АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 169040 раз)

0 Пользователей и 2 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн Стрельников Герман

  • Сообщений: 371
  • Страна: ru
  • Рейтинг +93/-0
  • Y-ДНК: R1a1a* L366+ (YP 346)
  • мтДНК: Стрельников Герман
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1290 : 04 Февраль 2021, 11:14:16 »
Коллеги-форумчане! Прошу помочь в решении проблемы, т.к. Dant Labs окончательно обнаглели и уже не отвечают мне на письма.
Еще в 2019 году купил по акции Dante Labs Whole Genome Sequencing Test  99 евро. Номер заказа был подтвержден ORDER #EU6915W
Стал ждать тест, и спустя почти полгода меня информировали, что у них проблемы с пересылкой. 24.04.20 информировали, что вроде как проблемы с пересылкой решили, а я попросил сообщить об отправке теста.
Но до сих пор тест не прислали и не написали. Я им написал вновь последний раз 22.10.20, но ответили стандартным письмом о времени работы (смешно) и тишина.
У FTDNA со мной таких проблем никогда не было, ни с адресом, ни с доставкой. Подскажите плиз, как добиться от Dante Labs теста или возврата средств?
С уважением, Стрельников Герман А.

Единственная, кто способна помощь, это Джиорджия: giorgia[обезьянка]dantelabs.com
Сделайте себе адрес в США через Shipito и попросите её отправить посылку туда, а как она приедет на склад в США, так сразу пересылайте в РФ через BoxBerry - потратите лишние 20$ и 4 недели, но сэкономите нервы.
Спасибо за совет! Обязательно ей напишу, если директор Dante Labs не решит проблему.
С уважением, Стрельников Герман А.

Оффлайн Пашкевич Павел

  • Сообщений: 343
  • Страна: by
  • Рейтинг +227/-0
  • Y-ДНК: I1 -Y7477
  • мтДНК: H1b2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1291 : 04 Апрель 2021, 15:35:39 »
В Россию тесты DanteLabs нормально доставить не могут.
В Украину доставляют знаю без проблем.
А как обстоят дела с Беларусью и Казахстаном? Кто знает?
по РБ:
два года назад брал набор для родича (спецом для игрека).
было прислано два - т.к. в саппорте спецом просил именно с щеточками, но в итоге получил два варианта набора:
геморрой с получением первого и растаможкой - либо сам гонишь в аэропорт(который за 25 км  от города) и весь день убиваешь на это либо плати конторе 20баксов и получи в руки на дом...
второй просто по обычной почте пришел через недельку(был очень удивлен, но и ладно) - пришлось просить гос.оценщика оценить, чтобы пошлину не выплачивать.
на этом мытарства с получением были закончены, учтя, что законы в этой сфере  не менялись - коллегам приходится проходить их снова и снова.

тест сделал в апреле человеку, сразу же отправлен и на 1ое июня он уже был давно получен лабой. Но так как лаба ковидные тесты делала, решил не торопить их.
в сентябре написал в саппорт - т.к. никакой подвижки не было, а первая волна уже прошла, кстати ответили быстро.
мне написали, мол "лаба загружена извините, ваш набор в целости и сохранности"
Однако, уже вот декабрь на носу, а подвижек нет.
я уже боюсь загадывать какое будет качество прочтения, чтобы yfull еще принял.
p.s. фтдна - всё ж таки удобнее/проще/быстрее для меня.
продолжение мытарств:
 в конце декабря повторно написал  в саппорт письмо отчаяния - безответно, однако, в итоге случилось "чудо"!
и сегодня 13,01,2021 порадовали  8)
"We are currently sequencing your kit
Your kit has passed the quality control and has now started the sequencing process."

надеюсь к февралю управятся сии товарищи ::)
кульминация:
17 марта - перезапустили секвенирование: некие проблемы с библиотекой возникли
27 марта - без объявления войны сразу пришло сообщение, что всё готово.

