АвторТема: дДНК из Латвии и Украины, мезолит и неолит  (Прочитано 10397 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: дДНК из Латвии и Украины, мезолит и неолит
« Ответ #45 : 03 Февраль 2017, 13:48:38 »
Народ, ну что за "чистые EHG", "чистые WHG", ей-богу. Это все условность, есть куча групп охотников-собирателей с локальными особенностями, плавно переходящие друг в друга. Оленеостровец генетически восточнее самарца, самарец восточнее Муталы, Мутала восточнее Лошбура, Лошбур восточнее ла Браньи. Поздние WHG ближе к восточным группам охотников-собирателей, чем ранние, и т.д. Если бы латвийские и украинские образцы не вписались в общую схему, это было бы удивительно.

Понятно, что все это понимают :) И все же повыступаю немного
...
"чистые" WHG и EHG - это "классические" представители этих кластеров: к примеру, Лошбур для западных и "Карел" для восточных охотников-собирателей.
Так удобнее.

Fenri

Была утечка. Говорят никакого R1b в Балканском неолите не нашли. Хотя могли и попрятать как сюрприз.
Я говорил о "сопредельных регионах", связанных степью. Если не найдут в этой работе, то в других  мезолитическую R1b, имхо, почти гарантировано "откопают" где-нибудь на берегу Черного моря между Болгарией и Украиной.

Srkz
Понятно что нету четкой границы. Но все таки странно что украинский неолит который сказали является Днепр - Донецом не имеет сильного крена в сторону EHG. А потом ямники вдруг бац имеют.
Днепр - донец и Средный стог насколько я знаю кандидаты для прото-анатолийцев.  Я все думал почему Девид Антони так сильно налегал на Хвалынск и на Ямную культуру. Видимо он знал что на Украине ситуация не однозначная.
согласно PCA, анализу ADMIXTURE и D-статистике, приведенным в статье, пока получается следующее:
Васильевка и Вовниги формируют локальную кладу EHG, сближаясь с более восточными охотниками-собирателями и получают адмикс WHG, будучи, однако, довольно далеки от последних.
Латвийский мезолит, напротив, больше походит на западных HG и получает примесь от EHG, т.е. они, как минимум, обнаруживают явный восточный сдвиг.

В неолите, как в Прибалтике, так и на Украине, усиливается поток генов с востока, связанный с "евразийской" ANE: условно, "южной" - примеси которой не было у латышских HG2 и HG3, но которая присутствовала уже у кавказских охотников-собирателей, еще сильнее сближая образцы с мезолитическим "карелом" и древними образцами из Сибири. Возможно, это коррелирует с продвижением племен культуры ямочно-гребенчатой керамики и/или с общим повышением мобильности населения в Восточной Европе.

Что интересно, D-статистика демонстирирует отсутствие какой-либо явной связи украинских образцов с CHG, даже в сравнении с, бесконечно более далекими от Кавказа, Loschbour и  Bichon. Присутствие "зеленого цвета" в "украинских" графиках ADMIXTURE может объясняться тем, что  CHG выступает в статье "монолитным" компонентом, поэтому любой общий генетический сдвиг с теми же EHG будет интепретироваться, как вклад кавказских охотников-собирателей.

Оффлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 15039
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3193/-11
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084 > Y39893 > ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: дДНК из Латвии и Украины, мезолит и неолит
« Ответ #46 : 03 Февраль 2017, 13:52:30 »
Народ, подскажите, пожалуйста, днепро-дончанин из какого захоронения? Нет сейчас возможности проверить.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: дДНК из Латвии и Украины, мезолит и неолит
« Ответ #47 : 03 Февраль 2017, 13:55:29 »
Народ, подскажите, пожалуйста, днепро-дончанин из какого захоронения? Нет сейчас возможности проверить.
Украинские образцы из Васильевки 3 и Вовниги 2.
как появится время, можете прочитать их, релевантное статье, описание в supplements, стр. 9-10:
http://www.cell.com/cms/attachment/2082666371/2072883532/mmc1.pdf

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: дДНК из Латвии и Украины, мезолит и неолит
« Ответ #48 : 03 Февраль 2017, 14:04:12 »
«истоки этого типа, несмотря на его весьма широкое распространение, связаны с северо-западными областями Европы, во всяком случае, именно на этой территории наблюдается концентрация его своеобразных черт: мезолитические могильники Скандинавии, Прибалтики, Прионежья. По всей вероятности, население, оставившее эти могильники, в своем генезисе связывается с кругом мезолитических культур Балтийского региона». Точнее, Прионежья.
Ну подумаешь, что оленеостровец связан с кетами, удмуртами, саами. Зато R1a ;D Все же я предполагаю, что и другие R1a найдутся на роль предков большинства восточноевропейцев.
более, чем уверен, что в древних образцах из Восточной Европы найдут еще множество R1a/R1b, не давших современных потомков.


