АвторТема: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов  (Прочитано 16468 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн CenturionАвтор темы

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10075
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
DYS385..........0.00226
DYS388..........0.00022
DYS389..........0.00186, 0.00242
DYS390..........0.00311
DYS391..........0.00265
DYS392..........0.00052
DYS393..........0.00076
DYS394..........0.00151
DYS426..........0.00009
DYS437..........0.00099
DYS438..........0.00055
DYS439..........0.00477
DYS442..........0.00324
DYS447..........0.00264
DYS448..........0.00135
DYS449..........0.00838
DYS454..........0.00016
DYS455..........0.00016
DYS456..........0.00735
DYS458..........0.00814
DYS459..........0.00132
DYS460..........0.00402
DYS464..........0.00566
DYS570..........0.00790
DYS576..........0.01022
DYS607..........0.00411
DYS724..........0.03531
YCAII..........0.00123
Y-GATA-H4..........0.00208

Оффлайн Grigoriev

  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 3208
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-3
    • Молекулярная генеалогия
  • Y-ДНК: O3a3c
  • мтДНК: J1c
Роман, это "общепринятые" скорости?

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Уважаемый Centurion, если можно, то и источник, пожалуйста.

Оффлайн Укр

  • Сообщений: 20
  • Рейтинг +1/-0
  • Y-ДНК: R1a1
Так это же скорости Чандлера.

Оффлайн Lifanov

  • Сообщений: 240
  • Рейтинг +60/-0
  • Парадигма-то другая...
    • База YDNA
  • Y-ДНК: R1a1
  • мтДНК: L2a
Правда, для DYS388 у него в одном месте 7800 лет, а в другом 40-50 тыс.лет, но всё равно, чувствуется некоторая разница в данных. Какие данные более актуальны?

Нет "более актуальных" данных. Каждый считает как может.

Чандлер брал свои выборки.
Клёсов или брал скорости Урасина, или сам считал по Макдональдам.
Есть еще скорости FTDNA, они вообще третьи...


Оффлайн Игрок

  • Сообщений: 741
  • Страна: ru
  • Рейтинг +119/-1
  • Y-ДНК: R1a1
Объяснение методики расчета частот мутаций , например, есть в данной статье Клесова
http://www.molgen.org/index.php?name=News&file=article&sid=37

Скажите, а кем-то доказано, что скорость мутаций всегда и везде (в различных регионах) была постоянной?

Оффлайн shekhol

  • Сообщений: 685
  • Страна: ru
  • Рейтинг +121/-2
  • Y-ДНК: N1*(L1025+)
Объяснение методики расчета частот мутаций , например, есть в данной статье Клесова
http://www.molgen.org/index.php?name=News&file=article&sid=37

Скажите, а кем-то доказано, что скорость мутаций всегда и везде (в различных регионах) была постоянной?

Игрок, я тоже пытался задавать подобные вопросы, но наколько я понял, никто точно и обоснованно не сможет ответить на этот вопрос пока.

Хотя чисто умозрительно я могу сделать предположение (больше для себя и пока не появятся данные), повторяю предположение, что не может она быть одинаковой в различных регионах и в разное время. Другое дело насколько это различие существенное.

К тому же с терминами здесь не все в порядке, как мне представляется.
Но допускаю, что некоторые термины используют пока для простоты и из-за недостатка данных.

Случайные процессы, к которым можно и нужно отнести мутации, характеризуются совершенно определенными понятиями в математике, куда понятие "скорость", насколько я знаю не входит. Ее можно использовать лишь как упрощение. Т. е., когда говорят о "скорости мутаций", (мне) остается предполагать, что для корректности применения такого понятия имеется ввиду упрощение и допущение в виде переноса или продолжение в область более древнюю воображаемой ассимптоты к кривой зависимости количества мутаций в единицу времени на последнем более-менее выверенном и известном ее участке. Остается надеяться, что это ассимптотическое приближение дает не очень большие ошибки при таком упрощении, и что от принадлежности к разным народам она сильно не зависит...

А вот применение скорости мутаций на коротких промежутках времени, для последних, скажем, 400 лет, когда может произойти одна мутация или вообще не произойти, мне видится некорректным и дающим большие ошибки (>100%) ...
« Последнее редактирование: 09 Август 2009, 01:55:44 от shekhol »

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Эта скорость откалибрирована для расчетова возраста предка относительно больших выборок с стандартными маркерами (вроде панелей ФТДНА), поэтому для расчета на меньших, генеалогических дистанциях мог быть определенные отклонения от этой скорости. Есть два подхода - первый проспективный, согласно которому скорости мутаций при прочих равных условиях практически постоянны, несущественные отклонения могут быть обусловлены климатом и антропогеными условиями.
Второй - ретроспективный - согласно которому, в разных генетических линиях скорость мутаций может быть разной. Этот метод использовался при калибровки скоростей в клане МакДональд, а в настоящее время его практикуют польские коллеги из проекта FTDNA Central European Nobility. Например, в роде Плевако произошла одна мутация на 67 маркерах между кузенами, чей общий предок жил 150 лет тому назад. В роде Лапко-Лапинских за период 500 лет произошло 6 мутаций
на 67 маркерах. У меня был с приверженцами этого подхода спор, но каждый остался при своем.