итог:
BAM.file 50.1 Gb и куча всего в навесок:
Nutrigenomics & Lifestyle Report (en_us)
Scientific Fitness Report (en_us)
Pharmacogenetics Report (en_us)
Health Report (en_us)
-> в целом смотрятся поинтереснее чем FTDna отчет (моё субъективное мнение)

если нужно только закачать игрек и мито на Yfull =>то можно  сразу написать в саппорт Dante и попросить и они это организуют.
Yreport от Yfull
0,13Gb .BAM file size 99,82%
Length coverage 13X
Median depth coverage
263X   MAX
14,61X   MEAN
1X   MIN
40236 No call base pairs

Все нужные снипы проверились, ничего в Yseq допроверять не нужно.

Резюме:
т.к. основной моей целью был конкретно Y для Yfull ради tmrca  - всё остальное второстепенно, то  результатом за эти деньги полностью доволен, но почти 10 месяцев ожидания c постоянными письмами в саппорт немного "огорчают".

Плюсы - цена (брал на максимальных скидках) в итоге навскидку вышло почти на 100$ дешевле(если сравнить с BIG)
Минусы - много дополнительной возни (получение набора - через аэропорт/пошлины), очень долго ждал очереди на секвенирование ( 6 месяцев) - было написано много писем в саппорт, задержку объясняли пандемией, спустя 2,5 месяца было готово (что в целом почти равно их обещанным 8 неделям).

P.S. если в следующий раз мне  нужно кого-то протестить будет на всё и сразу и время не столь ограниченно, то вновь буду приобретать набор на скидках. Но  ежели будет нужен чисто Y - то пожалуй, воспользуюсь ФТДна.







Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1292 : 08 Апрель 2021, 18:06:08 »
Единственная, кто способна помощь, это Джиорджия: giorgia[обезьянка]dantelabs.com
Сделайте себе адрес в США через Shipito и попросите её отправить посылку туда, а как она приедет на склад в США, так сразу пересылайте в РФ через BoxBerry - потратите лишние 20$ и 4 недели, но сэкономите нервы.
Giorgia Manni толковая и оперативная. Ставлю в копию: Andrea Riposati andrea@dantelabs.com и Mario Pecce mario@dantelabs.com
Заказ на физ.лицо в Россию через склад Shipito в США - самый простой путь и та же цена (число) на тест в $, а не в €.
С даты моего заказа в Dante Labs - до доставки в пункт выдачи Pony Express в Москве прошел ровно месяц.

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1293 : 03 Май 2021, 17:13:36 »
Зlравствуйте, при входе на https://www.dantelabs.com вижу другой интерфейс и не вижу входа в личный кабинет. VPN не помог, в чем причина?


Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5994
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4191/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1294 : 03 Май 2021, 17:24:00 »
Зlравствуйте, при входе на https://www.dantelabs.com вижу другой интерфейс и не вижу входа в личный кабинет. VPN не помог, в чем причина?


Прямая ссылка вроде пока работает https://genome.dantelabs.com/login

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1295 : 03 Май 2021, 17:50:57 »
Зlравствуйте, при входе на https://www.dantelabs.com вижу другой интерфейс и не вижу входа в личный кабинет. VPN не помог, в чем причина?
Прямая ссылка вроде пока работает https://genome.dantelabs.com/login

Спасибо!
Зато я нашел интересный сайт Dante Labs в UK https://dantelabs.co.uk/collections/dante-labs-comprehensive-panels

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1202/-2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1296 : 28 Май 2021, 18:04:14 »
Весьма неожиданный результат от ДантеЛабс:
   
ItemValueExpected
Read Length146.67Should be almost exactly 100, 150, etc
Raw GBases198.58>90; less than 90 and Dante will re-sequence
% Mapped97.22Looking for 95% or higher
Mapped Avg Read Depth61.53Preferably >30 (the real source of the 30x declaration)



Сюрприз конечно приятный, но разброс качества от 90 до 199 ГБ заставляет все же задуматься почему так происходит. Длина рида тоже отклоняется от 150.

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1297 : 09 Июнь 2021, 21:26:44 »
Приятно удивлен оперативностью Dante Labs: 25 мая получили образец, за три дня проверили качество и за 10 дней извлекли WGS (X30) + выдали четыре отчета впридачу, "отчет о здоровье" на 400 страницах.
скачиваю все файлы в коллекцию и проверки качества выполнения теста.
Джорджиа даже вернула мне $26 за отправку образца из Москвы сыном с EMS.