upd. бамы образцов появятся в течении суток после публикации, т.е. сегодня.
но пока есть файлы в формате Plink. Так что, скоро будет более подробный анализ)
« Последнее редактирование: 03 Февраль 2017, 14:41:02 от FenriR »

Оффлайн Pre Slav

  • Где начало того конца которым оканчивается начало?
  • Сообщений: 1693
  • Страна: 00
  • Рейтинг +122/-94
Re: дДНК из Латвии и Украины, мезолит и неолит
« Ответ #49 : 03 Февраль 2017, 14:59:08 »
В неолите, как в Прибалтике, так и на Украине, усиливается поток генов с востока, связанный с "евразийской" ANE: условно, "южной" - примеси которой не было у латышских HG2 и HG3, но которая присутствовала уже у кавказских охотников-собирателей, еще сильнее сближая образцы с мезолитическим "карелом" и древними образцами из Сибири. Возможно, это коррелирует с продвижением племен культуры ямочно-гребенчатой керамики и/или с общим повышением мобильности населения в Восточной Европе.
вряд ли эта культура хоть как-то причём, эти процессы начались гораздо раньше и охватили огромные пространства европы, ведь те же скандинавы SHG, это же EHGтнутые WHG... археологи считают культуру ямочно-гребенчатой керамики даже производной от днепро-донецкой...

Цитировать
Что интересно, D-статистика демонстирирует отсутствие какой-либо явной связи украинских образцов с CHG, даже в сравнении с, бесконечно более далекими от Кавказа, Loschbour и  Bichon. Присутствие "зеленого цвета" в "украинских" графиках ADMIXTURE может объясняться тем, что  CHG выступает в статье "монолитным" компонентом, поэтому любой общий генетический сдвиг с теми же EHG будет интепретироваться, как вклад кавказских охотников-собирателей.
совершенно точно... но надо сказать что D-статистика латвийских образцов у них подсчитана из рук вон плохо, выяснение какой из латвийских образцов ближе к одному из неких перечисленных это дело третичное, главное понимание как они относятся в общем пространстве, а это сделано только для украинских образцов...

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: дДНК из Латвии и Украины, мезолит и неолит
« Ответ #50 : 03 Февраль 2017, 15:20:44 »
вряд ли эта культура хоть как-то причём, эти процессы начались гораздо раньше и охватили огромные пространства европы, ведь те же скандинавы SHG, это же EHGтнутые WHG... археологи считают культуру ямочно-гребенчатой керамики даже производной от днепро-донецкой...
...
думаю, с Востока было несколько волн миграции.
Крайняя к неолиту принесла бОльший сдвиг в сторону "евразийской" ANE и древнего Мальтинца/образца с Афонтовой Горы.
Это отчетливо видно в сравнении Ukraine_HG (9193-8641 cal BC) и Ukraine_N1 (4519-4343 cal BC), причем их отношение к "карелу" (6850-6000 BCE) затрагивается в значительно меньшей степени - видимо,  этот "восточный поток" воспринял и мезолит северо-запада РФ. Похоже, Прибалтики он достигает, самое позднее, к 4000 до н.э, т.к. Latvia_MN2 (4229-3800 cal BC) уже фактический EHG и кластеризуется вместе с "карелом" и "самарцем"(5657-5541 calBCE)
« Последнее редактирование: 03 Февраль 2017, 15:32:07 от FenriR »

Оффлайн arvistro

  • Сообщений: 61
  • Рейтинг +6/-0
Re: дДНК из Латвии и Украины, мезолит и неолит
« Ответ #51 : 03 Февраль 2017, 15:42:08 »
К ним же можно отнести антропологические материалы из могильника Звениеки, датируемого ранним неолитом. Позднее в Звениеки появляется мезокрания, несколько ослабляется выступание носа, уплощается профилировка лица в средней части.»
Мезокранец это Latvia_MN2 наверно.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6137
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2793/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: дДНК из Латвии и Украины, мезолит и неолит
« Ответ #52 : 03 Февраль 2017, 16:26:16 »
бамы образцов появятся в течении суток после публикации, т.е. сегодня.
но пока есть файлы в формате Plink. Так что, скоро будет более подробный анализ)
Обработал геномы, но не уверен, все ли правильно - как и в статье, получилось четыре генома с меньшим количеством ридов и четыре с большим, но списки не совпадают со статьей ;D Однако Latvia_LN1 действительно получился с примесью CHG. По другим, насколько вообще можно судить с таким маленьким количеством снипов, да еще и искусственной гаплоидностью:
Ukraine_HG1 - самое плохое прочтение, мусорные результаты
Ukraine_N1, Latvia_HG - соотношение WHG/ANE у украинского и двух латвийских геномов (они почему-то не пронумерованы) по калькулятору Поляко получилось одинаковым, примерно 80/20. Еще у одного латвийского какие-то кривые результаты, возможна дополнительная примесь ANE или даже CHG, но думаю, это просто плохое прочтение. По K27 относительно ближе к финнам (по компоненту Baltic-Finnic 20-25%) все-таки "латыши", у "украинца" этого не видно :). Насколько надежны цифры, трудно судить на гаплоидных геномах.
Latvia_MN1, MN2 - соотношение WHG/ANE меняется на 75/25. В К27 снижается Baltic-Finnic и растут North-European-Baltic и Uralic, характерные для оленеостровца и самарца. То есть можно предположить приток EHG-подобного населения.
Latvia_LN1 - добавляются "метки ямников" -  Gedrosia-Caucasian, Amerindian. Сам геном тоже прочтен плохо и много шума.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: дДНК из Латвии и Украины, мезолит и неолит
« Ответ #53 : 03 Февраль 2017, 16:29:16 »
может быть, с .BAM получится лучше