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1928
  • Рейтинг +144/-2
Re: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов
« Ответ #8 : 01 Сентябрь 2009, 19:33:44 »
Хотя чисто умозрительно я могу сделать предположение (больше для себя и пока не появятся данные), повторяю предположение, что не может она быть одинаковой в различных регионах и в разное время. Другое дело насколько это различие существенное...
когда говорят о "скорости мутаций", (мне) остается предполагать, что для корректности применения такого понятия имеется ввиду упрощение и допущение в виде переноса или продолжение в область более древнюю воображаемой ассимптоты к кривой зависимости количества мутаций в единицу времени на последнем более-менее выверенном и известном ее участке. Остается надеяться, что это ассимптотическое приближение дает не очень большие ошибки при таком упрощении, и что от принадлежности к разным народам она сильно не зависит...
В статистике на практике применяют одно очень хорошее правило: не можешь зафиксировать механизм влияния какого-либо фактора, значит, его и нет.

Случайные процессы, к которым можно и нужно отнести мутации, характеризуются совершенно определенными понятиями в математике, куда понятие "скорость", насколько я знаю не входит. Ее можно использовать лишь как упрощение.
Именно так и есть. На самом деле понятие "скорость мутаций" правильнее (с точки зрения статистики, конечно) назвать "интенсивность потока мутаций", и измеряется она либо в [количество мутаций/(маркер х поколение)], либо в  [количество мутаций/(гаплотип х поколение)]

Оффлайн Sergey Lutak

  • Сообщений: 1024
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-0
  • Carpatho-Rusyn-E1b1b1a1b1a and East.Galindian-H1b*
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b1a10 (L142.1+, L539+, L542+, L544+, L618+, L930+, M78+, V13+, V36+, FGC11451+, CTS1489-, L17-, L99-, L143-, L241-, L250-, L540-, P65-, V12-, V22-, V27-, FGC11450-)
  • мтДНК: H1b* (16189C, 16356C, 16519C, 263G, 315.1C)
Re: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов
« Ответ #9 : 15 Сентябрь 2009, 18:31:32 »
Друзья-коллеги, кто-нибудь знает скорость мутирования Y-STR локуса DYS A7.2?

Этот маркер я нашёл в статье Cengiz Cinnio?lu et al (2003).

Как я понимаю, DYS A7.2 это тоже, что и GATA-A7.2 (теперь называется DYS461).

В статье Cinnio?lu представлены 10-ти маркерные гаплотипы с "хитрым" набором маркеров:
DYS19 DYS388 DYS390 DYS391 DYS392 DYS393 DYS389I DYS389II DYS439 DYSA7.2

Хитрость в том, что скорости всех маркеов, кроме DYS A7.2, я легко нашёл, а вот скорости для DYS A7.2 (GATA-A7.2=DYS461) - нигде нет.

Может кто-то знает?

Оффлайн Dimitri

  • Сообщений: 310
  • Страна: ru
  • Рейтинг +43/-0
  • Y-ДНК: N1a1a1a2b (L708>Y9022>B181)
  • мтДНК: HV9

Оффлайн Sergey Lutak

  • Сообщений: 1024
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-0
  • Carpatho-Rusyn-E1b1b1a1b1a and East.Galindian-H1b*
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b1a10 (L142.1+, L539+, L542+, L544+, L618+, L930+, M78+, V13+, V36+, FGC11451+, CTS1489-, L17-, L99-, L143-, L241-, L250-, L540-, P65-, V12-, V22-, V27-, FGC11450-)
  • мтДНК: H1b* (16189C, 16356C, 16519C, 263G, 315.1C)
Re: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов
« Ответ #11 : 15 Сентябрь 2009, 19:49:33 »
Благодарю Вас Dimitri!

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1928
  • Рейтинг +144/-2
Re: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов
« Ответ #12 : 15 Сентябрь 2009, 19:59:36 »
Чандлер брал свои выборки.
Клёсов или брал скорости Урасина, или сам считал по Макдональдам.
Есть еще скорости FTDNA, они вообще третьи...
Не верю я Мак-Дональдам ранее XVII века. Лучше меньше статистики, зато подостоверней будет, например, "поздние" Мак-Дональды c XVII-го века.

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1928
  • Рейтинг +144/-2
Re: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов
« Ответ #13 : 15 Сентябрь 2009, 20:09:35 »
DYS385..........0.00226
DYS388..........0.00022
DYS389..........0.00186, 0.00242
DYS390..........0.00311
DYS391..........0.00265
DYS392..........0.00052
DYS393..........0.00076
DYS394..........0.00151
DYS426..........0.00009
DYS437..........0.00099
DYS438..........0.00055
DYS439..........0.00477
DYS442..........0.00324
DYS447..........0.00264
DYS448..........0.00135
DYS449..........0.00838
DYS454..........0.00016
DYS455..........0.00016
DYS456..........0.00735
DYS458..........0.00814
DYS459..........0.00132
DYS460..........0.00402
DYS464..........0.00566
DYS570..........0.00790
DYS576..........0.01022
DYS607..........0.00411
DYS724..........0.03531
YCAII..........0.00123
Y-GATA-H4..........0.00208
Уважаемый Centurion, а это скорости или вероятности, полученные по парам "отец-сын"? На вероятности не похожи, поскольку есть, например, число 0,00009, которое можно получить только при огромной статистике.

Оффлайн CenturionАвтор темы

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10075
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов
« Ответ #14 : 15 Сентябрь 2009, 20:26:54 »
Скорости по Чандлеру.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100