АвторТема: Палеогенетика в Казахстане  (Прочитано 6168 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Палеогенетика в Казахстане
« : 07 Май 2017, 18:22:21 »
Цитата:

"Палеогенетика в Казахстане
- Этот успешный опыт совместного междисциплинарного исследования генетиками и историками имел продолжение?
- Да. Более того, на базе нашего Института общей генетики и цитологии при сотрудничестве с Институтом археологии имени А.Х. Маргулана в 2014 году создана лаборатория популяционной генетики. Ее цель - изучение генетической структуры современного населения Казахстана и определение генетических взаимосвязей с древними кочевыми племенами Центральной Азии. Для начала мы составили каталог имеющихся в Казахстане древних человеческих костных останков и ценных археологических находок, имеющих отношение к этногенезу казахов и доступных для палеогенетических исследований.
- Каковы же достижения в казахстанской палеогенетике?
- Хочу отметить, что ДНК-анализ костных остатков из древних захоронений очень сложный и дорогостоящий метод. Он требует высокотехнологичного оборудования, суперстерильности эксперимента и квалификации персонала. Поэтому отбор костного материала имеет очень важное значение. Первым делом мы обратили внимание на доступные для ДНК-анализа артефакты, представляющие древние периоды заселения территории Казахстана: это череп человека из поселения Ботай в Северном Казахстане, скелет гуннского периода из Музея естественной истории (г. Будапешт) и останки так называемой Урджарской принцессы. Как известно, в 2014 году в Урджарском районе Восточно-Казахстанской области в одном из курганов, оказавшихся в зоне реконструкции автодороги Таскескен - Бакты, было найдено неограбленое погребение женщины сакского времени. Под насыпью кургана в каменном саркофаге находились останки молодой женщины знатного происхождения. Анализ древней ДНК показал, что возраст находки - III-IV век до н.э., а гаплогруппа мтДНК Урджарской принцессы - D4o. Гаплогруппа относится к “азиатской ветке”, оставившей широкий след в Восточном Алтае, Сибири, Крайнем Севере Евразии и среди коренного населения Америки. Мать-основательница этой гаплогруппы жила между 9300 - 18 400 годами назад в Северной Азии.
Что касается древнего гунна из Венгрии, датированного средней третью V века, то тип захоронения и его экипировка свидетельствовали, что этот молодой человек принадлежал к гуннской элите и, возможно, был связан происхождением с древними тюркскими племенами из Казахстана. Анализ ДНК древнего гуннского скелета определил гаплогруппу L Y-хромосомы и D4j12 мтДНК, что является свидетельством азиатского происхождения отцовской и материнской линий древней находки из Европы. И, что самое интересное: его тип Y-хромосомы (L-гаплогруппа) был найден у казахских аргынов!
Исследуя череп ботайца, мы установили, что это мужчина, его гаплогруппа мтДНК - K1b2, которая имеет восточно-европейское происхождение и весьма распространена у современного населения Западной Европы и Америки.
- Самое интересное - его Y-хромосома.
- К сожалению, гаплогруппу по Y-хромосоме мы не успели установить. У нас кончились дорогостоящие реактивы и деньги, выделенные на исследования. Кроме того, у нас собран генетический банк, представляющий современное население Казахстана - 1524 человека с подробными шежере, поэтому этническую картину современности мы можем сравнивать с древними находками. Над этим мы будем работать дальше."

Эти данные опубликованы?

Возможно я что-то пропустил, но более подробных данных далее в теме Казахского ДНК-проекта не нашел.
Зато нашел ссылку на презентацию Лаборатории популяционной генетики Института общей генетики и цитологии НАН РК.
http://iggc.kz/wp-content/uploads/2017/03/Rezultaty-raboty-Lab-Pop-Gen-noyab-2016.pdf

