Компания Dante Labs

[Arthwr]

Я думаю выбор основной в плоскости Dante или Nebula. Второй во всем лучше кроме текущей цены.

 

Это почему же во всём лучше?

Вот отчёты по Небула:

http://forum.molgen.org/index.php/topic,12567.msg503512.html#msg503512

http://forum.molgen.org/index.php/topic,12567.msg505824.html#msg505824

http://forum.molgen.org/index.php/topic,12567.msg505273.html#msg505273

А вот мои, дантовские, как говорится, сличайте: ))

https://www.yfull.com/share/yreport/9467d25e2ab5ac5fba035d35028b2428/

http://forum.molgen.org/index.php/topic,10204.msg483030.html#msg483030

http://forum.molgen.org/index.php/topic,10204.msg481039.html#msg481039

[Val_Metov]

Частные случаи бывают разные. В целом качество Nebula стабильное. Я не заморачивался (по не знанию), процедура забора была, скажем прямо, не очень качественно организована.
У Данте результаты плавают. Есть катастрофические, есть очень приличные. У людей есть ошибочное свойство ориентироваться только на свой опыт. Это ошибка. У Данте есть ряд серьезных проблем:
1. Сроки. Катастрофа. Очень много жалоб. Facebook полон людей который их сильно ругают.
2. Плавающее качество.
3. Очень плохая поддержка. Работают по методу страусов.
4. Не выдают обещанные файлы (возможно проблема решена, но многих она коснулась.)

Стоит ли эти риски такого выигрыша в цене?

Я для себя смоделировал развитие событий:
1. Тест не сделают совсем. Вариант а) деньги вернут, скорее всего не скоро. Вариант б) не вернут.
2. Тест сделают, но с плохим качеством. а) Ничего не поменяют. б) нет варианта б. Ничего они не переделают. Пока нет прецедентов.
3. Тест сделают с хорошим качеством. а) долго. б) быстро.

Хотелось бы 3 б), но склоняюсь к тому, что это наименее вероятный сценарий. Но на самом деле и и 3 а) устроило бы. Но, опять но.

[Arthwr]

Я не заморачивался (по не знанию), процедура забора была, скажем прямо, не очень качественно организована.

Что ж Вы так, не заморочились-то

Надо было заморочиться, как я, например: открыл кран, набрал в жменю проточной воды и прополоскал рот, всё

Просто надо блюсти гигиену полости рта не только перед забором образца, а по жизни

[Saken]

Я думаю выбор основной в плоскости Dante или Nebula. Второй во всем лучше кроме текущей цены.

 

Это почему же во всём лучше?

Вот отчёты по Небула:

http://forum.molgen.org/index.php/topic,12567.msg503512.html#msg503512

http://forum.molgen.org/index.php/topic,12567.msg505824.html#msg505824

http://forum.molgen.org/index.php/topic,12567.msg505273.html#msg505273

А вот мои, дантовские, как говорится, сличайте: ))

https://www.yfull.com/share/yreport/9467d25e2ab5ac5fba035d35028b2428/

http://forum.molgen.org/index.php/topic,10204.msg483030.html#msg483030

http://forum.molgen.org/index.php/topic,10204.msg481039.html#msg481039

Раз сравнение шло с моими результатами от Небулы, вставлю свои 5 копеек:-)

Вам крупно повезло с Данте, таких результатов как ваши меньшинство чем большинство! У некоторых Небуловцев 125-130Гигабайзев вышло в объеме, но они тоже больше исключение из правил.

[Saken]

Я думаю выбор основной в плоскости Dante или Nebula. Второй во всем лучше кроме текущей цены.

Согласен, цена у Небулы в этот Black Friday вышла как в обычные дни
Хотя надо отдасть должное Nebula, в обычные дни у Данте тест WGS 30x стоит свыше 600$, что в 2 раза дороже чем у Небулы. Но цена на черную пятницу в Данте действительно очень вкусная.

[Alexey_V.B.]

