АвторТема: Генотек  (Прочитано 8229 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1053
  • Страна: ru
  • Рейтинг +68/-2
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Генотек
« Ответ #75 : 17 Ноябрь 2020, 07:03:08 »
Подскажите, а как можно извлечь из файла VCF компании "Генотек" STR-маркеры? Чем его можно открыть?

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 13015
  • Страна: az
  • Рейтинг +2995/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Генотек
« Ответ #76 : 17 Ноябрь 2020, 07:27:45 »
Никак, Y-STR там нет, только снипы

Оффлайн astrava

  • Сообщений: 4
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2/-0
  • Y-DNA I-BY96216; mtDNA H5a1 ► C15833T
    • бесплатное семейное дерево мира на русском без дубликатов geni.com
  • Y-ДНК: I1-M253, Y18103
  • мтДНК: H5a1
Форумчане какое ваше мнение? Я загрузил дюжину наборов пополнив базу данных Genotek, но без оплаты ни я ни мои совпаденцы не могут связаться. За такую цену я смогу заказать по акции тест из ftdna.com myheritage.com для родственников.
загрузить на gedcom.com  посмотреть этнос и получить дополнительные 3000 совпадений БЕСПЛАТНО
<Genotek Происхождение 2 995 ₽>

 =============================================================================================
<Genotek Происхождение 2 995 ₽>

На данный момент реализована возможность загрузки на наш сайт результатов анализа из других лабораторий, после оплаты клиент получает результат, в том числе о найденных родственниках среди наших клиентов.

С уважением,
Ирина Духнова
 
+7 (985) 411-64-00
+7 (495) 215-15-14
www.genotek.ru
=========================================================================================

Интерпретация данных генетических тестов 23andMe, FamilyTreeDNA, MyHeritage или Ancestry

Теперь вы можете загрузить исходные данные (raw data) и заказать подробную интерпретацию вашей генетической информации, чтобы получить ответы на любые вопросы.
Загрузить данные (txt, csv)
* [https://www.genotek.ru/genetics/interpretation/] 3000 rub
* [https://www.genotek.ru/f/Ancestry.pdf ] genotek



Пройдя генетические тесты 23andMe, FamilyTreeDNA, MyHeritage или Ancestry, вы узнали только часть информации о себе — заметная доля вашей ДНК не была интерпретирована. Так, клиенты Ancestry не узнали какие лекарства для них эффективны и не нашли своих дальних родственников, а клиенты MyHeritage не получили информацию о рисках заболеваний и особенностях работы организма.
Мы знаем как интерпретировать исходные генетические данные, полученные в 23andme, FamilyTreeDNA, Ancestry и MyHeritage

Генетические анализы делят на несколько типов в зависимости от того, какую информацию они помогают узнать: о здоровье, эффективности лекарств, происхождении, талантах и способностях. Для каждого типа выбирают определённые гены и только их анализируют. Мы можем интерпретировать анализ ДНК и узнать намного больше, чем предполагал сделанный вами тест.

Теперь есть возможность добавить информацию, которую вы не знали раньше: об этническом составе с учётом народов России, о дальних родственниках, о предрасположенности к различным заболеваниям и пищевых непереносимостях, о реакции организма на различные лекарства, и даже выявить интересные особенности своего организма и личности. Интерпретация анализа генов позволяет не только расширить спектр информации, но и оценить её с учётом данных новых исследований.

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 852
  • Страна: il
  • Рейтинг +209/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Генотек
« Ответ #78 : 19 Январь 2021, 20:44:03 »
года три назад загрузил несколько тестов в Генотек и безнадежно ждал скидки. 3000 рублей ломает платить.
бесплатно: это вы наверно gedmatch.com имели в виду


Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 397
  • Рейтинг +275/-2
Форумчане какое ваше мнение? За такую цену я смогу заказать по акции тест из ftdna.com myheritage.com для родственников.
загрузить на gedcom.com  посмотреть этнос и получить дополнительные 3000 совпадений БЕСПЛАТНО

На Черную Пятницу тест в FTDNA  стоил 49$, а при заказе нескольких наборов можно было получить и бесплатную доставку. Рекомендую заказать тест в FTDNA и не заморачиваться Генотеком.

Оффлайн ETOBOG

  • МЖ: R5a2. ММЖ: H6a1b2
  • Сообщений: 56
  • Страна: ru
  • Рейтинг +15/-1
  • Папа: R-Y1 (R1a1a1b2a1a1a1f1), Мама: J1c2c2a
Форумчане какое ваше мнение? Я загрузил дюжину наборов пополнив базу данных Genotek, но без оплаты ни я ни мои совпаденцы не могут связаться. За такую цену я смогу заказать по акции тест из ftdna.com myheritage.com для родственников.
загрузить на gedcom.com  посмотреть этнос и получить дополнительные 3000 совпадений БЕСПЛАТНО

У меня сданы все возможные тесты в ftDNA, загружены и на MyHeritage и на GEDCOM и везде где только можно. Вот решил загрузить на Генотек, посмотреть, что они покажут. Не хотелось, конечно, но 3000 рублей оплатил.

Сначала результаты меня, конечно, не порадовали.
Например, ни одного совпадения не нашёл - но, может, у них просто мало пока народу тестируется.
Я на половину русский, так что уж с русскими должны быть совпадения.

По поводу происхождения: тут он показывает не так, как все другие сайты. Хорошо это или плохо пока не могу сказать, но показывает неверно :) Если все другие сайты чётко видели, что я на 50% Россия и на 50% Индия, то тут показало около 60% за россию+балканы, что он, 15% за индию, и 25% за среднюю азию (узбекистан-таджикистан), и это не ок.