Вот опубликованные в ней данные.
Изучены три древних образца:
Цитировать
1. Объект гуннского периода из Венгерского музея естественной истории (г. Будапешт), датированной средней третью V века (представитель гуннской элиты, конец гуннского периода в Карпатском бассейне)
2. Археологическая находка 2013 г. ,«Урджарская принцесса» из кургана Тасарык в Урджарском районе Восточно-Казахстанской области. Датируется IV-III веками до н.э. (рук-ль работы Байтанаев Б.А.)
3. Череп человека энеолитического периода из поселения Ботай (автор В.Ф. Зайберт). Датирован IV- III тысячелетием до н.э. Череп из группового захоронения (раскоп XIV, 1983 г.), хранящийся в КГКП «Северо-
Казахстанское областное музейное объединение» Управления культуры, архивов и документации Северо-Казахстанской области, г. Петропавловск

Результаты:
-1-
Цитировать
Генотипирование показало, что эти костные останки характеризуются
100% по L гаплотипу Y-chromosome (DYS393 - 16, DYS19 - 14, DYS385 a/b - 7/8, DYS439 - 13, DYS389 I - 10, DYS389 II - 24, DYS458 - 14, DYS437 - 16, GATA H4 - 7, DYS456 - 15, DYS438 - 12, DYS635 – 20)
и D4j12 гаплотипу мтДНК (1.Del(G), 73G, 263G, 311С/T, 489C, 750G, 1438G, 2706G, 3010A, 4769G, 4883T, 5178A, 5973A, 7028T, 7353G, 8273T, 8414T, 87701G, 8860G, 9540C, 10398G, 10400T, 10873C, 11696A, 11719A,
12705T, 14468T, 14766T, 14783C, 15043A, 15300A, 15326G, 15470C, 16223T, 16362C)

-2-
Цитировать
ДНК-анализ «Урджарской принцессы» определил принадлежность к D4o гаплотипу мтДНК (73G, 195C, 263G, 309.1C, 315.1C, 16092C, 16129A, 16223T, 16232T, 16290T, 16362C)

-3-
Цитировать
Генотипирование “Ботайского человека« показало 100% принадлежность к K1b2 гаплотипу мтДНК (1.Del(G), 4T, 11C/T, 73G, 146C, 195C, 263G, 750G, 1189C, 1438G, 1811G, 2706G, 3480G, 4769G, 5908A, 7028T, 8860G, 9055A, 9300T, 9698C, 10398G, 10550G, 11299C,11467G, 11719A, 12308G, 12372A, 12738G, 14167T, 14766T, 14798C, 15326G, 15374A, 16213A, 16311C, 16519C, 16543A/G, 16562-16569d)
и 97.1 % вероятности О2 Y-хромосомного гаплотипа (DYS390-24, DYS391-11, DYS392-13, DYS393 - 14, DYS19 - 15, DYS385 a/b - 17/18, DYS439 - 13, DYS389 I - 12, DYS389 II - 29, DYS448-23, DYS458 - 15, DYS437 - 15, GATA H4 - 11, DYS456 - 16, DYS438 - 13, DYS635 – 21)

Asan-kaygy ранее отметил:
Я думаю это вообще предикция, причем неправильная
Что подтверждается текстом презентации.

Игорь Рожанский, анализируя эти данные справедливо отметил, что "ботайский человек" скорее принадлежит к гаплогруппе Q, а не к O2.

Оффлайн 248446

  • Сообщений: 1322
  • Страна: tr
  • Рейтинг +142/-96
  • Y-ДНК: L1b2b-PH8
  • мтДНК: X2f
Re: Палеогенетика в Казахстане
« Ответ #1 : 07 Май 2017, 18:55:10 »
Цитировать
Генотипирование показало, что эти костные останки характеризуются
100% по L гаплотипу Y-chromosome (DYS393 - 16, DYS19 - 14, DYS385 a/b - 7/8, DYS439 - 13, DYS389 I - 10, DYS389 II - 24, DYS458 - 14, DYS437 - 16, GATA H4 - 7, DYS456 - 15, DYS438 - 12, DYS635 – 20)
и D4j12 гаплотипу мтДНК (1.Del(G), 73G, 263G, 311С/T, 489C, 750G, 1438G, 2706G, 3010A, 4769G, 4883T, 5178A, 5973A, 7028T, 7353G, 8273T, 8414T, 87701G, 8860G, 9540C, 10398G, 10400T, 10873C, 11696A, 11719A,
12705T, 14468T, 14766T, 14783C, 15043A, 15300A, 15326G, 15470C, 16223T, 16362C)

Nevgen Y-DNA предиктор, если я правильно все сделал, показал: O2a2 F525  ???

