ПЕРСПЕКТИВЫ АРХЕОГЕНЕТИЧЕСКОЕ ИССЛЕДОВАНИЯ ДЛЯ ИСТОРИЧЕСКОЙ ИДЕНТИФИКАЦИИ. ПРОБНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ.
Целью данного исследования было разработать протокол для извлечения генетического материала и подготовки образцов дДНК для секвенирования следующего поколения, а также программного конвейера для анализа и интерпретации данных, которые могут быть использованы для определения исторического происхождения человека.
Материалом для исследования были зубы из черепов, найденных при раскопках захоронений, датируемых началом XVII века под Радонежем. Важным фактором, определяющим выбор из этих артефактов были условия захоронения, характерные для Центральной России. Опыт работы с этими останками может стать основой для работы с другими образцами из этого важного исторического региона. Историческое значение Радонежа связано с тем, что это было бывшее новгородское поселение, откуда может происходить современное русское население Московской области(?). Подробное генотипирование археологических останков позволяет определить их идентификацию, т. е. определить генетическую связь между жителями Радонежа XVI-XVII веков и их современниками из других регионов России.
Подготовка образца проводилась в специально разработанном блоке, позволяющем минимизировать внутрилабораторное загрязнение, библиотечную подготовку проводили с модифицированными адаптерами, что не допускало образования переходных димерных структур. Последовательность была выполнена с использованием Illumina MiSeq.
Около 22% фрагментов идентифицированных нашими программными средствами относятся к организмам из рода Streptomyces и Bradyrhizobium, которые являются почвенными бактериями. Среди отдельных видов наибольший охват (~ 9% идентифицированных фрагментов) относятся к Ralstonia solanacearum, далее Homo sapiens (~ 5%). Было обнаружено, что только 1,5% сырых прочтений были выровнены по человеческому эталонному геному, но они были отображены на каждую из ядерных хромосом, а также на последовательность мтДНК человека.
Секвенирование отрицательного контрольного образца показало отсутствие загрязнения на стадии пробоподготовки.
Гугление по поводу второй работы дало такие результаты:
http://journals.tsu.ru/rusin/&journal_page=archive&id=1561&article_id=34878Первые результаты определения Y-хромосомной гаплогруппы для Средневекового захоронения XVI-XVII вв. в Радонеже (Московская область) | Русин. 2017. № 1 (47). DOI: 10.17223/18572685/47/9
Представлен первый результат определения Y-ДНК гаплогруппы из средневекового русского захоронения в окрестностях города Радонеж. Захоронение относится к XVI-XVII вв., периоду Русского царства и Смутного времени. Приводятся описание захоронения, метод генотипирования и результат. Для извлеченного ДНК выявлена гаплогруппа R1a1, типичная для славянского населения России.