтДНК: K1c1c
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1372 : 28 Ноябрь 2022, 22:19:49 »
Заказал себе тоже данте, раз скидки на черную пятницу есть.

Пришёл сегодня набор, оказался для слюны.

Оффлайн guanchzhou

  • Сообщений: 21
  • Страна: fi
  • Рейтинг +3/-0
  • Y-ДНК: N-FT113455 (фтдна), N-Y192174 (yfull)
  • мтДНК: K1c1c
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1373 : 04 Декабрь 2022, 14:17:09 »
Заказал себе тоже данте, раз скидки на черную пятницу есть.

Пришёл сегодня набор, оказался для слюны.

отправил им обратно, DHL доставил уже, но несколько дней как в интерпретацию не берут ;(

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 503
  • Страна: kz
  • Рейтинг +315/-0
  • YFull: YF079031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b & M10a1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1374 : 13 Декабрь 2022, 23:33:48 »
Новый продукт в линейке, - Hi-Fi Long Reads PacBio за 999eвро.


Оффлайн Andymeon

  • Сообщений: 1182
  • Страна: ru
  • Рейтинг +119/-5
  • Y-ДНК: R1a [CTS 3402+ Y2910+ YP310+]
  • мтДНК: H3i
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1375 : 18 Декабрь 2022, 23:07:34 »
Интересно сколько еще "полных геномов" будет у разных компаний  ;D Каждый раз оказывается что полный геном не такой и полный и по итогу 111 маркеров в ftdna со снипом оказываются за глаза..

Оффлайн Georg

  • Сообщений: 945
  • Страна: ru
  • Рейтинг +307/-6
  • Племянник vk511(Y),vk160(аДНК)
  • Y-ДНК: I1a1b1a1e2 (Y353312)
  • мтДНК: Я U5b2a1b, дети T1a1ct и H5b*
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1376 : 19 Декабрь 2022, 07:58:31 »
Интересно сколько еще "полных геномов" будет у разных компаний  ;D Каждый раз оказывается что полный геном не такой и полный и по итогу 111 маркеров в ftdna со снипом оказываются за глаза..
Это была реклама или вы реально не понимаете разницу?
Тогда ещё раз поясню, что десятки, а то и сотни тысяч снипов лучше, чем 111. Не говоря уже про возможность определения конкретных генов для медицины.
При цене не более чем в 2 раза больше. А дальше каждый новый тест ftdna догоняет и обгоняет по цене wgs.

Появление новых типов wgs это уже конкуренция внутри wgs.
« Последнее редактирование: 19 Декабрь 2022, 10:26:42 от Georg »

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 503
  • Страна: kz
  • Рейтинг +315/-0
  • YFull: YF079031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b & M10a1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1377 : 19 Декабрь 2022, 09:12:57 »
Наконец дошли руки до установки последней версий WGSExtract v4, прогнал оригинальный бам файл и перемаппированый на hg38.

Статистика более детальнее, и решил поделиться.

Исходной bam файл:






Конвертированный через usegalaxy org на 38 реферанс bam файл:






Оффлайн Andymeon

  • Сообщений: 1182
  • Страна: ru
  • Рейтинг +119/-5
  • Y-ДНК: R1a [CTS 3402+ Y2910+ YP310+]
  • мтДНК: H3i
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1378 : 20 Декабрь 2022, 21:14:07 »
Интересно сколько еще "полных геномов" будет у разных компаний  ;D Каждый раз оказывается что полный геном не такой и полный и по итогу 111 маркеров в ftdna со снипом оказываются за глаза..
Это была реклама или вы реально не понимаете разницу?
Тогда ещё раз поясню, что десятки, а то и сотни тысяч снипов лучше, чем 111. Не говоря уже про возможность определения конкретных генов для медицины.
При цене не более чем в 2 раза больше. А дальше каждый новый тест ftdna догоняет и обгоняет по цене wgs.

Появление новых типов wgs это уже конкуренция внутри wgs.


Много вы для медицины снипов наопределяли? И чего вам сотни других дали?  ::)

Оффлайн Georg

  • Сообщений: 945
  • Страна: ru
  • Рейтинг +307/-6
  • Племянник vk511(Y),vk160(аДНК)
  • Y-ДНК: I1a1b1a1e2 (Y353312)
  • мтДНК: Я U5b2a1b, дети T1a1ct и H5b*
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1379 : 20 Декабрь 2022, 21:49:09 »

Много вы для медицины снипов наопределяли? И чего вам сотни других дали?  ::)
вы или не читаете или передергиваете.
снипы для генеалогии, гены для медицины

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.