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9628
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2923/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Палеогенетика в Казахстане
« Ответ #2 : 07 Май 2017, 18:59:55 »
По обсуждаемой теме о Ботайском человеке.
Завел его данные сюда: http://www.semargl.me/kit/157532/
Но не установил гаплогруппу.

И обнаружил весьма интересную особенность в выдаче сопоставимых результатов. Выдача осуществляется исключительно в пределах одной гаплогруппы, а в данном случае - по образцам со статусом гаплогруппы - Unknown.
Прошу уважаемого Lesla попробовать установить Q (альтернативное мнение) и O (мнение исследователей из казахской Лаборатории популяционной генетики).
И по результатам отписать свое мнение сюда: http://forum.molgen.org/index.php/topic,9983.msg378179.html#msg378179
Совпаденцы по гаплогруппе O



Совпаденцы по гаплогруппе Q


Оффлайн AppS

  • Свідок ДНК 47 рівня
  • Сообщений: 4096
  • Страна: ua
  • Рейтинг +748/-2
  • R1a1a (P278.2*) / U5a1b1c
    • ДНК родословные исследования Чернигов-Нежин
Re: Палеогенетика в Казахстане
« Ответ #3 : 07 Май 2017, 19:02:07 »
По семарглу (кит Botay Temp), если поставить О и пропуски забить нулями, ближайшие "O1b1a1a1b F789 confirmed or predicted"
но дистанции начинаются с 9/15 на 37-и неполных маркерах


Оффлайн Pre Slav

  • Где начало того конца которым оканчивается начало?
  • Сообщений: 1674
  • Страна: 00
  • Рейтинг +123/-111
Re: Палеогенетика в Казахстане
« Ответ #4 : 07 Май 2017, 19:31:06 »
Цитировать
Генотипирование “Ботайского человека« показало 100% принадлежность к K1b2 гаплотипу мтДНК (1.Del(G), 4T, 11C/T, 73G, 146C, 195C, 263G, 750G, 1189C, 1438G, 1811G, 2706G, 3480G, 4769G, 5908A, 7028T, 8860G, 9055A, 9300T, 9698C, 10398G, 10550G, 11299C,11467G, 11719A, 12308G, 12372A, 12738G, 14167T, 14766T, 14798C, 15326G, 15374A, 16213A, 16311C, 16519C, 16543A/G, 16562-16569d)
и 97.1 % вероятности О2 Y-хромосомного гаплотипа (DYS390-24, DYS391-11, DYS392-13, DYS393 - 14, DYS19 - 15, DYS385 a/b - 17/18, DYS439 - 13, DYS389 I - 12, DYS389 II - 29, DYS448-23, DYS458 - 15, DYS437 - 15, GATA H4 - 11, DYS456 - 16, DYS438 - 13, DYS635 – 21)
nevgen дает
   Haplogroup   Probability   Fitness
1   Q M346>> M3> Y4308    54.31   6.69
2   E1b1b V22    28.64   6.45



Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9609
  • Страна: kz
  • Рейтинг +945/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Палеогенетика в Казахстане
« Ответ #5 : 08 Май 2017, 06:12:22 »
Ездил в ту лабораторию. Предиктор просто отстой. Гаплогруппы основаны на предикции.
Планируют сделать еще одного ботайца, но он вроде взят уже паралельно с копенгагеном

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1569
  • Страна: kg
  • Рейтинг +2073/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Палеогенетика в Казахстане
« Ответ #6 : 08 Май 2017, 06:58:32 »
Ездил в ту лабораторию. Предиктор просто отстой. Гаплогруппы основаны на предикции.
Планируют сделать еще одного ботайца, но он вроде взят уже паралельно с копенгагеном

Копенгаген это хорошо. Единственное что результатов опять несколько лет ждать придётся. UPD: Хорошо бы копенгагенцы или гарвардцы к нам приехали, а то я пока только про мезолитический зуб слышал.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9609
  • Страна: kz
  • Рейтинг +945/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Палеогенетика в Казахстане
« Ответ #7 : 08 Май 2017, 22:11:55 »
Ездил в ту лабораторию. Предиктор просто отстой. Гаплогруппы основаны на предикции.
Планируют сделать еще одного ботайца, но он вроде взят уже паралельно с копенгагеном

Копенгаген это хорошо. Единственное что результатов опять несколько лет ждать придётся. UPD: Хорошо бы копенгагенцы или гарвардцы к нам приехали, а то я пока только про мезолитический зуб слышал.

