Дискуссии на тему ДНК-генеалогии > Филогения и кладистика
Ручное построение дерева (wertner)
Каржавин:
--- Цитата: wertner от 07 Сентябрь 2009, 16:33:32 ---Сначала из априорных вероятностей мутаций и предположения о возрасте предка получаем апостериорную вероятность каждой гипотезы, этим получаем распределение априорной вероятности.
Затем для удобства восприятия можем вычислить мат. ожидание распределения.
--- Конец цитаты ---
Только надо осторожненько (это не к Вам, а к другим читателям, уважаемые Wertner и Vadim Verenich) с этими апостериорными вероятностями, чтобы нормировка распределений соблюдалась ;)
zastrug:
--- Цитировать ---Только надо осторожненько (это не к Вам, а к другим читателям)
--- Конец цитаты ---
Это точно, при чем уже при чтении. Проще исторический текст с английского перевести, чем понять о чем вы говорите ;D
I2a1a:
Да, для принятия решения о правильности (т.е. степени вероятности) ветви
--- Цитата: wertner от 07 Сентябрь 2009, 16:33:32 ---Но для решения какой задачи Вы предлагаете использовать mppart и вероятность ветви (как произведения вероятности ребер)? Для принятия решения о правильности ветви?
--- Конец цитаты ---
wertner:
--- Цитата: Vadim Verenich от 07 Сентябрь 2009, 23:29:30 ---Да, для принятия решения о правильности (т.е. степени вероятности) ветви
--- Цитата: wertner от 07 Сентябрь 2009, 16:33:32 ---Но для решения какой задачи Вы предлагаете использовать mppart и вероятность ветви (как произведения вероятности ребер)? Для принятия решения о правильности ветви?
--- Конец цитаты ---
--- Конец цитаты ---
Тогда действительно можно использовать "взвешенный mpart".
При желании можно подумать о том, чтобы для каждого дерева определялось не только есть ли там эта ветвь или нет (0 или 1), но и оценивалось насколько на дереве ветви похожие на оцениваемую (какая-то метрика на отрезке [0, 1]). Правда, это довольно трудоемкое усложнение и скорей всего пока ненужное.
Каржавин:
--- Цитата: zastrug от 07 Сентябрь 2009, 22:24:16 ---Проще исторический текст с английского перевести, чем понять о чем вы говорите ;D
--- Конец цитаты ---
Дык и я собственные тексты через небольшой промежуток времени понимаю с трудом ;D ;D
Навигация
Перейти к полной версии