Всё же на нескольких тестах разница в цене весьма ощутима, так что склоняюсь повторить опыт 2019 года.
Да и прошло у меня всё с Данте Лабс удачно.

[NathanS]

... У Данте есть ряд серьезных проблем:

Стоит ли эти риски такого выигрыша в цене?

Я для себя смоделировал развитие событий:
1. Тест не сделают совсем. Вариант а) деньги вернут, скорее всего не скоро. Вариант б) не вернут.
2. Тест сделают, но с плохим качеством. а) Ничего не поменяют. б) нет варианта б. Ничего они не переделают. Пока нет прецедентов.
3. Тест сделают с хорошим качеством. а) долго. б) быстро.

Хотелось бы 3 б), но склоняюсь к тому, что это наименее вероятный сценарий. Но на самом деле и и 3 а) устроило бы. Но, опять но.

Кажется есть вариант 2 в) ни за что не сознаются, но переделают.

Я им писал мэйлы с моим анализом BAMа и FASTQ, но без ответа, отписался на Facebookе пару раз. Первое - анализ качества при помощи программы fastp - линии дложны быть более или менее гладкие, без резких скачков, маппирование 90-95%, ближе к 95%, длина ближе к заявленной 150bp. BAMqc выдает тоже хорошую статистику по их BAM-файлу. Уровень дупликации должен быть низким, немаппированные и отброшенные последовательности тоже должны быть на низком уровне. FastQC тоже хорошая программа для анализа - в мануале к ней есть примеры возможны ошибок и их причин. Возможно потребуется разделение данных по секвенатору и "линии" (не знаю как это правильно называется). На вероятные технические ошибки я и давил.

Написали, что произошла ошибка при загрузке данных и новые данные будут скоро загружены. Сомнительно, но надо проанализировать что они загрузят. Разборки заняли 10 месяцев.

[Valery]

Возможно потребуется разделение данных по секвенатору и "линии" (не знаю как это правильно называется).

lane - дорожка, они в некотором смысле независимы

[mladshij]

Кажется есть вариант 2 в) ни за что не сознаются, но переделают.

Вот в это не верится. В результатах одного из тестов замапировалось только 27% ридов. Длительная переписка привела к тому, что они в итоге сказали, что раз они прочитали 91 гигабазы, то на этом их обязательства исполнены. А то, что из 91 гигабаз мапируется только 27%, так это мои личные проблемы и они ничего делать не будут. После чего просто перестали отвечать на письма.

[Alexey_V.B.]

В результатах одного из тестов замапировалось только 27% ридов. Длительная переписка привела к тому, что они в итоге сказали, что раз они прочитали 91 гигабазы, то на этом их обязательства исполнены. А то, что из 91 гигабаз мапируется только 27%, так это мои личные проблемы и они ничего делать не будут. После чего просто перестали отвечать на письма.

в декабре 2019 - январе 2020 у меня всё удачно получилось с Dante Labs и я всё ж рискнул и три дня назад заказал через VPN (США) 4 набора по $149 для родственников в России. адрес доставки указал Shipito - ранее использовал для получения наборов с Ancestry.com
а Вы давно заказывали набор и сдали метериал в Dante Labs?

[Val_Metov]

В результатах одного из тестов замапировалось только 27% ридов. Длительная переписка привела к тому, что они в итоге сказали, что раз они прочитали 91 гигабазы, то на этом их обязательства исполнены. А то, что из 91 гигабаз мапируется только 27%, так это мои личные проблемы и они ничего делать не будут. После чего просто перестали отвечать на письма.

в декабре 2019 - январе 2020 у меня всё удачно получилось с Dante Labs и я всё ж рискнул и три дня назад заказал через VPN (США) 4 набора по $149 для родственников в России. адрес доставки указал Shipito - ранее использовал для получения наборов с Ancestry.com
а Вы давно заказывали набор и сдали метериал в Dante Labs?

Вы читали сообщения в группе FB? По качеству, по долгому сроку игнору итд?

[NathanS]

Кажется есть вариант 2 в) ни за что не сознаются, но переделают.