« Последнее редактирование: 09 Июнь 2021, 21:40:51 от Alexey_V.B. »

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1298 : 10 Июнь 2021, 13:07:50 »
А вот качество выполнения теста удивило очень неприятно. Read Depth 12,8x и 36,66% Mapped - это никуда не годится.
Буду требовать переделки теста, хотя по Гигабейзам 109 и в Dante Labs, как вижу на Facebook, будут сопротивляться.


Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1240
  • Страна: ru
  • Рейтинг +912/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1299 : 10 Июнь 2021, 15:30:10 »
Печально. В последнее время было мало жалоб на Dante уже настраивался на осенние скидки. Nebula со скоростью совсем сейчас не радует. 5 образцов в работе. Один уже пол года ждем. Гарантированный надежный вариант пожалуй только Yseq. Хоть он и дороже.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5994
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4191/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1300 : 10 Июнь 2021, 15:40:44 »
Последнему моему образцу из Данте помогло перемаппирование. Статистика несколько улучшилась.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1202/-2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1301 : 10 Июнь 2021, 17:00:02 »
А вот качество выполнения теста удивило очень неприятно. Read Depth 12,8x и 36,66% Mapped - это никуда не годится.
Буду требовать переделки теста, хотя по Гигабейзам 109 и в Dante Labs, как вижу на Facebook, будут сопротивляться.

Процент маппирования очень низкий. Сгрузите FASTQ-файлы и проанализируйте их fastp (если есть Linux) и/или fastqc: https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

У меня тоже был один образец с очень низким маппированием - никакие технические детали не помогли. 90 гигабаз и точка, а то, что половина баз от загрязнения в лаборатории и пузырей в секвенаторе - полный игнор.

Посмотрите подробнее BAM-файл. Какая картина на https://bam.iobio.io/?

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1302 : 10 Июнь 2021, 17:51:01 »
Процент маппирования очень низкий. Сгрузите FASTQ-файлы и проанализируйте их fastp (если есть Linux) и/или fastqc: https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

У меня тоже был один образец с очень низким маппированием - никакие технические детали не помогли. 90 гигабаз и точка, а то, что половина баз от загрязнения в лаборатории и пузырей в секвенаторе - полный игнор.

Посмотрите подробнее BAM-файл. Какая картина на https://bam.iobio.io/?

Такой грустной картинки у меня еще не было, вечером попробую что-то сделать, но не думаю, что будут серъезные улучшения. Грязный образец мог так повлиять на результат?

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1303 : 10 Июнь 2021, 18:41:28 »
Последнему моему образцу из Данте помогло перемаппирование. Статистика несколько улучшилась.
Добрый день, маппировать в hg38 с референсом GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_analysis_set?

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1202/-2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1304 : 10 Июнь 2021, 18:46:52 »
Процент маппирования очень низкий. Сгрузите FASTQ-файлы и проанализируйте их fastp (если есть Linux) и/или fastqc: https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

У меня тоже был один образец с очень низким маппированием - никакие технические детали не помогли. 90 гигабаз и точка, а то, что половина баз от загрязнения в лаборатории и пузырей в секвенаторе - полный игнор.

Посмотрите подробнее BAM-файл. Какая картина на https://bam.iobio.io/?

Такой грустной картинки у меня еще не было, вечером попробую что-то сделать, но не думаю, что будут серъезные улучшения. Грязный образец мог так повлиять на результат?

Очень похоже и на мой случай:


У вас процент маппирования значительно ниже, но похожие проценты с качеством 0, процент дубликатов и низкий процент маппированных пар. 10 месяцев переписки ничего не дали. Буду переделывать в Небуле.

Можете еще отписаться по результатам в Dante Labs and Nebula Genomics Customers на Facebook. Там Randy Harr собирает статистику по низким выравниваниям. Пока однозначного вердикта нет. Данте ссылаются на загрязнение образца со стороны клиента, но со стороны пользователей пока было несколько версий - неправильное хранение реагентов, которое способствует росту бактерий в реагентах, загрязнение образца в лаборатории, технические причины, связанные с работой секвенатора, а так же возможное происхождение плохих данных от одного специфического секвенатора.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.