АвторТема: FTDNA начала принимать более новые файлы 23andme и AncestryDNA  (Прочитано 7220 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 35383
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3123/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Отключаюсь.
Посадка скоро.
Жена ворчит.
Да и притомили вы меня своей непонятлмвостью и девчачей обидчивостью.


:)

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 5630
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2368/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Нормальное такое объяснение.
Дело оказывается в Х хромосоме.
Вы не видите, что у меня подписаны папки?
36 сборка. Два файла одного и того же человека отличаются по размеру. Файлы разных людей отличаются по размерам.
Откройте файлы, посмотрите количество снипов в каждом и заканчивайте позориться.

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 1005
  • Страна: ru
  • Рейтинг +165/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397 -> I-FGC79161
  • мтДНК: V7a1?
У меня такой расклад получается.



Считал под линуксом с помощью команд работы с текстовыми файлами.
Один нюанс - из столбика с общим количеством SNP нужно вычесть 1 (на заголовок "RSID,CHROMOSOME,POSITION,RESULT")
no-call'ами обозначил записи вида "--"

UPD: еще китов натырил с интернета...

« Последнее редактирование: 20 Февраль 2017, 17:11:45 от gecube_ru »

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 1005
  • Страна: ru
  • Рейтинг +165/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397 -> I-FGC79161
  • мтДНК: V7a1?
Эти цифры наводят меня на мысль, что чипы Иллюмина стабильно читают только 680545 позиции в аутосомах + 17587 в Х. Остальные результаты, как видите, даже если по количеству SNP совпадают, то no-call'ов (в терминологии gedmatch, утилит Пайка и пр.) разное кол-во.
К тому же, они отличаются от приведенных мной официальных и полуофициальных данных здесь.
« Последнее редактирование: 20 Февраль 2017, 17:30:27 от gecube_ru »

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 5630
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2368/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Эти цифры наводят меня на мысль, что чипы Иллюмина стабильно читают только 680545 позиции в аутосомах + 17587 в Х. Остальные результаты, как видите, даже если по количеству SNP совпадают, то no-call'ов (в терминологии gedmatch, утилит Пайка и пр.) разное кол-во.
К тому же, они отличаются от приведенных мной официальных и полуофициальных данных здесь.
Не совсем, у них просто время от времени чуть корректируется панель. Количество no call, думаю, может быть связано с качеством образца (хотя бы частично).

PS Возможно, по поводу размеров файлов Михаилу будет понятнее такая картинка:

Это один и тот же геном, заархивированный с разными настройками (десятки однообразных постов о том, что геном здесь один и содержимое каждого из файлов после распаковки совпадает до последнего знака, добавить по вкусу)

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 1005
  • Страна: ru
  • Рейтинг +165/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397 -> I-FGC79161
  • мтДНК: V7a1?
Srkz
Цитировать
Не совсем, у них просто время от времени чуть корректируется панель
Читай - новая ревизия чипа? Но не каждые же полгода!!! :-)

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 5630
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2368/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Srkz
Цитировать
Не совсем, у них просто время от времени чуть корректируется панель
Читай - новая ревизия чипа? Но не каждые же полгода!!! :-)
У меня семь ревизий записано - видимо, где-то раз в год.

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 1005
  • Страна: ru
  • Рейтинг +165/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397 -> I-FGC79161
  • мтДНК: V7a1?
Таким образом, следует признать, что все то что есть в аутосомном csv файле от FTDNA, это действительно все, что было прочитано чипом Иллюмина. Не больше и не меньше.

Ну, и понятно, что чем больше номер кита, то тем, как правило, свежее ff, но бывает и ситуация, когда человек давно сделал Y-DNA и получил маленький номер кита, а потом через полгода, год или больший срок решил сделать FF. Поэтому сортировка по номеру не совсем верная )))) Лучше сортировать по размеру файла (в SNP).

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1975
  • Страна: ru
  • Рейтинг +353/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
человек давно сделал Y-DNA и получил маленький номер кита, а потом через полгода, год или больший срок решил сделать FF.


Конечно бывает. Мой троюродный брат делал Y в 2008 а ФФ - в 2016  ;D

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 35383
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3123/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
То есть. Если понял правильно, разные настройки архивирования?
Обратите внимание на даты. Странно, что в интервале 5 минут сменились настройки.
Также не понятно почему вне зависимости от билда и "настроек архиватора", первый файл всегда меньше второго.
Не могу связать настройки архивирования с разнящимися размеров выходных файлов.
И тем более непонятно, как по идентичным файлам получаем ращные суммы совпадений (разные отдельные УПСы).

Но гипотеза принята.

Кстати. Не скажу, чтобы данный ТЕХНИЧЕСКИЙ вопрос меня особо волновал. Я вообще предпочитаю абстрагироваться от деталей.


:)

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2213
  • Страна: ru
  • Рейтинг +485/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Ради эксперимента 19$ перечислил. Получил доступ к myOrigins и ancientOrigins, матчей больше не стало. Вывод: все в gedmatch.com.,пока бесплатно ;).

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1975
  • Страна: ru
  • Рейтинг +353/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Вывод: все в gedmatch.com.,пока бесплатно ;).

В гедматче, увы, народу на порядок меньше. И если у 23andMe  Gedmatch хотя бы в партнерах числится, то ФТДНА его  как бы и не замечает.  Поэтому от поиска по базе ФТДНА по-любому никда не денешься, реальным альтернатив по массовости нет. Да и по Y в Гедматче проверки нет.

Если уж агитировать - имхо есть смысл всех агитировать нарисовать хоть маленькое дерево (папа-мама-бабушка-дедушка) в Geni.com и MyHeritage и подгрузить в него вои ДНК-тесты. 

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 35383
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3123/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Про ГедМатч.
Кто нибудь использовал платную опцию построения лерева по результатам тестов ближайшего окружения?

Эта вещь, если когда- нибудь будет сделана, означает построение связующего генелогического дерева на основании одних только тестов современников.

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 1005
  • Страна: ru
  • Рейтинг +165/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397 -> I-FGC79161
  • мтДНК: V7a1?
Цитировать
Кто нибудь использовал платную опцию построения лерева по результатам тестов ближайшего окружения?

Эта вещь, если когда- нибудь будет сделана, означает построение связующего генелогического дерева на основании одних только тестов современников.
Не использовал, и более того - боюсь, что эта штука никогда не будет работать точно. Чтобы она фурыкала 100%, нужно иметь полный набор тестов ДНК и иметь достаточно кол-во родственников. Документальную генеалогию это не заменит. Но как подспорье очень может помочь.

Еще момент - на гедматче подписка на такая дорогая. Ув.Михаил может сам попробовать эту функцию, как владелец большого количества китов. У меня, увы, столько протестированных пока нет.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 35383
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3123/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
По поводу поброьовать.
Уже пробовал.
Сначала выдвинул идею (чуть позже дам ссылку). Потом посмотрел сырой блин комом мастера многостаночника Феликса, запамятовал его индийскую фамилию.
Сейчас не виду внятного концепта. Хочу спросить (точнее уже спросил) - стоит ли тратить время. Ведь множественные пересечения толком обрабатывать никто не умеет. Нет никакого желания тратить время на ввод реальных для какого-то студента.
А вот если скажут, что это не вьюнош, которому всё уже ясно, тогда можно и расстараться.

:)

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100