Замечания справедливы. Но, учитывая гомоплазические извивы, здесь без терминального снипа никуда не деться, к сожалению. Потому и задача принципиально нерешаема.
Гаплотипы немного отличаются? Что ж, бывает, ведь между ними десятки поколений разницы.
Гаплотипы полностью идентичны. Что ж, при гомоплазии и не такое бывает...