Вот в это не верится. В результатах одного из тестов замапировалось только 27% ридов. Длительная переписка привела к тому, что они в итоге сказали, что раз они прочитали 91 гигабазы, то на этом их обязательства исполнены. А то, что из 91 гигабаз мапируется только 27%, так это мои личные проблемы и они ничего делать не будут. После чего просто перестали отвечать на письма.

Похоже вы правы. Дали они мне новый BAM, но видимо просто подчистили полнейший мусор - вместо старых 96 гигабаз, теперь 88 гигабаз. Маппирование снизилось с 75-80% до 70%. Судя по распределению длины фрагментов, данные старые. Увы, но ожидаемо. Жаль, но рекомендацию Dante Labs для полногеномного теста придется снять. Качество очень сильно снизилось после организации собственной лаборатории.

Новый BAM - Длина прочтений 137.33, 88,48 Гигабаз, Маппировано 70,42%, Среднее покрытие 19,86%:


Старый BAM - Длина прочтений 134,20, 96,3 Гигабаз, Маппировано 75,5%, Среднее покрытие 23,2%:


Дла сравнения - BAM  с "нормальным" (27x) результатом - Длина прочтений 147,36, 93,3 Гигабаз, Маппировано 91,65%, Среднее покрытие 27,3%:

[Val_Metov]

Сообщение в группе FB от апреля 2019 г.

Max De Plum, Nancy Grossman, and I had a conference call with Andrea Riposati yesterday about issues related to Dante Labs. Here are some of the things that Andrea agreed that Dante Labs would do, and some explanations:
• Dante will realign all BAMs to the latest hg38 build and patch in a batch. The default going forward will be hg38 with the latest patch. (hg38.p12 UCSC reference, or p13 when UCSC makes that available)>
• A web form will be available on the Dante Labs site to request realignments, and Andrea will post the link.
• There will be a later option for realignment to a different build for $10, and a free coupon code for this group.
• Dante Labs will provide tracking numbers for hard drives.
• Dante will make the BAM files available via a web link and this link will be active 3-6 months, then the BAM file will be moved to more permanent storage but will still be available upon request.
• Dante Labs is in contact with YFull to work out how to make it easy for customers to submit BAM files to YFull.
• Andrea said that delays in delivery were due to the sequencing supplier. BAM files were originally delivered to Dante via hard drives, which also caused delays.
• Dante Labs is aiming to open their own sequencing center in Aquila Italy in July, so they are in solely in control of the delivery of results. (This announcement of a partnership with BGI to open a sequencing center in Italy appeared in news articles - link below.)
• Dante will offer a "DNA Day" sale April 25-29, final price to be determined, but below $250 Euros.
This is definitely very encouraging.
Now, it's up to all of us customers (and potential customers) here to hold Dante Labs to their promises, and also give them (and each other) our feedback.

Не посмотрев на дату подумал, ну наконец, они наверное исправятся. Ага, разбежались.

[Alexey_V.B.]

а Вы давно заказывали набор и сдали метериал в Dante Labs?

Вы читали сообщения в группе FB? По качеству, по долгому сроку игнору итд?

я не защищаю DL, но год назад не лучше сообщения были на FB с зависшими на два года заказами - еще до открытия лаборатории в Италии.
пишут ведь недовольные, у кого всё хорошо - те молчат. в январе 2020 вполне нормальные результаты получил 109,92 GBases, например:

[Val_Metov]

Ключевой момент это модель поведения основанная на лжи. Уход от решения проблем, игнорирование пользователей. Тут несколько моментов важных. Во первых, если такая модель у них обычная практика, то это печально. Во вторых, если они себя так ведут из-за слишком большого количества обращений, то все еще хуже. Значит поток проблем глобальный. Оба варианта характеризуют их не очень хорошо. Да, возможно они не могут исправить ситуацию без риска разориться, но для нас это еще хуже. Можно вообще без денег и результата оказаться. Нужна страховая компания, которая за доплату (скажем 50$), страховала бы риски (долгое время, плохое качество, итд.). Если такой сервис есть, то вполне можно и воспользоваться.