"Какие аутосомы были изначально у западных Ностратов и у ПИЕ?"
Ответ: Никаких.
Аутосомы вообще немаркируют какие-то народы. По ним можно сказать ну разве что когда-то какие-то люди приняли какое-то участие в сложении местной популяции. Когда и какие - сказать по ним невозможно.
Аутосомы настолько случайны - что две сестры могут нести в себе два кардинально разных наборов, да так что будут выглядеть как выходцы из разных частей света.
Аутосомы в среднем еще больше привязаны к местности проживания, еще больше чем мито, и намного больше чем У.
Современные методы имеют недостаточную разрешающию способность для каких-то выводов. Но если в тупую смотреть по этим данным - то ваша гипотеза полностью разрушается, только Евреи, Греки и Итальянцы имеют связь с Ближним Востоком. Это не тянет по историческим фактам никак. Наоборот известно что и когда у них появилось оттуда. Географически видно что - да как.
А вот наличие значительной доли Европейских (всех - северных, западных и особенно восточных) у индусов, говорит сам за себя. При этом это географически отдалённые регионы.