Кажется они приезжали

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1569
  • Страна: kg
  • Рейтинг +2073/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Палеогенетика в Казахстане
« Ответ #8 : 08 Май 2017, 22:31:03 »
Кажется они приезжали

В Киргизию? Тогда замечательно! Правда всё равно ждать придётся.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Палеогенетика в Казахстане
« Ответ #9 : 09 Май 2017, 09:00:43 »
Haplogroup   Probability   Fitness
1   Q M346>> M3> Y4308    54.31   6.69

Мы же не будем утверждать, что он - индеец? :)
В данном случае просто некорректность работы предиктора. Либо ошибка при генотипировании, либо это вымершая или редкая ветвь, которая не обработана в статистике предиктора.
Рожанский, кстати, моделировал эту ситуацию:
Цитировать
Гораздо ближе, в 12-13 мутациях от "ботайца" в базе данных YHRD находятся индейцы из обеих Америк, а это означает, что этот человек, скорее всего из гаплогруппы Q, что вряд ли можно назвать сюрпризом. Проверка делается а один шаг - меняем DYS438 в предикторе с 13 на 12 и получаем 93.9 % г/г Q при установке ареала East Europe. Надо сказать, что с этим гаплотипом предиктор не слишком стабилен, и скачет между О2 и Q. При максимальной Fitness score 20 это не такая уж редкость, когда при малом изменении вводных параметров результат скачет как безумный.

Хотя О я бы тоже до конца исключать не стал, так как в в списках совпаденцев, приведенных Леслой, также имеется группа казахских гаплотипов.


Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9609
  • Страна: kz
  • Рейтинг +945/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Палеогенетика в Казахстане
« Ответ #10 : 10 Май 2017, 15:23:37 »
Кажется они приезжали

В Киргизию? Тогда замечательно! Правда всё равно ждать придётся.
Сам жду много чего от них

Оффлайн Migifbug

  • Сообщений: 390
  • Страна: kz
  • Рейтинг +50/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: Палеогенетика в Казахстане
« Ответ #11 : 11 Май 2017, 11:39:13 »
А что так мало маркеров определяется? Разве больше информации нельзя получить имея всё это оборудование?

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9609
  • Страна: kz
  • Рейтинг +945/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Палеогенетика в Казахстане
« Ответ #12 : 11 Май 2017, 13:07:05 »
Кадры слабые там.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Палеогенетика в Казахстане
« Ответ #13 : 28 Август 2017, 20:53:37 »
Статью опубликовали
http://nauka-nanrk.kz/ru/assets/%D0%B6%D1%83%D1%80%D0%BD%D0%B0%D0%BB%202017%204/%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D1%8F_04_2017__%D0%93%D0%BE%D1%82%D0%BE%D0%B2.pdf

UPD База Семаргла в новой версии поиска показывает, что Ботай похож сам на себя
http://www.semargl.me/nearestnew/157532/

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8423
  • Страна: ar
  • Рейтинг +945/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Палеогенетика в Казахстане
« Ответ #14 : 29 Август 2017, 07:35:42 »
Статью опубликовали
http://nauka-nanrk.kz/ru/assets/%D0%B6%D1%83%D1%80%D0%BD%D0%B0%D0%BB%202017%204/%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D1%8F_04_2017__%D0%93%D0%BE%D1%82%D0%BE%D0%B2.pdf

UPD База Семаргла в новой версии поиска показывает, что Ботай похож сам на себя
http://www.semargl.me/nearestnew/157532/
На Q тоже не похож.
Похож на E1b

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.