С другой стороны, возможно, корни индийские, которые пришли от арийцев, которые были иранцами он интерпретирует как таджиков, что вполне ок. В общем, интересно, но не очень точно.

Обычно сайты как раз точно предугадывают для таких как я, у кого 2 разных этноса намешано. Но здесь всё по-другому, и я стал читать и изучать, почему.

Что мне понравилось, так это описание теории, как они исследуют, в графе "научные данные" (приведу ниже отдельным сообщением текст, вдруг кому интересно).

Что ещё понравилось, так это то, что они показывают на картинке, какие хромосомы у меня совпадают с этническими примерами, типа вот такие и такие части моей хромосомы совпадают с шаблоном индийских хромосом, а вот такие участки - со скандинавами. Это прикольно, на других сайтах не видел такого.

Что ещё очень понравилось, что они пишут, что рассматривают отдельно хромосомы, которые мне достались от отца и от матери, и всё это в рамках аутосом. То есть они програмно как-то разделяют их, хотя на всех остальных сайтах всё в каше сливают на одну. И это тоже очень очень мне прикольно, так как мне интересно смотреть, что от папы, что от мамы, что от бабушек и так далее - мне нравится это вычислять.

В общем, это спасло ситуацию для меня в случае генотека, буду изучать дальше.

Гаплогруппы он, как и ожидалось, мне не определил по аутосомным данным, загруженным с ftdna.

Оффлайн ETOBOG

  • МЖ: R5a2. ММЖ: H6a1b2
  • Сообщений: 56
  • Страна: ru
  • Рейтинг +15/-1
  • Папа: R-Y1 (R1a1a1b2a1a1a1f1), Мама: J1c2c2a
Re: Генотек
« Ответ #81 : 24 Февраль 2021, 23:30:24 »
ГРАФА НАУЧНЫЕ ДАННЫЕ: теория, как они определяют происхождение

Самые первые подходы к оценки этнического происхождении основывались на так называемых AIM-вариантах (ancestry informative markers). Это генетические варианты, которые характерны и широко распространены среди одной популяции и редко встречаются в других популяциях. Такой подход относительно неплохо работает на “континентальном” масштабе, когда мы хотим, например, отличить африканцев от азиатов. [1]

Еще один вариант устаревшего подхода к определению этнического происхождения — с использованием гаплогрупп, которые могут быть более или менее распространены в разных этносах. Однако такой метод ничего не говорит о происхождении за пределами отцовской и материнской линий, а разделять недавно возникшие народы оказывается невозможно из-за того, что многие современные гаплогруппы возникли несколько тысяч или десятков тысяч лет назад, когда современных народов не существовало. [2]

Для того, чтобы проводить анализа близких популяций (например, народов Восточной Европы), мы применили более сложный подход, основанный на сравнении не отдельных мутаций, а сразу протяженных сегментов ДНК. Такой подход имеет название local ancestry inference. При этом важно, что предварительно геном человека “фазируется” — с помощью специальных биоинформатических инструментов и баз данных определяются хромосомы, которые достались от каждого из родителей. [3]

С помощью методов машинного обучения (нейронных сетей и метода опорных векторов со строковыми ядрами) мы сравнивали фрагменты каждой вашей хромосомы с соответствующими фрагментами геномов “эталонных” людей с известным происхождением и приписывали к наиболее подходящей популяции. На следующем шаге с помощью скрытых марковским моделей производили коррекцию, сглаживание и финализацию определения вашего этнического состава.

На схеме мы отметили цветом те участки ваших хромосом, которые оказались похожи на соответствующие участки хромосом представителей этноса. На основании того, как много участков хромосом было отнесено к каждому этносу, определяется процент каждой этнической группы в вашем геноме. Чем больше размер каждого фрагмента, тем более близок к вам предок, являющийся коренным представителем этого этноса.

Ниже на графике мы показали расположение участков вашего генома относительно «эталонных» представителей наиболее близких вам народностей. Для того, чтобы построить такой график, мы собрали геномы людей, все бабушки и дедушки которых принадлежат одному и тому же этносу. С помощью алгоритмов PCA (principal component analysis) и LDA (linear discriminant analysis) мы разделили и визуализировали группы людей, принадлежащих одному и тому же этносу. Каждая группа обозначается своим цветом.

Если ваш образец находится внутри группы образцов одного этноса, то с высокой вероятностью некоторые участки вашего генома вы унаследовали от вашего предка, который является коренным представителям данного народа. Если ваш образец не попал в одну из групп, то это может объясняться либо большим генетическим разнообразием какого-либо народа (посмотрите, нет ли рядом с вашим образцом других людей), либо вашей принадлежностью к одной из этнических групп, которые мы еще пока не добавили в обучающие выборки.

Оффлайн ETOBOG

  • МЖ: R5a2. ММЖ: H6a1b2
  • Сообщений: 56
  • Страна: ru
  • Рейтинг +15/-1
  • Папа: R-Y1 (R1a1a1b2a1a1a1f1), Мама: J1c2c2a
Re: Генотек
« Ответ #82 : 24 Февраль 2021, 23:33:24 »
Вот так мне показывают участки хромосом, которые совпадают с этносом "Индия" и "Славяне", а также распределения внутри этносов:
« Последнее редактирование: 24 Февраль 2021, 23:42:49 от ETOBOG »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100