качество прочтения по убывающей:
Latvia_HG2 (с огромным отрывом)
Latvia_MN2
Latvia_HG1
Latvia_HG3
Latvia_LN1
Latvia_MN1
Ukraine_N1
Ukraine_HG1

« Последнее редактирование: 03 Февраль 2017, 16:37:08 от FenriR »

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6137
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2793/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: дДНК из Латвии и Украины, мезолит и неолит
« Ответ #54 : 03 Февраль 2017, 16:38:15 »
может быть, с .BAM получится лучше

качество прочтения по убывающей:
Latvia_HG2 (с огромным отрывом)
Latvia_MN2
Latvia_HG1
Latvia_HG3
Ukraine_N1
Ukraine_HG1
Latvia_LN1
Latvia_MN1

Да вот именно, что не сходится со статьей ни качество прочтения, ни результаты, но всё логично же при этом ;D Latvia_MN1 похож с Latvia_MN2 (а на PCA они в разных концах), мезолитические охотники-собиратели тоже похожи между собой, "финский" компонент выше в Латвии. Подождём БАМов.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: дДНК из Латвии и Украины, мезолит и неолит
« Ответ #55 : 03 Февраль 2017, 16:40:10 »
...
Да вот именно, что не сходится со статьей ни качество прочтения, ни результаты, но всё логично же при этом ;D Latvia_MN1 похож с Latvia_MN2 (а на PCA они в разных концах), охотники-собиратели тоже похожи между собой, "финский" компонент выше в Латвии. Подождём БАМов.
они и по D-статистике в разных)
по этно-калькуляторам: их результаты могут быть искажены, из-за плохого соответствия "списка" используемых снипов с прочтенными у образцов, имхо.


PS я исправил "ранжирование" по MT Coverage
« Последнее редактирование: 03 Февраль 2017, 16:47:19 от FenriR »

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: дДНК из Латвии и Украины, мезолит и неолит
« Ответ #56 : 03 Февраль 2017, 18:04:29 »
думаю, с Востока было несколько волн миграции.
Крайняя к неолиту принесла бОльший сдвиг в сторону "евразийской" ANE и древнего Мальтинца/образца с Афонтовой Горы.
Это отчетливо видно в сравнении Ukraine_HG (9193-8641 cal BC) и Ukraine_N1 (4519-4343 cal BC), причем их отношение к "карелу" (6850-6000 BCE) затрагивается в значительно меньшей степени - видимо,  этот "восточный поток" воспринял и мезолит северо-запада РФ. Похоже, Прибалтики он достигает, самое позднее, к 4000 до н.э, т.к. Latvia_MN2 (4229-3800 cal BC) уже фактический EHG и кластеризуется вместе с "карелом" и "самарцем"(5657-5541 calBCE)
если анализ в статье верен,
то получается, что  "восточный поток" более евразийского ANE должен был начаться до 6000 до н.э., т.к. этот компонент присутствовал уже у "карела".
Может быть, его можно связать с обладателями первой керамики в Восточой Европе - с Елшанской культурой?
в принципе, это не исключает более поздней волны Ямочно-гребенчатой в Прибалтику.


Поляко опубликовал пост по образцам:
First look at Baltic and Ukrainian ancient genomes
Цитировать
...
See anything interesting? Feel free to share it in the comments. Please note, however, that I can't guarantee that the results will make perfect sense for all of these samples, most of which have mean genome-wide coverage of less than 1x.
...
« Последнее редактирование: 03 Февраль 2017, 19:39:36 от FenriR »

Оффлайн rozenblattАвтор темы

  • Сообщений: 1368
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1701/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: дДНК из Латвии и Украины, мезолит и неолит
« Ответ #57 : 03 Февраль 2017, 22:02:14 »
Говорят образцы уже где-то можно скачать. Не подскажете где?

Оффлайн Kambic

  • Сообщений: 744
  • Страна: ru
  • Рейтинг +452/-20
  • Y-ДНК: r1b

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: дДНК из Латвии и Украины, мезолит и неолит
« Ответ #59 : 03 Февраль 2017, 22:09:45 »
Говорят образцы уже где-то можно скачать. Не подскажете где?
мы писали главному автору статьи, она скинула аутосомные файлы в формате Plink, Поляко получил их таким же способом=)

.bam'ов пока что нет...
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/search?query=PRJEB18067

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100